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警视厅音乐队仪仗队队员雨野小梦被突然调往内阁官房直属机关 “全领域异常解决室”，简称 “全决” 。代理室长兴玉雅向她介绍了正在调查的 “神隐事件”，半年来发生多起神秘失踪案，每次都有犯罪声明称是 “蛭儿” 所为，甚至出现了蛭儿崇拜者。兴玉和小梦前往警视厅搜查一课联合调查，发现松宫虽有不在场证明，但他在 SNS 上称能看到蛭儿并成为网红。

名门葛叶女子高中发生学生晕厥事件，自称 “蛭儿” 的人发出犯罪声明。兴玉和小梦前往调查，发现花朝同一方向、祠堂消失等奇怪现象。兴玉推测与狐仙有关，引发学校骚动。原来，生物老师山杉干夫因被历史老师池神春来以学生打工偷拍之事威胁，池神春来滑倒摔死后，学生会长剑持日向为保密而拆了祠堂。而祠堂下是口井，被拆后通气口堵塞产生甲烷导致集体昏迷。

东京某高层公寓庭院中，空中落下不明物体，包括一只左脚和小型飞机一部分。经调查，左脚属于 4 年前失踪的研究者真锅哲。兴玉认为可能是 “时间洞” 造成，继续深入调查。

东京大手町商业街连续发生跳楼自杀事件，蛭儿再次发表犯罪声明，受害者都与国家商业有关。内阁委托 “全决” 解决，调查中受害者家属提到自杀前曾遇 “缢鬼”，兴玉和小梦确认监控录像后继续追查真相。

东京各地接连发生爆炸事件，每次都有犯罪声明，监控中出现神秘女子丰玉妃花。新的爆炸预告只有 30 分钟缓冲时间，警方行动中药剂师生岛未智受伤，她称自己有千里眼能力并为调查提供线索。

多位美容领域知名人物因暴饮暴食窒息死亡，现场发现粉色营养补充剂。兴玉推测可能涉及 “犬神”，一种附身人体后使人贪吃的犬灵，且怀疑蛭儿同伴中有能操控犬神的人。调查发现受害者常去的美容整形外科医生大隈邦男的照片可能是关键线索 。

四个月前的 “神隐事件” 再次引起关注，料理研究家大月比吕佳被蛭儿消灭。兴玉等人发现受害者间有联系，推测蛭儿可能先找出与之相识的神，还怀疑蛭儿可能是日本最古老的咒术师役小角 。

东京又发生四起饥饿致死案件，死者腕表指针异常。兴玉推测是 “隐鬼” 所为，监控中出现的女子可能是月读命或佃未世。同时，大隈美容诊所中的人鱼木乃伊被盗，荒波等人进行调查 。

荒波健吾对兴玉雅产生不信任感，兴玉坦白自己是 “天石户别神”。兴玉遭到袭击，伤口出血不止。雨野小梦和芹田为帮助兴玉前往某个地方。

谜之神蛭儿的 “筛选” 开始，观看特定 SNS 的人接二连三自杀，东京陷入混乱。政府断定 “全决” 与蛭儿有关系，对其进行强制搜查。兴玉、芹田和丰玉被捕，寿讲述与蛭儿相遇的经过，最终决战即将展开，小梦能否恢复记忆成为关键 。