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平治之乱后，源氏惨败，源义朝身亡。爱妾常盘抱着幼子牛若丸和他的兄弟逃离京都，得知自己的母亲落入平家之手。为了保全亲人的性命，她毅然向平清盛自首，愿以自己换取母亲和孩子获救。

七岁的牛若丸一直以为清盛是自己的父亲。清盛长子重盛担心他作为源氏遗孤留下祸患，要求加以处置。清盛却向牛若谈起建设理想之都福原的梦想；时子则得知丈夫与常盘仍有来往，且常盘再次怀孕。

牛若丸不再获准进入平家，转而与京都的孤儿相处。重盛忧虑源氏旧部会围绕他重新聚集，清盛也要求常盘作出决定。常盘忍痛将儿子送往鞍马寺，牛若改名遮那王开始修行，却仍时时想念母亲。

在鞍马寺长大的遮那王仍难以接受自己出身源氏的事实，进京寻访告知身世的新宫十郎，却发现对方已经失踪。他为了排除迷惘，投身鬼一法眼门下研习兵法。与此同时，弁庆因蒙冤离寺，在京都掀起夺刀风波。

遮那王在五条大桥遇见四处夺刀的弁庆，遭误认为平家人而受到袭击，却凭鞍马寺练就的武艺轻松取胜。清盛则准备让女儿德子入宫，平家妇女暗中奔走，源氏的传家宝刀也引起新的疑云。

平家对遮那王的压力逐渐波及鞍马寺，盛国催促寺方尽快使其正式出家。商人吉次担心他的安危，劝他前往祖先故地奥州。与此同时，被流放伊豆的异母兄长赖朝，在北条时政的监视下生活，并邂逅其女政子。

遮那王追随清盛的足迹来到福原，亲眼看到清盛描绘过的海港与理想之都，却也意识到自己与平家之间无法跨越的隔阂。伊豆方面，政子暗恋赖朝，北条时政得知后大为震惊。

遮那王筹备前往奥州，清盛与重盛却因平家政治路线发生分歧。源赖朝与北条政子亲近的消息传至京都，宗盛担忧源氏复兴，再度要求处置遮那王。离京前，他托人向清盛表达最后一见的愿望。

遮那王带着喜三太踏上奥州之旅，途中遭山贼袭击，幸得弁庆相救。之后他在尾张得知此地是父亲源义朝的终焉之所，决心元服，正式取名源九郎义经，并与随从乘船继续北上。

义经一行抵达奥州平泉，受到藤原秀衡款待，却在宴席上睡着，引起秀衡长子泰衡反感。秀衡没有立刻下逐客令，随后逐渐看清义经对自己的敬重与吸引众人的天赋，对这位年轻武士产生好感。

藤原泰衡失踪，义经发现他负伤困在悬崖边，冒险将其救回。秀衡感激义经，亲自赠刀。义经的勇气因此广为流传，甚至有人上门提亲；他拒绝后，又传出与青梅竹马的旧友关系非同寻常的流言。

义经旅途中偶遇堂兄木曾义仲与女武将巴御前，得知对方身份后兴奋不已。京都盗匪频繁、火灾不断，民众对平家的不满日益加深。清盛最倚重的儿子重盛病逝，更令平家盛世出现衰败迹象。

重盛死后，平家横暴更甚。源氏武将仲纲遭宗盛羞辱，其父源赖政不堪屈辱，决定拥立以仁王，号召赖朝、义仲等各地源氏起兵讨平。叔父行家也作为使者来到奥州，向义经传达檄文。

源赖政举兵失败，在宇治平等院自尽。清盛强行迁都福原，却受到战死者亡灵的困扰。东国源赖朝正式举兵，义经闻讯决心离开奥州、投奔兄长，向藤原秀衡表明自己的志向。

义经离开平泉，与举兵反平家的兄长赖朝终于相见，却被安排监视敌军。夜间平家误把水鸟拍翅声当成源军来袭，慌忙弃营逃走。义经进入空营，发现受伤的静御前。

京都盗匪横行，平清盛终于听从家臣劝告，决定从福原迁回京都。镰仓则因赖朝与龟前的私情闹得不可开交，政子愤然烧毁情敌住处。义经送别龟前后，对静坦言希望她留在自己身边。

