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贝克与 Tron 的训练被识别者巡逻队抓获并被送往体育馆参加比赛而中断。在那里，贝克遇到了一位囚犯卡特勒，他是一个凶猛的战士计划，受到叛逆者行为的启发。贝克和卡特勒因对自由的共同热情而充满活力，他们从致命的光盘游戏中杀出一条血路。与此同时，泽德和玛拉前往镇上过夜，但当被施了魔法的泽德被来自轨道错误一侧的程序 Perl（凯特·玛拉配音）引诱时遇到了麻烦。

当玛拉与泽德合作取回酋长的稀有自行车时，贝克必须想办法让他的朋友摆脱死刑，并让抵抗运动重新开始招募。

当克鲁的部队开始在阿贡市附近进行能源开采行动时，它产生了导致整个城市停电的副作用。贝克和特隆得知此事并决定在采矿站放置一枚炸弹，但一场种族即将冲破隧道，隧道将被火焰吞没。贝克能及时拯救所有人吗？

贝克的身份光盘被盗后，他的记忆支离破碎;他和特隆必须在他的另一个自我被揭露之前找到它。

贝克和佩奇一起被困在一个正在分崩离析的岛屿上，但他们仍在继续战斗。佩奇的背景故事有几部分被填补。

贝克拦截了一种秘密武器，可以让任何佩戴它的程序增加力量和敏捷性，但它也使程序更具侵略性和鲁莽性。

占领逮捕了一个被诬告为叛徒的无辜程序。

Tron 在占领前的历史被揭露。与此同时，贝克试图说服 Tron 停止他对一个名为 Dyson 的程序的报复计划，该程序曾经是他的朋友。

贝克能否阻止创谋杀戴森报仇？

叛逆者受到特斯勒的摊牌挑战，但贝克被艾布尔停在车库里。这种情况迫使贝克在对艾伯的责任和作为叛徒的责任之间做出选择。

玛拉试图在艾伯不在的时候负责车库，证明自己的领导能力。

贝克落入陷阱，发现了一个令人震惊的秘密;艾布尔揭露了制造超级武器的阴谋。

叛徒招募了三名无所畏惧的支持者，他们通过在网格上标记“Tron Lives”的信息来表达他们对革命的承诺。在邀请他们加入抵抗运动后，他发现其中一人是他最好的朋友玛拉，并且必须说服他们标记不是正确的道路，并制定一个针对特斯勒飞船的新计划。

特斯勒使用科学家凯勒的精神控制剂，最初旨在解放程序，建立他的军队。当玛拉成为支持占领的受害者并转而反对叛徒时，泽德和叛徒必须结成一个不安的联盟来帮助营救她。

贝克试图在佩奇和占领军找到她之前营救一名逃跑的政府科学家;佩奇和贝克成为同一列失控火车上的乘客，贝克必须在不透露身份的情况下拯救火车上的无辜程序。

贝克同意与佩奇约会，但当佩奇被帕维尔背叛并被扔进奥运会时，他们的夜晚被缩短了。贝克认为他最终可以通过以叛逆者的身份拯救佩奇来赢得她的佩奇的支持。

当“陌生人”返回阿氩城密谋报复贝克和特隆时，贝克被迫在拯救特隆或他的朋友之间做出选择。

Tron 告诉 Beck，他快要死了，阻止他生病的唯一方法就是使用占领军的新超级识别器。