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经常做飞翔梦的古森太郎，将梦的内容记录在小型录音机里。某夜，他梦见了一位与飞翔中的自己对视的少女。太郎惊醒：“那孩子是在看我……？”次日，中嶋匡幸转学到太郎就读的水天町立中学。匡幸对太郎和几乎不上学的大神信的关系产生了兴趣[citation:1]。

中嶋匡幸通过网络收集的资料，了解了十一年前水天町发生的幼童姐弟诱拐事件概要。同时，他也知道在同一时期，信的父亲——大神礼拜会副代表大神英夫用利器刺伤自己眼睛并割颈身亡。另一方面，古森太郎梦见了诱拐事件发生当天的情景。太郎开始确认梦中见到的是现实。

中嶋匡幸邀请古森太郎和大神信，前往位于水坝底部废弃村落、现已成废墟的龟岩肺病院。那里是十一年前诱拐事件中太郎姐姐瑞香的遗体被发现的地方，也是传说进入地下室就会死亡的场所。太郎感到此地仍被不祥瘴气笼罩。

探索龟岩肺病院的古森太郎三人，目标是十一年前太郎被监禁的房间。找到姐姐瑞香曾被绑的病房后，古森太郎在空床上看到了瑞香的身影。因过度“恐惧”陷入换气过度，信和匡幸也被传染。三人逃出医院。

在龟岩肺病院首次体验灵魂出窍并看到神灵的古森太郎三人，次日回归日常学校生活。经历灵魂出窍、作为触犯山禁之人被宫司剪去后发的经历，让三人关系更近了。他们各自为父母之事烦恼。某天夜里，灵魂出窍的三人相遇在水天町上空。

灵魂出窍的三人遇到了在龟岩山中看到他们的老人猿田。猿田警告他们“灵魂出窍太久会回不去”。想知道更多关于灵魂出窍和神灵事情的古森太郎，在没有灵魂出窍的状态下前往遇见猿田的地方，但猿田并不在那里。太郎在回家路上失足从龟岩神社的石阶摔落，被在场的驹玖珠孝仁用救护车送往久间田综合医院。

被送往久间田综合医院的古森太郎接受了脑部CT和MRI检查。中嶋匡幸前来探病，与太郎一同听取了脑外科医生凤丽华的说明。另一方面，大神信为了探查父亲自杀的真相，拜访了面临水天町町长选举的矢崎基的选举事务所。

冬天来临。古森酒藏开始了来年酒的酿造。不再做姐姐被带走的梦的古森太郎，时隔许久进入瑞香的房间，并在那里灵魂出窍。在龟岩神社后山发现大神信身影的太郎，目睹了信与宫司驹玖珠孝仁围绕信的父亲发生的争执。信为了探寻父亲死亡的真相，正在拜访与父亲有缘的人。太郎去寻找之前在龟岩山遇到的老人猿田，但那里没有猿田的身影，反而遭遇了神灵。

从同学星野道男那里听说县道边倒闭的柏青哥店有诡异幽灵出没的中嶋匡幸。那里正是十一年前幼童诱拐事件的犯人宿痾八千世被卡车撞死的地方。匡幸和古森太郎怀疑幽灵是宿痾的怨灵。为了证明十一年前的事件与大神信父亲的死无关，并封印宿痾的怨灵，太郎提议灵魂出窍前往那里。

古森太郎等人得知，在幽世可以用精神力量改变容貌，将想象之物实体化。灵魂出窍的信将自己变成狼，在夜晚的水天町奔驰。太郎和匡幸对幽世兴趣大增，拜访了龟岩神社的宫司驹玖珠孝仁，聆听关于幽世与现世关系的讲解。

课上古森太郎灵魂出窍，看到龟岩水坝浮着一具男尸。水天町为此骚动。太郎、大神信、中嶋匡幸和星野道男也前往水坝。赶到的驹玖珠孝仁在那里看到了信的母亲田部早苗的身影。得知信的母亲与此有关联后，四人向驹玖珠追问真相。驹玖珠坦白，三十年前，他曾与信的父亲大神英夫、现任町长矢崎基以及早苗四人一同探访过龟岩肺病院的诅咒之屋。

古森太郎在梦中见到了交织的快乐与悲伤记忆，再次梦见十一年前的事件。在追逐姐姐的过程中，他与黑色的巨人对峙。在复杂交错的记忆里，太郎知晓了幽世与自己脑内的连接，并遇到了自称“斯纳克”的人物。

古森太郎在梦中看到了交织的快乐与悲伤记忆，再次梦见十一年前的事件。在追逐姐姐的过程中，他与黑色的巨人对峙。在复杂交错的记忆里，太郎知晓了幽世与自己脑内的连接，并遇到了自称“斯纳克”的人物。

古森太郎等人调查驹玖珠都所说话语的含义，发现那是《古事记》中一言主神的台词。心理咨询师平田笃司受驹玖珠孝仁之托，试图通过催眠疗法找出都被附身的原因。

大神信前往久间田，目的是从母亲早苗口中问出十一年前的诱拐事件与父亲自杀的关联。在早苗经营的酒馆，信和古森太郎遇到了似乎是早苗保护者的贝原直人。在贝原的带领下，两人前往早苗的住处。信时隔多年质问母亲，但早苗仍拒绝开口。信将手伸向了藏起来的刀……

大神信为了从母亲早苗那里问出父亲自杀与十一年前事件的关联，与古森太郎一同前往久间田。在早苗经营的酒馆，他们遇到了似乎是早苗保护者的贝原直人。信时隔多年质问母亲，但早苗依旧顽固地拒绝回答。手握隐藏的匕首，信……

驹玖珠孝仁担心着女儿都的身体状况。与此同时，都突然人格切换的情况在班级里传开，她开始被人畏惧疏远。古森太郎察觉到自己对都产生好感的缘由并试图告诉她，但对都而言，这却是残酷的。

留在久间田调查父亲自杀真相的大神信，见到了带来口信的瘧师慧。同时，记者铃木诚一拜访了凤丽华，调查十一年前的诱拐事件与更早的儿童失踪案之间的关联。

得知父亲自杀真相的大神信，从燃烧的贝原家救出了试图自杀的母亲早苗。在医院重逢的母子，早苗却失忆了，将信错认为30年前的高中生英夫。同时，在龟岩神社石阶上重伤昏迷的驹玖珠孝仁也被送入同一医院。前往探望的古森太郎看到面容大变的驹玖珠都，深受冲击。

古森太郎对驹玖珠都的异常状态感到自责。水天町各家挂起象征大神礼拜会信徒的御币，势力复兴。太郎的母亲说在院子里看到了本应已故的瑞香，令太郎战栗。同时，大神礼拜会的信徒到访古森酒藏，暗示能见到瑞香。

随着大神礼拜会势力扩张，水天町竖起了众多鸟居。在台风逼近的异样气氛中，驹玖珠都被迫成为新的“大神”。古森太郎等人聚集在龟岩神社，商议拯救都和打破町内异状的对策。

“龙神即将降临”——随着大神礼拜会的新教祖驹玖珠都的话语，世界各地的修行者与萨满齐聚水天町。同时，因记者铃木诚一的举报，媒体蜂拥而至。为了救出都，古森太郎男扮女装，与凤丽华一同潜入大神礼拜会。他虽然成功接触到了都，但……