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繼鵬在鬧市中突然發狂，幸得警察及時阻止他由天橋躍下，並把他送到仁和醫院接受精神診斷。精神科高級醫生立仁到醫院視察繼鵬的情況，亦與黎妻見面，知道兩人育有一女，就讀中三的女兒更是品學兼優。 繼鵬在醫院又再發病，指因聽到一名叫 Jack 的人揚言會傷害妻女，此時警方到病房，以涉嫌一宗強姦未成年女子案拘捕繼鵬。因為繼鵬曾有精神病紀錄，加上犯案時可能有幻聽，故轉介博安醫院法醫精神科進一步診斷。

順應氣象不穩的現狀，鼓吹末日來臨的新興宗教蓋亞教以已及時阻止海嘯水淹香港為招徠，廣收信徒和在公眾集會。教主世均被信徒稱為「天兄」，他指會帶領被選中的 1, 500 人度過末日的「轉點」。 研究自然宗教的朱學禮教授曾犯縱火罪，因精神病轉到小欖精神病院服刑，後被送到博安醫院內療養。經精神科醫生慧翹診斷，認為他已完全康復能出院，可惜學禮本人不能忘記過往罪行，不想重回社會，應奇亦認為學禮曾犯嚴重罪行及嚴重精神分裂，加上慧翹曾是學禮學生，有護短之嫌，因此不同意讓他出院。 博安醫院一眾年輕的醫生都擔心應奇會受上司永鏗提拔升職，但慧翹獨排眾議，她更冷靜分析，指永鏗可能請外來醫生任職。

芮之被殺一案，由重案組國彬接手調查。國彬到現場檢查屍體，重組情況後判斷兇手跟隨死者入女廁後，用繩把她勒死，女廁正是案發現場。警方在芮之手機內見到有立仁來電顯示，便請他到警局協助調查。

世均送院救治後無大恙，而他作供指正是被學禮所傷，更稱學禮已被惡魔附體。立仁、國彬、慧翹一同商討案情，三人同意學禮已康復，亦有動機襲擊世均，但認為世均特意偽造證供，以嫁禍學禮殺芮之。他們推斷學禮會再找世均，要求警方加強保安留意世均。 醫院有病人受末日論影響襲擊女護士兆兒，幸得啟榮智急英雄救美，令兆兒向他投懷送抱，但此舉惹來世邦和日勤嫉妒。三人回到辦公室，看見思家收到玫瑰花，又與男友甜蜜對話，啟榮表現難過，立仁以「明日若是世界末日」的心理測驗，試出啟榮失戀。

頌恩雖尋得芮之留下的記憶棒，但未來得及交給國彬，已被波帶走。另一邊廂，世均在傷癒出院後首次召開蓋亞教公開的佈道大會，警方推想學禮可能出現，便加派人手趕到佈道會現場。學禮果然出現更混在教徒中，他打算趁機行刺世均，幸得國彬及時將他制服。 國彬已知頌恩尋得芮之留下的證據，便以世均有嫌疑而拘捕他。得知天兄被捕，一眾蓋亞教信徒竟於警局前聚集不散。

世均回到蓋亞教總部，終於發現殺人真相，向與他有過肉體關係的美詩追究淑宜之死。在爭執期間，世均突感到絞痛倒下，原來美詩給他喝的水已下藥。不止世均，其他蓋亞教信徒都以為這些水是蓋亞女神的眼淚而飲用後絞痛。警方和眾醫生來到現場，判斷聖水內含有有機農藥，對生命無威脅。

風以宙斯形象聲稱分裂出亡母人格的片段在網上瘋傳，富商歐文華看了片段後心臟病發送院。志森乃文華家庭醫生，到病房後見文華長子子軒正安排為父親立遺囑之事，而歐太亦擔心丈夫病情，反對此時立遺囑。 志森、立仁、啟榮聚首看球賽時，啟榮談到瑤星可能有預知能力，感應到妹妹出事，覺得他的右腦機能很強，但志森與立仁都不以為然。

啟榮帶思家到圖書館找瑤星，見他對圖書館藏書資料位置等都過目不忘，聯各地區美食情報都能如人形電腦般唸出，惹得思家很高興。啟榮感謝瑤星能令思家暫忘情傷，卻被瑤珠聽到二人的對話。

警方到發現少霞屍體之現場，經法醫初步檢查，得知死者頸上有明顯傷痕，死亡時間超過三小時，但發現屍體地方並非第一案發現場，兇手先迷暈死者，再棄屍到引水道。 警方由少霞的八達通追蹤到她死前的路徑，便翻查監察錄影。原來少霞因目擊案發經過，要脅兇手索取掩口費。但兇手並無如期出現，反約少霞到別的地方見面。見面地點已無安裝監察鏡頭，只能靠現場曾出現的一輛房車再作調查。

經慧翹深入瞭解，得知楊太其實是假性懷孕，即是渴望有孩子而自我暗示懷孕。展東起初堅持由自己為妻子檢查，拒絕讓妻子送院，亦是要維護這個假性懷孕的謊言。慧翹拆穿一切後，楊太認為自己只是小產失去胎兒，恰如一個對不存在的嬰生作的分手儀式。 慧翹詳細檢查後，得知自己其實沒有懷孕，突然感到有點失落。

