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战国时期的地方武士醍醐景光，为了自己的野心，将即将出生的自己的孩子身体献给48体魔神作为祭品。因此，出生时被夺走身体48处的婴儿，因为过于丑陋被扔进河里。但婴儿活了下来，自称百鬼丸长大成人……

被多罗罗纠缠得十分困扰的百鬼丸，为了赶走他，讲述了自己被诅咒的身世。他出生时像毛毛虫一样，但名叫寿光的医生用义手、义足和义眼补足了缺少的部分，才终于活了下来……

在河滩露宿的百鬼丸和多罗罗，遇到了名叫金小僧的妖怪。第二天在村里说起这个并没有特别作恶的妖怪，因此两人被村民抓住，关进村中女名主万代宅邸用地内的小屋。那夜，小屋附近的一口古井中，出现了丑陋的妖怪……

金小僧是从被埋藏的金子中诞生的精灵。金小僧告诉百鬼丸埋金子的地方，村民们挖掘那里，正如精灵所说挖出了金子。那原本是村民们被那个丑陋妖怪夺走的金子。女名主万代怜悯这样的村民，才把金子施舍给他们……

旅途中，照顾因热病倒下的多罗罗的百鬼丸，第一次知道了多罗罗悲伤的过去。多罗罗出生在一对贫穷夫妇家中。为了生存，夫妇成为野盗，不久多罗罗的父亲火袋成为只瞄准武士和富人的盗贼团首领……

指挥追兵的是背叛的部下。那个部下说因为有恩，所以没有杀火袋，而是射穿他的双腿，夺走了他双腿的自由。无法行走的火袋和抱着婴儿的妻子阿自夜，终于沦落到与乞丐无异，火袋被半开玩笑的武士杀死……

那把刀是夺走并支配主人心灵的妖刀。被妖刀附身的名叫田之介的男人，突然向百鬼丸挑战。刀在渴求血。偷刀贼多罗罗被那样的妖刀吸引，终于从田之介那里偷走了刀。但同时，多罗罗的心也被妖刀支配了……

放火烧了多罗罗固守的铁匠小屋的田之介，成功夺回了妖刀。但那一瞬间，田之介开始斩杀村民。刀渴求更多的血。救了多罗罗的百鬼丸与田之介对峙，妖刀与剑相交……

小高丘上立着一面被称为“万门”的大板墙。决定在那里过夜的多罗罗和百鬼丸遭到九尾妖狐袭击！天亮时妖狐消失了，但未经许可试图越过国境的人们开始被处刑。指挥处刑的正是百鬼丸的父亲，醍醐景光！！

景光看中击退九尾妖狐的百鬼丸的本领，劝他出仕。但百鬼丸为了寻找遭受无故私刑后被扔进河里的多罗罗而出去。在那里他遇到了一位女性。那是母亲。虽然百鬼丸不知道母亲的长相，但他注意到那位女性的眼中饱含着确实的爱与悲伤……

遭到多宝丸指挥的军队奇袭，助六的父母被杀，村子被烧。助六和多罗罗与同伴们一起被带走，钉在万门上。多罗罗在危急时刻被百鬼丸救下。多宝丸看到百鬼丸救敌人，想要斩杀他，反而被百鬼丸的剑斩杀……

被百鬼丸抛下，再次变得天涯孤独的多罗罗。这样的多罗罗面前出现了一位女性。那位与多罗罗母亲一模一样的女性温柔地安慰他，多罗罗便跟着女性走了。多罗罗看到怀念的母亲的影子，亲近并向女性撒娇，但这女性其实是盘踞在山中瀑布的妖怪白面不动的手下……

白面不动要求手下的女性拿来多罗罗的脸。把多罗罗推下瀑布深潭。但女性觉得像母亲一样仰慕自己的多罗罗很可爱，无法遵从白面不动的命令。女性带着多罗罗逃离白面不动，却遭到白面不动操纵的山犬群袭击，身体被牙齿撕裂。而且，野犬群也袭击了多罗罗……

