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“全世界、不、地球，从现在起由我支配！”（兰度）狂人科学家兰度教授开始用巨大机器人金属兽侵略全世界。能与之对抗的，只有用G矿石制造的宇宙开发用机械——盖塔机器人。开发者橘博士对投入战斗面露难色，而燃烧正义感的驾驶员一文字号，试图驾驶没有武装的盖塔机器人出击。

虽然取得了首战胜利，但盖塔机器人遭受了巨大损伤。据说修理破损的左手需要相当时间。而且G矿石数量有限，没有余力开发新武器。率领整备班的翔和转为支持的由自、剴都忙于应对，此时出现了最初的战死者。

以出现牺牲者为契机，橘博士坚定了与兰度教授全面对决的决心。与其在犹豫期间增加牺牲者，不如让其以最佳状态战斗。博士着手开发盖塔机器人的武器——手持导弹炮。但是，在完成之前，金属兽又出现了。

继手持导弹炮之后，拳击爆弹也将安装在盖塔机器人右手。只用单手感到不足的翔，由由自的话和拳击转播得到启发，想到在左臂也装备拳击爆弹。她不分昼夜地推进作业，但因疲劳和睡眠不足倒下……

由于盖塔机器人的激烈战斗，号的身体已疲惫不堪。驾驶舱被释放气体时的后遗症也依然明显。金属兽趁此胜机袭来。代替需要休息的号，剴驾驶盖塔机器人出击，但在不熟悉的机体战斗中陷入危机。

前去与政府首脑开会的橘博士，被兰度的右臂罗刹伯爵掳走。虽想专心搜索和营救，但金属兽一出现就不得不优先战斗。携带新装备“网捕获炮”奔赴战场的号等人面前，劫持了橘博士的罗刹出现，逼迫他们无条件投降。

为备战而刻苦训练的号等人那里，剴的弟弟大道哲来访。剴对长久未见的哲态度冷淡，想赶他走。与他相反，由自高兴地答应陪哲玩。作为独生子的由自，觉得哲就像自己的弟弟一样。他们撇开剴，意气相投如同真正的兄弟。

橘博士对客机坠毁事故感到可疑，派翔去现场侦察。不出所料，金属兽正等在那里。紧急派遣的盖塔机器人拒绝了兰度的劝降，发起挑战。然而金属兽却从空中发动攻击。只能在地面战斗的盖塔机器人陷入了绝境。

虽然击退了飞行型金属兽，但号等人的焦躁达到了顶点。要击退准确攻击弱点的兰度，需要大幅强化。波奇博士和塔马博士着手自主开发基地防卫护盾，翔则开始为盖塔机器人制造专用助推器以赋予其飞行能力。

盖塔机器人的大改造开始了。橘博士如今也已决意战斗，NISAR基地的人们团结一致投入强化工作。但是，在作业完成前，罗刹伯爵的潜水艇发起了猛攻。基地遭受猛烈炮火，迎击金属兽的盖塔机器人也在海底陷入苦战。

兰度教授判断现在正是良机，对NISAR发动猛攻。焦急的号想驾驶改造中的盖塔机器人出击，冲进机库，但那里只有一台警卫机器人。博士在哪里进行大改造？号为保卫基地，鲁莽地驾驶警卫机器人出击……

三机合体的战斗用盖塔机器人诞生，新的NISAR基地也完成了。号、翔、剴组成团队作战，分别驾驶盖塔1、盖塔2、盖塔3。然而，翔的表情却一直阴郁不晴。因为原本应该乘坐盖塔2的，是她的哥哥信一。

剴正独自苦恼着。虽然被任命为盖塔剴的主驾驶员，但他无论如何都无法建立自信，被不安感折磨。他曾因试图驾驶盖塔机器人而险些丧命。无论怎样训练都无法抹去不安，他咬紧嘴唇挑战金属兽，但……

隶属于整备班的中野少年，憧憬盖塔机器人，以为其做维护而自豪。然而，在合体训练中警报响起，他被号怒斥是整备失误所致。沮丧的中野，被兰度派出的诡异粘液悄悄接近。那物体具备复制对方外形的特殊能力。

由自通过个人电脑接收到了加拿大孩子发出的SOS求救。据说他们居住的城镇被侵略者占领了。由自直接请求博士派出盖塔机器人，但博士以正在与加拿大政府接洽为由不予理会。他按捺不住，独自乘坐战斗直升机前往加拿大。

在马来西亚近海发现了未知物质。据美国的威利博士说，似乎是接近盖塔机器人主要材料G矿石的物质。接到咨询的橘博士，立刻派遣波奇博士和塔马博士开始共同调查。然而，兰度的干部夜叉男爵，为了夺取物质派出了金属兽。

最近剴不知为何显得焦躁，撕碎了号正要提交的休假申请文件。开始争执的两人，即使金属兽出现也没有和解，眼睁睁看着夜叉男爵阻止合体的作战成功。失去团队合作的号等人还有胜算吗？剴焦躁的理由终于揭晓……

