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在回忆中，当一个巨大的污染獸袭击一个都市时，三个强大的战士挥舞着“天堂之刃”开始对抗它。目前，雷馮·阿爾塞夫离开他的都市参加潔爾妮的学院。与此同时，妮娜·安多克失去了她排的一名成员，并被迫寻找新兵。 雷馮抵达潔爾妮时，两名学生开始战斗，导致另一名学生倒塌。在接到心灵感应命令拯救她之后，雷馮以令人难以置信的速度将她从建筑物中带走。他会见了学生团体的主席卡利安·羅斯，他迫使他进入军事艺术排，目睹雷馮拯救梅珍的妮娜将雷馮招募到第17排。之后，雷馮遇到了菲麗·羅斯，这是第17排的另一名成员，他早些时候向雷馮发送了心灵感应信息。那天晚上，雷馮回忆起他是过去曾对抗巨型林贝肯的战斗机之一。

回忆起一场战斗演习，捕捉了潔爾妮和另一个潔爾妮失去的都市学生之间的旗帜情景。 妮娜将雷馮介绍给第17排的成员，并在练习决斗中与雷馮作战。虽然雷馮表现不错，但是他被妮娜的气爆炸送到了墙上。之后，菲麗面对雷馮允许妮娜击败他，并透露她的兄弟卡利安计划强迫雷馮进入军事艺术。 雷馮在兼职期间遇见了妮娜，Nina透露她离开了她的父母去学习潔爾妮的军事艺术。第17排进入了对抗第16排的旗帜战斗场景，并且表现不佳。当妮娜即将被击败时，菲麗将妮娜的想法传递给雷馮，雷馮利用强大的一阵to击败第16排成员，让旁观者惊讶不已。然而，妮娜和菲麗对雷馮，妮娜非常愤怒，因为他在战斗期间刻意挫败了他的力量，而菲麗因为他没有。

为了向雷冯传达心意，梅珍实行手工便当作战。另一方面，为了赚取生活费，开始夜间打工的雷冯，在都市的机关部，亲眼目睹了有着幼小孩子身姿的都市之魂……电子精灵。那里，戴着狼假面的神秘男人们袭击过来！使用不可思议的力量，瞄准电子精灵的他们的真身是……

立刻生气的妮娜。冷淡的菲丽。在新的学园生活中，为人际关系的别扭而烦恼的雷冯。另一方面梅珍似乎在意雷冯身边的两位前辈女子。某天，夏尼德执拗地邀请雷冯去某个地方。前往洁尔妮中男生聚集的人气地点迎接他们的，是一个意外的人物。

对至今无法合作的第十七小队感到焦躁的妮娜。另一方面雷冯也拖著过去的事件，过着烦恼的日子。其中，洁尔妮的脚踩进了污染兽的巢穴。无数袭来的污染兽幼生态。而且，幼生态背后有凶恶的母体！！因第一次污染兽袭击而陷入恐慌的洁尔妮，雷冯奔跑起来！！

寄给雷冯的信送到了洁尔妮。那封信被误送，辗转到了梅珍、菲丽、妮娜手中。于是她们知道了雷冯的出身都市古莲丹和莉莉琳这个存在。其中，被卡利安叫去的雷冯，对突然递来的照片感到惊愕。那上面拍的是什么？

照片中拍到的污染兽身姿。那姿态是通常污染兽无法想象的样子。对于再次袭击洁尔妮的威胁，雷冯只是独自一人对抗。出击前，雷冯探望因过劳倒下的妮娜。从那个样子感觉到非同寻常的妮娜，从哈雷那里听说雷冯一个人前往污染兽那里。

在与第五小队的练习比赛中，雷冯遇到了第五小队队长戈尔内奥和红发少女香特。对露骨表现出敌意的两人，雷冯无言地击退。但是，注意到雷冯与戈尔内奥、香特因缘的卡利安，给第十七小队和第五小队下达了特别任务。那是调查曾经与洁尔妮战斗过的都市。

前往废都市探索的第十七小队和第五小队。在那里，妮娜从戈尔内奥那里听说了古莲丹时代的雷冯。以意想不到的形式得知雷冯的过去，妮娜对那事实感到狼狈。另一方面，在古莲丹，莉莉琳面前出现了萨瓦利斯和林滕斯。被称为古莲丹最强的两位天剑授受者的目的是？

在废都市中，雷冯他们发现了神秘的生命反应。在推进探索中，菲丽和香特暗中碰撞着竞争对手心。其中，从雷冯自己口中讲述了在古莲丹的过错。那是关于天剑的壮烈争夺的记忆。只是沉默的第十七小队成员。其中，雷冯遭遇了神秘的生命体。

平日的繁重工作积劳成疾，卡利安因过劳倒下。被说要好好疗养的哥哥带着，菲丽也不情愿地来到带泳池的温泉。但那里，妮娜和雷冯等第十七小队的成员也来了。而且，梅珍、娜尔基、米菲三人组也来了！围绕雷冯，泳装少女们展开了激烈的战斗！看到这种景象的卡利安，让秘书军团暗中活动……

