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风助寻找年轻时被神秘男子绑架的母亲，在与朋友企鹅弘之旅行时，结识了面包师的女儿美嘉。与此同时，美嘉被假忍者辰巳绑架。风助前去营救她，并在那里遇见了橙次的妹妹里穗子。

这个村庄遭受军政府的粮食剥削，军方鼓励村民从事忍者狩猎。风助来到村庄，营救了被三名农民俘虏的昔日战友蓝朓，但警备司令李利用三兄弟作为人质，试图引诱忍空和他的朋友们。

里穗子的哥哥橙次，前忍者飞机队成员，叛逃到帝国军队？！风助和他的朋友们感到惊讶，但实际上，橙次已经融入了军队，并试图找出谁是忍者空猎的负责人。橙次终于知道了阿吉拉达上校的名字。然而，营长得知此事后，试图消灭忍空等人。

患了感冒的风助被送往战争中失去父母的孩子们居住的“心灵之家”，但在那里，他们遭到了以忍空为目标的刃更上校率领的帝国军队精锐部队的袭击。风助拼命抵抗敌人的攻击，以免母亲和孩子们受到影响，但是……

当母亲在试图保护他时被敌人的子弹击倒时，普助感到震惊。身体笼罩在胜利的烟雾中，这种烟雾只有在十二生肖忍者认真决定战斗时才会从体内散发出来。迟到的橙次和艾也加入其中，与刃更精英军团的决战开始了。

风助和他的朋友们穿越沙漠，目标是岚田上校的基地，他们从刃更精英军团的幸存者那里听到了这个消息。他们到达的城堡是帝国陆军开发的陆地战舰。风助和他的朋友们逃离了猛烈的攻击并入侵了城堡，但是……

在阿吉拉达要塞，风助和他的朋友们与前十二宫忍者木住重逢，木住已成为帝国陆军的刃更上校。他们三人对木住试图将富介和他的朋友带入他们的队伍并向他发起挑战的企图感到不满。然而，这三年来，黄俊的忍术气力却有着惊人的提升。

当Fusuke和Hiroyuki因饥饿而倒下时，他们被由香（Yuka）和她的哥哥明里救了。由香是一个因母亲在战争期间在她面前被杀而感到震惊而停止说话的年轻女孩。风助和他的兄弟姐妹在父亲的牧场受到照顾，但由香却被暴徒绑架。

在山间小道上，风助救了一名发烧昏倒的女子沙耶香，并照顾她。再次恢复健康的沙耶香与失散的风助育有一子，风助也像母亲一样疼爱她。然而，帝国军久野部队成员沙耶香接到队长的命令，要消灭风助。

如果我杀了风助，我会让他见到他疏远的儿子。队长告知此事后，沙耶香试图杀死风助，但风助无忧无虑的外表削弱了她的决心。就在这时，追击的库诺部队出现了。富介带着沙耶香逃跑了，但是……

风助、橙次等人汇合后，一行人抵达“忍空之里”。然而，里穗子被那里的人绑架了。寻找里穗子的三人被突然袭击的神秘黑面具人逼入绝境，并将他们赶到了仁库村最困难的地方“黑门”。

攻击布助和他的朋友的人是忍空的师傅灵舟的弟弟星石的部下。星师告诉灵树为何放弃战争，为何皇君封闭自己的心，并教他在大自然中寻找龙，以变得更强。

富介和弘之从橙次失速的飞机上坠落，最终在一家酒店打工。在那里，富介遇到了一位名叫绿的女人，她正在等待她参战的爱人，但绿却被一个名叫白田的富翁的儿子跟踪。

富介和他的朋友们在一个村庄里遇到了一个名叫青吉的骗子。青吉不想被吵闹的健太打，就撒谎，偷了钱给了他。虽然没有人相信青吉，但只有 Fusuke 相信他并保护他。

橙次像往常一样坠毁了飞机，并对朋友失去了爱，但他遇到了遥和大空的兄弟姐妹。大空尊重橙次的坚强和可靠，并请求他保护自己的妹妹免受试图强行娶她为妻的巨人“风神之龙”的伤害。

风助和他的朋友们坠入了一片名为“龙神森林”的森林，在那里他们遇到了一位热爱大自然的老人。然而，阿吉拉达的士兵出现了，并发起了无情的攻击。老人向风神讲述了湖中的漏洞，并说道：“如果你有一颗热爱自然的心，自然就会永远站在你一边。”

在逃亡途中，富介和他的朋友们突然遭到袭击。风助和他的朋友们将迫降的兴登堡号交给橙次并降落在森林里，但他们被敌人包围了。刃更大佐释放的刺客“黑忍”的实力强大到超越了十二生肖忍者，风助和他的朋友们过得很艰难。

