所有分集

在行星Zi的埃雷米亚沙漠，一个少年扬起沙尘，以惊人速度驾驶气垫板飞驰。少年名叫邦。因偶然事件被沙漠盗贼团追赶的邦，被他们操纵的蝎子型索斯兽“勘察鼹鼠”逼入绝境，逃进沙漠中的遗迹。但那里只有腐朽的索斯兽铁甲暴龙和盾狮，没有任何能帮到邦的东西。勘察鼹鼠一边破坏遗迹一边逼近邦……。在那大量导弹攻击下，邦与索斯兽铁甲暴龙一起崩塌并被沙埋没。他进入遗迹寻找修理损坏气垫板的零件。偶然发现隐藏房间的邦，在研究室般的房间里，发现巨大的椭圆形装置“索斯兽蛋”被放置在那里。邦确认电源还活着，打开索斯兽蛋的启动开关，索斯兽蛋开始发光，不久打破玻璃壳，暴龙型索斯兽诞生了。邦一直憧憬着为保护村民而牺牲生命的勇敢“索斯兽骑手”父亲，终于如愿以偿得到了索斯兽。邦与命名为“杰古”的索斯兽一起，面对执拗逼近的“勘察鼹鼠”。

杰古化作光球进入盾狮的“索斯兽核心”。盾狮随即焕然一新，邦用它将两架指挥狼击破。战败后哭哭啼啼回到野营地的盗贼团沙漠阿尔科瓦雷诺的盗贼比安科、内罗、布鲁三人，向维奥拉报告了事情的始末。得知曾是废铁般的索斯兽盾狮突然复活，罗索断定杰古必定是“暗黑兽”，命令维奥拉去夺取杰古。此时，邦带着杰古和菲妮回到了出生故乡风之殖民地。邦以绝对不给村里人添麻烦为条件，让姐姐玛丽亚允许把杰古和菲妮留在家中。邦向长老和神父打过招呼后，立刻乘上盾狮，带着菲妮他们去附近参观。他们当然不知道杰古正被盗贼团沙漠阿尔科瓦雷诺盯上。与邦错时来到村里的维奥拉等人，用两架摩尔加对村子进行威吓轰炸。他们威胁村民交出杰古，但得知邦不在，就抓走玛丽亚作人质。邦散步完回到村子，得知玛丽亚被绑架，考虑用杰古和盾狮救出玛丽亚。但神父和长老劝说邦乖乖交出杰古。他们用绳子捆住不接受的邦，将其关在房间里，带着杰古赶往维奥拉处。长老和神父确认玛丽亚平安后，向维奥拉交出杰古……。此时，从房间逃出的邦，正让盾狮在沙漠山丘上奔驰。

离开村庄的邦和菲妮，在沙暴肆虐的沙漠中前进，寻找走散的杰古。此时，陷入无底蚁地狱的菲妮，被乘指挥狼路过的青年欧巴因所救。欧巴因说在围绕沙漠遗迹寻找什么东西……。三人在洞中共度一夜，但第二天早上，邦他们醒来时，欧巴因已不在。不久，邦和菲妮遇到了杰古，到达了遗迹群。但说是遗迹，徒有其名。战争中用作要塞的遗迹也因崩坏和风化而恶化，植物丛生，景象宛如丛林。两人在那里遇到了前腿受伤的索斯兽白色哥斯达黎加，但白色哥斯达黎加像拒绝他们进入遗迹般发射导弹攻击。此时，邦和菲妮从因导弹冲击露出的下水道侧穴成功进入遗迹内部，在曾是司令塔的建筑物室内探索时发现了一本日记，得知了白色哥斯达黎加独自留在朽坏遗迹的经过。邦和菲妮对白色哥斯达黎加不知已被人类抛弃、五十年来一直守护着要塞的遭遇感到沉痛。但那也是短暂的，两人被巨大爆炸声吸引赶到遗迹入口时，那里白色哥斯达黎加和指挥狼正展开壮烈战斗。令人惊讶的是，指挥狼驾驶舱里的是曾帮助菲妮的青年欧巴因。指挥狼的攻击使白色哥斯达黎加负重伤，邦的愤怒爆发，杰古与盾狮的索斯兽核心合体，应战白色哥斯达黎加。肩膀受伤的指挥狼逃离现场，但真正的麻烦从那之后开始。欧巴因所说的“寻找的东西”正是暗黑兽。亲眼目睹杰古是暗黑兽的欧巴因，开始策划无论如何都要得到杰古……。另一方面，菲妮也从遗迹地下室的石碑上刻着的不可思议图案中，引出记忆的线索，导出了“索斯兽伊夫”这个词。“索斯兽伊夫”会成为菲妮恢复记忆的重要线索吗……？

在沙漠行进的邦一行人，到达了山谷间草地上的湖殖民地。在湖边解暑时，湖畔出现指挥狼，旁边站着带着村民的欧巴因。困惑的邦被告知，欧巴因作为保镖被雇佣，保护村民免受每月定期袭击这片沙漠绿洲的帝国军溃败盗贼们。据欧巴因说，正好就是今天。邦作为得到水和食物的谢礼，提出帮忙做保镖。此时，早注意到邦和杰古存在的盗贼团比安科等人，为了捕获暗黑兽杰古而窥视邦等人的样子，不久，一边警戒，一边从地平线远方卷起沙尘，伴随着轰鸣声，巨大索斯兽集团“沙漠阿尔科瓦雷诺”现身。迎击的欧巴因乘上指挥狼，准备战斗，同时杰古与变化成光球的盾狮“索斯兽核心”合体，完成战斗模式。乘入驾驶舱的邦以猛烈气势击破布鲁的勘察鼹鼠，逼近首领罗索乘坐的暗黑角龙。但不知为何欧巴因脱离战线。

在沙漠中寻找露营地的邦一行人，遇到了操纵哥斯达黎加的“沙漠搬运工”穆贝。但刚意气相投决定一起露营，就遭到五架勘察鼹鼠的突然袭击。用指挥狼再次出现的欧巴因救了他们免受勘察鼹鼠奇袭。欧巴因还救出了被勘察鼹鼠瞄准的杰古。击溃勘察鼹鼠结束战斗的邦等人，决定在埋没于沙漠的巨-大遗迹中过夜。穆贝说作为救他们的谢礼，修理了受伤的欧巴因的指挥狼，并夸口没有她修不好的索斯兽。她表示也能检修在前次战斗中受损的邦的盾狮，邦大喜。等穆贝修完索斯兽终于能吃饭时，邦说起杰古和菲妮是从遗迹中的胶囊诞生的，自遇到杰古以来就一直被袭击。并且得知穆贝是搬运工后，询问了解菲妮的唯一线索“索斯兽伊夫”，但连人脉广泛的穆贝也不知道答案，邦很失望。邦打起精神在遗迹中散步，发现积蓄的地下水形成的水池底部沉睡着无数索斯兽的残骸，感到不可思议。第二天早上，天还没亮，邦发现欧巴因试图带走杰古，逼问他。一触即发的紧张气氛中，邦等人所在的仓库周围突然降下弹雨。而且遗迹各处涌现出勘察鼹鼠，侵入仓库。邦等人乘上各自的索斯兽，急忙准备逃脱。邦等人完全中了敌人的陷阱“休眠陷阱”，即用诱饵勘察鼹鼠将猎物逼入遗迹，在黎明时奇袭……。昨晚邦在遗迹水池中看到的索斯兽残骸，正是可怜猎物们的末路。

邦、穆贝、菲妮带着杰古在沙漠行进，在红河岸边吃饭时，眼前出现剑龙型索斯兽“哥斯达黎加”。哥斯达黎加的驾驶舱中出现了共和国军军人罗伯·赫尔曼大尉，他命令部下士兵检查穆贝的哥斯达黎加上的货物。邦等人被怀疑盗取盾狮，加上这些，被怀疑是帝国军间谍。而且赫尔曼从菲妮的话中得知杰古是暗黑兽……。邦成功让杰古从想抓它的赫尔曼部下手中逃脱，但自己等人被关入牢房。偶然，牢房中因偷弹药被抓的欧巴因也在。另一方面，调查盾狮的赫尔曼部下奥康奈尔报告说，盾狮是20多年前被注销登记的。而且赫尔曼确信杰古是暗黑兽后，向邦提议是否在自己手下工作。此时，杰古来到共和国军红河前线基地营救邦。杰古与被拘留的盾狮合体，启动盾狮。与欧巴因一起破牢而出的邦迅速乘入盾狮驾驶舱，与先一步冲出基地的欧巴因的指挥狼一起进入战斗状态。盾狮跳起迎击从空中发起攻击的翼龙，漂亮地用利爪击中翼龙的翅膀，逼近赫尔曼乘坐的翼龙……。在激烈战斗展开时，在红河对岸的龙头要塞，帝国军索斯兽大部队正稳步做好出击准备。

邦用盾狮躲过了赫尔曼率领的共和国军部队的攻击，与杰古一起去营救被关在共和国军前线基地的菲妮和穆贝。但穆贝和菲妮从共和国军士兵身后探出头来，说她们被共和国军雇佣了。在穆贝的劝说下，面对在红河对岸集结总战力、等待进军时机的帝国军，邦和杰古也作为帮手向共和国军提供帮助。另一方面，在红河龙头处的帝国军要塞，帝国军摄政普罗伊岑开始对久未开始进攻的舒瓦茨少佐感到焦躁。面对虽缔结了停战条约却对进攻共和国领地犹豫不决的舒瓦茨，普罗伊岑告知进攻目的是扫荡叛乱军，但舒瓦茨坚持共和国军不先攻击就不打头阵。此时，穆贝和菲妮将炸药装上哥斯达黎加的拖车，前往位于红河上游帝国领土的桥梁“火焰桥”。计划是进入帝国领土，用货物中的炸药炸毁火焰桥，阻止敌人前进。在赫尔曼的哥斯达黎加、邦的盾狮、杰古的索斯兽部队与帝国军摩尔加大部队在中立地带胶着状态持续时，穆贝伪装成运送弹药，成功通过了火焰桥。此时，一架翼龙从远方飞来，开始攻击摩尔加部队。帝国军将其视为叛乱军的攻击，令摩尔加队前进，开始攻击共和国军……。那里有普罗伊岑设下的阴谋。

