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宇宙世纪0153年。在“卡萨雷利亚点”，13岁少年胡索·艾宾与桑斯卡尔帝国军贝斯帕的军官克罗诺克·阿夏展开激烈的MS战。胡索一度败退，但成功令V高达合体，击退了克罗诺克。

夏克蒂回想起三天前被卷入战争的事。那天，胡索在空中飞行时，遭遇了克罗诺克驾驶的MS。偶然夺得MS的胡索，得知贝斯帕已开始地面入侵，以及抵抗桑斯卡尔帝国的利加·米利迪亚的存在。

乌伊格街陷入火海。胡索为帮助仰慕的少女卡迪珍娜而前往街上，却遭到贝斯帕MS的攻击。奇迹般在避难所见到卡迪珍娜的胡索，带着从战火中救出的婴儿卡尔曼一同逃脱。

卡缪昂队为修理核心战机，藏身于卡萨雷利亚的森林中。贝斯帕为逼出他们，开始了无差别轰炸。胡索为保护夏克蒂并让卡缪昂队逃脱，再次乘上MS将其击退。而现在，胡索他们正与卡缪昂队在一起。

V高达和胡索的战果让利加·米利迪亚欢欣鼓舞，但只有卡迪珍娜批评将孩子卷入战争的大人们。另一方面，贝斯帕的加里·坦驾驶试作MS葛左拉出击。胡索虽对其扭曲的执念感到战栗，但仍将其击退。那时，克罗诺克潜入了工厂。

卡缪昂队的领袖奥伊·纽昂伯爵和卡迪珍娜被克罗诺克绑架。另一方面，讨厌争斗的夏克蒂独自返回卡萨雷利亚。胡索虽担心她，但还是跟随了卡缪昂队。贝斯帕的瓦塔利·基拉前来寻仇，但得知对手是孩子后选择了自尽。

胡索想去接夏克蒂，但因卡缪昂队遭贝斯帕袭击，违背自己意愿驾驶V高达应战。此时从宇宙降下的托姆利亚特部队又紧逼而来，但也被击退。胡索偶然目睹了纽昂伯爵被处决，深受打击。

胡索切身体会到战争就是你死我活，决定和夏克蒂一起回卡萨雷利亚。那时，卡缪昂队在皮皮尼登队面前陷入苦战。得知同伴危机的胡索再次返回战场，但在寡不敌众被逼入绝境时，被奥利法·伊诺埃所救。

担心夏克蒂的胡索驾驶V高达离队，前往卡萨雷利亚，却连人带机被贝斯帕捕获。为夺回被抢走的V高达，胡索抢了一架佐罗。虽夺回了V高达，但卡萨雷利亚的存在已被知晓，胡索等人只能离开故乡。

卡缪昂队收到了“前往DD”的暗号。胡索担心卡迪珍娜和贝斯帕的动向，为吸引敌人而单独出击，却遭到反击逐渐被逼入绝境。那时，突然出现的、全由强袭装甲机构成的修拉克队，解救了胡索的困境。

卡缪昂队抵达旧贝吉恩的飞行场遗迹。胡索在那里听到父亲的名字而动摇，并得知父亲参与了利加·米利迪亚的创建。另一方面，追击卡缪昂队的贝斯帕开始进攻贝吉恩。围绕运输机起飞的战斗中，修拉克队出现了战死者。

为吸引敌人，胡索单机出击，甩开追击降落在旧巴塞罗那的港口城镇。在那里，胡索遇到了因战争失去儿子的老渔夫罗布·奥雷斯克斯。他在胡索身上看到了亡子的影子，拼上性命帮助胡索从贝斯帕手中逃脱。

胡索等人正前往直布罗陀的宇宙搬迁公社。与此同时，贝斯帕也以克罗诺克为谈判代表，图谋让公社允许其进驻，并试图利用利加·米利迪亚的失误以武力压制。急于复仇的修拉克队中了贝斯帕的挑衅，开启了战端。