艾将忍者狼交给风助，前去营救被俘的橙次，却遭到忍者狼首领麒麟的袭击。麒麟虽然身手不错，却无法给爱玉致命一击。事实上，他的真实身份是前鸟忍队副队长滨町。

与麒麟对峙的艾、独自逃走的橙次、以及风助都在场。三人试图阻止这场无用的战斗，但麒麟为了完成忍狼狼首的使命，对自己施展了堪称自杀之术的“忍影腹术”。

到达一个海滨小镇后，风助和他的朋友们遇到了男孩潮尾（Ushio）和海豚库克（Cook），潮尾是一个计划追随父亲脚步重新开放海洋公园的男孩，并决定帮助他们。与此同时，阿吉拉达的下属高尼博士出现，将风助和他的朋友们作为他研究的实验对象。

在多次杀死宁库失败后，阿吉拉达最终决定独自出去，而格尼以里穗子为人质，将宁库等人引诱到一个设下陷阱的山洞。风助和他的朋友们进入山洞，遭到使用雷拳的男人的攻击……

风助等人击败使用雷鸣拳的男子后，阿吉拉达终于现身。拥有雷鸣拳师范代实力并穿上加乌尼博士开发战斗服的阿吉拉达玩弄三人，但此时作为雷鸣拳力量之源的雷电开始减弱。

在某个村庄，风助和他的朋友们与他们的老朋友红莱重聚。明受到家族继承人梅千代的照顾，梅千代正在引导风水谷的道路。阿吉拉达的副官拉姆达为了寻找前往风水谷的道路，抓住了梅千代。

里穗子和弘之与成为赏金猎人目标的风助等人失散，无意中误入一栋宅邸，并在那里遇见了镇长的儿子礼司。与此同时，富介和他的朋友们得到了礼司儿时好友明美领导的地下反帝组织的帮助。

黎司违抗父亲的命令，救出了被俘的明美和里穗子，随后到达了地下组织的藏身之处。但遭到组织成员的强烈反对。礼司决定去说服他的父亲，但风助和他的朋友们遭到了被莱拉少校的技术控制的成员的攻击。

弘之因旅途疲劳而倒下，一行正为难时，一对亲切的医生老夫妇路过。众人在老夫妇家受到照顾，但夫妇提出想收养弘之，希望把他留在身边。

在暴风雪期间，风助和他的朋友们找到了一条通向风之通道入口的道路。一行人决定快点走，留下风助去解手。与此同时，孤身一人的风助遭到了刃更派出的刺客玄武的袭击。

风助、爱和橙次与自称为玄武、朱雀、白虎的刃更三兽战士作战，但他们不是心被刃更冻结的三兽战士的对手。被逼到墙角的风助和他的朋友们跳进了风水谷的中心。

穿过猛烈的龙卷风后，风助和他的朋友们到达了风水谷的中心，在那里他们继续受到三兽战士的攻击。与此同时，风助被神秘的光芒笼罩，飞上了天空。风助再次出现在惊讶的众人面前，令人惊讶的是，他骑在一条天龙的背上。

吃了毒蘑菇并出现胃病后，富介和他的朋友们得到了一个名叫雄二的热爱植物的男孩的照顾。感觉好些后，风助出去和雄二玩耍，但帝国军的特种部队正在瞄准他。

一行人被赶出了吝啬的老地主的宅邸后，由一个名叫渡的男孩和他的父母照顾。然而，帝国军队袭击了村庄。无处可去的村民一行人来到了地主祖父的安全屋。然而，他们已经完全被包围了……

风助和他的朋友们再次拜访梅千代，寻找获得天龙之力的线索。一行人很高兴与 Red Rai 重逢，但 Red Rai 被 Mekira 上校的部下双胞胎姐妹催眠，并以 Fusuke 的生命为目标。

该小组通过兼职工作来赚取汽油费。然而，只有东二一个连打工都没有，在酒吧里大惊小怪的人。蓝朓生气了，自己冲了出去。事实上，橙次是想打听梅千代听说过的“风水岬”的情报，结果一行人却落入了目基拉队的陷阱之中……

里穗子 和 Hiroyuki 碰巧救了遭受 Aida 幻术折磨的 Ai。三人终于成功逃脱，但很快就被发现了。兰欢独自面对敌人，但对手太强大了。正当我准备好时，风助和橙次来了。

在镇上，Fusuke、Ai、里穗子 和 Hiroyuki 遇到了一位曾经是空军王牌飞行员的老人 Gentaro。他们四人拜访了源太郎的家，但皇军接到报告后出现在那里，并抓住了风助和他的家人。源太郎与橙次一起拯救他的家人，但是……

帝都是幕府将军家族的故乡，正值胜利日。一行人去了那里，但富介却走散了。他的朋友们拼命寻找他，但就在那时，Fusuke 遇到了 Alec，一个从未离开过宅邸的神秘男孩......