以增大武艺者能力为代价，产生严重副作用的违法药物。受娜尔基所托，协助取缔的雷冯。同时，夏尼德也在追查这种违法药物。踏入违法药物交易现场的雷冯，遇到了使用与自己同一流派技能的强敌。另一方面，夏尼德面前出现了他曾经所属的第十小队的达尔谢娜……

从古莲丹来的少年海亚和少女缪恩法。海亚与戈尔内奥接触，得到了关于第十七小队在废都市遭遇的神秘存在《废贵族》的情报。另一方面，雷冯他们查明了使用违法药物的嫌疑人，但那是一个意外的人物。为了收拾事态，雷冯他们拜访卡利安，但那里不知为何海亚也在。

涉嫌使用违法药物的第十小队丁·迪。卡利安为了不公开事件、将其埋葬在黑暗中，指示雷冯在比赛中让丁无法再起。曾经与丁和达尔谢娜一起在第十小队的夏尼德，以复杂的心情守望着事件。然后第十小队与第十七小队比赛当天。被雷冯逼入绝境的丁突然被废弃族附身。仿佛等待那个时机一般出现的海亚和萨林邦教导佣兵团。各自心怀思虑，三方混战开始了。

为了磨练更多的合作，第十七小队举办了强化合宿。来帮忙的梅珍、米菲、娜尔基也加入，变成了热闹的旅行。但是，米菲的真正目的是在合宿期间，打听雷冯在古莲丹的过去。另一方面，梅珍痛感到作为武艺者的雷冯与作为一般人的自己之间，有着无法填补的距离。此时，合宿所的地基崩塌，发生了塌陷事故。梅珍和雷冯被吸入塌陷的地面。

为了填补因塌陷事故身受重伤的雷冯的空缺，夏尼德将达尔谢娜招募进第十七小队。但是，达尔谢娜与其他成员的团队合作并不顺利，与第一小队的比赛惨败。此时，电子精灵洁尔妮开始暴走。原本避开污染兽移动的本能开始失常，开始朝着污染兽突进。由于废贵族出现的影响，洁尔妮似乎发生了异变。雷冯与因卡利安的委托再次出现在洁尔妮的海亚一起，对抗污染兽群。

暴走的洁尔妮。雷冯与海亚他们一起打倒在其前进路线上的污染兽。另一方面，得知刚做完手术的雷冯参加了与污染兽的战斗，第十七小队的成员们想要前往救援，但那时，妮娜的身影突然消失了！另一方面，下定决心前往洁尔妮的莉莉琳，与被某人命令护卫的萨瓦利斯一起，乘坐流浪巴士出发旅行。

妮娜被废贵族附身，从洁尔妮消失了身影。恢复意识的妮娜，注意到自己在学园都市迈阿斯。那里有正在前往洁尔妮途中的莉莉琳。仿佛被什么人引导一般相遇的莉莉琳和妮娜。看到这一幕的萨瓦利斯，对妮娜体内的废贵族产生了强烈的兴趣。

在学园都市迈阿斯，妮娜和莉莉琳相遇了。仿佛被两人的相遇引导一般，污染兽和狼面众袭击了迈阿斯。在恐慌中，附身妮娜的废贵族觉醒，开始了压倒性力量的暴走。当废贵族的力量开始侵蚀妮娜的身体时，试图救她的莉莉琳也开始发生异变。

妮娜像消失时一样，突然出现在洁尔妮。雷冯他们虽然高兴，但对不说明失踪原因的妮娜感到不安。同时，滞留在洁尔妮的萨林邦教导佣兵团收到了一封信。那是来自古莲丹女王阿尔谢拉的信。团长海亚读了那封信后，立刻下定了某个决心。

海亚绑架了菲丽！！都市战即将开始前夕，第十七小队收到了惊愕的情报。海亚提出以菲丽的人身交换，与雷冯决斗。接受了卡利安救出菲丽委托的雷冯，前往萨林邦教导佣兵团那里。两人的战斗，是因为同门，还是因为追求之物的不同？赌上意志的死斗即将开始。

逼近洁尔妮和迈阿斯的另一座都市。当洁尔妮确认其身影时，那座都市的名字给卡利安他们带来了冲击。枪壳都市古莲丹，本不应相遇的都市出现在眼前。另一方面，在绝望的状况中，雷冯与莉莉琳再会。喜悦转瞬即逝，从莉莉琳那里得知在迈阿斯遇到了妮娜，雷冯惊愕不已。

在洁尔妮和古莲丹面前出现了强大的污染兽。面对那异形的身姿，雷冯感到绝望。妮娜虽然自身寄宿着废贵族，但仍然为了守护洁尔妮而试图战斗。第十七小队的拼死防御战开始了。另一方面，在古莲丹，女王阿尔谢拉期盼着那污染兽的出现。浮现出不适宜微笑的阿尔谢拉命令天剑授受者出击。

即使拥有古莲丹引以为傲的天剑授受者们的力​​量，也无法打倒污染兽。在逐渐处于劣势之中，妮娜使用了禁断的废贵族之力。凭借开始暴走的妮娜的力量，将污染兽逼入绝境，却给了瞄准废贵族的萨瓦利斯绝好的可乘之机。袭击妮娜的萨瓦利斯，与想要保护她的雷冯。拥有超绝力量的两名武艺者的死斗开始了。