邦用盾狮爆破火焰桥，堵住了帝国军进攻的道路，带着菲妮和穆贝回到共和国军基地。另一方面，因作战失败而被马克斯责备的罗索等沙漠盗贼团成员，企图通过献上暗黑兽杰古来重新回到帝国军。此时，邦、菲妮、穆贝、欧巴因四人带着杰古，前往共和国首都的国立考古学研究所。为了找到解开“索斯兽伊夫”之谜的线索，一行人带着赫尔曼大尉的介绍信离开基地。一周后，邦等人为了准备翻山越岭和穿越沙漠而采购物资，在沙德殖民地停留。以旅行惯了的穆贝为首去市场采购，但途中与菲妮、欧巴因、杰古走散。邦不安地想着，会不会是一直瞄准杰古的欧巴因带走了杰古……。但此时，欧巴因本人正和杰古一起，被菲妮随性的购物折腾。邦和穆贝决定在找不到菲妮和杰古的情况下，先回到盾狮处。此时，比安科和维尔德挡在两人面前。而且内罗和布鲁也出现，盗贼团“沙漠阿尔科瓦雷诺”追逼两人。邦和穆贝决定强行突破，他们全力奔跑，在人群中的屋顶上纵横无尽地逃跑，但在距离盾狮仅一步之遥的地方被敌人的翼龙和翼龙发现并捕获。欧巴因和菲妮、杰古一起从殖民地的另一边看着两人的样子，正要寻找救出邦他们的时机，但菲妮竟然突然向邦跑过去。

邦、杰古、菲妮、穆贝、欧巴因一行继续向共和国旅行，遭到帝国军摩尔加队的袭击。邦和欧巴因用盾狮和指挥狼应战敌人的导弹攻击，但盾狮的炮塔无法瞄准，无法击溃摩尔加。邦无奈试图进行肉搏战，但摩尔加队突然一齐开始后退。欧巴因奇怪地看着那景象。但此后杰古的样子很奇怪。而且欧巴因注意到以盾狮为首的索斯兽仪器表针不规则地乱动，指示邦和穆贝启动索斯兽的脉冲护罩。据欧巴因说，那是雷亚赫兹，是一种让索斯兽控制系统失常的谜之脉冲引起的症状，中了雷亚赫兹的索斯兽会凶暴化开始暴走。而且更麻烦的是，雷亚赫兹无法避开，也无法预测何时何地出现。帝国军摩尔加队后退也是因为知道雷亚赫兹。邦一行人正要掉头离开雷亚赫兹危险地带时，杰古失去意识倒下。邦等人将杰古放在哥斯达黎加的拖车上开始移动，但途中恢复意识的杰古威吓邦等人并暴走，更作为暗黑兽与盾狮合体，开始炮击哥斯达黎加和指挥狼。邦追踪着与盾狮一起跑向山谷彼方的杰古足迹，在断崖迫近的峡谷中前进……。

邦、杰古、菲妮、欧巴因决定去拜访一位叫迪博士的老人科学家。为了找到解开“索斯兽伊夫”之谜的线索。途中，邦等人目击到前方伴随着巨大爆炸声升起的黑烟，他们在湖畔建造的实验室般的小木屋中发现了一个被冻住的老人。那个宛如仙人般风情的老人正是邦寻找的科学家迪。邦等人照顾了因实验产生的极度冷气而冻住的迪。不久迪醒来。邦询问“索斯兽伊夫”，但迪像孩子似的任性，只吩咐打扫、洗衣，重要的事一句不说。抓住人弱点越发蛮横的迪，让邦和欧巴因感到厌烦。此时，迪突然跳上吉普车开走。邦和欧巴因以为或许会教他们“索斯兽伊夫”的事，也乘着盾狮和指挥狼跟在后头。但迪看到前方建筑物就停下吉普车，指示邦他们先走。两人驱策索斯兽前进，竟从沙中出现多架勘察鼹鼠，遭到夹击。迪不顾盾狮和指挥狼反击勘察鼹鼠，让吉普车暴走突破包围网。并用火箭炮爆破钢铁门，将建筑物内的精密机械装上车辆，迅速开走。得知迪的目的是弄到机械，邦和欧巴因很失望。先回来的迪立刻开始修理被炸弹破坏的装置，但外面负伤的勘察鼹鼠的影子悄悄靠近。迪的实验目的究竟是？邦能抓住“索斯兽伊夫”的线索吗？

邦等人眼前就是共和国，到达了被称为最后难关的伊塞里纳山。因为越过这座山或许就能找到索斯兽伊夫的线索，邦干劲十足。看到终点在望，邦悠然自得，但欧巴因和穆贝警惕着帝国军的追兵，打算立即出发。因为两人也知道这座山是难关。果不其然，从以前就瞄准杰古的盗贼团“沙漠阿尔科瓦雷诺”残党维奥拉和贾洛，查明邦等人进入了伊塞里纳山。此时，一行人决定由能敏感感知自然香气的菲妮带头出发。但邦和穆贝途中与和菲妮一起走在前面的欧巴因的指挥狼走散。而且因雾变浓，邦等人完全停滞不前时，巨大魔物的影子终于挡在了他们面前。此时，一个少女罗莎乘着中型索斯兽出现。从住在山中殖民地的罗莎那里得知魔物真面目是因太阳恶作剧出现的自然之谜，刚松了一口气，在殖民地等待雾散的邦等人上空，突然出现翼龙和翼龙。是查明邦和杰古所在处的维奥拉等人。

行进在沙漠中的邦、欧巴因、穆贝一行人，遇到了堪称索斯兽墓场的无数索斯兽残骸。并且，在残骸延伸的村庄附近，遇到了共和国军士兵挖掘战壕的景象。一行人立刻明白那是战争的准备。邦等人为避免被卷入战争，改变原定住一晚的计划，打算尽早离开村庄，但此时共和国军小队接近，欧巴因和穆贝被抓。多亏杰古机灵，只有邦和菲妮成功逃离现场。邦和菲妮在村庄田间小道拼命逃跑，但士兵们执拗地追来。眼看就要被发现时，邦听到了附近有人被殴打的冲击声和士兵们的呻吟声。等到周围安静下来，邦和菲妮从藏身的稻草中探出头，看到倒在地上的共和国兵中间有一个少年。邦阻止了仍要冲向追兵士兵的少年，一起离开了那里。此时，因为穆贝的随身物品中有共和国军赫尔曼大尉的介绍信，欧巴因和穆贝被释放。询问自己被抓理由的穆贝，从部队副官福特中佐那里得知，守卫要塞的中队30架休眠索斯兽被某人全灭，难以置信的是敌人仅有一架索斯兽，更令人惊讶的是那场战斗中有和杰古一样的索斯兽等。不久，部下向福特报告找到了邦和菲妮的所在，但得知他们与少年和黑色暗黑兽在一起。如果少年就是全灭共和国部队的驾驶员的话……？担心两人安全穆贝和欧巴因带着杰古急忙赶往邦处。此时，少年在沙漠高耸的岩壁上，逐步将邦等人逼入绝境。邦从赶来的欧巴因那里得知少年就是毁灭索斯兽的元凶。此时，全黑的杰古出现。下一刻，鼻尖上乘着少年的剑齿虎出现。

面对雷温剑齿虎压倒性的强大，邦惨败……。帝国军与共和国军的战斗临近，邦等人所在的村庄，人们也开始避难，以免被卷入战斗。但邦不肯听劝，说要等着作为帝国军士兵出现的雷温。穆贝劝说邦，在共和国首都成为战场前，无论如何也要找到索斯兽伊夫的线索，但邦不听，欧巴因失去耐心，独自先离开了村庄。另一方面，帝国军马克斯部队占领了附近村庄，部署了暗黑角龙和摩尔加大部队。在战争准备逐步推进时，马克斯因雷温在己方而胆壮。马克斯巴结普罗伊岑，将原本等舒瓦茨部队到达后协同攻击克洛诺斯要塞的作战，改为仅由马克斯部队单独进行。被马克斯单方面告知作战变更的舒瓦茨，心中不平静。此时，在村庄外，邦乘入盾狮驾驶舱，等待与雷温的战斗。尽管盾狮本是为对抗剑齿虎而制造的索斯兽，却输给了雷温的剑齿虎，邦认为是因为自己没有引出盾狮的力量，在控制台前思索。此时欧巴因出现，告知敌人情况。据侦察敌地的欧巴因说，要和雷温一战的话，越早越好。邦立刻潜入马克斯的阵地，潜伏在雷温的剑齿虎上等待雷温……。雷温不知此事，无视马克斯的作战预定时间，在黎明前出击。天色渐白时，盾狮与剑齿虎对峙，邦与雷温的战斗开始。

作为攻克克洛诺斯要塞第一阵出击的帝国军马克斯率领的摩尔加部队，在共和国军出乎意料的要塞自爆作战前惨败。此时，共和国军克鲁格大佐指示指挥部队的福特做好迎击准备，以应对敌人的反击。另一方面，壮绝战斗后，欧巴因的应战也徒劳，邦在与雷温的战斗中败北。面对因战斗失去意识的杰古和无法动弹的盾狮，邦只是动摇。即使是对索斯兽非常了解的穆贝，也没见过这种症状的索斯兽，杰古的状态很差。想救杰古的邦拼命向镇上药店求助，但那里没有人影，更不可能有索斯兽的药。无法忍受的邦提出为了不让杰古再遭遇危险，不再继续旅行。此时，药店柜台对面突然出现了迪博士。曾是索斯兽权威科学家的迪告诉邦让杰古恢复意识的方法，但那对邦来说是极其困难的处方。他竟然要邦去奥萨火山口里拿一种叫索伊磁石的蓝色发光岩石给杰古吃。而且必须在日落前……。在超过1000度的岩浆沸腾的火山口，偶尔在喷涌的岩浆缝隙中露出的蓝色岩石……邦下定决死的决心。此时，欧巴因乘着指挥狼寻找雷温。为了报复之前与邦一起惨败的战斗。在迪的建议下，给爱机指挥狼装备了多发追踪扩散导弹的欧巴因满怀胜算发起挑战，但事态却朝着意想不到的方向发展。