亚历克就是迪翁将军，帝国军中最有权势的人。风助和他的朋友们对高钦大祭司利用年轻将军随心所欲地获取权力感到愤怒，他们入侵了受到梅基拉攻击的幕府将军城堡，并营救了亚历克，但是……

在前往风水岬的路上，风助和弘之掉进了海里，并被沉船内部传来的钢琴声吸引到了风水岬。但在那里，已成为刃更上校的基纯正在等待着他们。大约在这个时候，东治和他的朋友们遇到了俊俊已故未婚妻美雪的妹妹美里。

美里拼命劝说黄俊重拾旧心。然而，心怀封闭的黄俊并不接受。与此同时，艾看到风助被冻住了，非常愤怒。 “我要杀了黄俊！”他惊呼道。激烈的战斗中，一行人眼前出现了神秘的现象。

根据从纯基那里得到的信息，与朋友失散的Fusuke和Hiroyuki在前往关押Fusuke母亲的皇军秘密监狱的途中，在山上遇到了名叫Kotaro的忍者。风助和小太郎成为了朋友，但小太郎却瞄准了忍空，以便为生病的母亲挣钱买药。

今天是橙次和里穗子父亲的忌日。于是，冬治和爱去镇上买花。在那里，剩下的Fusuke和他的朋友们遇到了木偶师十兵卫，他看起来就像里穗子的父亲，但他原来是一个赏金猎人“Mashira的兄弟”，他的目标是Ninku的生命。

胃病的风助和弘之被风助的前部下、儿童忍者团成员苍太送往医院。索塔完全停止了战斗，成为了一名医生。与此同时，橙次和爱遭到了一名正在砍伤忍空的男子的袭击。佐田无法原谅……

富介和他的朋友们参观了一座已成为鬼城的荒废驿站，并从镇上一位独居的老妇那里听说了镇郊有一座鬼屋。一行人立即进入那里，试图揭开鬼魂的真实身份，但他们的朋友却一一消失……

风助和他的朋友们遭到了以忍空为目标的鹿摩式手里剑使用者的攻击。其中就有一直追着Fusuke的男孩Chuta。风助和中太在战斗中建立了友谊。然而，首领寅次认为楚太是叛徒并试图杀死他。与此同时，一直患有感冒的富介发烧了……

当兴登堡号发生故障时，一行人试图走过通往首都的唯一桥梁。然而，那里已经成为了帝国军队的检查站。经过深思熟虑，一行人决定乔装打扮。他还小心翼翼地打扮成女人，直到被误认为是帝国军的慰安妇为止，还算幸运……

影子忍者/犬忍者 Shiame 出现了。秀告诉紧张的Fusuke和他的朋友们，Kouchin正在利用Fusuke母亲Yamabuki的能力来完成“Ryuketsu Tower”。该小组决定为保护国家和山吹免受高钦的侵害而战斗。就在这时，刺杀高钦的影阿出现了……

风助等人匆匆赶往京城，却难以躲避皇军的无尽包围。这时，阿吉拉达的陆地战舰从后面赶来……忍库和他的朋友们被夹击后陷入了绝境。然而，阿吉拉达与舒甘一起作为幕府家族的成员反抗库钦。

风助等人进入都城，却被高钦阻拦，无法营救山吹。这时，忍空的师父灵修出现，与高钦战斗。风助和他的朋友们从灵修那里得知，Kouchin 曾经是灵修的朋友，曾试图组建忍者团体。

风助、爱和橙次代替灵舟与高钦作战。然而，他却无法对抗过于强大的对手。三人扭打在一起，这时红雷和黄君出现了。十二生肖忍者的殊死搏斗是徒劳的，而Kouchin收到了已经开始聚集在龙剑塔中的能量并变得更加强大......

古钦和风助之间的决斗开始了。龙的能量不仅被Kouchin吸收，也被Fusuke吸收，但Reishu说：“操纵龙的能量是危险的。”然而，真正想打败Kouchin的Fusuke接受了他的气并战斗。

一行人在村里的一家餐馆吃饭，却发现没有人有钱，橙次和爱别无选择，只能去找兼职工作。然而，两人找到了竞争对手黑帮的保镖工作。两个黑帮试图利用东二和他的朋友来获取餐厅下面的油。

富介、弘之和里穗子在一家银行停下来，不小心卷入了一场抢劫。罪魁祸首是一位严肃的公司总裁，他被无良高利贷者引诱去抢劫银行以筹集债务。在风助的努力下，他们成功制服了会长，但就在这时，奇怪的蒙面人闯了进来……

一行人参观了他们曾经训练过的小镇，并第一次见到了弘之。在那个小镇，弘之与他的前搭档马戏团企鹅太郎重聚。弘之答应充当太郎的替身直到晚上，以实现太郎的愿望，还清旧债。

一行人最终入住了一家豪华酒店，并在那里遇到了爱的老朋友剑山。剑为了拯救因债务而陷入黑帮困境的村庄，带着准备好的钱踏上了回家乡的路上。然而，出发当天早上，发现酒店的钱被盗了……

兴登堡号在拍摄动作照片的现场坠毁。然而，扮演重要角色的少年裕太却因此受伤。濮介没办法，只能当替身演员，拍摄开始了。正当拍摄结束，发布会即将开始时，摄影棚突然发生火灾……