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实现了转入憧憬的神威大门综合学园的濑名新。在满怀希望来到神威岛的当天，遇到了同样转学而来的星原光。被分到同一班的新和光，被班主任美都玲奈介绍给同班同学。

对于在第二世界无视命令的新和光，小队长春树的训话还在继续。春树说“战场上小队长的命令是绝对的”，但新反驳道“又不是真的会死”。

下一次作战是全部5个小队都参加。目标是完全破坏罗西乌斯军建造中的长城型要塞“巨人之壁”。护卫着巨人之壁的，是被称为紫罗兰恶魔的恐怖LBX“强袭者·伊泽尔法”。

给予了紫罗兰恶魔一击的新的传闻扩散开来，他吸引了所有人的注目。然而，得知被逼至濒临战败的第一小队LBX，即使咲也拼命修理也要花三天时间，新急忙赶往咲也的房间。

新与咲也一同进行LBX对战练习，对咲也的LBX上装备的从未见过的武器感到震撼。那武器的破坏力惊人，轻易就将场地上巨大的岩石粉碎了。

第一小队正为与死亡华尔兹兄弟的再战而伤脑筋。对于新“用阵型攻击对付阵型攻击”的单纯想法，包括忧在内的第一小队成员都感到无语，但……

在持续维护第一小队LBX的咲也房间里，新发现了试制品新兵器。据说它目前的状态无法发挥全部性能，但只要有实验室就能使其恢复完整状态。

新想到了攻略要塞战车·艾尔多班德的秘策，但其内容过于异想天开，连春树和光都无法抹去不安。“落下比艾尔多班德更大的东西”这个作战，仅凭第一小队是无论如何也做不到的。

