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茫茫广阔的大宇宙。众多银河之一，克雷森特大大银河的伊拉斯塔特太阳系第五行星“亚斯特”。其边境，拥有3000年历史的“波德王国”诞生了继承王位的婴儿。但王子乔迪诞生而沸腾的王国，魔手逼近。被征服王马达尔率领的人马兵“普罗马克斯”杀死波德国王，王妃费莉亚也被马达尔军兵抓住。抱着刚出生的乔迪逃跑的波德王遗臣阿兹贝斯面前人马兵逼近时，救下绝体绝命阿兹贝斯和王子的，是神秘发光飞行物体。被逐出国12年，阿兹贝斯把乔迪王子当孙子养育，为打倒马达尔，寻找自古传说驱散世间黑暗的铁巨人“加里安”而遍历各地。成长为强壮少年的乔迪，旅途中救下被马达尔兵追赶的少女秋露露，一起到达对抗马达尔势力据点“白谷”。

到达白谷堡垒的阿兹贝斯和乔迪，迎接他们的是居民欢呼声，以及秋露露父亲、谷长达尔塔斯。在谷中发掘的古代武器群中找不到传说铁巨人加里安存在的乔迪，与秋露露一起前往据说加里安沉睡的山。发现不常见刻印，进入洞窟深处的两人终于发现加里安沉睡之处，但那里是大蛇“格拉普”的巢穴。拼命与格拉普战斗却力尽的乔迪被阿兹贝斯所救。休息的一行人头顶出现光，三人失去意识，但乔迪像被什么操纵般乘上加里安。袭击而来的马达尔麾下扎巴将军人马兵部队使白谷军占劣势，此时铁巨人加里安出现。一刀两断挡住去路的人马兵，向扎巴将军展示传说之力。

指挥人马兵部队接连被传说铁巨人加里安击倒的扎巴将军，让移动要塞“攻城塔”突入白谷进入白兵战。被迫不利战斗的白谷军，为破坏敌人动力部，达尔塔斯亲自潜入攻城塔内部。在加里安援护下决死作战成功，马达尔军暂时撤退。战斗结束，下加里安的乔迪受到欢呼，但对自己经历的事抱有无可解念。对这样的乔迪，红发美女希尔姆卡劝他旅行成为强大男人。再次袭击谷的马达尔军迎击中，乔迪苦战于扎巴将军的飞甲兵“温加尔”，白谷军也在人马兵前束手无策。此时出现神秘发光飞行物体。乔迪不放过畏缩马达尔军空隙，击破扎巴将军温加尔，破坏人马兵，但战斗中目击希尔姆卡用手使秋露露乘空中光船带走。将加里安变形为飞行型，追希尔姆卡的乔迪。但那里遭遇马达尔亲卫队长海伊·沙尔塔特操纵的银色温加尔。

追希尔姆卡的乔迪面前，海伊·沙尔塔特驾驶的银色温加尔挡住去路。逃过追击的加里安进入的森林是无重力不可思议世界。寻找秋露露的乔迪在那里遇到自称红色温德的盗贼。认为远方铁馆有宝的温德说服犹豫的乔迪，在普罗茨指挥的马达尔兵警戒中前往馆。另一方面，带走秋露露的希尔姆卡被马达尔兵发现，绝体绝命时被潜入馆的乔迪等人所救。但寡不敌众苦战的一行人。靠温德机智突破马达尔兵包围网的一行人看似逃出无重力世界，但是……

看似突破马达尔兵包围网的乔迪等人面前，海伊·沙尔塔特挡住去路，他确信交剑的乔迪就是加里安操纵者，试图带往马达尔处，但温德阻止，一行人再次谋划逃脱。对不习惯的无重力下追击厌烦的海伊，不顾普罗茨反对停止制造无重力的机械，结果谷中设施崩坏，马达尔军产生混乱，乔迪等人也面对逼近岩石束手无策。但为收拾事态的普罗茨启动控制装置，乔迪等人回避危机。然而海伊驾驶的银色温加尔逼近。激烈追击交错，乘上加里安的乔迪击退温加尔。但此事件让一行人对似乎知道无重力世界真身的希尔姆卡出身产生疑念。