胡索在机场与卡迪珍娜重逢，劝她回来，但她并未接受。贝斯帕为呼应宇宙中的攻击，开始进攻直布罗陀。胡索等人被迫应战，为守护前往宇宙的宝贵通道质量加速器，修拉克队付出了牺牲。

胡索为寻找父母，与返回卡萨雷利亚的夏克蒂告别，搭乘了航天飞机。航天飞机伪装被劫持，让玛贝特等人和V高达也乘了上来。航天飞机进入了漂浮着无数垃圾的宙域。在那里，他们遇见了在宇宙漂流的贝斯帕成员哥德瓦尔德·海因。

利加·米利迪亚正以宇宙战舰利·卡兹为基地，准备前往宇宙。夏克蒂和苏西偷偷潜入舰内。另一方面，胡索等人的航天飞机被贝斯帕的哨戒部队发现并遭拘束。然而，胡索等人机智地捕获了敌飞行员，并夺取了希诺佩。

利·卡兹一路朝着静止卫星轨道前进。那时，胡索等人寄身高沃尔兰，得到了片刻休息。另一方面，由穆塔马·兹刚将军率领的桑斯卡尔帝国军宇宙舰队，做好了出击对抗Side 2联合舰队的准备，旨在鼓舞士气的演说在地球圈播放。

在高沃尔兰备战的多托等人。另一方面，利加·米利迪亚舰队也朝着高沃尔兰航线进发。然而，其动向被卡伊拉斯吉利舰队察觉，舰队战开始。战斗过程中，偷渡上利·卡兹的夏克蒂等人被抛到了宇宙空间。

在宇宙空间漂流的夏克蒂等人，被贝斯帕保护起来。被带往卡伊拉斯吉利的夏克蒂，被确认是女王玛丽亚之女。试图政治利用这一状况的塔希罗，命令克罗诺克秘密将夏克蒂送往桑斯卡尔本国。

利加·米利迪亚稳步推进着攻打卡伊拉斯吉利的准备。为了实施胡索提出的利用高沃尔兰微波的作战，高沃尔兰也忙于准备。舰队以无人高沃尔兰为盾前进。胡索等人作为先锋，突击了卡伊拉斯吉利舰队。

卡伊拉斯吉利攻略战愈演愈烈。接近卡伊拉斯吉利舰队的利·卡兹，以自爆高沃尔兰为代价实施决死舰船突击，取得了作战成功。另一方面，卡迪珍娜留下了夏克蒂平安无事的口信。归来的胡索得知后欣喜若狂。

胡索发现了存有夏克蒂等人影像的哈罗，决心去救她。然而，哥德瓦尔德在此刻出现。胡索凭借才能击退了如战场严酷化身般袭来的哥德瓦尔德。面对一旦成为敌我双方就必须厮杀的残酷现实，胡索只能哭泣。

玛蒂尔达突发急病。情况不容乐观，一行人决定潜入桑斯卡尔本国。历经危机成功潜入桑斯卡尔首都的胡索，目睹了军国主义国家的实态。得知玛蒂尔达无恙后，胡索偶然与苏西重逢。

胡索等人得知夏克蒂是玛丽亚的女儿后惊愕不已。与此同时，利加·米利迪亚为拯救败走的联邦军，对桑斯卡尔本国展开空袭。胡索趁乱与夏克蒂重逢，劝她留在母亲身边，随后自己脱身离去。

脱离桑斯卡尔领内的利·卡兹Jr.，被返航中的兹刚舰队挡住了去路，但在胡索等人的活跃表现下成功逃脱。然而，掉队的菲什·博恩，除了潜入桑斯卡尔、劫持迎接入港舰队的女王玛丽亚作为人质之外，已无其他活路。

