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钟氏夫妇被指是妖怪，被赶离村，幸得仙人指点几经艰辛诞子钟馗。钟馗天生貌丑自小遭人嫌弃，长大后他上京赴考，途中认识了穷书生杜平。可惜皇上嫌钟馗丑陋异相，拒封他为状元，钟馗不忿皇上以貌取人，竟一死谢天下。

杜平送钟馗的尸首回其故乡。钟馗获玉帝让他还阳，封为斩妖除魔圣君，赐他躯魔大法、金刚不坏大红袍，并命他往黑峰山蝙蝠洞取斩妖宝剑。钟馗替皇上收伏小鬼，获追封为状元。杜平与馗妹钟灵被妖魔迷晕，钟馗赶来相救。

钟馗击退灯笼鬼和担子鬼，救回杜平、钟灵和众村民。两名村民被伞鬼吓得疯疯癫癫，钟馗请杜平引出恶鬼，并打伤伞鬼，可是仍被对方逃脱。伞鬼、灯笼鬼、担子鬼煽动村民，藉借刀杀人之计对付钟馗，最终钟馗竟被判斩首。

县大人施以斩刑、火刑，钟馗却丝毫未有损伤，其后更把伞鬼收伏在贴有符咒的盒里。驴夫鬼和瓶鬼引开钟馗，担子鬼和灯笼鬼趁机从钟灵和杜平手上救出伞鬼。杜平和钟灵让伞鬼逃脱感内疚，决定前往捉鬼，却反被五鬼捉拿。

五鬼要杜平偷钟馗的剑，结果被钟馗得悉而事败，于是五鬼走进钟馗的肚子里，又被钟馗戏弄，五鬼不忿，决定打开地狱门，引钟馗跌进去而永不超生。瓶鬼不慎掉进地狱门，钟馗闯地府救人，五鬼感激钟馗，愿随他斩妖除魔。

钟馗欲把钟灵许配给杜平，杜平婉拒，双方分道扬镳。以捉鬼为生的屠秦向钟馗下战书，并要胁小鬼与他合作对付钟馗，钟馗请出五鬼帮忙，终成功击退屠秦。杜平避雨到紫花的府中，他为画伊人的容貌，险被当成是登徒浪子。

紫花发现跟杜平有一段前世缘，设法让他知道，杜平得知后，向紫花表白。紫云为紫花和杜平之事，大动肝火，因怕控制她们去吸取人脑髓的主人发现，欲劝阻紫花却不果。紫云为了紫花，对杜平施法，引他到树林，准备下手。

紫云欲杀杜平，遭紫花阻止，姊妹大打出手。钟灵看见杜平与紫花卿卿我我，无奈退出，后发现紫花的真正身分，通知杜平，杜平不信。灵蛇揭发紫云为紫花隐瞒私藏男人之事，要她杀杜平取其脑髓，还要用五毒令牌惩戒紫花。

杜平难以接受紫花是鬼，拒绝相见。灵蛇捉了紫花引出杜平，欲下杀手时，钟灵和钟馗及时出现相救。杜平阻止钟馗收伏紫云和紫花，钟馗无奈施法令杜平不能动弹。灵蛇吸走杜平的脑髓，钟灵欲取回却不敌，钟馗及时赶来。

紫云引钟馗到已设陷阱的山洞来对付灵蛇，紫花赶往通知钟馗。钟馗与紫云姊妹合力对付灵蛇，紫花取回杜平的脑髓却受重伤。回复正常的杜平求钟馗救紫花，钟馗答应并要杜平捐出阳寿；紫花投胎转人前，把杜平交托给钟灵。

杜平对紫花死心塌地，钟馗劝杜平给钟灵机会，可是杜平与钟灵相处时，却忆起紫花。钟馗借助五鬼之力捉鬼，屠秦来纠缠他。钟馗救了被蛇咬伤的程霜，并送她回家，程霜想尽办法让钟馗留下，钟馗答应却不知她跟屠秦认识。

程霜替屠秦偷钟馗的宝剑，被钟馗发现，钟馗一时心软被程霜刺伤。屠秦把剑丢下山崖，程霜替钟馗拾回，后却遭屠秦打伤而亡。屠秦阻止灵蛇害人却不敌，钟馗救了他，但屠秦不领情，更不理伤势未愈找灵蛇报仇，结果丧命。

钟馗不敌已练成血魂心魔大法的三魔，面对有人枉死，自责怨天。钟灵对杜平死心，竟为他设灵位，杜平因此大怒，钟灵道出不介意他心里仍有紫花，杜平感动。钟灵和杜平得知钟馗败于三魔之事，与五鬼商讨方法令钟馗振作。

钟馗怨天要他斩妖除魔却又打不过三魔，杜平劝服不了他，钟馗把宝剑丢进海里。钟馗面对灵蛇竟打不还手，使钟灵和杜平身陷险境，幸钟馗及时恢复斗志，宝剑也失而复得。杜平与钟灵成亲，让钟馗无后顾之忧地对付三魔。

灵蛇在杜平的肚内种鬼，钟馗决定用置之死地而后生的方法，斩杀鬼怪。钟馗杀了杜平，再往阴间追回杜平的魂魄，他又吩咐钟灵看守他和杜平的元神油灯。閰王要钟馗调查天神青罗汉驻守第八层地狱的原因，才让他救走杜平。

钟馗留信上路找三魔，钟灵担心，决与杜平往助钟馗，途中遇上已改邪归正的大魔头招魂、夺魄。钟馗与五鬼合力对付三魔仍不敌，幸得招魂、夺魄相助。灵蛇施计，钟馗不虞有诈把血仙果给招魂、夺魄吃，二人沾血后发狂。

招魂、夺魄沾血后痛苦不堪，破戒杀人吸血，二人得不到南极圣君帮忙，决重入魔界。招魂、夺魄和三魔各自对付钟馗，紫花施计令他们以为钟馗已死。钟灵遭三魔迫至堕崖，更欲杀杜平，招魂、夺魄阻止，杜平誓要为妻报仇。

杜平以为钟灵和钟馗已死，欲拜招魂、夺魄为师，替二人报仇。无根道人救了钟灵，还教杜平令招魂、夺魄收他为徒的办法。杜平重遇钟灵，却假装为了跟随招魂、夺魄而与钟灵了断夫妻情缘，其后他向钟馗解释自己的苦衷。

钟灵苦劝杜平离开招魂、夺魄，杜平承诺会控制自己，不让心魔入心。三魔捉了钟灵，以图利用她换取龙珠。紫云得知钟馗的剑不能驳回的原因，决定投炉炼剑。水魔变出假三魔，让钟馗以为消灭了他们，专心对付招魂、夺魄。

（大结局）招魂、夺魄引钟馗、杜平和三魔到魔界决斗，并在三魔死后，以钟灵要胁钟馗与杜平对决。钟馗与招魂、夺魄斗法，钟灵、杜平往找南极神君和北斗星君助被火围困的钟馗；钟馗收伏招魂、夺魄，继续上路斩妖除魔。