马达尔麾下罗丹将军指挥的讨伐军开始向白谷进击。听从希尔姆卡建议，为把讨伐军从白谷引开，乔迪奇袭马达尔军重要据点机甲兵发掘现场。罗丹转进讨伐军，乔迪等人作战看似成功。另一方面，试图探出发掘现场秘密的希尔姆卡等人侵入地下，被马达尔兵追赶，向乔迪求救。被加里安所救的一行人面前接连挖出机甲兵群，更深处正被发掘的巨大机械。这就是希尔姆卡追寻的秘密吗？那里讨伐军先行的海伊温加尔突然出现，挑战加里安。

勉强撑过海伊温加尔猛攻的乔迪等人从发掘现场逃出，潜伏在顿格山脉。对希尔姆卡行动抱有疑问想回白谷的乔迪，被告知惊人事实“乔迪的母亲活着”。思念母亲的乔迪决心前往马达尔居城“铁之城”，但一行人被重射兵“莫诺科特”瞬光弹袭击。让加里安逃走的、功焦行动被罗丹责备的海伊，暗中决心打倒加里安。炮击持续中，乘温加尔出击。

再次挑战的海伊与乔迪展开势均力敌战斗。对海伊多次无视命令厌烦的罗丹，亲自前往发掘现场指挥加里安炮击。无情炮击下满身疮痍的加里安，与希尔姆卡的空中光船一起逃出。但等待一行人的飞甲兵温加尔小队玩弄无空战能力的加里安，将其逼入马达尔军首屈一指骑士兰贝尔等待的荒野。对兰贝尔乘坐的机甲兵“扎维尔”苦战的加里安，希尔姆卡从“异文明不干涉”原则犹豫是否相助，终于决定加势。千钧一发之际乔迪逃脱。但希尔姆卡行动被马达尔告知支配发达行星的高度文明联合，她被命令出席查问委员会。留下再回亚斯特的话，乘空中光船离去的希尔姆卡。乔迪等人回到白谷。

带着秋露露平安归来的乔迪受到白谷战士们欢呼。在谁都认可乔迪为英雄时，达尔塔斯向谷中居民告知乔迪自己也不知道的出生秘密——乔迪是亡故波德王世继的事实。但欢喜沸腾的谷被罗丹率领讨伐军袭击，用受伤加里安出击的乔迪，苦战于兰贝尔的扎维尔。扎维尔攻击即将捕捉加里安时，希尔姆卡的空中光船救下乔迪，但查问委员会追击部队击破希尔姆卡之船，千钧一发之际希尔姆卡逃出。另一方面，因多次违反罗丹命令被监禁的海伊，被部下亲卫队员救出，向马达尔直诉罗丹危险，在那里听到马达尔自己的野心。白谷中希尔姆卡强化加里安。在乔迪等人注视下，最强机甲兵即将诞生。

逼近白谷的罗丹旗下机甲兵突击部队，迎击的是希尔姆卡改造强化完成的加里安。新增的加里安“突击加农”喷火，接连击破机甲兵部队，在其力量前被迫暂时撤退。迎接归来的乔迪的欢呼声。反击狼烟此刻升起。被加里安强大吸引的兰贝尔，提出以与乔迪一骑讨决定两军胜败，乔迪背负白谷命运挑战。日出同时开始的加里安与扎维尔一骑讨。但与兰贝尔武人魂相反，罗丹策划对谷奇袭作战。

赌上两军胜败的加里安与扎维尔一骑讨，在激烈中正大光明持续。但不同于重骑士道战斗的兰贝尔，罗丹号令下突袭白谷的罗丹军面前，阿兹贝斯等人持续拼死战斗。为打破战况，温德跑向与兰贝尔战斗的乔迪求助。对违背约定罗丹感到愤怒的兰贝尔暂停与加里安战斗，默许乔迪前往救援。加里安援护击退奇袭部队后不久，以谷中炸弹爆炸为信号发动总力战的罗丹军。机甲兵部队猛攻陷入穷地的加里安，被神秘机甲兵团所救。

在顿·斯拉泽率领的机甲兵团帮助下击退罗丹军的乔迪等人。但兰贝尔为与肖尔迪一决胜负，挑战加里安。实力上压倒乔迪的兰贝尔，被背负亚斯特未来的乔迪气魄压倒，胜负以加里安胜利告终。战斗结束的谷中，斯拉泽告知众人惊人事实：“马达尔不是亚斯特出生的人类”。隐藏出身的希尔姆卡也坦白自己不是亚斯特人，印证斯拉泽证言。此时，马达尔也向海伊讲述自己野心，宣言要支配伊拉斯塔特银河全域。

