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一切价值观都已瓦解。来吧，新世界诞生了。被超能力者支配的首都东京。现在，世界的终结开始了……

受“发光鱼”影响而觉醒超能力的凛花。东京太郎用“奇迹！”来形容她的力量，出现在她面前。据说两人在半年前就已经见过面。

京太郎建议凛花：如果要追查超能力的成因“发光鱼”，就去找追踪鱼的“飞行企鹅”。凛花终于找到了“飞行企鹅”，然而……

凛花和京太郎前往夺回紫。佛田等人挡住去路。看到受伤的紫，佩吉愤怒觉醒，对佛田发动攻击。

自称“教授”的神秘男子突然出现在凛花和紫面前，施展幻术。教授开始向两人讲述石片和“发光鱼”的秘密。

教授等人击落了巨大油轮。凛花等人对那景象愕然不已。凛花试图救助大量伤员时，美奈实出现在她面前，毫不犹豫地带走了京太郎。

养谷老师为了锻炼凛花，叫来了大空步。凛花与步进行对战。步轻松躲过凛花的攻击。与步的对战中无计可施的凛花为了变得更强，更加努力地特训。

凛花每天接受养谷的训练。她想起消失的京太郎，独自前往游乐园。社会上反对ESP的运动日益激化。

弧月、凛、亚美江等能力者为狙击凛花来到学校。面对强敌凛花陷入绝境。此时失踪的京太郎出现了！凛花露出笑容，但瞬间笑容便黯淡了下来！？

凛花伤痕累累地徘徊寻找，却不见京太郎的身影。此时京太郎已被美奈实带到了遥远的南方岛屿。徘徊的凛花被取缔超能力者的执行部队包围。

凛花被带到超能力者的收容设施，在牢房中流泪。另一方面，执行部队攻入教授的据点。教授等人引爆据点抵抗。日本政府下令出动自卫队。内战一触即发！？

在养谷老师的指示下，漆叶龙胆试图让国会议事堂迫降。另一方面，美奈实前往与凛花进行最终决战。在与美奈实的激战中，凛花确信东京太郎还活着！