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克罗斯瓦德是一位资产家居住在一座孤岛上的城堡里，他罹患一种会重复摄取并排出大量水分的怪病。想要解开这个怪病之谜的黑杰克，最后发现这座岛上并不是只有克罗斯瓦德受到这种怪病的侵袭...。

黑杰克在雪夜里邂逅里枝，二个月次后再次相遇。在这短短的时间内，里枝就因为车祸意外和自杀而失去了二位友人。里枝害怕失去自己的第三位友人，所以她恳求黑杰克拯救她的另一位朋友。

阿尔提卡共和国的将军因为涉嫌贩卖毒品的嫌疑而被联合连邦逮捕。被属下给救回来的将军已经是癌症末期。为了让将军活着返回故国，他的女儿玛莉亚找上黑杰克请求协助。

第一次参加电影演出的女演员蜜雪儿，在她初次的萤幕大作即将完成之前罹患原因不明的厌食症。黑杰克受到委托前去帮她治疗，但在以安乐死的天才闻名的奇利柯医生却出现在黑杰克的面前...。

正在欧洲旅行的黑杰克和皮诺可，遇到一位受到战争的幻像和神秘出血所苦的年轻人。黑杰克在他的身上发现天才般的外科手术痕迹，为了和那执刀医生见一面，他开始去探寻根源。

黑杰克收到二年前所寄出的将近三百八十万日圆的委托金，于是黑杰克和皮诺克前去造访病人所在之处，但在雪中等待着他们的却是受到病魔给侵扰的美丽的公主和侍奉在她身边的镰仓时代武将...。

黑杰克在一个内战中的国家成功的为一名少女完成心脏手术。史丹菲尔德教授为了少女的术后疗养将她接到纽约并且非常感谢黑杰克天才般的技术，为了感谢黑杰克的教授召开会议打算给他国际医生执照...。

黑杰克前去为一名英国少年治病，这位少年罹患一种身体会长出植物的芽的奇病。同一时间少年的双亲所居住的南美小村庄，有一名老人正为了守护一棵即将因为道路开发而被砍掉的巨树而奋斗。

黑杰克受到委托前去治疗某个大财团的总裁，结果惊讶的发现病患的腹部竟然有一个长像近似人脸的肿瘤。但是那天晚上病患失踪。同一时间，在大街上有一名女子将路过的男人引诱到饭店里用刀子将其给杀害。

黑杰克受到邀请要他前去三月市担任公害病“三月病”救援委员会的主治医生。他在那里遇见一名少女，少女因为没有户籍而无法被认定为受害者。黑杰克在为她治疗的期间，他的内心产生一种近乎恋爱的情感...。

皮诺可原因不明的病变发作，同时又有人委托黑杰克进行困难的手术，而那病患的名字让黑杰克回想起过去的某个重要的“回忆”。这次的内容是以古都为舞台，与皮诺可的出身之谜有关的悲哀故事。

黑杰克被一个神秘组织给带到名叫“安辽国”的军事独裁的国家，神秘组织要求黑杰克为治疗该国的国家主席。但那位重要的人物对麻醉有重度的过敏，最严重的话会引起过敏性休克。在内战动乱的国情中黑杰克与负责护卫他的神秘美女一起被卷入战乱的旋涡，更是从安辽国国内的背后中发现有着不可告人的秘密与那位女子的悲伤与憎恨交接的复仇过去...。