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关原之战开始约一年前，信州国境。流浪中的伊贺忍者·雾隐才藏遇到被刺客追赶的巫女·伊佐那海。才藏不想卷入麻烦打算离开，但嫌麻烦地还是华丽瞬杀不断袭来的刺客。被才藏强大彻底感动的伊佐那海缠着，才藏接下护送她到信州上田的任务。于是，来到上田真田领内的两人面前，自称真田忍队头领猿飞佐助的忍者挡住去路……！聚集在真田幸村身边的华丽勇士们。绚烂战国动作，出阵！

被伊佐那海的步调带着，虽不情愿也侍奉幸村的才藏。上田城举办丰收祭之日，独自逃到森林的才藏与青梅竹马的金发美女·安娜斯塔西娅再会。听说安娜的主君也是幸村，奉主命调查国境出现蟒蛇的传闻。在意才藏与安娜的伊佐那海，离开祭典跟去退治蟒蛇。此时，德川家康派出的刺客魔手逼近上田城……

按幸村命令，才藏与伊佐那海前往出云。同行的幸村家臣·筧十藏调查得知，袭击出云大社的德川在找什么却没找到，正在追唯一幸存者伊佐那海。面对死板的筧与天真烂漫的伊佐那海，才藏感到前途多难。旅途中，深山吊桥上有个扭伤脚的女人求助。与女人一起过吊桥途中，才藏等人被奇妙的风封住行动。山贼·由利镰之介及其手下袭击才藏与伊佐那海……！

才藏、伊佐那海、筧三人抵达出云大社。才藏与筧对那惨状皱眉。本应美丽的神社被德川烧得无影无踪。德川如此想得到的东西是什么？寻找线索，但全被烧毁什么也没有。然而，才藏注意到只有鸟居唯一残留，调查后发现其下石板呈“阴阳太极图”形状。看到它的伊佐那海突然像被什么推动般触碰石板，开始接连移动石块……

突然出现在出云大社的伊达政宗夺走伊佐那海，才藏等人因与服部半藏战斗身负重伤，无法追赶。从信中得知情况的幸村，让佐助与安娜前往伊达据点·奥州。另一方面，被囚在座敷牢的伊佐那海激烈自责。出云被袭、勇士们战斗受伤，全都因自己持有的簪子而起……面对来救自己的佐助，伊佐那海背过身说不回上田，但是……？

受幸村慰劳平日辛劳的安排，勇士们被邀往上田领内秘汤。才藏独自走在温泉宿场町时，突然饭屋墙壁破裂，筧被吹飞过来。据说他提醒白吃白喝的僧侣，对方便暴走不可收拾。自称三好清海的巨汉怪僧。其袈裟上强有力写着“寻找妹妹中”。清海以空手弯曲筧枪的怪力，更拔出背后背负的棍棒大闹。此时镰之介与佐助也赶来，四名勇士包围清海……！！

被德川家康邀请参加茶会的幸村，带才藏、伊佐那海、六郎前往京都。途中宿场遇到的少年建议他们因前方街道因塌方不通，越岭前行。但山岭路上设有各种陷阱。从林中飞出的竹枪和四方落下的岩石袭击才藏等人！另一方面，同样前往茶会的伊达政宗，为与幸村初次见面心潮澎湃，盛装从奥州出发。而在京都，更多强者等待一行……！？

在茶会上受辱、怒上心头的家康命令政宗捕获幸村。幸村一行一边避开接连逼近的家康追兵一边前进。按幸村命令，才藏与镰之介搜索，发现前方街道被完全封锁。前方只有琵琶湖。此时，政宗率大军出现。被湖与敌人夹击，绝体绝命！……本该如此，幸村却不动摇。“我有勇士。”强烈信赖的话语让才藏等人胸中燃起作为勇士的决心。死斗中，伴随轰鸣雷声，神秘海贼船出现在湖上……这船是敌是友……？！

终于十名勇士集结！避开伊达政宗追击回到上田的才藏等人。面对十勇士齐聚，幸村不敌微笑——才藏从其表情感到有什么开始行动的前兆。入夜，才藏悄悄造访幸村寝所。真田十勇士究竟是什么？面对询问幸村真意的才藏，幸村像平时一样搪塞，但忽然像下定决心般开始讲述……同时，一个影子潜入六郎房间。睡着的六郎头顶上有利刃。

安娜的背叛让勇士们受到冲击，幸村告诉才藏伊佐那海是杀戮女神·伊邪那美命。听到此事的伊佐那海飞出城堡……！那黎明，上田城附近聚集忍者身影——服部半藏率领的“异形五人众”。半藏的野望是用伊邪那美命的绝大力量从背后支配天下。为此宣告要杀光碍事的勇士。于是，半藏出现在才藏面前！同时，得知伊佐那海秘密、更加努力锻炼的勇士们也遭异形刺客……！伊贺异形五人众与真田勇士的死斗拉开帷幕！

伊贺异形五人众开始行动……！目睹才藏与半藏血洗血的战斗，伊佐那海心中前所未有地扩展出深暗。认为那悲伤会引出黑暗之力的半藏责难伊佐那海。勇士们受伤也全是因为与伊佐那海有关……半藏的耳语让伊佐那海的苦恼达到临界点。另一方面，不知此事在街上闲逛的镰之介，突然被叫“公主”。从刹那黑暗中醒来，镰之介变成身穿礼服的少女身姿！被温柔与至福包围的这个世界是……？！

在与异形五人众的战斗中受伤濒死的勇士们——悲伤达到顶点的伊佐那海终于取下奇魂！瞬间，伊佐那海被漆黑之暗包裹。伊邪那美命觉醒了。黑暗迅速覆盖地上。半藏为超越想象的力量狂喜。若将奇魂握于手中并操纵黑暗，世界便随心所欲。嘲笑幸村说仅为一己之私获得力量也是空虚，半藏把手伸向包围伊佐那海的黑暗……！才藏拼死阻止……！勇士们的死斗走向如何？才藏能成为劈开黑暗的光吗？！