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有半数居民都是能力者的城镇咲良田市。居住在那里的少年浅井惠，拥有能完全保持自身记忆的能力。他在同学相麻堇的介绍下，与缺乏情感的少女春埼美空相遇。春埼美空拥有最多能倒转世界到三天前的状态，名为“重启”的能力。而且春埼说只要看到哭泣的人就会重启。惠对春崎那样的能力感兴趣。然后……

仓川真理于7年前胎死腹中，跟春埼要好的仓川真理，其实是不存在的人。妈妈对于一直爱着MARI心生倦意，便将MARI交给“管理局”下定决心离开咲良田。知道那件事的惠，为了拿回春埼的感情跟仓川真理的幸福展开行动。

惠跟春埼成为高中生，进行服务社的活动。使用能力解决各式各样的问题。他们自名叫村濑阳香的少女那边，接下让死去的猫复活的委托。不过在这次的委托中，有许多令人纳闷的地方。当他们寻求情报贩子“隐藏号码”的协助，对方却提到神秘物品“麦高芬”的话题。

出现在惠面前的皆实未来记忆有所欠缺，那是因为“隐藏号码”的能力吸取了她的情报，接着事件发展成杀人事件。另一方面，村濑阳香拥有“能够消除触碰事物的能力”。并且她的委托另有目的，她是为了拿到“麦高芬”而接近惠他们。村濑使用能力盯上惠跟春埼的性命。

三个月前，惠跟春埼才刚结束入学典礼，就被津岛强迫加入服务社。并且把第一个委托推给他们。一位名叫世良佐和子的少女，因为能力跑进了弹珠里。津岛指示他们使用重启，回归到事件发生前的状态。不过惠却没有重启，而是从四处探听世良佐和子开始。

名叫佐佐野的老人，拥有能进入照片里世界的能力，但他表示因为“红眼少女”而失去能力了。佐佐野为了取回能力想要“麦高芬”，然而惠说这件事“麦高芬”解决不了。惠跟春埼于是开始调查事件。另外，自称是“魔女”的人物传唤他们两人到“管理局”去。

红眼少女冈绘里，对惠抱持敌意表示要夺走春埼美空的重启能力。冈绘里从前为家庭状况所苦之际，是惠拯救了她。不过她如今憎恨着已经改变了的惠。受到惠拜托而进行调查的村濑遇上了冈绘里，随后遭到冈绘里能力的攻击。

冈绘里使用照片的能力封住惠的行动，逼近春埼美空想夺走她的重启能力。另一方面，“魔女”身为“没有名字的系统”，正在进行一个计划，佐佐野也隐瞒了能力的秘密展开行动。而想要更强大力量的冈绘里，以魔女预见未来的能力为目标，袭击“管理局”。

2年前――惠跟春埼美空还是初中二年级的时候。在相麻堇死后，两人变得生疏了。彼此不再去顶楼，惠也在躲着春埼。然后服务社来了委托。为了解决问题，两人久违地碰面，不过春埼却说用不了重启。

4年前，在小学6年级的暑假，惠来到了“咲良田”。在那里第一次目睹“能力”的惠，对咲良田与能力相关的事感兴趣展开调查。在那样做的途中，惠自己的能力也开花结果了。接着“管理局”主动接触得到了“记忆”这种能力的惠。惠在那里遇见了自称为“索引小姐”的女性。

惠得了感冒请假没去学校。于是皆实未来便说着“难得有个恋爱事件”催促春埼美空去探望他。面对仍旧一副不懂情理的模样说着“感冒跟恋爱没有关系”的春埼，皆实提出一个迅速治好感冒的方法——“接吻能够治好感冒！”渐渐地，春埼打算去探望惠了。

惠请求“管理局”进而开始调查“梦中世界”。那里是持续昏睡9年的女性“片桐穗乃歌”，用持有的“能力”创造出的世界，可说是与真实的咲良田分毫不差的复制世界。惠计划在那里进行一个与相麻堇有关的实验。而当惠与春埼美空进入梦中世界之后，遇见了名叫米琪儿的少女。

