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进入足球名门圣迹高中的柄本蔀，被同班同学风间阵突然邀请参加五人制足球赛。初学者的蔀虽然一直在拖后腿，但仍拼命奔跑并夺得了进球……

加入足球部的蔀和风间，与同为一年级部员的伙伴们一起被罚连带责任跑外圈。不想给大家添麻烦的蔀向队长水树寿人请求，让自己一个人跑完所有人的份额……

与别校的GW联合集训第一天。蔀听到别校的学生在谈论风间中学时代的事情。蔀很在意风间的过去，却无法开口询问。次日，蔀醒来时，风间已经不见了踪影……

蔀向同为美化委员的生方千加子搭话，希望她帮忙打扫卫生。但是，蔀的话没有被理会，反而因练习迟到被罚跑圈。生方看着这样的蔀，回想起了曾经的自己。

蔀帮助决定以全国大赛为最后舞台退役的三年级生笠原练习。日后，全国大赛参赛名单发表，一年级生风间入选，名字接连被念到。最后一个人选，被选中的是……

首战虽然艰难取胜，但蔀因自己毫无建树而消沉。此时，圣迹的对手樱高的队长犬童薰出现在他面前，邀请他一起踢球。蔀被犬童以压倒性的差距甩开……

全国大赛预选赛第二轮，圣迹凭借风间的活跃表现，大比分战胜南高中。次日，未能出场的蔀，即使在休息日也继续绕着球场跑圈。他的行动中蕴含着某种想法。

凭借水树的出色表现晋级决赛的圣迹，观看了对手都立樱木高中的比赛录像并研究战术。对于目前大会得分王、樱高10号成神蹴治的球技，一年级队员们惊叹不已。另一边，风间则斗志昂扬。

全国大赛预选赛决赛。队长水树完全复活，以最佳状态迎战的圣迹十一人，但蔀却一直担心状态与平时不同的风间。比赛刚开始，风间就出现了停球失误。

凭借水树的射门先拔头筹的圣迹，让犬童单人盯防风间。然而五分钟后，犬童将球射入网窝，向风间展示了实力的差距。风间第一次尝到了败北的滋味，但……

大柴被替换下场，正要踏入球场的蔀，裤子突然滑落，内裤暴露在外。看到蔀这副模样，圣迹的队员们忍不住笑了出来。察觉到气氛变化的犬童，提高了警惕。

蔀最后的射门偏出，圣迹输给了樱木高中。次日，以全国大赛为最后舞台退役的笠原，在水树的目送下静静离去。那时，风间第一次感到了不甘心，而蔀则一心一意地继续奔跑。

小百合邀请蔀去参加夏日祭典。两人一边回忆往事一边逛摊位，圣迹足球队的成员们也都在享受着祭典。日后，圣迹足球队的成员们为了某个目的聚集在大柴家中……

暑假开始，圣迹足球队来到樱岛进行远征集训。从零开始选拔全国锦标赛参赛选手，激烈的首发争夺战开始了。与蔀竞争同一位置的二年级前辈大柴对他说：“全力来抢我的位置吧。”

集训第一天晚上，蔀与三年级的灰原一起观看练习赛录像，思考自己究竟缺少什么。第二天与玄武高中的练习赛中，蔀被中泽监督安排踢中后卫的位置。

集训第三天对阵龙真学园的练习赛。面对以坚固防守著称的龙真一年级门将，圣迹攻击阵占据优势。其背后，是蔀将防守中学到的东西加以运用，牺牲自己激活球队的身影。

集训最后一天，圣迹迎来与青函高中的练习赛。开场不久，平的一脚传球，超级新人火村跑位接应破门，但由于臼井提前造越位，进球因越位被判无效。

青函战下半场。受伤的风间被换下，蔀站上了球场。另一边，青函替补席上，监督和平正为火村的起用方式争执不休。监督限时十分钟，认可了平主张的火村单前锋战术。

比赛临近结束时，蔀的射门得分，圣迹取得了胜利。蔀一时难以置信，困惑不已，但被圣迹队员们簇拥着，流下了喜悦的泪水。此时，风间的母亲静静地试图离开现场……

对于三年级生来说最后的赛事——全国锦标赛东京都预选赛拉开帷幕。晋级四分之一决赛的圣迹对手是北东高中。本以为比赛顺利，率先取得进球，但对方粗暴的犯规导致大柴受伤。

半决赛对阵私立京王河原高中，缺少了“三支箭”的圣迹，以君下为中心的三年级队员们奋起反击。此外，抢第二落点精度提升的蔀被放倒，为球队赢得了任意球的机会。

新户部被红牌罚下，只剩10人应战的圣迹球门受到京王的甲斐和丸冈的威胁。凭借臼井的防守和猪原的超级扑救勉强撑过上半场，但下半场一开始，圣迹就被扳平了比分。

臼井传接球，蔀再次抢断获得第二次任意球机会。君下踢出的球弹开京王门将的手，漂亮地飞入球门。逆转后的圣迹试图守住这一分的领先，但被京王的进攻压制。

激战过后，圣迹赢得了胜利。在确定晋级决赛、队友们欢呼雀跃之时，只有蔀露出了闷闷不乐的表情。赛后，回到部室的来栖等人，看到了在球场上一边哭泣一边踢球的蔀的身影。