多亏邦拼死弄到的蓝色发光岩石“索伊磁石”，杰古恢复了意识。另一方面，在共和国防卫据点奥萨要塞，迎击准备正稳步推进，以应对帝国军的报复。当晚，侵入A2地点的帝国军摩尔加部队再次遭到共和国军休眠勘察鼹鼠的先发炮击，但这次舒瓦茨的铁金刚反击，搭载的火神炮一击毁灭了休眠群。此时，在花殖民地等待杰古恢复的邦等人，从远处回响的爆炸声中得知新战斗的开始。但比起那个，邦更在意在与雷温的战斗中破损的指挥狼和其主人欧巴因失踪一事。邦想起了在危急时刻总是来支援自己的欧巴因的身影。从迪博士那里听说欧巴因可能在奥萨要塞的邦，将杰古托付给穆贝和菲妮，离开殖民地去找欧巴因。果不其然，在奥萨要塞，欧巴因为了寻找战胜雷温的武器而潜入，仰望巨大索斯兽铁甲暴龙。但欧巴因与出现的克鲁格一起遭到帝国军的一齐炮击。赫尔曼因克鲁格保护欧巴因而被爆炸气浪炸飞而愤怒，乘上铁甲暴龙的驾驶台，开始反击帝国军。从地下仓库升起、在地面露出全貌的铁甲暴龙。得知共和国军的最终兵器铁甲暴龙藏在这个要塞的舒瓦茨、马克斯等帝国军成员难掩惊讶。铁甲暴龙用恐怖威力的炮击接连破坏帝国军索斯兽。邦发现因震动而失足坠落的欧巴因，全速赶去接住欧巴因，此时，盾狮发挥了不可思议的力量。

邦等人终于到达共和国首都新赫利克城。因为共和国军击退帝国军、逃过了首都陷落的危机，城镇一片节日气氛。此时，邦从观看模仿索斯兽的花车游行的拥挤人群中逃入小巷，遇到了一个穿着帝国军服的青年。邦与杰古合作让青年从追兵手中逃脱。但因为这个青年是从俘虏收容所逃走的帝国军士兵，邦与穆贝、欧巴因一起被怀疑为帝国军间谍，遭到士兵们追捕……。多亏时机恰好出现的迪，成功骗过了士兵，但在潜入国立考古学研究所寻找索斯兽伊夫线索时，被士兵们包围拘留。因为邦有赫尔曼大尉的介绍信，军秘书向赫尔曼确认，但赫尔曼去观测基地调查巨大冰山群了，邦等人的嫌疑无法洗清……。而且此事被报告给路易兹总统。路易兹因赫尔曼是自己的儿子而对邦等人产生兴趣，前往监狱，但认出迪的身影，释放了一行人。邦等人一转受到VIP待遇。路易兹总统邀请邦等人到宫廷接待室，感谢他们在红河战役中的活跃。此时，秘书冲进总统处。据称逃跑中的帝国士兵抢夺了共和国军的索斯兽，正与追击部队交战中。是邦放走的青年罗盖。罗盖用最新锐强化型指挥狼的压倒性破坏力持续攻击城镇。

得知冰山是帝国伪装舰队的共和国军赫尔曼大尉连同翼龙被击落，但赫尔曼为了在帝国军总攻开始前报告此事，拼命在夜海中继续游泳。另一方面，邦等人决定前往发现索斯兽伊夫线索石板的加里尔遗迹。穆贝的情报称帝国军上层对索斯兽伊夫有兴趣，甚至对提供情报者有赏金，连不感兴趣的欧巴因也表现出干劲。此时，在共和国军沿岸基地·雷达观测基地，赫尔曼的部下奥康奈尔为了搜索赫尔曼，要求观测官批准翼龙起飞。但因北极冠产生的极光电波影响，雷达和通信设备完全无法工作，申请被路易兹总统亲自否决。束手无策的奥康奈尔决定与在镇上偶然重逢的邦等人再次合作。按照奥康奈尔的指示，邦等人袭击共和国基地，夺取翼龙。邦和欧巴因用盾狮和指挥狼牵制卫兵，载着穆贝和菲妮的翼龙起飞。此时，享受夜钓的迪博士钓上了赫尔曼。赫尔曼将帝国伪装舰队正进入赫利克湾、放弃奥萨要塞、部队急行至湾岸防卫线的传令托付给穆贝。此外，欧巴因急行至坐在铁甲暴龙驾驶舱的福特处，告知铁甲暴龙是敌人的佯动部队，然后用指挥狼挺身开辟退路，引导铁甲暴龙向前线赫利克湾前进。

多亏赫尔曼，邦在与雷温的战斗中取得了胜利。但邦对就这样作为共和国军一员参加即将开始的战争感到犹豫。此时，帝国军的冰山伪装舰队中的摩尔加、红&暗黑角龙、铁金刚等大部队终于登陆。从悠然降临的普罗伊岑元帅那里，共和国路易兹总统收到最后通牒：接受全面投降是唯一的出路。投降或全灭，留给决断的时间只有短短4小时。另一方面，在奥萨要塞，克鲁格大佐、穆贝、菲妮三人正忙着设置内部炸弹，引诱帝国军马克斯部队，连同要塞一起炸毁。不顾邦担心他们的安危，奥康奈尔中尉率领的铁甲暴龙部队到达沿岸野营地，战斗准备逐步就绪。但敌军战力是10倍以上，而且首都新赫利克城的包围网也已全部完成，路易兹苦恼于或许只能全面投降。此时，路易兹从也是她儿子的赫尔曼那里得知，迪博士有一个秘策。迪带着邦和盾狮，早早乘翼龙起飞。巧的是，乘翼龙逃出要塞的穆贝、菲妮、克鲁格一行人也想到同一作战，准备实施。不久，穆贝等人乘坐的翼龙接近目的地奥萨火山，遭到某人攻击。是败给邦的雷温和剑齿虎所为。而邦将与雷温展开最终决战。

帝国和共和国的战争结束两周后……。帝国皇帝齐柏林二世驾崩，普罗伊岑被任命为年幼皇太子鲁道夫的摄政。普罗伊岑表面上以摄政身份发誓全心全意为回应齐柏林的遗志、指导鲁道夫，但他心中却藏着可怕的野心。另一方面，沙漠盗贼团的维奥拉、比安科、贾洛三人夺回了被收监在军事监狱的同伴罗索。维奥拉向罗索展示了到手的铁金刚、翼龙、摩尔加，提议绑架鲁道夫换取赎金。在追寻索斯兽伊夫之谜而旅行的邦一行人距离加里尔遗迹还有四座山时，盖洛斯帝国帝都盖洛斯的贫民街上，一个披着斗篷、帽子压得很低的可疑男人在行走。他是帝国元帅普罗伊岑。普罗伊岑命令梅特涅暗杀鲁道夫。他打算用指挥狼瞄准为葬礼离开米莱托斯城的鲁道夫，使之看上去像共和国所为，再次挑起战争。鲁道夫离开城堡当天，梅特涅一伙潜伏在森林中等待暗杀时刻。但那里出现了意想不到的干扰——罗索一行人。梅特涅查明罗索等人藏身的洞穴，打算用火箭发射器将他们一网打尽，但毕竟是盗贼，运气强……。被他们抓住空隙，鲁道夫被带走。

追寻索斯兽伊夫之谜继续旅行的邦一行人，离加里尔高原只差一步之遥。一行人小心地行进在虽是停战状态却是帝国领土的荒凉沙漠。几乎同时，绑架帝国皇太子鲁道夫的罗索和维奥拉等人也来到了加里尔高原前。但是，罗索稍不留神，人质鲁道夫从铁金刚的驾驶舱逃脱。察觉的罗索发现了在烈日沙漠拼命奔跑的鲁道夫并将其抓回。此时，梅特涅发来无线，希望就鲁道夫进行交易。另一方面，到达加里尔高原的邦等人。为了找到菲妮和杰古发现的隐藏房间，邦等人分头在遗迹内搜索。此时，欧巴因因掉落的石壁碎片边缘异常尖锐，推测是最近缺损的。同行的穆贝正警惕是否有人进入遗迹，此时触碰到光传感器。伴随着地鸣，地板像舱盖般打开，帝国索斯兽盗抓者出现。欧巴因试图用对讲机通知邦危险，但为时已晚！邦、菲妮、杰古也触碰到传感器，被迫被盗抓者追赶。

雷温从普罗伊岑那里得到了通过改变索斯兽因子制成的索斯兽，他追踪鲁道夫和罗索、维奥拉。另一方面，邦等人在未能解开索斯兽伊夫之谜的情况下离开了加里尔遗迹。这次得到的唯一线索是菲妮回忆起的“死亡索拉”这个词。失去目的地的邦等人仍继续在加里尔高原前进……。此时，与罗索他们走散的鲁道夫出现。鲁道夫以与父母走散为由讨要食物，但从他佩戴的戒指，只有穆贝察觉到他是帝国皇室的人。在穆贝的提议下，邦等人决定送鲁道夫一程。此时，与鲁道夫走散的罗索和维奥拉，决心用自己的手保护被己方盯上的皇太子，拼命寻找鲁道夫。罗索担心用超高速奔跑的雷温索斯兽是瞄准鲁道夫的帝国军，拼命追赶雷温。在宿敌邦的气息被雷温嗅到、在森林中疾驰时，菲妮和杰古早已察觉到逼近自己的危险。当一行人注意到上空出现的维奥拉乘坐的翼龙时，从森林中发射的光线一击击中了翼龙。那光线甚至将泉水水面一分为二，向邦等人逼近，其威力瞬间吹飞了指挥狼和盾狮。不久，雷温的索斯兽露出全貌。那是只为打倒对手而生的最强索斯兽的身影。

