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在行星Zi，被称为战士的索斯兽骑手们展开着名为“索斯兽战斗”的竞技。一边经营废品店一边继续旅行的比特·克劳德，偶然间误入了索斯兽战斗的战场。

莉侬等人对能操纵谁都驾驭不了的零式长牙狮的比特感到惊讶。闪电队的下一个对手是弗鲁格尔队。虽然他们一直进行个人战，但最近也通过招募无名战士来参加团队战。

冠军队的队长哈里·冠军出现在闪电队面前。爱上莉侬的哈里误会了比特和莉侬的关系，嫉妒起比特。看比特不顺眼的莉侬煽动着哈里的嫉妒心……。

索斯兽战斗中突然出现自称“暗流团”的神秘入侵者，战场被他们占领。暗流团的首领波尔塔向托罗斯博士提出与闪电队比赛的请求。

哈里与前来助战的战士杰克·西斯科组队。目的是打败他误认为是情敌的比特。他再次向闪电队提出比赛申请，当天，杰克将剩下的两机变成了加农炮龟……。

莉侬正在战斗的战场上突然出现了暗流团的巨象。莉侬的爱机重装野牛被弄得破破烂烂，比赛也被判无效。重赛中杰米驾驶翼龙出击……。

为了莉侬前去领取狙击枪的比特等人，在购物的小镇上偶然遇到娜奥米。此时，操控连警察都棘手的狂鲨的暴走族沙尘刺尾鱼出现，但被比特他们打倒……。

零式长牙狮·修奈达终于完成，但在关键时刻系统冻结，比特对修奈达大发雷霆。此时，一直输给闪电队的老虎队成员出现了。

输给暗流团、索斯兽被夺走的哈里向家里寻求支援，结果姐姐玛丽带着重装野牛来到了他身边。但她的目的是让哈里放弃索斯兽战斗、继承家业。

晋升为A级的闪电队。然而他们的战术杂乱无章，能赢本身就是一个谜。闪电队的下一个对手是群狼队。杰米立刻开始制定战术……。

一路连胜的闪电队接到战斗联盟要求参加联合测试的通知。这是为了保持战斗公平性而公开各队战力数据的测试。联合测试当天，比特拼命飞奔……。

零式被新型索斯兽魔蝙蝠夺走的比特乘上杰米的翼龙追赶，却被击落。零式长牙狮被鲸王收容。托罗斯博士追踪鲸王的行踪，但也徒劳无功。

比特对暗流团的怒火无法平息。此时，索斯兽战斗联盟提出，如果要讨伐暗流团，他们将不吝协助。托罗斯博士为了这场战斗，入手了风暴秃鹰。

有传言说13号星期五锯刀男会出现。据说他专挑装载了强化零件的改造狂下手，将他们的索斯兽切碎。对此一笑了之的莉侬，在出门上街时遇到了锯刀男的受害者……。

拉昂博士为了向托罗斯博士复仇，绑架了莉侬。拉昂、托罗斯以及杰米的父亲奥斯卡是索斯兽学院时代的同级生兼好友。年轻的拉昂曾爱慕过莉侬的母亲……。

在与暗流团的战斗中，娜奥米被一架红色剑狮从绝境中救出。“要不要和我组队？”——向她搭话的战士正是原闪电队队长雷昂。

被暗流团招募为成员的拉昂博士再次向托罗斯博士提出战斗挑战。托罗斯得知地点是观光地后，抱着旅行的心情接受了提议，但比特在那里与暗流团的皮亚斯重逢。

最近的本杰明在战斗中总是心不在焉，还远远地眺望其他战斗，感觉有点奇怪。看来本杰明似乎是爱上了裁判员。感到无语的哈里叱责他要专心战斗……。

暗流团的史黛拉驾驶着鲸王逃脱。来找比特的史黛拉正式宣布“退出暗流团”并提出索斯兽战斗的请求。史黛拉提出的战斗模式是0992……。

巴拉德为了寻找幻之索斯兽而出走后便下落不明。到了索斯兽战斗的时间也没有出现，杰米代替他出场战斗。此时，巴拉德被暗流团的拉昂博士囚禁。

哈里追着莉侬跑却总是被甩。思念愈发强烈，甚至把莉侬的零件订购单误认为是情书。另一边，开发了新·战栗之牙的拉昂博士向托罗斯博士提出战斗挑战。

被暗流团七人委员会命令发掘“幻之索斯兽 究极X”的阿鲁泰尔开始进行地下发掘。此时闪电队来此度假，比特向神秘少年搭话。

阿鲁泰尔发掘出究极X——狂暴狂雷，并指名神秘少年贝伽为驾驶员。另一边，来到维修中心的比特等人前往中心内的游乐园玩耍。

四年一度的盛典——皇家杯即将举办。作为A级最大的选拔赛，闪电队斗志昂扬。此时，暗流团正策划着夺取皇家杯的作战。

暗流团的战斗干扰开始了，索斯兽战斗联盟陷入混乱。另一方面，阿鲁泰尔为了阻止萨拉的暴走，将狂暴索斯龙交给了休马队。此时，贝伽出现在战斗中的莉侬等人面前。

承受着三台狂暴索斯龙荷电粒子炮的轰击却纹丝不动的狂暴狂雷。击败了雷昂、获得第五个关键词的比特向着终点前进。此时，贝伽被狂暴狂雷引导着……。