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公元1600年，作州的武藏（木村拓哉饰）和又八（中山裕介饰）去关原参战，但两人所属的西军大败。幸存的两人逃出战场，又八决定抛弃母亲阿杉（倍赏美津子饰）和未婚妻阿通（真木阳子饰），与阿甲（高冈早纪饰）母女住在关原附近。武藏为了将又八的消息告知阿杉，甘愿冒着被当成残兵追杀的危险，逃回宫本村。虽然见到了阿通，但也被抓了…… 在西洞院西十字路口，有个京都人皆知的剑术名门吉冈流，当家是吉冈清十郎（松田翔太饰）。吉冈流因曾任足利家剑术师父，在足利将军时代被誉为天下第一。武藏到道场踢馆，弟子们没人能与其抗衡。吉冈清十郎答应一个月后的戌时，在三十三间堂和宫本武藏一较高下……

宫本武藏（木村拓哉饰）为了出人头地，向剑豪吉冈清十郎（松田翔太饰）挑战。之前先造访枪术高人宝藏院的日观，又听从日观的建议，向最强剑术家柳生石舟斋讨教，得到「要去听原本听不见的声音」的建议。到了约定当天，宫本武藏在三十三间堂迎战吉冈清十郎，并杀了清十郎及其弟弟传七郎。吉冈一门愤慨前来寻仇……虽然武藏从此声名大噪，但当武藏得知只要德川之世延续，曾在关原参加西军落败的他，便永远都是叛军，而大受打击……因为垂松一战深受良心苛责，武藏弃剑隐居山野小屋，夜夜雕刻佛像。佐佐木小次郎（泽村一树饰）找到宫本武藏，希望武藏能与自己一战。刚好此时发生山贼大举袭击山村，武藏最后还是拔剑与小次郎共同击退盗贼。武藏决定前往岩流岛，与佐佐木小次郎比武，决定谁才是天下无双……