失去依赖的罗索和维奥拉后，帝国皇太子鲁道夫请求邦等人带他去帝国首都盖洛斯。但欧巴因在意鲁道夫曾与罗索等盗贼在一起。穆贝确信鲁道夫是非同寻常的人物，说服了欧巴因。此时，在帝国军司令部，普罗伊岑强化了搜索鲁道夫的行动，向霍马雷夫宰相保证在加冕式前一定找到鲁道夫。但那是表面上的……。企图暗杀鲁道夫的本人普罗伊岑，背地里用雷温袭击搜索队。此时，在鲁道夫的强烈请求下，邦一边教他驾驶索斯兽一边在沙漠行进，遇到了被无情破坏的帝国索斯兽残骸山。但一行人奇怪，尽管战争已经结束，但这惨状简直像索斯兽的墓地。此时，迪博士从附近的洞穴中出现。迪说他是追踪一带奇怪的足迹来进行调查的。仿佛印证迪所说“这惨状恐怕也是那家伙所为”，沙漠上连续留下着特征性的足迹。而且，从欧巴因用眼罩录像功能拍摄的加里尔遗迹影像中，浮现出死亡索拉的存在。传说能与一千架索斯兽战斗、一夜之间灭亡敌国的死亡索拉。果真是帝国那些人盗掘遗迹，使传说索斯兽在现代复活了吗？雷温的索斯兽就是死亡索拉吗？此时，从鲁道夫意外的告白中，邦等人得知了普罗伊岑的阴谋。

尽管承受了雷温狂兽索拉放出的荷电粒子炮、盾狮石化，但驾驶舱的邦因杰古挺身保护而躲过了最坏的事态。但鲁道夫被雷温抓获，移交给了普罗伊岑的部下梅特涅等人。梅特涅发现鲁道夫胸前没有帝国皇帝的证明戒指，从鲁道夫那里问出邦的名字后，开始做出击准备。邦不知此事，只是后悔中了雷温的挑衅而伤害了杰古……。迪博士用严厉的话语鼓励邦：“后悔过去有什么用。你不是有必须做的事吗？”在恢复意识的杰古和迪的鼓励下，邦终于开始恢复理智时，欧巴因的指挥狼突然收到无线通信。是梅特涅的同伴德里斯发来的。德里斯要求拿戒指交换鲁道夫。企图暗杀鲁道夫、将帝国实权收入囊中的普罗伊岑，打算利用戒指作为鲁道夫已死的证据。在指定的野营地，梅特涅等人在暗黑角龙前等待着邦的到来。但被反绑双手的鲁道夫半放弃地认为，素不相识的人不会冒险来救自己。此时，邦乘着气垫板出现了……。通过与欧巴因的配合，邦抓住梅特涅瞬间的空隙成功救出鲁道夫，全速驾驶气垫板，但无法甩开乘暗黑角龙执拗追来的敌人。终于被逼到悬崖边……。

在邦外出期间，盾狮被巨大的光之茧包裹。邦不明白发生了什么，只是愕然。而且听说杰古和菲妮在里面，邦想方设法接近盾狮，但光之屏障将邦弹飞。邦觉得，自遗迹相遇以来一直视为搭档的杰古和菲妮把自己排除在外。失去发泄口的邦跳上气垫板，朝着夜间的沙漠奔去。此时，在沙漠封闭的矿山，鲁道夫、梅特涅、德里斯、洛特正在修复受损的暗黑角龙。如果就这样让鲁道夫回盖洛斯，免不了被普罗伊岑处刑。此时，一个带着红色勘察鼹鼠的男人出现，自告奋勇助战。梅特涅对自称斯廷格的男人愕然……。他正是以“渔夫”之名令人恐惧的无恶不作的赏金猎人恶棍。另一方面，下定决心的鲁道夫拼命操纵气垫板，朝着邦消失的沙漠奔去。鲁道夫想方设法鼓励邦，但对自暴自弃说着“再也不骑索斯兽了！”的邦，他掉头启动气垫板。梅特涅等人用望远镜监视着这一切……。斯廷格还接近在营地独自留守的穆贝，企图实施暗杀鲁道夫的可怕作战。

中了斯廷格与梅特涅等人勾结的圈套，鲁道夫反抗无效被俘。穆贝和欧巴因也因麻药无法抵抗。斯廷格拿出巨大的钥匙爪，扯下挂在鲁道夫脖子上的盖洛斯纹章戒指。剩下的就是处理掉鲁道夫……。但斯廷格实际上还有一个目的——暗黑兽杰古。此时，邦正乘着气垫板朝着营地同伴们飞驰。途中从受梅特涅命令监视邦的德里斯那里得知他们阴谋的邦，夺走德里斯的红色勘察鼹鼠，径直向营地疾驰。他千钧一发之际躲开了因德里斯求救而赶来的洛特的暗黑角龙一击，一心向同伴们冲去。在营地，穆贝和欧巴因被威胁从发光的茧中叫出杰古。梅特涅对持续坚决拒绝的穆贝等人的态度失去耐心，终于用手枪瞄准鲁道夫。两人认命，跪在发光的茧前时，茧突然发光。在耀眼的光芒中，穿着特殊防护服的迪博士出现，救出了三人。迪躲避着斯廷格的追击逃跑。此时邦乘着红色勘察鼹鼠出现。但面对斯廷格接连不断的猛击，邦没有胜算。此时，被光之茧包裹的邦的盾狮发生了难以置信的异变。

从鲁道夫手中夺走王位继承证明盖洛斯戒指的梅特涅，将其送到普罗伊岑处。但由于没有遗体，普罗伊岑对鲁道夫是否真的死了半信半疑。与邦等人一起野营的鲁道夫，决心为粉碎普罗伊岑的野心而回到盖洛斯。另一方面，在与邦的战斗中失败的斯廷格，在酒馆遇到了阿尔伯特和罗斯的弩兄弟。作为赏金猎人工作的他们，听说杰古使盾狮力量提升、进化为剑狮后，企图得到拥有特殊能力的暗黑兽杰古，卖给帝国军以获取大笔金钱。邦等人围着篝火睡觉，全然不知这些。在他们旁边，菲妮与杰古一起沉思。注意到这一点的迪，从菲妮不经意说漏嘴的话中，得知菲妮是古代索斯兽人。在盖洛斯城，普罗伊岑召集大臣们，宣布鲁道夫已被共和国刺客暗杀。他宣称，按照皇帝齐柏林的遗言，自己将继承王位。此时，只有知晓普罗伊岑野心的霍马雷夫担心着鲁道夫的安危。但普罗伊岑在暗地里策划着利用雷温的更可怕计划。

带着鲁道夫前往盖洛斯的邦等人，在利希特镇的酒馆停留。目的是与鲁道夫唯一信任的霍马雷夫宰相取得联系。但不巧电话故障中……。邦向女店主等人说起鲁道夫的事，不仅不被相信，反而被出示了刊载鲁道夫死亡事故的报纸。获得王家戒指的普罗伊岑捏造了鲁道夫的死。另一方面，普罗伊岑为了暗杀鲁道夫，在主干道布下严密封锁线，并部署了士兵。此时，前进受阻的邦等人制定分两路突破封锁线的作战。穆贝和菲妮乘哥斯达黎加接近封锁线，撒谎说途中放下了搭便车的鲁道夫，以此分散士兵注意力，其间邦、杰古和欧巴因带鲁道夫翻山越岭。但穆贝他们通过检查站后不久，第二天早上情报传出，邦等人被四面包围。邦等人受到帝国从空中投放的索斯兽“里尔加”的集中攻击，被关入牢房，杰古被里尔加吐出的粘丝裹成茧状，关进了木箱。

邦、菲妮以及女装打扮的鲁道夫走在瓦尔特堡冷清的街道上时，一个抱满水果的少年从摊位跑出来。听到店主喊“小偷！”，邦抓住了少年，但少年毫无愧疚之色，反而反驳说是由于溃兵盗贼横行导致物资无法顺利运入。邦代替少年付了钱，让店主放过了少年，没有将他交给警备队。此时，穆贝和欧巴因被误认为是溃兵盗贼，遭警备队追捕……。两人躲避士兵们的子弹逃入小巷，恰好在那里碰到的修女艾丽娜机智地骗过了警备队。但警备队刚离开，艾丽娜突然从裙子里拿出猎枪对准穆贝他们。艾丽娜误以为穆贝他们是盗贼，企图亲手夺回被抢的物资。不久，两人被带到修道院，与邦、菲妮、鲁道夫三人重逢。但艾丽娜无法理解穆贝他们是帮助了彼得的邦的熟人。此时，在修道院收容的患热病的孩子之一玛丽的状态突然恶化。欧巴因说要去盗贼据点取回疫苗，拉着邦冲出了修道院……。

以帝国首都盖洛斯为目标的邦、穆贝、欧巴因、菲妮、鲁道夫和杰古，在路线上意见分歧。主张绕远路但检查站和帝国军基地较少的穆贝和欧巴因，与虽然有小帝国空军基地但主张走近道的邦……。在菲妮提议下，一行人分成两路各自走自己喜欢的路线。此时，在乌云密布的天空下，帝国军黑色翼龙部队正在进行实战演习。黑色翼龙的速度、武装、装甲都是迄今为止的翼龙无法比拟的性能。鲁道夫记忆中曾是小型基地的埃贝内空军基地，如今已成为配备有100架以上黑色翼龙的大规模基地。邦等人到达埃贝内空军基地，对其规模之大感到惊讶。敌人的安全系统毫不留情地感知到邦等人。并且，确认邦的剑狮与曾在利希特镇出现的哥斯达黎加上搭载的是同一架后，拉尔夫率领的艾森贝克部队用黑色翼龙一齐开始攻击剑狮。同时，发现疑似假鲁道夫一伙的邦等人的情报也被送到了宫殿的普罗伊岑那里。根据普罗伊岑“报告假鲁道夫确实已死的可靠消息”的指令，数十架黑色翼龙追踪邦的剑狮和在一旁奔跑的杰古，展开猛烈机枪攻击。此时，菲妮接通了帝国军基地的通信线路。鲁道夫拼命呼叫的影像让曾是唯一鲁道夫同伴的舒瓦茨确认了鲁道夫确实是本人，但他被作为妨碍普罗伊岑即位的叛逆者而拘束。黑色翼龙编队的铺盖式轰炸下，邦等人已失去退路，穷途末路！此时，仿佛撕裂乌云的谜之飞行索斯兽的身影逼近，其刀刃瞬间切开了黑色翼龙。驾驶者是红假面和紫假面两人……。他们的真实身份究竟是？

