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城市猎人冴羽獠的未婚妻槙村香因意外身亡，她生前办理的器官捐赠卡显示其心脏将被捐赠，然而心脏却遭不明人士抢走。1 年后，持续寻找香的心脏的獠，遇见一名在胸口有个大伤痕的女性。

接受心脏移植的香莹，随着内心阿香的呼唤来到日本新宿。她在路上看到一对遭到黑道找麻烦的父子，身体不由自主地出面替那对父子解围，仿佛有另一个人活在自己体内。

香莹得知 XYZ 是新宿车站东口的留言板后，前去查看，却发现留言板早已不存在，她顿时失去知觉，被赶来的阿獠抱在怀里。此外，阿獠察觉猫眼咖啡厅的老板海怪有点反常，原来海怪是和传说中的 “幸福女孩” 在公园见面，阿獠和香莹便跟踪该女孩。

医生目睹香莹跟她内心的阿香对话后，急忙通知阿獠 “阿香已经回来了”。同时，寻找香莹下落的台湾黑道大老李先生来到日本，不料遭到狙击而陷入命危。冴羽獠决定再展开城市猎人的工作，委托人高畑前来请他帮忙，高畑 15 年前接受过心脏移植手术，他怀疑路上碰见的女子绫音是心脏捐赠者的家属，想拜托獠调查。

香莹被误认为是狙击李先生的凶手而遭到追缉，而海怪的店里出现了另一位长相与李先生几乎一模一样的人，原来他才是真正的李先生，之前被狙击的是李先生的双胞胎弟弟。

李先生为了找回多年前失散的女儿香莹，求助于阿獠，香莹正是被训练成杀人机器且移植了阿香心脏的人。

香莹因被误认为凶手而遭到黑道的全面追杀，阿獠也被卷入其中。由于新宿充满了他与阿香的回忆，阿獠决定单枪匹马与黑道对决，保护他所爱的城市。

黑道里为首的赵接到阿獠的战帖后，决定依约前往。另一方面，自愿为阿獠卖命的各路朋友们全都现身帮忙，这也让香莹回想起昔日受训时曾一起互相扶持的伙伴。

秘密组织的卡里特此前已将香莹掳走，冴羽獠为避免再次失去珍视之人，决心全力营救香莹。他在信宏等伙伴的支援下，一同奔赴香莹被囚禁的房间。此刻的冴羽獠抱着必死的信念，脑海中浮现出各个岗位上为此次营救奋战的伙伴们。最终，他与秘密组织的雷吉恩展开了正面终极对决，以此为这场围绕心脏和正义的较量画上句号。