得知亡故波德王遗子乔迪存在，各地反马达尔军势接连聚集白谷。设法回应人们期待的乔迪，因担心母亲生死无法集中准备战斗。另一方面，为对抗马达尔军而急寻兵器发掘的希尔姆卡面前，高度文明联合派来的乌兹本出现。他奉联合命令强制带回希尔姆卡，但在她决心面前无法执行命令而消失。从白谷俘虏兰贝尔处得知费莉亚被马达尔变成雕像的乔迪，不顾希尔姆卡制止，驾驶加里安前往马达尔居城“铁之城”。

追赶前往“铁之城”的乔迪，骑马人兵希尔姆卡和温德面前再次出现乌兹本。但本应为带回希尔姆卡而赴亚斯特的他，理解了希尔姆卡探寻马达尔真意的话，送别两人。另一方面，下加里安的乔迪与偷偷跟来的秋露露一起潜入城下町，避开水中机兵“阿佐尔巴”目光，向“铁之城”前进。夺取重步哨机希尔兹，在骚然城内彷徨的乔迪等人面前，化为雕像的费莉亚现身。但对母亲说不出话的乔迪面前，搭话的男人正是父亲仇人马达尔本人。

对马达尔的母亲雕像活着的话无法相信而愕然的乔迪，海伊之刃袭来。庇护秋露露而无法自由行动的乔迪终于成为俘虏。嫉妒马达尔赞赏乔迪力量的海伊，为得到他坚信是力量之源的加里安，让乔迪带路到隐藏加里安之处，一行人到达隐藏加里安的瀑布。眼看海伊要得到加里安时，希尔姆卡的人马兵出现救援。乘上加里安击退海伊阿佐尔巴的乔迪等人回到白谷。

马达尔为排除挡在野心前的白谷军，决心亲自出阵。在讨伐军中看到马达尔本人旗印的乔迪，为争取谷中迎击准备时间，率机甲兵部队驾驶加里安出击。对野营的马达尔军夜袭的乔迪。但奇袭作战被马达尔看穿真意，反被海伊率领的亲卫队温加尔逼近谷中。主力机甲兵部队不在的空隙被突袭，达尔塔斯等人面对温加尔部队陷入苦战。此时兰贝尔乘坐的扎维尔出现，加入谷中军队。在兰贝尔支援下，转为反击的谷中军击退亲卫队。共同战斗的原马达尔军首屈一指骑士，受到谷中居民欢呼。

尽管乔迪等人决死的奇袭作战，马达尔军的进击毫无衰减。当初成功的奇袭作战，在警惕的马达尔军面前无法取得如愿战果。得知讨伐军进路上有马达尔漂到行星亚斯特时使用的船，阿兹贝斯读出马达尔行动，单独潜入有船的溪谷。向一个未见梦想实现便死去的同袍立誓的马达尔面前，潜伏的阿兹贝斯斩来。千钧一发避开猛击、逃跑的马达尔，阿兹贝斯追去。但力有不及，反被海伊指挥的机甲兵部队逼入危机。此时乔迪驾驶的加里安强袭，援护阿兹贝斯。因此阿兹贝斯勉强逃过马达尔军追击。

终于抵达白谷的马达尔军，试图一口气冲入谷中，但堡垒空无一人。被诱入谷中的马达尔军被布阵的白谷军势包围。作战奏效，以为马达尔的野心就此破灭，但马达尔临机应变，从包围网中逃出。追赶的恩兹贝斯在乔迪等人援护下潜入马达尔的攻城塔。终于与马达尔本人对峙，气力之刃看似捕捉到马达尔时，海伊的双温加尔赶来救援。被火焰包围的攻城塔中，载着马达尔的温加尔飞起。在熊熊烈火中阿兹贝斯迎来最后时刻，只能呼喊的乔迪注视着这一切。

白谷被失去历战勇者阿兹贝斯的悲伤包围。比谁都更受养育之恩阿兹贝斯之死冲击的乔迪，为尽一军之将责任，决心与马达尔最终决战，下令出阵。另一方面，从白谷败退的马达尔，不援护因响应白谷而蜂起的叛军陷入苦战的“铁之城”，启动普罗茨管理的重力控制装置，再次前往白谷。迎来出阵之晨的白谷，因突然出现的马达尔重力控制装置掀起的龙卷风而崩坏。但逃过攻击等待反击机会的加里安，悄然与马达尔的重力控制装置一起前往沙漠发掘现场。