邦等人遭遇企图以暗杀鲁道夫罪名逮捕他们的帝国巡逻队追击，逃进了穆贝认识的贸易商麦克马恩的宅邸。麦克马恩虽非帝国人，但从食品到武器弹药，只要找他就能弄到任何东西，因此率领巡逻队的希帕斯等人犹豫不敢出手，最终撤退。与军上层也有交情的麦克马恩，其实是穆贝昔日的恋人。另一方面，希帕斯确信邦等人被麦克马恩藏匿，但无法出手，为了以抓捕暗杀鲁道夫犯人的功劳换取自己晋升，决定闯入麦克马恩宅邸。他带着士兵们前往麦克马恩邸。此时，熟知帝国情况的麦克马恩出于对昔日恋人穆贝安全的考虑，在邦等人面前说明了前往盖洛斯的安全路线。此时希帕斯带着十几名部下到来，要求交出邦等人。躲在暗处观察情况的邦等人……。希帕斯一度拉开枪栓，摆出强硬姿态，但麦克马恩冷静且一步不让的态度压倒了希帕斯。他们未碰邦等人一根手指，再次撤退。第二天早上，担心危害会波及麦克马恩的穆贝告诉麦克马恩“今晚出发”。麦克马恩送给穆贝华丽的礼服。两年前，麦克马恩再次邀请穆贝跳舞，而穆贝当年失约了舞会。看到穆贝身着礼服与麦克马恩跳华尔兹的幸福模样，邦等人商量留下穆贝悄悄出发……。

邦等人与鲁道夫一起朝着盖洛斯旅行，来到了“勇者之谷”。在帝国和共和国尚未进入战争状态时，据说双方各自选出最强的索斯兽骑手互相竞技力量和技巧的地方，如今仍留有格斗技场的遗迹，保留着昔日美好时代的痕迹。邦等人听从熟悉帝国地理的鲁道夫的推荐，决定在前方的山间村落“风之都”稍作休息。然而，一行人到达俯瞰村庄的山岭时，那里只横亘着广阔的废墟……。房屋烧毁，风车被残酷破坏，曾是齐柏林前皇帝疗养地的美丽村庄面目全非。本应是中立地区的村庄惨状，让鲁道夫也愕然不已。另一方面，烧毁村庄、悠然行进于夜间沙漠的格伦中尉率领的边境警备队……。此时有三架剑齿虎急速接近。是比皮、格罗斯科夫、瓦格纳三人。三人以猛烈速度追上格伦中尉，仅凭三架剑齿虎，就以压倒性的力量歼灭了以重武装暗黑角龙为先头、包括两架铁金刚和十架地狱犬的大部队。得知此事的女军官哈丁向普罗伊岑报告，疑似鲁道夫的人物与邦等人一起被希帕斯队追击，同时提议，让曾是帝国三剑客、但因忠诚心和正义感过剩而将此次友军全灭的他们三人，去讨伐鲁道夫。比皮、格罗斯科夫、瓦格纳三人虽然怀疑为何对他们这些如今已退居前线的老兵下达此命令，但赌上帝国士兵的骄傲，承诺讨伐自称鲁道夫殿下、潜入帝国领土的邦一行人。不久出现在邦等人面前的三人骑士，希望在勇者之谷的竞技场决战。鲁道夫从他们的身影确信，他们就是被称为传说三剑客的最强无敌的勇者……。

邦等人距离帝都盖洛斯只有一步之遥，到达了艾因桥附近。但他们在意的是，本应对普罗伊岑来说最碍眼的自己，为何能毫发无损地到达这里。果不其然，不安应验了！邦等人被帝国索斯兽部队包围。但出现的是，如今帝国中唯一鲁道夫伙伴的霍马雷夫宰相。霍马雷夫对鲁道夫平安归来感到高兴，认为这样可以粉碎普罗伊岑的野心。此时，一个男人在远处用望远镜监视着邦等人的身影。是普罗伊岑的部下哈丁准将。得知加冕式在即的普罗伊岑从哈丁那里接到报告后，以宿敌邦为诱饵，将雷温召回自己身边。邦等人做梦也没想到这些，他们为平安将鲁道夫交给霍马雷夫而感到安心。此时，邦从霍马雷夫那里听说普罗伊岑投入相当多的国家经费发掘古代遗迹，并且普罗伊岑在那古代遗迹建立了巨大的研究所。还从穆贝那里听说帝国军上层有“索斯兽伊夫”情报悬赏相当金额的传闻，邦推测“索斯兽伊夫”可能就在那里。深夜，邦与杰古和菲妮悄悄离开城堡，乘着剑狮出发前往古代遗迹。到达研究设施前的邦与等候着的普罗伊岑会面，此时，研究设施内部突然响起激烈的警报。只给人们带来绝望的索斯兽——死亡索拉在水槽中觉醒，开始暴走。

希望在加冕式前无论如何除掉鲁道夫的普罗伊岑，终于让盗抓者部队冲向霍马雷夫城。穆贝的哥斯达黎加和欧巴因的指挥狼应战，展开激烈攻防，但敌人一步步逼近城深处的鲁道夫。另一方面，邦离开霍马雷夫城，前往普罗伊岑建造的古代遗迹研究设施。在那里他得知，在那里等着他的鲁道夫暗杀主谋普罗伊岑，已派兵前往留在城里的鲁道夫及同伴穆贝、欧巴因等人处。但邦转身想回霍马雷夫城时，雷温挡住了他的去路。雷温用狂兽索拉执拗地反复攻击，剑狮已失去攻击手段，最终狂兽索拉一击将菲妮从剑狮驾驶舱打飞，连在核心中的杰古也被弹飞出去。剑狮顿时展开散热鳍完全停止。在帝都盖洛斯加冕式时间分秒逼近时，被逼入城深处的穆贝等人终于向霍马雷夫提议从正面强行突破敌军。但敌军索斯兽数量几乎是20倍。相当于一人必须打倒20架索斯兽。霍马雷夫对这过于鲁莽的计划皱起眉头，但终究被鲁道夫的热情打动，一起乘上剑齿虎。鲁道夫能否平安逃出城堡，阻止普罗伊岑的加冕式，粉碎其野心？！邦的命运又将会如何？

两架暴风飞龙载着鲁道夫飞向天空。驾驶舱里的阿拉巴罗内一边躲过帝国黑色翼龙的追击，一边赶往盖洛斯的加冕仪式会场。为了阻止掌握帝国独裁权、企图统治全世界的普罗伊岑的谋略，赫尔曼率领的共和国索斯兽部队也开始向盖洛斯进军。部队突破了死守通往盖洛斯唯一桥梁——茨瓦伊桥的帝国哈丁部队，形势瞬间逆转。在加冕仪式开始的盖洛斯会场，普罗伊岑在数百名国民面前高声演讲。普罗伊岑告知民众“共和国军开始侵略帝国领土……”，同时展示了集结科学精髓复活的死亡索拉，向民众夸示其力量。死亡索拉发射的荷电粒子炮瞬间消灭了数十架进军途中的共和国军盾狮。普罗伊岑对闯入加冕仪式会场的鲁道夫的劝说充耳不闻，一边用死亡索拉破坏建筑物一边继续移动，将帝都盖洛斯包裹在红莲之火中。攻击矛头不久也转向了穆贝等人。赶来的邦千钧一发之际救了穆贝等人，但被普罗伊岑道出有关父亲的重要事实而动摇。

战争结束两年后……在共和国军克鲁格大佐手下作为训练生磨练索斯兽骑手技术的邦，通过了难关模拟测试，顺利结束了训练。克鲁格代替既是朋友又是好对手、现已亡故的邦的父亲丹·弗莱海特，为邦的成长感到高兴。此时，盖洛斯帝国皇帝鲁道夫向路易兹总统发来紧急通信。据称帝国的主要基地接连遭到地中高速移动的不明物体袭击。摆脱帝国军追击、侵入共和国境内的不明物体袭击了共和国内的主要基地。赫尔曼等飞行中的翼龙部队，从上空捕捉到在地中疾驰的物体。集中炮火后，地面出现一架索斯兽“隐形毒蛇”。隐形毒蛇不畏攻击，以超声波手术刀和牙尖喷出的特殊溶解液为武器，一边破坏阻挡去路的索斯兽，一边朝着邦的故乡风之殖民地方向逃跑。邦的身边，菲妮和迪乘坐的货车也与隐形毒蛇激烈碰撞。更凶恶的暗黑兽“安比恩特”出现，姐姐玛丽亚也遭到袭击……。面对村庄的危机，邦终于挺身而出。操纵一切的幕后黑手究竟是谁？

一个男人来拜访在杰罗姆镇投宿的邦。是在镇外遇到的老人告诉男人邦在这个镇上的共和国军中尉坎宁安。坎宁安说他的任务是回收被沙暴吞没的军补给部队留下的高性能炸药。但他似乎很在意邦为何来这个镇上……。邦、菲妮、杰古与坎宁安告别后结伴而行，这次一个自称共和国军警察特别搜查官的男人堵住了邦。自称多塞特的男人说，坎宁安真正的目的不是炸药，而是军资金。希望邦协助逮捕企图侵吞共和国财产的恶棍。邦答应帮助多塞特，第二天早上立即拜访回收部队的野营地。得到坎宁安许可参观作业后，邦乘着剑狮同行到现场，观看向地面扫描的勘察鼹鼠的搜索作业。不久雷达探测到地下的集装箱。随着坎宁安的号令，集装箱从沙中被拖出。此时，在旁边窃听无线通信的多塞特登场。面对坎宁安部队的抵抗，邦也用剑狮支援多塞特。邦在战斗中发现坎宁安不顾手下一个个被打倒，企图用哥斯达黎加逃跑。哥斯达黎加牵引的拖车上装着集装箱……。多塞特拜托邦善后，去追坎宁安。但两人似乎认识。邦侧耳倾听两人的无线通信……。