惠在梦世界询问关于“野猫屋的老爷爷”的事。据说他拥有书写“剧本的抄本”的能力。惠此时回想起从野之尾盛夏转告他的话，有关“剧本No.407”的事。惠透过从奇尔奇尔那边问到的情报，前往老爷爷的身边。而另一方面相麻堇也在梦世界里跟米琪儿见面了。

在米琪儿还是“片桐穗乃歌”的时候。她在梦世界能实现任何事，也能给予来到这里的人任何一切。然而野猫屋的老爷爷却告诉她“有得就有失”。另一方面“宇川沙沙音”判断梦世界并不正确，并且表示要破坏这个世界。

在现实世界中片桐穗乃歌的病情急转直下。她不想使用能力，因为原本所待的梦世界消失了。无法清醒的她失去梦世界便等同于自杀。另一方面，野之尾盛夏前去探望野猫屋的老爷爷，然而现实世界的他已经衰老到无法行走的状态了。

今天是惠他们的高中校庆。惠与春埼在话剧中饰演一对恋人，但是春埼在最后一场戏中，却无论如何都没办法顺利笑出来。因为春埼察觉到自己对惠的心意却无法老实承认。于是惠借助村濑阳香和中野智树的力量，跟春埼两人独处，然后——

惠记住的《剧本No.407》，上头所写的是大约距今40年前，咲良田成立管理局初始的一年发生的事。当时世界上还只有三名能力者，他们身为管理局最初的成员，策划出关于咲良田与能力的未来计划。而后“隐藏号码”打电话来，惠得到了出乎意料的情报。

管理局开始管制危险的能力，他们使用冈绘里的能力封住能力。此时宇川沙沙音接到要她使用能力的请托，希望她故意让能力失控，说是以那起事故为原因，会更进一步管制能力。惠预测到那件事，于是拜托村濑阳香和野之尾盛夏协助寻找宇川的行踪。

惠知道了管理局对策室的真正企图。尽管担心春埼美空，然而相麻堇却照着她所预告的出现了。堇开始讲述至今保密的种种谜团。而依照约定做了鸡肉咖哩的堇。请求惠让她冲澡，并且说：“差不多该言归正传了。”

宛如什么事都没发生的日常生活。和平的咲良田小镇，稀松平常的每一天。浅井惠和相麻堇吃着午餐在学校顶楼谈论将来的梦想。浅井惠回想起妈妈做的鸡肉咖哩的味道。那跟昨天相麻堇做给他吃的很像。惠造访自己出生成长的城市想跟妈妈见面，却在那里遇见了意想不到的人物。

浦地正宗对自己计划的进展感到存疑，他跟索引小姐、加贺谷一起，盯上浅井惠与其相关人物展开行动。另一方面惠聚集至今遇见的同伴，以相麻堇交给他的一张王牌为基础，寻找堇的行踪。随后惠与浦地他们的行动彼此正面冲突。

协助浦地正宗作战计划的冈绘里，碰上了浅井惠。惠表示彻底输给了她。接着惠替绘里带路，前往有春埼美空那些同伴在等待的地方。宇川沙沙音也在那里等候。而后浦地打电话进来那里。惠把至今见过、思考过的事告诉了浦地。

由津岛信太郎担任中间人，浅井惠和浦地正宗直接进行对话。由于遭到绑架，浦地无可奈何之下只好听听惠的意见。另一方面，惠的同伴们各自摸索逃走路线。春埼美空信赖惠独自一人在等待，索引小姐和加贺谷却逼得她无路可逃。惠尝试说服浦地，然而……

在各人为了咲良田的未来展开行动之际，相麻堇陷入了危机。浅井惠为了拯救堇四处奔走。然后春埼美空决心协助惠。各人不同的意志、选择与决心相互交错，不容有错的抉择近在眼前！