頌恩被棠手下尋仇襲擊，全因國威供出頌恩住址，國威亦只為還債才逼不得已出賣頌恩，國威見到眾人對頌恩癒來癒暴力，急忙向巡警求助。 年月即將進行升級面試，思家與年月雖已分手，仍非常關心他。年月每次面試都因臨場緊張失敗，立仁便向他授豫面試錦囊。 世邦觀察他負責的流浪漢耀，發現他經常獨自一人，沒與他人接觸，更稱他人滿手鮮血，自己亦不斷擦手，判斷他患有強迫症，根本不可能推死者出馬路。

子安前往警署自首，説出殺人動機，全因死者皆曾傷害他認識的孩子，指這是保護孩子的最佳方法。國彬與組員研究案情，發現案發時間與子安的口供脗合。 自幼與頌恩一同在孤兒院長大的啟超擔任子安的代表律師，以子安精神異常下做出不受控制行為，要求精神狀況評估。立仁瞭解子安的精神情況後，認為不能用精神異常作為抗辯理由。立仁問啟超印象中子安曾作出最激烈的行為是甚麼後，分析他極其量只會自虐，並未發展到傷害他人的程度。 子安曾一度失蹤，再出現時已到警署自首，故此他在失蹤期間的行動十分關鍵。國彬與立仁認為子安若無殺人即在維護某人，更假設子安想幫國威頂罪，則一切便可理解。

立仁不明白為何子安執意替人頂罪，頌恩説出一段往事，原因子安曾因追小偷錯過一班巴士而倖免於難，深感天主讓他重生去為教會付出。立仁指國威正是典型的反社會人格，可是頌恩不相信國威會殺人。 世邦在街上與日勤通電話，告之已問明母親身世的事，母親否認他發現的事。談話中途世邦遇見國威，便追隨他至一工廠大廈。世邦不敢妄動，途中已通知國彬到來會合。國彬率眾進大廈搜查，世邦留下看守出入口。怎料不久後，國威竟從大廈墮下，他臨終前見到世邦，認錯世邦是兒時玩伴文仔，留下一聲道歉便嚥氣身亡。

在孤兒院挖掘出的骸骨已證實為失蹤多年的文仔，頌恩回想文仔失蹤時的情形，只以為他偷走離開，沒想到他已遇害。立仁發現重點，文仔最後一次出現，是和國威及啟超一起。國彬也重看國威的自拍片段，發現當時現場應還有另一人。 慧翹接收一名患妄想被害症的病人程桂蘭，原來她是慧翹已故男友 Franco 出意外時救回的女子。桂蘭牽涉孌童案，常懷疑有人慾加害自己，正巧桂蘭的律師是啟超，種種線索讓立仁拼湊出一個驚人的殺人行動，甚至懷疑聯 Franco 之死也不是意外。

立仁駕車經過大學時與潔心常到的糖水店，回想昔日種種片段。在臨近打烊的時候，一名女子竟在糖水店不肯離開，更聲稱約了高立仁在店裏相會。原來該女子正是立仁的初戀情人徐潔心，她在一次車禍後患有極限性失憶，以為現在仍是 1986 年。 慧翹指現今醫學水平無法助潔心回復記憶，只能對她施以認知行為治療，讓她早日接受現實，慧翹更認為潔心似有心事未了，若能替她完成心願可助她順利接受治療。紫妮説母親當年約立仁見面，其實是想與他結婚私奔，於是請他幫忙勸説母親。

郭家一家三口被發現伏屍屋內，警方證實死者郭凱誠與妻子及 12 歲兒子都是被刀狀利器割斷動脈致死。因受害者死前無明顯反抗，加上無被強行闖入痕跡，警方推斷兇手行兇手法俐落，屋內夾萬被破壞，可列作劫殺案。頌恩發現屋內還有一個女孩玩的玩偶，認為郭家應不止一家三口。 果然在睡房的衣櫥內找到自兇案發生後便一直藏身的小女兒郭倩瑩。經立仁診斷，倩瑩患創傷後遺症，受驚過度而無安全感，在醫院也會躲藏在床下。

頌恩在水田村的舊居找到夢中見過的月曆，在現場環境影響下，亦記得童年時曾躲在牀下，又記得曾抱著玩偶奔跑，卻不解為何兇手當時沒有殺她，反送她到醫院。 立仁和志森推斷兇手也許患有突發精神分裂，得知頌恩發燒，便起惻隱之心送她到急症室。子安聽到事情有進展，但當聽到頌恩似乎決心找出當年的兇手，便勸她不要執著。