静决定留在镰仓与义经相守，弁庆却仍一心劝她回京都，被同伴责怪不懂男女之情。一次落水后，弁庆被渔家姑娘千鸟救起，却因意外看见她赤身而害羞逃走。政子则提出要替义经安排婚事。

义经虽在赖朝的居所附近获赐住宅，却迟迟得不到重要任务，家臣们为他抱不平。京都传来平清盛突发重病的消息，平家众人尽力照料也无法退热。义经得知清盛病危，心情复杂，却努力以源氏一员的身份保持镇定。

义经与另一位兄长范赖相识，为亲人重逢而欣喜。赖朝向家臣阐述建立武家新政权的构想，要求吸取平家衰败的教训。另一方面，奉清盛遗命讨伐源氏的平家大军，在尾张击败了源行家的部队。

赖朝为巩固东国统治出兵北关东，又以木曾义仲收留行家为由准备进攻。双方议和时，他要求义仲把儿子义高送往镰仓作人质。义经始终未获准参战，弁庆对此十分不满。

酒宴上，良乡主张杀掉木曾义仲送往镰仓的人质义高，激怒赖朝。梶原景时奉命处置良乡，将其斩首。义经不能接受兄长只重政治理性、不顾人情的做法，兄弟之间开始出现分歧。

平家在木曾义仲的攻势下节节败退，京都治安日益混乱。义经散布镰仓大军将至的消息，希望迫使义仲撤退，以免源氏自相残杀。但义仲反而抢先率军进入京都，局势走向失控。

义经与八年未见的旧友重逢，得知平家已逃离京都。他关注义仲追击平家的动向。后白河法皇见平家失势，转而藏身比叡山；不久，木曾义仲终于率军进入京都。

木曾义仲入京后因粮草短缺，部下四处掠夺，京都民怨沸腾。平家则招募新军，等待反击时机。后白河法皇失去对义仲的信任，暗中联络赖朝。义经将京都局势报告兄长，等待讨伐命令。

义经与范赖分兵进攻京都，击败木曾义仲的军队，并救出遭到幽禁的后白河法皇。义仲在源军夹击中败亡。初次率军便立下大功的义经名扬京都，以源氏大将身份凯旋，与故人重逢。

木曾义仲战败后，朝廷准备公开展示他的首级，义经对此心有不忍。后白河法皇与丹后局将义经召入宫中，试探他的态度。与此同时，义经决定让静御前和她的母亲矶禅师留在身边。

平家在一之谷集结十万大军，义经与范赖分兵进击。知盛预判源军行踪，派兵前往三草山，义经察觉敌情后先行侦察，决定以分散平家兵力的战术寻找突破口。

源氏在一之谷大败平家，但三神器仍掌握在平家手中。义经打算用俘虏平重衡换回神器，却遭平家拒绝。赖朝又命令将重衡押送镰仓，兄弟之间对战后处置的想法逐渐分歧。

义经在一之谷立下战功，朝廷希望给予封赏，赖朝却保持沉默。后白河法皇自行任命义经为检非违使左卫门少尉，引发镰仓方面警惕。此时义经的母亲常盘病倒，他又面临亲情与忠诚的考验。

任检非违使的义经为京都盗匪横行而苦恼，朱雀翁召集盗贼，安排他们弃恶从军，使治安明显改善。法皇有意再度提拔义经，义经向赖朝请示，却因赖朝疑心朝廷的意图而迟迟得不到回复。