胡索试图劫持女王玛丽亚以图脱逃但失败了。被敌人抓住的胡索等人险些被处决，在千钧一发之际获救。对乘上V高达的胡索展开毫不留情攻击的MS力克·夏柯。其驾驶舱中，是已成为胡索敌人的卡迪珍娜的身影。

为歼灭兹刚舰队，正在进行大型加农炮发射准备时，顺子发现了安装好的炸弹。试图拆除时，她在闪光中消失了。被她保护下来的大型加农炮光束掠过殖民地，将贝斯帕的舰队卷入其中。

利·卡兹Jr.漂流至桑斯卡尔势力下的马其顿，成为俘虏。为了欺骗敌人耳目，举行了奥利法和玛贝特的结婚仪式。当夜，摩托拉特舰队与马其顿发生纠纷，利加·米利迪亚的同伴们趁乱脱逃。

成为俘虏的胡索未中敌人的怀柔之计，伺机逃脱。然而，先前战斗中受损的核心战机发生了空气泄漏。再加上卡迪珍娜等人的追击，胡索陷入危机。但新型MS V2高达在千钧一发之际送达，击退卡迪珍娜等人，开辟了退路。

利·卡兹Jr.被迫在月面紧急着陆。抵达月面都市圣·约瑟夫的胡索等人，救助了正被桑斯卡尔秘密警察追赶的胡索母亲缪拉。久违的母子重逢让奥德罗等人离席。胡索在母亲怀中，讲述了至今为止的经历。

摩托拉特舰队准备入侵地球的情报震动了利加·米利迪亚。夏克蒂为了说服叔父克罗诺克停止地球入侵，前往贝斯帕基地却被捕获。另一方面，为了阻止不顾攻击继续前进的摩托拉特舰，奥利法实施了特攻。

摩托拉特舰队的旗舰阿德拉斯泰亚正在修理。利·卡兹Jr.发动了奇袭。另一方面，克罗诺克为了彻底断绝追击，派出了以布洛克驾驶的新型MA多格拉为中心的部队出击。胡索因多格拉超乎常理的战斗而苦战。

试图降下地球的摩托拉特舰队。胡索虽在意卡迪珍娜的机体，但还是成功返回地球，停靠在人工海洋都市安达霍克。然而，这座城市玛丽亚主义者众多，夏克蒂被绑架了。加之遭受贝斯帕攻击，胡索等人被迫进行海中战斗。

在坦皮科登陆的摩托拉特舰队，开始实施践踏逃亡人群的“地球清洁作战”。胡索对高举玛丽亚主义、将其残暴行为正当化的卡迪珍娜爆发出激烈的怒火。为救母亲和夏克蒂，他试图让MS的核融合引擎爆炸，但未能成功。

摩托拉特舰队将坦皮科市化为瓦砾。另一方面，利·卡兹Jr.故意让俘虏逃脱，以潜入敌舰救出人质的作战正在进行。作战一度看似成功，却被包围。缪拉主动被敌人抓住，让孩子们得以逃脱。

克罗诺克为了在地球联邦政府签订停战协定前击沉利·卡兹Jr.，批准了皮皮尼登提出的人质盾牌作战。胡索为救母亲而出击，但因敌人的失误导致缪拉战死。同时停战协定缔结，胡索发出绝叫。

因停战协定获得休假的胡索等人前往海边。另一方面，伊库的舰队无视停战协定独自行动并发起攻击。对死亡现实感到惊慌的玛蒂尔达等人，看着持续防御作战的胡索，领悟到他们战斗是为了创造能安稳生活的环境。

想引起艾莉夏注意的奥德罗，带她进行侦察飞行。然而，他们遭遇了伦达·德·帕罗马的部队。奥德罗无法有效反击，逃进了搁浅的油轮残骸中。得到胡索援护的奥德罗转而反击，击倒了伊库的摩托拉特舰。

胡索等人前往怀念的故乡。窥视着他们情况的贝斯帕成员马奇斯攻击了白色方舟。注意到战斗的胡索，一边对变强的自己感到不知所措，一边展开了V2的光之翼，将敌人全灭。他将垂死的马奇斯等人与曾经的自己重叠，为他们修建了坟墓。