在共和国边境城镇桑特孔克，因地震露出了古代建筑物的入口。立即开始调查的奥康奈尔和共和国士兵们，发现了建筑物内排列整齐的石板群。人们期待从石板上刻着的古代索斯兽人的信息中，终于能揭开索斯兽伊夫的真面目。邦和菲妮作为信息解析专家被奥康奈尔叫来。但是，邦从桑特孔克附近的高原向奥康奈尔发无线，不知为何只有噪音，完全没有应答。用望远镜观察情况的菲妮也说镇上完全看不到人影。而且还有突然出现的哥斯达黎加瞄准菲妮等怪事。不久邦等人到达桑特孔克，镇上果然死一般寂静，没有人影。此时，邦看到耸立在镇中央的教堂窗户有人影晃动，赶过去，突然遭到某人袭击。躲开攻击，正要向倒下的对手挥拳的刹那，摔倒后露出恐惧表情的，是一个看起来比邦还年幼的少年。此时，邦的接收机捕捉到奥康奈尔队的紧急通信。依靠电波进入的森林中，有生态系统完全冻结的多架共和国索斯兽的巨体……。而且其头部有黑色甲虫附着蠕动着。邦留下少年、菲妮和杰古，潜入被认为是救援信号发信源的森林深处的遗迹。但是，少年蓝色眼眸深处隐藏着可怕的企图。少年深入菲妮内心深处开始操纵她，蓝色索斯兽“幻影”也挡在试图保护菲妮的杰古面前。

应奥康奈尔请求，邦和菲妮越过国境前往帝国一侧的城镇。据称希望他们保护遭受自称共和国者攻击而受害的城镇。听说帝国方面舒瓦茨作为代理人已经进入当地，邦和菲妮期待着再会。为了不刺激因不知敌人何时来袭而紧张的居民，邦等人放下剑狮前往当地。邦等人在因准备避难而拥挤不堪的人群中行进，差点与手推车相撞，但杰古被货堆崩落滚下的一斗罐红漆浇了个正着。不巧的是，舒瓦茨因情报称扰乱边境的坏人中有使用红色暗黑兽的人而警戒着，他将带着被油漆染红变身的杰古的邦误认为坏人并拘留。不久，虽然得知舒瓦茨是邦认识的舒瓦茨的弟弟，但舒瓦茨深信邦是冒用英雄邦·弗莱海特之名的无礼之徒，这一误解通过哥哥舒瓦茨大佐的无线联络解开了。终于，邦和舒瓦茨决定在敌人攻来之前攻入敌地。决心不让城镇受到一丝伤害。邦的剑狮和舒瓦茨的重装野牛接近沙漠中央的敌人巢穴。通过合体自身开发的人工智能A·I，重装野牛成为拥有惊人判断力的高性能索斯兽。然而，两人刚发起攻击，就被从天而降的敌机打入地面的支柱团团围住。令人惊讶的是，从敌人指挥狼发射的炮弹，一旦进入支柱区域就改变轨道，准确地瞄准邦等人。邦亲眼见识了那磁场诱导兵器的威力……。

邦和菲妮带着杰古来到边境共和国一侧山麓的城镇。他们拜访的治安官事务所已有先客托马。托马也和邦一样，作为守护者力量被派遣来解决镇上发生的盗贼骚动。一行人将各自的索斯兽装上托马的哥斯达黎加，立即出发搜查。在原始森林中行进时，突然从巨木间发射的一发导弹击中了哥斯达黎加。杰古立刻与剑狮合体，准备应战，但传感器对敌人的接近没有反应，并非仪器故障。托马的重装野牛也一样。邦等人遭受着来自四面八方、森林中看不见的敌人的攻击。传感器无效，看不见身影……托马对无法对付的敌人放出的百兆巨炮，在被炸飞的巨木间隙中浮现出敌人的身影。那是将热辐射抑制到极限、甚至能消除脚步声、以最高隐蔽性自豪的索斯兽——地狱猫。邦等人追踪着其通往森林深处的足迹。不久，邦等人发现了疑似敌人巢穴的巨大坑道。邦和托马朝着挖掘机声音响彻的坑道深处前进，那里有希尔茨带着红色暗黑兽“安比恩特”，露出无畏的笑容。从远处看着两人的菲妮，为了帮助被希尔茨手下用机枪对准、濒临枪决的两人，带着缠满炸药的杰古闯入敌阵……。

战争期间的休眠索斯兽撤去作业由共和国和帝国共同进行，但军队到达回收地点前，索斯兽被某人带走。邦担心是否有人企图用它开始新的战争，立即开始调查。此时，守护者力量的托马驾驶重装野牛行驶在沙漠中，发现了牵引着盗抓者、可疑的地狱犬，试图阻止，反而遭到被认为是其同伴的指挥狼攻击，同时目击到巨大要塞鲸王在空中的出现。另一方面，邦成功潜入鲸王内部，确认机库内有被认为回收的多架索斯兽，但在舱室前偷听时被船长发现，被迫在复杂的通道中拼命逃窜……。突然某人挡住了邦的去路。邦被一击击中腹部，迅速失去意识……。但在邦渐趋模糊的视野中，映出的却是意外人物的身影。

帝国军第一装甲师团长卡尔·李希滕·舒瓦茨大佐率领的部队，截获了紧急事态发生的紧急通信。舒瓦茨前往发信源的帝国边境要塞。但要塞并无特别异常，应对的设施负责人椿大尉解释说可能是伴随解体干扰雪崩的电波障害。然而，椿的态度突然骤变。将舒瓦茨绑在椅子上后，将小型昆虫型机械安装在其颈窝。转眼间，舒瓦茨失去了生气。另一方面，被叫到要塞附近帝国军移动指挥所的邦，听说要塞这个战争中建造的大量破坏兵器处理工厂被某人占领。但是，当邦和菲妮听到送交军司令部的通信记录时，他们觉得椿大尉声音背后听到的“叽里叽里”的摩擦声似曾相识。而且据托马说明，动力炉的冷却阀全部关闭，要塞内部地下区块温度急剧上升，如果温度继续上升，动力炉可能超过极限发生大爆炸。预测受害规模将达帝国共和国领土大半，波及数十万人。距离爆炸的时间限制是2小时。帝国方面，鲁道夫调动全军开始居民避难活动，共和国方面奥康奈尔、赫尔曼也尽力应对。邦和托马分两路，朝着动力炉在地下路线前进……。但突然，菲妮被与幻影一起出现的莉泽掳走，在要塞内成为人质。

军事设施接连遭受袭击的事件多发。犯人都是单枪匹马，抢夺基地的索斯兽大肆破坏。此时，共和国要塞也发生哥斯达黎加被夺、设施被破坏。闻讯赶赴现场的邦和菲妮从从瓦砾下救出的士兵所说的“黑色暗黑兽”中，想到某个人物。邦判断犯人在向西移动的同时随手袭击军事设施，下一个目标是帝国军要塞，于是与菲妮、杰古一起前往帝国要塞。那里已经有邦为此次事件请求援助的守护者托马的身影。邦向托马说明了事情经过，并告知这无疑是雷温所为。此时，雷温本人在烈日下的沙漠中无力地徘徊。那身影宛如亡灵。雷温被路过的哥斯达黎加救起，但他的脑海中仍在盘旋着败给剑狮的那场可憎战斗的记忆。这样的雷温终于与暗影一起行动了。雷温将一架翼龙作为诱饵冲入帝国要塞，趁邦等人的注意力被吸引过去时，从另一侧侵入要塞内，将停驻的暗黑角龙驾驶员拖出，乘入其驾驶舱。

邦和菲妮等人决定与鲁道夫一起在沙漠绿洲度过假期。此时，追踪邦的托马出现。托马与其说是对邦，不如说更在意菲妮，悄悄跟在他们后面。邦等人在那里被鲁道夫介绍了未婚妻玛丽安。另一方面，绿洲对面有三人组在窥视着邦等人的样子。他们是两年前被邦的剑狮打得大败的斯廷格和罗斯&阿尔伯特的弩兄弟。他们打算绑架鲁道夫换取赎金，同时也向邦复仇。不知此事的邦和鲁道夫在绿洲泉水钓鱼时，斯廷格等人伴随着枪声攻来。邦和菲妮从树木间看到的剑齿虎确信了犯人，但转瞬间，鲁道夫在扔进瓦斯弹的间隙被掳走。邦和托马依靠斯廷格留下的地图前去营救鲁道夫，发现了伫立在悬崖边的斯廷格的剑齿虎。其高支柱的背上竟绑着鲁道夫。邦带着托马，执行决死的营救作战。

某夜，在暴风雨的荒野驾驶哥斯达黎加的穆贝差点与托马驾驶的重装野牛相撞。虽然千钧一发避免相撞，但已严重受损的重装野牛翻倒。穆贝从驾驶舱救出濒死的托马。另一方面，邦为了与雷温战斗，在共和国基地的模拟地区努力训练。此时，身份不明的索斯兽入侵。基地一度紧张，但那是听到雷温复活的消息，乘着指挥狼赶来助战的欧巴因。甚至迪博士也从风之殖民地赶来，邦的支援体制逐步完善。众人正在制定与雷温战斗的作战时，托马的重装野牛被哥斯达黎加牵引而来。邦等人对重装野牛的严重损毁感到茫然……。托马被送往医务室接受治疗，但邦从穆贝那里听说托马在失去意识前留下了“狂兽索拉”这个词，确信是雷温所为。仿佛印证这一点，迪博士从重装野牛的机体检测出由荷电粒子产生的残留磁气。邦请迪强化剑狮的护盾，以对抗雷温狂兽索拉放出的最强兵器荷电粒子炮。狂兽索拉VS剑狮&指挥狼的壮绝索斯兽战拉开帷幕！

共和国军的赫尔曼少佐和奥康奈尔大尉来到了帝国龙头要塞。他们的哥斯达黎加货台上盖着篷布的两架索斯兽，是机身涂黑的共和国飞行索斯兽“暴风飞龙”。目的是在恢复和平的世道中，双方合作对身份不明的敌人构筑防御体制，此次共和国向帝国提供了技术。此外，与赫尔曼一前一后，一辆载着一名技术人员的吉普车到达了龙头要塞。男人消失在门中，似乎是追着赫尔曼他们。但深信他是共和国技术人员的卫兵，没有注意到货台上还藏着另一个男人。穿着帝国军服的两个男人若无其事地接近机库，在赫尔曼等人面前乘上暴风飞龙飞走。为了修理在与雷温战斗中半毁的哥斯达黎加，来到红河基地的邦从赫尔曼和奥康奈尔那里听说暴风飞龙被夺，但从奥康奈尔等人在现场看到的红色暗黑兽，推测希尔茨也参与了此事。如果是这样，邦确信他们会为了取暴风飞龙的指令选项而来红河，于是动员基地所有战力准备迎击。果然，向希尔茨宣誓效忠、企图摧毁帝国和共和国的穆勒和拉尔夫，乘着夺来的暴风飞龙飞来。