雖然頌恩衝動行事，但終歸逮捕潘耀泉，可惜從耀泉及女友佩茹口中，都沒有發現任何線索。國彬促小組重新在兩個案發現場進行搜證，又因人證只有佩茹一人，必須再回二人所住的劏房查問鄰居。 另外因推斷是兇器的軍刀仍未找到，警方必須在 48 小時內找到足夠證據起訴耀泉。慧翹見耀泉臉上有傷，知他曾與人爭執，而立仁分析耀泉有反社會人格，態度不合作只想拖延時間待 48 小時後獲釋。頌恩再找佩茹傾談，但她哮喘復發，只想警方早點放人和離開。 立仁見慧翹讚賞病房的倩瑩和其他孩子相處甚歡，慧翹便訴説以前討厭孩子，現在卻對小孩改觀，變得渴望擁有自己的小孩。

啟榮以為瑤珠會自殺，情急下便抱著她，又自責令她不開心，但其實瑤珠只打算用消毒藥水洗浴缸，並非輕生。兩人不自禁在梳化上互相依偎，因打雷嚇倒才急忙分開。啟榮收到思家來電，竟謊稱在自己家看電視。 思家在醫院安撫精神不穩病人時反被割傷手，而之後才知道病人因男友有了外遇而受打擊。啟榮離開瑤珠家，竟見思家冒著大雨在附近等他，啟榮不想讓思家懷疑，只好説出瑤珠患上癌症。

耀泉和佩茹離開小屋後，兩人到一間服裝店內購物時，突然再動殺機殺死女店員。國彬到現場時後，在閉路電視錄影片段發現二人出現過，卻發現聯絡不到頌恩，於是便追問立仁是否在前一晚與頌恩回到案發地點。 國彬估計頌恩與立仁分開後便一直失蹤，有可能已遭耀泉和佩茹毒手。耀泉在茶餐廳的電視見到新聞報道服裝店的事件，不禁埋怨事情鬧大了，此時警方搜查至，兩人急忙逃走。兩人被圍捕時，耀泉在後巷脅持一名洗碗女工，國彬率小隊趕到現場把二人重重包圍，國彬擔心頌恩安危，勸耀泉勿輕舉妄動。

頌恩在墳場見到父親蔣大軍出現，但未能上前與他相認，晚上頌恩反在夢中重現她在四歲時發燒，父親向她説出後悔來港，和送她去醫院的往事。 國彬向下屬説明近日發生兩宗黑幫仇殺案中，都涉及槍擊傷人，槍手的手法俐落，使用中國製半自動步槍。原本頌恩只顧想著父親的事，但當國彬説出疑犯正是大軍時，才知父親一直在內地，最近才回到香港。

志健被頌恩毆打後急忙逃離桑拿店，頌恩邊向國彬報告情況邊追到後樓梯時，卻發現志健已被勒死。頌恩再隨雜聲到天台，赫然發現父親大軍正在天台上。頌恩本打算逮捕親父，但大軍知道頌恩會念及親情放過他。當國彬趕至天台，大軍已逃去無蹤，頌恩向國彬報告大軍逃去的反方向錯誤引導警方。 警方找來譚新問話，他否認因女友牀照流出而買兇殺志健。另一方面，國彬推斷大軍若收錢殺人便需要向僱主收錢，因正被內地通緝而不會回大陸，要下屬監察其他逃出海外路線。 頌恩在執行任務時衝動，讓志健獨自逃開而令他被殺，不禁自責累及同僚。頌恩回家後竟見大軍坐在家中等她。頌恩追究大軍當年殺害汪家，又因殺害志健與父爭持不下。大軍堅稱殺人乃逼於無奈，而他所殺之人都該死，只是代替女兒做她不敢做的事。

頌恩不想父親被捕，便拉著大軍一起逃走，國彬緊追在後卻被車撞倒。國彬腦部受到重創一直昏迷不醒，而佩茹亦受重傷留院。頌恩終於在同僚面前説出自己放走大軍，才害國彬遇上車禍。 頌恩開始對宗教產生懷疑，不解為何天主要搶走她重要的人，又到病房恐嚇佩茹不要説出真相。但原來佩茹在現場並沒有見過大軍，只見頌恩自言自語……

國彬昏迷住院後，振東繼續接手調查大軍下落，發現大軍似人間蒸發，無法證實他的所在之處。振東把國彬的筆記本交給頌恩，筆記本內記錄了逃過法律制裁的犯人名單。頌恩見到其中一個犯人是速遞員招瀚清，及後頌恩又前往醫院探望國彬，向他細訴會助他達成心願。 子安知道頌恩沒有回教會，相約頌恩想引導她重歸教會，可是頌恩表示已不會回教會和不再信主。立仁安慰子安，指頌恩遭遇的事情太多需時間調整，慧翹亦覺得頌恩要時間平復。

頌恩在路上遇到路檢，幸好振東在場替她解圍，使她能順利運送保基離開。頌恩的頭痛癒來癒嚴重，竟然發現在家中竟見到國彬，但頌恩這次明白眼前的國彬只是幻覺。 新聞報道盧子俊傷人案，博安法醫診症他患躁鬱症，立仁在離職前曾替子俊診斷，知道他根本無病，便回醫院求證。子俊的報告是由永鏗親自撰寫，由權威永佳親證過，應奇這次也受到拖累，決定離職。立仁揚言要向管委會投訴，而法醫部其他成員都共同進退，提出辭職。