时隔许久在卡萨雷利亚过夜的胡索等人，听到了神秘的铃音。天亮后，胡索与马奇斯的家人相遇，深受冲击。另一方面，拉盖恩基地遭到了来自高空的炮击。面对迫近的战斗，胡索等人再次告别卡萨雷利亚，前往宇宙。

再次进入宇宙的胡索等人，击退了狙击拉盖恩基地的法拉的扎尼扎克。在地球联邦军宇宙舰队旗舰圣女贞德号上，胡索与寻找已久的父亲杭格尔格重逢，却得知父亲就是真正的金·贾汉纳姆而感到困惑。

利加·米利迪亚与地球联邦军的联合舰队一度逼退了贝斯帕的皮皮尼登舰队。在混战中，胡索被执着于将他变为自己“理想孩子”的露佩猛烈攻击并感到困惑，但最终将其击破。露佩拖着那个 clinging to power 的愚蠢男人皮皮尼登，一同消失在爆炸中。

看着制定作战计划的杭格尔格，胡索感到父亲如同陌生人。另一方面，法拉仿佛在戏弄胡索，她跳出驾驶舱，嘲笑他无法对肉身扣下扳机。拯救了被逼入绝境的胡索的，是一直注视着他的杭格尔格所准备的援军。

白色方舟被桑斯卡尔近卫师团的奇斯哈尔发现，因此将他俘虏后脱逃。卡琳卡以为奇斯哈尔已死，执着地攻击他。两人本相爱却因误解未能和解，最终同归于尽。目睹这幕悲剧的夏克蒂，坚定了要结束战争的决心。

天使之环中，玛丽亚进入祈祷室，环状精神感应器的试运转开始。胡索因其过于敏锐的感觉，受到投射出的玛丽亚思念影响，逐渐被拖入白日梦中。然而，在夏克蒂的歌声中，他恢复了神智。

趁联合舰队进攻之机潜入天使之环的塔希罗，向卡加其举起了反旗。玛丽亚因塔希罗所述说的真相而动摇。克罗诺克对停止活动的天使之环产生怀疑。塔希罗掳走了玛丽亚，夏克蒂被代替她站到了祈祷室中。

地球上开始出现天使之环的影响之时，胡索正遭受法拉猛攻。感受到胡索的危机，玛贝特介入其中。法拉在玛贝特体内看到了另一个生命，并对这种感觉感到恐惧。胡索趁此机会击破了法拉。

圣·贞德舰队将塔希罗舰队逼入绝境。胡索逼近塔希罗的舰船。高喊应打倒敌人的玛丽亚被塔希罗的凶弹射穿，胡索在愤怒中破坏了舰桥。胡索感受到玛丽亚逐渐消逝的心，连她的遗体一同将塔希罗的舰船击沉。

在同伴们的帮助下，胡索向天使之环深处前进，却遭到卡迪珍娜驾驶的MS哥特拉坦和妮妮卡队的阻拦。胡索虽因陷阱而心乱，但仍如同与自己的初恋诀别般战斗，向中心部进发。在那里等待他的是挥舞着扭曲信念的卡加其。

为了阻止天使之环暴走，夏克蒂再次在祈祷室中祈祷。卡迪珍娜为了维持自我，任凭憎恨驱使力量。受伤的利·卡兹Jr.上的老人们，将未来托付给年轻人后发动了特攻；修拉克队为保护胡索而战至最后一刻。

胡索与克罗诺克和卡迪珍娜展开最后的决战。他虽击破了克罗诺克，却被卡迪珍娜欺骗并刺伤。在朦胧的意识中，他被已逝的同伴们引导，最终击败了卡迪珍娜。时光流逝，在冬季的卡萨雷利亚，出现了失去一切、只想忘却过去的卡迪珍娜的身影。