义经离开京都，率军来到屋岛对岸。义经不愿等待友军水师抵达，决定寻找迅速渡海奇袭的方法。梶原景时认为兵力不足、风险过大，与义经发生争执。

兵力悬殊的义经抵达屋岛后，以烟幕配合奇袭迫使平家撤往海上。时子在船上竖起绘有太阳的扇子挑衅源军，义经命弓箭高手那须与一射落扇面，留下著名的屋岛一幕。

义经准备继续向平家所在的长门进军，先派弁庆前往熊野水军谈判，希望争取熊野别当湛增的支持。义经又故意放慢行军，让士兵逐渐适应船上生活，为下一场海战做好准备。

义经向长门进军，惦记着被平家包围的兄长范赖，写信询问战况。随后他听闻身在平家一方的妹妹能子近况，担心她被卷入最后决战，便暗中送出一封信。

元历二年三月，源平两军在坛之浦展开决战。义经企图夺取安德天皇所在的唐船，却发现船中是敌兵。战局一度因潮流不利而危急，义经为夺回优势下令攻击平家船上的水手。

坛之浦之战结束，平家覆亡。义经回想与已故清盛相处的日子，以及一路以来源平两家的厮杀。虽然取得胜利，他却难掩空虚和不祥预感，当夜与俘虏宗盛等人相见。

赖朝准备惩处未经许可接受后白河法皇官职的武士，对义经尤其警惕。义经把从坛之浦夺回的神玺和神镜交还朝廷，原本想把神器作为政治筹码的赖朝勃然大怒，命梶原景时等人远离义经。

义经得知赖朝不再信任自己，心中苦闷。叔父行家劝他反抗赖朝，义经为避免源氏内讧而拒绝。与此同时，镰仓的大姬突然说想见义经，政子开始谋划让两人相见。

义经被挡在镰仓城外，只能滞留腰越。千鸟奉政子之命前来，想带他去见因义高之死而心病未愈的大姬。义经担心违逆赖朝，拒绝前往，连弁庆也对他的固执提出异议。

义经将写给赖朝的申诉书交给大江广元，希望陈明忠心。广元转而与政子商议，政子不愿兄弟相见，只在商议处置义经时才提起书信。赖朝当众表示不会阅读，义经的诉求再度落空。

义经遭赖朝拒绝进入镰仓，苦苦思索兄长的真实意图。赖朝也担心自己的处置会激起义经反抗，于是下令处决平家俘虏宗盛与清宗，将这道残酷命令交给义经执行。

义经遵令让佐藤忠信处斩宗盛，随后对静表示自己将走上与赖朝不同的道路。弁庆又带来消息：义经任命的代官全被镰仓罢免，军粮遭到没收，兄弟关系进一步恶化。

后白河法皇赐给义经的伊予领地又被赖朝收回。赖朝派刺客潜入京都，伺机除掉义经。弁庆听说相识的僧人土佐坊昌俊入京，前往堀川馆探查，一场夜袭的阴谋逐渐浮现。

为避免与赖朝正面交战，义经决定离开京都，法皇命他与行家前往西国。船队在暴风雨中翻覆，一行人被冲散。义经与静、弁庆侥幸脱险，却得知朝廷已经颁下追讨自己的命令。

义经与静分离，带着残存的随从躲避赖朝追兵。静在返回京都途中被捕。被赖朝削弱权力的后白河法皇打算利用义经牵制镰仓，暗中发出协助他逃亡的书信。

义经得知被俘的静将被送往镰仓，打算半途救人，却被静的母亲矶禅师劝阻。两天后他仍决定前去，终于意识到敌人想利用静诱使自己现身，面临情义与生存的艰难抉择。

义经等人逃往奥州，必须穿过加贺的安宅关。赖朝下令在义经投奔藤原秀衡前将其捉拿。义经一行伪装成山伏试图通关，却被守关的富樫泰家看出破绽，遭到盘问。

义经等人终于抵达平泉，受到藤原秀衡热情接待。他获悉静生下男婴后，孩子却已被赖朝杀害，悲痛不已。赖朝得知义经藏身奥州，向秀衡施压，要求交出义经。

赖朝准备进攻奥州，致信藤原泰衡：只要交出义经，便可避免战争。义经希望泰衡与自己联手抵抗，泰衡却犹豫不决，最终迫于镰仓威胁，决定讨伐义经。义经与弁庆等家臣迎来最后一战。