被迪博士叫到雷姆利亚岛的邦等人。邦期待迪可能想出了对抗雷温狂兽索拉的秘策，但迪却说“偶尔也要放空脑袋”，带着泳装美女去了海边。邦只好在岛的自然中回归童心玩耍，但回过神来发现一起玩耍的菲妮不见了。邦和杰古在丛林中寻找菲妮时，偶然发现了洞穴深处迪的研究室。据迪说，某天在遗迹发现的古代文献中有一节写道：“数十年一度，天空之月列成一排重合时，海面下降，古代遗迹从海底浮现。”迪确信这是古代索斯兽人的信息。此后花费漫长岁月找到的就是这个岛。而且计算机推算，那个时刻就在今晚。不久，伴随着诡异的振动声，岛的水位急速下降，遗迹从海底现身。邦等人屏息凝神地注视着那一瞬间……。但等待邦的是莉泽。莉泽用巨大水中型索斯兽“锤头鲨”将邦的剑狮拖入海中，逼入绝境。

帝国军终于拘留了雷温。舒瓦茨质问雷温，普罗伊岑是如何得到在复活死亡索拉过程中偶然产生的索斯兽——狂兽索拉的，但雷温毫不动摇。此时，邦根据盾狮同样进化为剑狮的经验，提议在从光之茧进化获得强大力量的狂兽索拉出来之前将其破坏。舒瓦茨准备通过与共和国军的共同作战，投入大量火力破坏茧。战友欧巴因和穆贝也赶来，邦很开心。终于随着舒瓦茨的信号，一齐攻击开始。炮弹和火箭如暴雨般倾注在光之茧上。但茧纹丝不动。于是作为最终手段，采取了在茧溶解的瞬间直接攻击狂兽索拉的作战。

在与雷温的狂雷破坏者的战斗中，索斯兽核心受到致命伤的欧巴因的指挥狼，在邦和菲妮的注视下石化进行。临终时刻逼近。此时，迪说有东西想让邦他们看。迪受帝国委托，秘密进行着某种索斯兽的开发。以古代索斯兽人的遗产为雏形，最尖端科学在现代复活的超高速索斯兽“闪电三角龙”。邦等人立刻观看了闪电三角龙的模拟行驶，但存在一个问题。虽然敏捷性令人惊叹，但驾驶员无法承受其惊人的速度。在这次模拟行驶中，驾驶员也失去了意识，机体撞上了岸壁。作为记录战斗数据的“大脑”的存储库受损。于是迪想到将指挥狼的战斗数据移植到闪电三角龙上。此时，托马的重装野牛载着前往参加首脑会议的共和国总统路易兹，被希尔茨劫持。接到消息的欧巴因，乘上移植了指挥狼战斗数据的闪电三角龙，起飞。

为了对抗雷温的狂雷破坏者，共和国军派来了对狂兽索拉战术分析专家哈尔福德中佐。邦、托马、欧巴因三人作为实战部队，立即接受了哈尔福德的指导，分别乘上剑狮、重装野牛、闪电三角龙开始阵型训练。对于哈尔福德过于依赖计算机推算数据的高风险战术，欧巴因快要爆发……。邦一边安抚欧巴因，一边拼命设法完成阵型。此时，骑着蓝色狂兽索拉的莉泽出现在雷温面前。莉泽用培养雷温狂兽索拉的索斯兽因子制成的这架索斯兽挑衅雷温。但结果暗影的战斗系统冻结，无法行动。而且雷温的过去也被莉泽揭开……。

假设与雷温的狂雷破坏者战斗，邦、托马、欧巴因反复进行阵型训练。此外，菲妮将迪博士开发的扩散荷电粒子炮的装置装备到重装野牛和闪电三角龙上，做好了万全的准备。此时哈尔福德传来情报，帝国军的闪电三角龙开发工厂遭到狂雷破坏者攻击，完全毁灭。而且狂雷破坏者正朝着这个共和国军第七补给基地前进，预计12小时内到达该基地。邦等人面对终于到来的决战时刻，开始准备。然而，一直指挥此次训练的哈尔福德突然召见菲妮，命令他将力量提升后的剑狮速度恢复原状。而且还要求拆下安装在重装野牛和闪电三角龙上的护盾发生器。对于这个三人中必须有人牺牲的费解命令，菲妮……。

在与雷温的战斗中，被狂雷破坏者的荷电粒子炮压制，坠入谷底被浊流吞没的邦……。欧巴因、托马、穆贝、菲妮搜索邦，但探测雷达上也没有类似剑狮的反应，无从寻找。众人凭借菲妮的直觉在悬崖下发现了剑狮。并在河边找到筋疲力尽的杰古并将其救出，但那里没有邦的身影。托马将搜索范围扩大到整个流域，指示下游所有的帝国军支部搜索邦。另一方面，身负重伤但仍拼命继续行走的邦，到达了一个山谷间的村庄。但不知为何村民们对求助的邦态度冷淡。邦力尽失去意识……。救助邦的是一个带着纯白色地狱猫的小男孩。此时，曾一度拒绝协助搜索邦的希帕斯，表示将派遣搜索队到管辖区域，协助寻找邦。不久传来邦在诺登斯遗迹附近村庄被目击的情报，希帕斯采取了出人意料的行动。

在与雷温的战斗中受到重创的剑狮。不久伤口愈合，到场检查的迪博士也对其状态打包票。邦立刻尝试试驾，但不知为何剑狮无法按他想的机动，他请求重新检查。然而结果相同……。对此无法释然的邦，迪解释说是因为邦的驾驶能力已经超过了剑狮的潜力。迪提议为剑狮安装强化零件助推器以提高机动性来对抗狂兽索拉，但使用穆贝的哥斯达黎加进行测试的结果却不理想。在此期间，菲妮担心着自与狂兽索拉战斗以来不知为何无精打采、沉默寡言的杰古……。不顾满脑子都是剑狮的邦，杰古身上更强的力量也在觉醒。

传统狂鲨赛——盖洛斯大奖赛即将举行之际，邦和托马得知杀手魅影受雇暗杀作为主宾到访会场的皇帝鲁道夫。在作为会场的岛上，他们一边加强警戒，认为魅影会伪装成他人潜入岛中，一边推测狙击点在对面的海边看台，决心无论如何都要保护鲁道夫免受魅影的凶弹，进行着严密的警备。然而，与预想相反，魅影打算从海上狙击鲁道夫。魅影乘运输船接近岛屿后，乘上装载的狙击迅龙，用光学迷彩融入周围景色，悠然地进行狙击准备。比赛在未能发现魅影身影的情况下开始……。但是，由于渔船船员青年证言曾在海上目击到狙击迅龙的身影，邦和托马乘上翼龙，急速赶往海上的魅影所在处。

守护者力量的报告会在龙头要塞召开。目的是讨论对策，以应对不分国家发动攻击的谜之敌人希尔茨、莉泽、雷温三人。出席者热心地倾听了迪博士根据从各方面收集的他们过去的战斗经历、以及有关三人的主力索斯兽和暗黑兽的样本与数据总结的分析结果。其中，迪特别关注暗黑兽所具有的特殊能力，以“进化之茧”为例，指出索斯兽的飞跃性进化。他还列举了古代索斯兽人所拥有的能力及其技术关联，以及希尔茨等三人背后黑幕的存在等所有可能性。另一方面，邦和菲妮在另一个部门面对电脑制定对策。他们以邦、托马、欧巴因三位守护者力量主力索斯兽的战力为基础，意气风发地讨论投入强化选项、投入地面战以外的索斯兽等所有战力来打倒狂雷破坏者。就在这时，希尔茨操纵的鲸王从空中袭击了龙头要塞。

某日，欧巴因险些与满载货物疾驰于沙漠的哥斯达黎加相撞。他从翻倒的哥斯达黎加货台上散落的木箱中，目击到索斯兽的强化零件。然而，他在被某人打晕失去意识期间，被栽赃成武器贩卖嫌疑人，被赶来的军事情报部特工卡罗尔带走。在被锤头鲨运往雪山上空途中，他抓住机会成功逃脱，但卡罗尔执拗地追捕他，无论如何都不肯放过。欧巴因下山后，前往赏金猎人常光顾的情报屋女人的店。他展示了用眼罩录像功能拍摄的影像，查明袭击自己的是加斯将军，他召集退役军人设立了慈善团体Zi基金。洗清嫌疑的欧巴因与卡罗尔一起混入派对客人中，潜入武器贩卖的真凶加斯的豪宅。两人发现宅邸内有巨大的强化零件地下工厂，并追逼加斯，但此时卡罗尔的态度骤变。取回闪电三角龙的欧巴因，不得不与卡罗尔的暴风飞龙战斗。

接连发生隶属于帝国警备队的索斯兽骑手被自称“三位一体幽灵”的身份不明的敌人袭击而受重伤的事件。针对敌人向攻击对象事先寄送预告文的手法，守护者力量的邦和托马立即开始调查事件。就在这时，收到预告信的托马被敌人的挑衅所激，独自外出，结果遭到巨大怪物的袭击而身负重伤。与菲妮一起继续调查的邦，最终找到了托马的母校——帝国精英集团“瓦西科亚德学院”。帝国军采用的最新兵器约七成以上出自这所大学的研究团队之手，那里堪称帝国的大脑。出现在邦和菲妮面前的是海因茨、库尔特、亚历山大三人。他们主张“索斯兽只有通过机械完全控制才能100%发挥其性能，不需要驾驶员等”，这与邦认为索斯兽与骑手及装备也存在相性问题的论点正面冲突。