目击到第五小队的技师文太从罗西乌斯的学生那里接过信封。因为技师们正苦于LBX的维护费用，文太被怀疑是否在向罗西乌斯出售杰诺克的情报。

咲也因试作型骑乘装甲的开发获得高度评价，作为高额白银信用点获得者荣登排行榜。就在那时，咲也收到了来自第二小队技师凛子的邮件。

神威大门进入考试期间，疏于考试对策的新慌忙开始学习。然而，作为考试科目的论文主题，不仅让新，甚至让咲也和忧都感到苦恼，三人开始寻找参考资料。

虚拟国“阿拉比斯塔”与“哈涅斯”的部队被谜之集团“暴徒”全歼的传闻扩散开来。对只会无差别攻击LBX的暴徒感到诡异的新他们，不久后与暴徒遭遇了。

光在保健室梦见了父亲。“每个人都有各自的角色。”虽然小时候被这样告知，但光一直反抗着不想变得像父亲那样。他是想变得比谁都强、站在比谁都高的位置而战斗至今的。

两名新生被分配到第三小队，因琉夏态度冷淡，新负责带他们参观校园，加深了与两人的交流。然后，这天的战备时刻，是攻略罗西乌斯东端的沿岸要塞·天使之壁。

在天使之壁战再开之前，新向村朽宣战布告：“今天一定要做个了结”。村朽也期望着与新的单挑。然而，因为某件事，学园内变得一片混乱。

使紫罗兰恶魔强制超频的传闻扩散开来，新一跃成为风云人物。有个男学生向这样的新投以热烈的视线。他就是职业LBX玩家·古城飞鸟的弟弟、哈涅斯的天才技师·古城猛。

回到鸭庄的第一小队，对玲奈提出的课题——“在下次战备时刻之前找出巨大要塞死亡森林的攻略方法”感到苦恼。那时，第四小队的凯瑟琳出现，要求让他们见古城猛。

在意从村朽那里听说的代理战争一事的新，向成员们坦白了这个情报。对于说是陷阱的光，新说村朽不会做那种事。然后，第一小队的成员从玲奈那里接受了绝密任务。

杰诺克与哈涅斯的同盟正式发表，春树向杰诺克的学生们告知了第二世界的真相——代理战争。玲奈说这场战斗作为“安静的战争”，有助于维持世界和平，但……

好不容易躲开了突然出现的暴徒的杀戮机器人的攻击，战备时刻结束。对于提议在下一次战备时刻全机撤退的学生们，玲奈顽固地指示继续作战，让学生们感到困扰。

暴徒的目标是失落区域。点阵脸和强袭者·伊泽尔法向古尔杰昂袭来。根据玲奈的命令，欧文、巴尔·斯巴洛斯赶来支援，但却接连被击倒。

新被艾泽尔达姆的夏洛特叫到屋顶，但出现在那里的不知为何却是伊丹京次。“为了了解第二世界的真相，也到艾泽尔达姆来吧”，新被这样招募。

因艾泽尔达姆使用的LBX与暴徒的LBX极为相似，杰诺克一片哗然。关于此事被约瑟芬盘问的赛蕾蒂，却反驳说他们自己才是受害者。

因某件事为契机，凯瑟琳决定与小国虚拟国·波尔顿的雏子用LBX对战来了结。然而，雏子指定的场所，是第二世界中杰诺克的领地。

为光的回归、第一小队的完全复活而感到高兴的新。然而，试图进入控制舱的光却受到莫名的眩晕侵袭，勉强出动但身体发抖，在向作战地点降落时失败了。

因约瑟芬在全校集会上说“要歼灭暴徒”，学生们紧张起来。就在那时，在新他们杰诺克班级，将进行由赛蕾蒂授课的第一次课程。

在与阿拉比斯塔的战斗中，新因正射出的射击而免于危机，并拜托不情愿的正让他看看射击的示范。新为用手枪也能准确命中目标的精准技术所感动，又请求他展示步枪的本领。

在罗西乌斯根据地玫瑰城，出现暴徒。察觉到目标是拥有寄生钥匙的和太的LBX后，村朽保护了和太。罗西乌斯的学生接连被击败，剩下的村朽小队及和太拼命战斗。

新坦率地为能与村朽并肩作战而感到高兴，春树也对他们的配属表示欢迎。但是，作为技师无法容忍自己制作的强袭者·伊泽尔法败给新的LBX的影人，不愿敞开心扉。

出现在新面前的赛蕾蒂，说为了追求正确的未来，要新成为同伴。新立刻拒绝，但对赛蕾蒂坚决的态度感到不安。就在那时，深夜时分，琉夏的LBX被出其不意地夺走了。

决定与艾泽尔达姆战斗的新他们，向所有虚拟国家的学生们请求协助。然后在聚集的各国小队长面前，春树说明的战术，是出乎赛蕾蒂他们意料的奇袭作战。

突然出现的幻影之枪，贯穿了古尔杰昂。赛蕾蒂将无法战胜新的京次视为无用而舍弃。新对将恐怖活动正当化的赛蕾蒂感到强烈愤怒，连续发动攻击。

神威岛被赛蕾蒂他们占领，赛蕾蒂宣布的第二世界运作方式令师生们惊愕。那不仅是学生，也关乎已成为第二世界一部分的美都博士的性命。

醒来的新，得知凯特成为了世界拯救者的一员，深受打击。不想与凯特战斗的心情，大家都是一样的。然后到了第二天。战备时刻的战斗地点，是在失落区域。

因赛蕾蒂的攻击，世界联合军的许多LBX被破坏。被击败玩家的控制舱内充满了气体，悲鸣四起。面对同伴的“死亡”，幸存者无不对与赛蕾蒂的战斗感到恐惧。

赛蕾蒂宣布战备时刻开始。然而，其攻击目标是侵入第二世界的玲奈。那时，因东乡总理病情恶化，接替他指挥处理赛蕾蒂事件的，是财前宗助。

迎来了与断言“战争绝不会消失”的赛蕾蒂的最终之战的新。在三位一体、巴尔·潜航者、马格纳奥塔斯的支援下，多特·冲击波发射器向迪·艾泽尔迪施以强烈一击……