抵达发掘场的马达尔用重力控制装置之力拉起深埋地下的巨大机械，终于得到跨越群星之术。另一方面，从控制装置飞出的乔迪，驾驶加里安冲入被揭竿而起的亚斯特民众包围的“铁之城”，到达安置母亲雕像的房间。但那里等待他的是率领海伊的马达尔。马达尔向乔迪讲述高度文明联合决定价值观、排除斗争本能、存在如被抽魂般人们的克雷森特银河实情。马达尔和海伊邀请乔迪共同对抗扭曲人类应有姿态的元凶高度文明联合。但充耳不闻的乔迪成为俘虏。

乔迪不中马达尔的诱惑，成为俘虏。另一方面，白谷军势加入蜂起的民众，向都城进军。为镇压逼近“铁之城”的叛军而出击的海伊，他所宣誓忠诚的主君马达尔却面临罗丹的魔手。试图抓住马达尔的罗丹，排除了海伊不在的马达尔亲卫队。但在失去部下陷入穷地的马达尔身边，察觉异变的海伊温加尔赶来。海伊毫不留情抹杀背叛者罗丹，但趁混乱逃出的乔迪所乘加里安出现，以马达尔为盾逼迫其唤醒母亲。

以马达尔为人质进入“铁之塔”内部的乔迪，在那里尝试母亲费莉亚的再生。按马达尔指示操作装置的乔迪。在眼前觉醒的费莉亚，从眼前少年身上看到自己婴儿的面影。经过十二年岁月终于实现的母子相会。但在相拥的两人面前，海伊的温加尔为救出马达尔出现。形势逆转，陷入穷地的乔迪，在希尔姆卡和温德的帮助下逃出“铁之塔”。但费莉亚再次被马达尔带走。马达尔发动跨越群星的“超空间转移基”，将察觉事态急变的高度文明联合光之船也消灭，终于迈出野心第一步。此时，乔迪等人为与马达尔决出胜负，开始向“铁之塔”进军。

向“铁之塔”进击的白谷军势，被发动的超空间转移基波动吞没，一瞬间从行星亚斯特转移到马达尔的故乡行星兰普雷特。对意外事态感到困惑的一行人，从希尔姆卡处得知不夺取“铁之塔”就无法回到亚斯特，再次开始进击。但那里出现高度文明联合的光之船。马达尔接连消灭光之船的身影，让一行人亲眼目睹马达尔力量的强大。宣言自己归还同时将兰普雷特纳入统治之下的马达尔，为唤醒居民遗忘的斗争本能，开始血之洗礼。对毫不反抗接连倒下的居民感到焦躁的乔迪一行人，向持续虐杀的机甲兵部队挑战。另一方面，高度文明联合担心被马达尔找回感情的人们的影响波及其他行星，决定发动“抹消者”。

将故乡行星兰普雷特推入混乱的马达尔。但在迎来混迷时刻的兰普雷特，拥有将行星化为虚无之力的重力破动兵器“抹消者”逼近。另一方面，在兰普雷特，以马达尔虐杀为契机，人们开始露出长久遗忘的獠牙。看着事情如自己所愿发展的马达尔，费莉亚提出以献出自己为代价终止这场凶行，马达尔却吐露只需要憎恨。杀戮中，为救秋露露而入的乔迪面前出现海伊，提出停战，并发出共同对抗高度文明联合的最后邀请。即便如此也不答应的乔迪面临危险时，斯拉泽和兰贝尔等人出现，但面对数量占优的机甲兵部队陷入苦战。从兰贝尔等人打开的突破口前往“铁之塔”的乔迪等人，明天是否存在？

迎接前往“铁之塔”的加里安，马达尔机甲兵部队展开迎击。距离“抹消者”到达只剩一个半小时，乌兹本试图救出希尔姆卡。乌兹本领会了希尔姆卡想救乔迪等人的心意，将逼近的恐怖实体告知马达尔，并忠告只有使用超空间转移基回到亚斯特才能得救。在“铁之塔”前展开的海伊与乔迪等人的攻防战中，出现的马达尔命令部下收剑。马达尔对决心一决雌雄的乔迪留下“把克雷森特银河的未来托付给你”的话，回到兰普雷特之民身边。宣誓一生忠诚于他的海伊追随其后。在发动的“抹消者”面前，行星兰普雷特崩坏。千钧一发之际启动的超空间转移基将乔迪等人引向亚斯特之地。……数年后，乔迪成为亚斯特之王。而依偎在他身旁的，是王妃秋露露的身影。