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看着初次降生的长女丽子，正则（草刈正雄）本应满心欢喜，但百合子（川岛なお美）却黯然无光——在她的眼中，丽子宛如一只蜥蜴。随后，妹妹麻美（榎本加奈子）出生，她在麻美身上只看到“人类”，于是将全部的爱倾注于麻美一人。丽子在不被关注中渐渐变得沉默、微不足道。直到某天，她无意间听见百合子撕心裂肺地呼喊：“那孩子是加拉帕戈斯来的蜥蜴！”镜中映出的竟是蜥蜴的模样。9年一晃而过，丽子已17岁，麻美15岁，她们兄妹俩走进同一所高中教室，却不知道等待她们的命运将如何……

丽子无意中错放了填写大学志愿的表格，被香织捡到后得知她申请了与伸相同的大学，这触动了香织的嫉妒心。她向全班揭露了丽子的暗黑过往——曾试图自杀，并冷嘲道：“你之所以填那个学校，就是因为你喜欢伸！”百合子曾警告丽子，蜥蜴不该坠入爱河，以免给对方带来麻烦。丽子听后痛心，将对伸的感情深藏于心。震惊之下，她冲出教室，镜头停在一只伸出的援手……

百合子坚决反对丽子升入大学，但在劝说之下勉强同意。丽子欣喜地将消息告诉了好友信子，信子邀请她第二天一起去清里旅行。对于从未与朋友外出过的丽子来说，这让她无比激动。然而，香织偷听到她们的计划，怂恿伸与自己同去清里。第二天，伸与香织一同出现在丽子和信子面前……

生物课上，丽子看到蜥蜴的显微影像，惊恐之下昏倒。担心的伸前去探望，却被百合子冷漠地拒之门外，并隐瞒了此事。伸的最后一场田径比赛临近，丽子打算和信子去为他加油——她自小便一直注视着他奔跑的身影。然而，比赛当天，百合子却坚持要带丽子去逛街……

丽子生日将至，信子问她的生日愿望，丽子回答想和喜欢的人去游乐园。但百合子禁止她谈恋爱，这个愿望似乎永远无法实现。出乎意料地，伸为了感谢她期中考试的辅导，邀请她去游乐园。丽子欣喜若狂，却始终忘不掉母亲那句“你是蜥蜴”，最终拒绝了伸的邀请。

麻美成绩不佳，百合子为她请了家教。麻美忙于学习，丽子替她在餐厅打工。因不擅社交，丽子工作举步维艰。一天，家教到餐厅来，丽子无意中听到他意图引诱麻美，顿时愤怒。事后，麻美意识到丽子的善良，将游乐园门票转送给她。生日当天，伸带着票来到丽子家。丽子紧握门票，奔向游乐园——她周围的世界似乎正在慢慢改变…

在游乐园，伸直言不讳地说：“我不喜欢你现在的样子，希望你回到八岁时那个开朗的你。”丽子因此渴望改变，并向信子倾诉。然而她仍无法说出口——自己认为自己是蜥蜴的真相。麻美质问百合子为何对丽子如此刻薄，这让百合子一整天卧病在床……

百合子向丽子坦言，曾想过与她一起死。震惊的丽子逃离了家。信子得知消息，拼命在城市中寻找，最终将她带回自己家。第二天，信子的母亲告诉丽子，信子过去也有过很多痛苦。被她的善意打动，丽子决定将一切坦白：“我是一只蜥蜴……”

信子的死让丽子深信是自己的错，她将自己封闭在房间。担心的麻美劝她重返学校，但丽子一见到信子空空的座位便逃离校园。在街上游荡时，信子的男友叫住了她，递来信子生前写给他的信——“我想治愈丽子的心，她有获得幸福的权利。”读着信子的话，丽子泪流满面……

丽子决定追求自己的幸福，顶着母亲百合子的反对，搬出了家，自立自强。她开始了新的兼职，也在伸的面前明显开朗了许多。然而，百合子始终认为她早该随丽子一起死去。最终，伸意识到自己对丽子的感情，并邀请她赴波士顿陪读。令人意外的是，百合子鼓励她接受邀请，但在此之前，却提出要全家一起去一次旅行……

丽子已做好赴死的准备，她向百合子请求最后一个愿望，但被拒绝——似乎百合子宁愿死也不会拥抱她。出发的日子临近，百合子甚至不肯见面。这时，她在家中发现一本旧日记，写着丈夫曾在加拉帕戈斯救助过一只受伤的鬣蜥。终于，出发的时刻到来，丽子与伸朝机场出发……