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在首都高速公路发生了大规模火灾，当消防人员正忙著灭火时，配备著侦测器的防卫省特种部队突然现身。这支部队是专门处理恶灵所引发的灾害，他们使用特殊武器将恶灵一个个消灭，火灾原本已渐渐受到控制，但是…。

除了防卫省超自然灾害对策本部之外，环境省超自然灾害对策室的成员也出动了，然而他们却对被归类为等级B恶灵的「火车」束手无策。最後，驱魔师“土宫神乐”挥刀将“火车”斩成两半，本来以为事情就此解决，没想到却发生了最惨烈的事态…。

三年前，两名少女曾有过堪称为命运的重要邂逅。这场邂逅，对日後的世界带来了巨大的变革。当时还是国中生的谏山黄泉与小学生的土宫神乐，两人虽然都出生於严谨的退魔师家族，但彼此的感情却相当要好…。

超自然灾害对策室每天的任务就是驱除恶灵，黄泉与对策室的成员们今天也依旧忙著驱除跋扈横行於世间的恶灵。但是，唯有神乐仍被认为无法独当一面，无法前往前线执勤，尽管神乐满怀斗志亟欲有一番表现…。

黄泉从养父谏山奈落的口中得知，自己将与饭纲纪之结婚。虽然表面上这是一桩由双方家长促成的姻亲，但黄泉内心却似乎很开心，也感到非常兴奋。虽然她试著让自己打扮得更像个女生，没想到却产生反效果…。

黄泉与神乐在对付恶灵“山彦”时犯下了错误，遭到一向把黄泉当成亲妹妹看待的谏山冥责备。冥的这番严厉斥责让神乐感到颇为沮丧，神乐的阿千跟美红这两个同学阿千跟美红也因此很担心她。在同学们的鼓舞下，神乐总算是恢复了精神，没想到此时却有更严苛的考验等待著她！

神乐顺利击退等级D的恶灵，但因为对方是她本来最喜欢的保健室老师，因此让她产生後悔与苛责，她也开始对自己是否有能力继续担任退魔师产生疑问…。虽然神乐陷入自我厌恶，但是她的同班同学阿千与美红仍不断给予她鼓励。

“谏山冥”因为杀生石而化为恶灵，她同时也唤醒了等级B等多数的恶灵。就在此时，东北地区出现等级B的恶灵“火车”。超自然灾害对策室成员随即出动，黄泉也急忙赶往现场。没想到在当地等待著他们的，竟然是操控著乱红莲的谏山冥！

黄泉身负濒死的重伤後，虽然总算是恢复意识，但她的伤势却是严重到完全无法起身，甚至连声音都发不出来…。即使如此，神乐仍努力地在一旁照顾黄泉。某天，神乐说出了她的真心话。如果两人真的只是一对平凡的姊妹…。

黄泉失踪了。此时，一群恶灵成群结队地出现在银座的中心地带，超自然灾害对策室的成员也四处忙於驱魔。没想到，失踪的黄泉居然也现身在这些恶灵之中，这也让对策室的成员们感到不知所措。

黄泉化为恶灵，并与神乐的父亲“雅乐”展开对决！黄泉虽让“雅乐”受到濒死重伤，但自己也因为与“杀生石”无法顺利融合而呈现不稳定状态，意识也产生混浊。原本意识模糊的黄泉，突然又恢复了神智，此时她做出的行为是！？

黄泉前往富士的树海，神乐也跟随而来。神乐利用与「杀生石」的共鸣，成尼铖黺屿u的下落。但是，那却是一场极度悲伤的重逢。神乐与化为恶灵的黄泉对峙，但是…。