在共和国黄湖基地，守护者力量的邦、托马以及菲妮等人，为了与不知何时会出现的雷温的狂雷破坏者决战，正在进行剑狮的最终调整。对于邦等人来说，现在必须打倒的敌人是狂雷破坏者。然而，在其背后，一个可怕的计划正在进行。希尔茨手中即将诞生新的索斯兽。在将从巨大森林遗迹和海底都市遗迹回收的两个索斯兽核心融合的希尔茨面前的融合炉中，新索斯兽觉醒的时刻正一分一秒地逼近。其背后是企图对帝国和共和国复仇的暗黑皇帝的野心。最早察觉不寻常异变的菲妮，来到了从融合炉释放的莫大能量反应的源头——荒野的峡谷。拥有覆盖整个峡谷的巨大热源的索斯兽中心部温度高达6000度，相当于太阳的表面温度。不久，在追踪菲妮而来的托马和穆贝面前，从耸立的巨大融合炉中，超越了死亡索拉的最强最恶的索斯兽“死亡毒蝎”露出了全貌。

用荷电粒子炮吞没了剑狮、狂雷破坏者、闪电三角龙、重装野牛以及共和国军大部队的死亡毒蝎，被巨锤帝王抱着飞向远方的天空。站在巨锤帝王上的希尔茨对死亡毒蝎压倒性的力量感到满意。菲妮的雷达翼龙和穆贝的银翼龙奉军司令部赫尔曼的命令，追踪向高空上升的巨锤帝王。突然，希尔茨出现在共和国军的显示器上，用死亡毒蝎放出的荷电粒子炮瞬间将黄湖城化为废墟。希尔茨企图以此歼灭共和国军。面对这一危机状况，赫尔曼召集以路易兹总统为首的首脑阵。针对从通常兵器无法攻击的6万米高度瞄准新新赫利克城的死亡毒蝎，发表了给暴风飞龙安装辅助助推器，将其发射到目标高度进行击坠的作战。飞行员是邦和托马。菲妮和穆贝为了执行暴风飞龙的改良任务，立即前往作战基地红河基地。然而，为了参加作战正要离开黄湖基地的邦、托马、欧巴因，遭到突然出现、所属不明的地狱犬大队的攻击，前进受阻。邦得知发起攻击的希尔茨的目标是自己，决定作为诱饵留下。让欧巴因代替自己前往暴风飞龙作战。

新赫利克城正在推进居民的避难，以应对死亡毒蝎的来袭。此时，军司令部的赫尔曼考虑下一个作战，利用死亡毒蝎行进路线上岩浆上升到接近地表的地点，在其通过时进行轰炸，将其落入岩浆中。执行部队是托马和欧巴因。然而，就在两人准备乘轰炸机出发时，死亡毒蝎突然改变路线。作战被迫中止。更甚的是，死亡毒蝎仿佛知晓我方底牌般潜入熔岩隧道，夸示其“天下无敌”的力量。而驾驶舱里是露出无畏笑容的希尔茨……。连指望的邦也在与莉泽的精神狂兽的激战中陷入苦战，无法赶到现场。对于这个甚至找不到攻击契机的史上最强敌人，路易兹总统决定以居民避难为先。比起战斗，优先考虑将损失降到最低。不久，死亡毒蝎伴随着大地震在地面现身，毫不留情地一边破坏街道一边继续进击。新赫利克城的命运究竟如何？而突然出现在那里、向死亡毒蝎发起挑战的意外人物是谁？

死亡毒蝎的荷电粒子炮使共和国首都新新赫利克城完全毁灭。而且共和国军损失了约60%的战力。路易兹总统决定发动最终作战。将残余部队集结到被称为共和国军最后堡垒的温迪努湖。无水之湖温迪努湖……。实际上，那是身高超过200米的超大型索斯兽“究极巨龙”半身埋入湖底伪装而成的伪装湖。共和国打算以仅机库就能收纳50架以上大型索斯兽的超巨大要塞——究极巨龙，与死亡毒蝎进行最终决战。究极巨龙七个核心中已有六个恢复活动。邦和菲妮也随着最后一个核心的觉醒，等待究极巨龙启动的时刻。此时，在地下潜行的死亡毒蝎再次在地面现身。敌人用强烈的荷电粒子炮将障碍物般的巨大山脉逐一粉碎，向究极巨龙步步逼近。自十年前被发现以来从未觉醒过的究极巨龙，能否在成为荷电粒子炮的目标前觉醒？时间所剩无几。

死亡毒蝎摧毁了新赫利克城，依然执拗地瞄准邦的剑狮和欧巴因的闪电三角龙。邦等人险些被荷电粒子炮击中，千钧一发之际被罗索和维奥拉的暴风飞龙所救，平安与航行中的究极巨龙会合。在究极巨龙的作战室里，邦和托马倾听着赫尔曼的话。据赫尔曼称，共和国在复活究极巨龙时，将武装兵器的开发委托给了帝国。在帝国军的秘密工厂，迪博士的指挥下，被称为史上最大最强的重力兵器“重力加农炮”正不眠不休地朝着完成而努力。赶赴现场的鲁道夫也见证了这唯一能对抗死亡毒蝎荷电粒子炮的武器完成。此时，在究极巨龙的预定航线上发现了危险海域。一种叫做甲烷水合物的物质释放出甲烷气体，船只被卷入大量甲烷气泡中，会引发火灾爆炸。赫尔曼建议做好时间损失的准备，采取迂回路线，但此时上空出现多架索斯兽，究极巨龙被击中。另一方面，沙漠的秘密工厂也有一群疑似敌机索斯兽正在接近。

为了给究极巨龙装备重力加农炮，赫尔曼和邦等人到达了迪等人所在的皮雷姆登群岛。他们被分割成七块并列在岸壁上的重力加农炮的巨大所震撼，那规模看起来简直像是一个巨型船坞的构想物之一。立即开始了将这一史上最强兵器安装到究极巨龙上的作业。赫尔曼将重力加农炮的瞄准和射击交给了舒瓦茨大佐，但炮弹库存总共只有三发。除去测试射击的一发，能用于与死亡毒蝎实战的只有两发。而且由于威力过大，测试射击存在暴露究极巨龙位置给敌人的巨大风险。另一方面，邦、托马、欧巴因三人负责支援究极巨龙，以应对不测事态。终于开始测试射击！舒瓦茨扣下扳机，冲击波在海面扩散，与大气的摩擦产生等离子体。强烈的重力使海面凹陷，一举压碎了海底的岩盘。测试射击成功。众人欢呼雀跃，但随即，查明究极巨龙位置的敌人狂鲨编队从空中和海中同时开始袭击究极巨龙。与邦、托马等共和国军翼龙编队展开了激烈的攻防战。

为了充分发挥对抗死亡毒蝎的最终武器重力加农炮的威力，必须将敌人引到弹着点中心。为此，邦、托马、欧巴因三人必须无论如何都要成功实施被称为“三角洲阵型包围”的战术。在邦等人为完成战术而努力训练的同时，出现在共和国领地沙之殖民地的死亡毒蝎继续入侵伊塞里纳山、克洛诺斯、监狱……。巧合的是，那正是邦等人当年为寻找索斯兽伊夫而走过的道路。在加里尔高原抢先一步等待死亡毒蝎的邦等人终于实施作战。尽管阵型完成度只有90%，却成功将死亡毒蝎封入E力场的牢笼中，下一刻，究极巨龙发射了重力加农炮。但令人难以置信的是，重力加农炮瞬间被死亡毒蝎拦截。

邦等人虽然成功完成了完美无缺的E力场屏障，用重力加农炮的超重力将死亡毒蝎逼至索斯兽核心停止，但安比恩特与开始石化的死亡毒蝎核心合体，使其复活。与此同时，在暗黑皇帝的据点，消失的暗影也复活了。雷温刚为共同战斗至今的伙伴复活而感到安心，暗影却突然将攻击矛头转向雷温。对于从地底执拗地攻击究极巨龙的死亡毒蝎，邦和欧巴因想在它再生不完全时给予决定性打击，以必杀技回击，但希尔茨的执念通过反复防御和攻击，操纵着满身疮痍的死亡毒蝎，如同僵尸般执拗。并且，古代记忆复苏的菲妮身上也开始发生异变。

在雷亚赫兹山谷暗黑皇帝的据点，暗影与幻影展开了壮绝的暗黑兽对决。然而，曾经的战友雷温流下的泪水唤醒了暗影。此时，消失的菲妮出现了。从沉睡中醒来的菲妮听到了暗黑皇帝的声音，意识到他就是普罗伊岑。并且得知雷亚赫兹山谷正是古代都市伊夫波利斯的入口。企图通过索斯兽伊夫完全复活的普罗伊岑强迫菲妮打开大门。另一方面，邦在杰古的引导下寻找菲妮的下落，此时从地底出现了伤口正在愈合的死亡毒蝎。

邦让杰古去接菲妮，独自一人向希尔茨发起挑战。在此期间，究极巨龙舰内正在制造行星炮弹，但舰内只能制造一发。赛克斯和重装野牛的修理也在紧锣密鼓地进行，上空有帝国军鲸王编队待命。另一方面，在伊夫波利斯，企图获得死亡索拉统治世界的暗黑皇帝，正与骑乘着幻影的莉泽展开壮烈战斗。在一旁，精神上被逼入绝境、认为唯有停止索斯兽伊夫别无选择的菲妮。此时，被击中的伊夫像突然开始发光，死亡索拉和死亡毒蝎的索斯兽核心吸收其庞大的热能，开始发出异常的光芒。

与死亡索拉融合后势不可挡的死亡毒蝎面前，邦和雷温团结一致发起挑战。然而，即使是重力加农炮引以为傲的行星炮弹，也在强化后的死亡索拉荷电粒子炮面前被轻易压制，各地的惨状触目惊心。究极巨龙也遭受重创，陷入半毁状态。菲妮认为，要终结这无休止的纷争，唯有停止索斯兽伊夫。但索斯兽伊夫一旦停止，行星Zi上的所有索斯兽都将停止运作。邦请求赫尔曼代替阻止菲妮，将自己乘坐的剑狮用重力加农炮发射出去。然而，剑狮突破强化后死亡毒蝎装甲的可能性极低，驾驶舱内驾驶员生存的概率也仅有0.0008%。面对坚持要战斗到底的邦，赫尔曼被迫做出艰难抉择。行星Zi的未来……以及邦的命运究竟如何！？