多罗罗解救了被山门仁王像踩住、无法动弹的天邪鬼。天邪鬼大喜，飞进村子，尽情恶作剧，把全村搅得大乱。想阻止的多罗罗反被当成天邪鬼的同伙，被村民追赶……

多罗罗和百鬼丸认识了轻松将暴牛举过头顶制止的怪力武士俵五吕兵卫，三人一起旅行。五吕兵卫是个豪言不相信妖怪和死灵的男人，但只要和百鬼丸在一起，死灵就会主动靠近……

凭借爱马绿泥的优秀表现，即将成为侍大将的时野景行，却不认为所有武功都是爱马的功劳，变得傲慢起来。他说绿泥动作迟钝是因为小马跟着转，便夺走绿泥的小马，卖掉了。买下那匹小马的正是多罗罗和百鬼丸……

贪吃的村长被妖怪丼肚附身了。它让村长吃谷物吃到肚子膨胀得快要破裂，然后从肚脐进入体内吸取养分。这就是丼肚。所以怎么吃都吃不饱的村长，想要吃光全村所有的谷物。多罗罗和百鬼丸路过了这样的村子……

来到渔村的多罗罗和百鬼丸。多罗罗觉得好玩，拔出了插在岩石上的鱼叉。但那鱼叉封印着名叫比拉比拉的白骨化鳐鱼妖怪！为了追赶从地下逃到海里的比拉比拉，百鬼丸跳入海中。但经过搏斗，百鬼丸的身影消失了……

带着小狗一起走到山岭的多罗罗和百鬼丸，突然遭到妖犬袭击。妖犬操纵雷电，被落雷击飞的多罗罗昏了过去，百鬼丸则掉进了谷底。在河下游的村子获救的百鬼丸，得知那个村子盛行斗犬。看到那残酷的训犬方式，百鬼丸看穿了山岭妖犬的真身……

那尊地藏菩萨在寻求保姆。它威胁村民们，如果不给它当保姆，就破坏村子。而且，派去的保姆都会被吃掉。村民们无奈之下，以优厚条件雇佣不知情的旅人当保姆。不知道这些的多罗罗看到招募保姆的告示牌，高兴地主动应征保姆……

旅途中，与牛车擦肩而过的百鬼丸察觉到非同寻常的妖气。拉牛车的是名叫鲭目的武士，车上坐着的是他的妻子舞舞乳母。舞舞乳母也感受到百鬼丸非同寻常的气息，便请求鲭目斩杀百鬼丸。躲过攻击的百鬼丸，为了揭露舞舞乳母的真身，潜入了她的宅邸……

那个村子里只住着一个小女孩。问起原因，据说村民们全都进山找金子后就再也没回来。听说遍地是金子，多罗罗说“我也去！”让女孩带路进山。但百鬼丸看出村民们消失并不是最近的事，并感受到山中有妖怪的气息……

一棵树龄超过2000年的大树因为妨碍建造堡垒，将被砍倒。偶然来到那里的百鬼丸感受到大树强烈的妖气。老树通常寄宿着某种精灵，但这棵大树散发出的气息中，邪恶的气息十分浓厚……

在河边洗澡的多罗罗，手臂被捕鱼的装置夹住了。看到多罗罗求救，百鬼丸去附近的寺庙借拆装置的工具。寺庙的住持爽快地借给了他工具，但百鬼丸察觉到这位住持身上散发着妖气。回到河边一看，多罗罗不见了……

非常懒惰的咕太郎，据说10年来一直坐在同一个地方，连动都不动。但他不是不想动，而是动不了。他的屁股上写着经文，通过将屁股贴在地面上，封印着潜藏在地中的妖怪。觉得他很可怜的多罗罗帮他洗身体，却不小心连经文也洗掉了……

多罗罗得知像自己父母一样的贫穷农民们正要发动起义，便志愿加入他们。她向百鬼丸告别。百鬼丸独自继续旅行，不断打倒妖怪。终于，距离夙愿的48只退治只差1只。这时，一个可疑的老婆婆对百鬼丸说：“最后的魔物是你的父亲，醍醐景光！”……