波奇博士的儿子明来到NISAR基地游玩。据身为职业摔角迷的他所说，盖塔机器人如果学会摔角技，会变得更强。当夜叉男爵下达挑战书时，盖塔机器人出击。这次的金属兽，是在世界各地进行无差别破坏、专精格斗战的强敌。

不祥的黑色星期五即将来临。恰巧号等研究所成员，几天前就开始目击金属兽的亡灵。然后在黑色星期五的夜晚，翔遭到了问题亡灵的袭击。原本就异常恐惧的她，身心都因冲击而衰弱下去。她竭尽全力才勉强坐进驾驶舱……

油轮沉没事件接连发生。受防卫厅委托开始调查的盖塔队，与潜伏在事件背后的蝙蝠型和章鱼型金属兽进入战斗状态。然而盖塔1在初战中受损，产生了合体就会爆炸的故障。是合体成功还是爆炸？盖塔队的命运是……

罗刹伯爵制定了用导弹破坏NISAR基地的作战。要成功，必须突破包裹基地的护盾系统。为此，罗刹绑架了激光研究的第一权威雷纳博士，并以他的孙子为人质强迫其合作。看穿企图的盖塔队，试图夺回两人，但……

联合国和平军的王牌“沉默之龙”，是一艘能不被敌人察觉发射核导弹的潜水艇。这艘最新锐的兵器突然反叛。哈特兰舰长自封世界统治者，以核导弹为要挟，要求全面投降。舰长曾是位骄傲的军人，也是橘博士学生时代的挚友。

盖塔队将迎来新的伙伴。是有着“奇迹小子”绰号的联合国和平军王牌飞行员施伦多夫。橘博士为此飞往德国会面。施伦多夫也在机场等待博士的到来。此时，罗刹伯爵派出的金属兽出现，试图抹杀两人并发起了攻击。

号等人从整备班的中野那里，听到了不可思议的求助。他说在野外美术馆“艺术森林”当保安的挚友，毫无征兆地消失了。而且，失踪的人其实还有更多，只是此前未被公开。带着侦探心情开始调查的号等人，与中野一同前往现场后……

剴的弟弟哲来到NISAR基地。他计划利用暑假，和基地的伙伴们一起去海水浴。然而当天深夜，金属兽登陆夏威夷岛，发生了用巨大茧包裹全岛的事件。剴等人不得不紧急赶往现场。期待落空的哲，闹起了别扭。

趁盖塔队出击的空隙，夜叉男爵驾驶金属兽侵入了NISAR基地。这是利用罗刹伯爵作诱饵引开号等人的间隙，从地下发起的突击。夜叉男爵使防护盾系统误动作，将盖塔队隔绝在基地外，同时稳步推进破坏中枢部的作战。

盖塔队接到命令，调查填海造地地基。调查对象北九州玄海湾城市是负责联合国和平军研究部门的重要设施，近期频发的地震影响令人担忧。然而，海湾城市计划负责人望月里美，因过度信赖安全系统，拒绝了调查请求。

陌生的战斗机器人现身助阵盖塔机器人，用它持有的、拥有恐怖威力的武器“磁钢战斧”瞬间斩倒了金属兽。驾驶者名叫吉井丽美。她是与橘博士同样从事G矿石研究的吉井博士的独生女。终于成功开发出G矿石制剑了吗……橘博士正沉浸于感慨之中，但……

翔的表姐佐惠子在冲绳举行了婚礼。她是翔幼年时代如同母亲般照顾她的女性。然而，她却被卷入了夜叉男爵的袭击。紧急赶往现场的号等人，得知佐惠子等人被扣为人质后暂时撤退。他们采用了翔混入人质中的作战计划，转而支援潜入敌营的她。

出现在静止卫星轨道上的金属兽，从宇宙空间发起了激光攻击。下次攻击将在轨道运行一周的90分钟后。在此之前，必须为盖塔翔装上火箭助推器，将其发射到大气层外。翔没有接受过宇航员训练，也没有无重力环境行动经验，却要挑战这项极度困难的任务。

部署在阿拉斯加的联合国和平军全军覆没。没有G矿石反应，这是否是第三方敌人出现的证据？对此事件感到困惑的，不止盖塔队，兰度他们也一样。一位名叫纳尔基斯的神秘少年出现在他面前，宣言要成为其右臂。纳尔基斯袭击了盖塔队，并用超能力将他们关入异空间。

为了新的强化计划，吉井丽美被召至NISAR基地。要开发能量增强装甲“G装甲增幅器”，必须弥补G矿石的不足，并融入吉井博士的研究成果。然而，仿佛要阻止这一切，被兰度授予子爵爵位的纳尔基斯发起了攻击。

G装甲增幅器完成，盖塔机器人成功强化为超级盖塔号。得知此事的夜叉男爵，向兰度提出了封锁磁钢剑的作战。他们抓住外出的由自，通过洗脑植入对盖塔队的憎恶，让他驾驶金属兽进行攻击。意在挑起同伴相残！

世界各国的潜水艇接连失踪。搭载的武器中包含核导弹，若被恶意利用世界将会毁灭。盖塔队紧急出动开始调查，却遭遇了意想不到的事态。失踪的潜水艇竟为保护金属兽而展开，并向盖塔剴发起了攻击！

