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O-50行星的战士之巅上闪耀的光芒可以选出具有优秀资质的人，并赐予其成为光之战士的力量，红凯和伽古拉历尽千辛登上了山顶，但光明只选择了其中的一人。化身为欧布奥特曼的是红凯，而伽古拉也接受了这个现实，他们准备完成自己的使命，而他们的第一个任务就是前去阻止宇宙恶魔巴力西卜的大肆破坏。

森罗前去与才气谈判，想用“傀儡”控制整个宇宙的才气称只有自己才能实现永久的和平，本打算消灭才气的森罗产生了迟疑，他将才气的话传达给了天照女王，森罗的举动引起了将军的怀疑。凯和伽古拉在帮助外星遗孤寻找安身之处时遇到了怪兽的袭击，追着怪兽来到宇宙的他们正好碰到了追捕森罗的宇宙飞船，而这艘飞船正受到怪兽的威胁。

欧布奥特曼解决掉怪兽之后来到了御言和立花的飞船上，在得知天照女王也可以变身为巨人后，凯非常想见女王一面，他想要知道天照女王是怎么面对这种力量的。听到御言等人的目的地后凯邀她们一起行动，虽然伽古拉认为这样会耽误时间但也没有过分阻拦，在他们与怪兽火拼的时候戴拿奥特曼赶来援助。

戴拿和欧布联手对抗怪兽，伽古拉和立花等人则趁机潜入了才气的基地，基地里潜伏着大量的怪兽，这让伽古拉一行受到了阻碍。立花和御言找到了森罗，而独自留下来对抗怪兽的伽古拉不慎中了傀儡毒，受到控制的伽古拉失去了理智，凯和飞鸟赶到后制止了伽古拉，森罗随身携带的解药化解了危机。

高斯奥特曼赶到后准备使用力量净化被控制的怪兽们，但傀儡毒的强度远远超出了他们的想象，凯一行加快速度赶回伽农行星。天照女王告诉来迎将军，作为守护者的战神与毁灭者的巴力西卜都源于生命之树，如果两者战斗将会发生无法预计的灾难，但不以为然的将军并没有理会，才气的逼迫与子民的期望让天照女王不得不选择化身成为战神。

女王变成战神与巴力西卜交战，炮火危及生命之树，战神不惜受伤也要保护生命之树，最后倒下了。飞鸟变身戴拿，武藏变身高斯，分别与巴克西姆和贝洛坤交手。而另一边，武士们与怪兽也进行着激烈的战斗。战神与巴力西卜女王交谈，真的能通过谈判结束这场战争吗？

御言的死让愤怒的伽古拉更加渴望得到力量，作为这颗星球中枢的生命之树也是人民的精神支柱，但在伽古拉眼里它就如同恶魔一般，它才是一切灾祸的根源，为此伽古拉举剑砍断了生命之树。认为自己解救了众人的伽古拉却不被认可，而生命之树并未就此消散，地球上的种子开始生根发芽，地球将会成为才气接下来的目标。

生命之树已经在地球上生根发芽，飞鸟和武藏继续留在行星伽农善后，而凯追踪才气来到了地球帮助翔平保护生命之树。在地球上凯遇到了“盖亚奥特曼”高山我梦，他们决定联手对抗才气的进攻。没有几日生命之树已经长成了庞然大物，预感到翔平有危险后天照女王从伽农起航赶往地球，而这也正是才气的目的。

伽古拉和凯的关系让我梦想到了自己与藤宫，我梦坚信即便现在伽古拉憎恨着凯，但他们依旧还是心意相通。女王的到来让凯非常不解，女王还带来了一个更加令人吃惊的信息，控制着一切傀儡的库因或许也是受害者，它很可能受到了才气的控制，因为女王感受到了库因的悲伤。为了弄清楚这一点凯来到了才气的基地，但狡猾的才气却布下了陷阱。

军方认为生命之树是带来一切灾祸的根源，因此他们打算毁掉它，而库因则带领巴力西卜亲自守卫生命之树。凯和女王都深信库因是受到了才气的控制，凯挡在了库因面前劝告人类不要盲目的攻击，但是炮火却并没有停下。与库因对话的女王变身成为战神，她坚信与库因相遇将会改变世界，但这一切都是库因的阴谋。

库因打算将傀儡毒素注射到战神的体内，高浓度的毒素会让战神爆炸，从而将傀儡毒素传播到宇宙的各个角落，就如同生命之树传播智慧一般。中了傀儡毒的凯控制不了自己，而盖亚和阿古茹也不是库因的对手，库因向大家展示了被傀儡毒素控制后的世界，一切生物都会变成行尸走肉一般，而这也并不是才气想要的世界。

才气和库因融合后变得更加狂暴，而战神中毒越来越深，现在唯一的希望就是生命之树上的果实。戴拿和高斯也来到了地球上，五个奥特曼战士合力与库因战斗，翔平与结衣为了解除战神体内的毒素而摘下了生命之树的果实，但取出的种子却没有丝毫光芒，就在翔平要放弃时结衣鼓励了他。战神恢复正常后库因仍然不肯放弃，它拼劲最后的力量打算与战神融合。