大型台风盘踞在北海道，持续肆虐毫无减弱。出现在NISAR基地司令室的纳尔基斯，言明异常气象是金属兽所为，并如同享受游戏般向号等人下达挑战书。出击的盖塔队合体被封锁，被迫以盖塔翔形态进行水中战。

号曾坚信自己与盖塔机器人一心同体，任何困难都能共同克服。然而，明明用G装甲增幅器强化过的盖塔却有种违和感，不知为何无法如心所愿地行动。在问题未解决的状态下出击的他，磁钢剑被金属兽夺走。

希望住在万里长城以北的骑马民族能南迁，以免被卷入战争……受联合国和平军委托飞往当地的盖塔队，邂逅了骑着白马的少女赛莲。勇猛果敢的她及村民们主张，没有神的指引就不会移动。更糟的是，他们竟深信金属兽就是神。

经联合国和平军调查，判明尼泊尔有兰度的前线基地。面对军方高层提出的联合作战提议，橘博士表示不参与。因为即使捣毁一个前线基地，也解决不了根本问题。最终决定由联合国和平军攻击尼泊尔，NISAR攻击敌本据点所在的北极。

盖塔队本欲奇袭北极的敌本据点，却被纳尔基斯的超能力瞬间转移到了尼泊尔的前线基地。他们一边支援联合国和平军，一边与金属兽进入战斗状态。然而，盖塔机器人的能量却在急速下降。原来金属兽的盾牌上被施加了特殊装置。

接到金属兽出现的消息，盖塔队急赴现场。察觉到陷阱试图脱离的号，连人带盖塔1被俘。翔和剴被橘博士指示暂时归队，但他们拒绝命令，强行执行营救号的作战。然而，不仅剴也沦为人质，连盖塔2和盖塔3都被夺走。

由自在体力上虽不及号等人，但面对战斗的勇气却绝不逊色。这样的他，为了拯救苦战中的号等人而冲出了NISAR基地。这次的金属兽拥有操纵重力的特殊能力。由自为了重启坠落的G装甲增幅器，在倍增的重力中奔向坠机现场。

夜叉男爵操纵的要塞型金属兽正在蹂躏欧洲都市。它像巨大的滚轮般碾碎街道，朝着法军的核导弹基地直线前进。号等人违背橘博士的命令强行出击。金属兽一分一秒地逼近核导弹基地，人类面临前所未有的危机！

罗刹伯爵开发出了能吸收能量的植物。应用此技术的金属兽，甚至可能夺取东京的全部能源。然而，看不惯罗刹立功的夜叉男爵，擅自使用本该由她驾驶的金属兽，开始了占领东京的作战。他并不知道，机体上已被动了手脚……

希腊接连发生神秘的人类石化事件，这实则是以夜叉男爵的吊唁战为借口出击的纳尔基斯所为。他的目的是汇集存在于世界各地遗迹的神秘力量，让自己成为神本身。赶来的盖塔队与来袭的金属兽战斗，但盖塔机器人却被超能力变成了石头。

早已警惕纳尔基斯的兰度终于行动，欲将其铲除。他将自己的灵魂寄宿于金属兽，夺走了纳尔基斯超能力的源头——吊坠，并与盖塔队开战。而纳尔基斯为了葬送兰度、夺回吊坠，竟故意将金属兽的弱点告诉了号。

击败兰度的纳尔基斯终于掌握了军团实权，夜叉男爵也不得不宣誓服从。对盖塔队而言，敌人是谁都一样。他们接受挑战出击，遭遇了能自由操纵寒气的金属兽。这强敌不仅拥有自我再生能力，还能制造武器，并且展现出令人惊异的变身形态。

内藏炸弹的金属兽同时占领了世界各地的市区，并宣告若被排除将炸毁半径50公里范围。若纳尔基斯有意为之，世界主要都市将在转瞬间化为废墟。联合国被迫通过全面投降决议，并要求NISAR立即解除武装并交出盖塔机器人。

NISAR基地被联合国和平军派出的作战部队镇压。号等人虽然成功脱身，但已沦为逃亡者。事到如今，只剩下直接攻入敌人本据点“维加领地”这一条路……他们向曾有被维加领地囚禁经验的吉井丽美寻求建议，但丽美却提出要一同前往。

兰度教授借罗刹伯爵的身体复活了。他附身于机动要塞，介入纳尔基斯与盖塔队的战斗，企图将双方一并消灭。另一方面，单枪匹马潜入维加领地内部的吉井丽美，正忙于营救人质。她不听号的劝阻，坚持搜寻是否还有幸存者，并因此遭遇了被遗弃的夜叉男爵。

北极的最终决战异常激烈。对抗纳尔基斯子爵的盖塔队，在超能力金属兽面前陷入苦战。磁钢剑被无效化，G装甲增幅器也被迫解除，只能以盖塔号、盖塔翔、盖塔剴三个基础形态作战。这场赌上一切的战斗，结局将会如何？