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正在备考的高中生千川勉为了买饮料，意外进入外星逃犯与联邦警官巴迪的交火现场，并被卷入攻击而受致命伤。巴迪为保住他的性命，将他的意识移入自己的身体，两人由此成为共用一具身体的“二心同体”；勉只能一边隐瞒秘密，一边协助追捕逃犯。

学校入学考试的结果即将公布，巴迪却坚持先处理自己的外星案件，勉则急于赶去学校。两人对行动顺序争执不下，但新的追捕危机很快逼近，他们必须学会协同使用同一具身体。

千川勉在青梅竹马早宫夏美面前变成巴迪，之后一直试图回避她。夏美却主动约他去游乐园，想弄清事情真相；与此同时，雷比的一名手下已在那里等待巴迪，三人关系与追杀危机同时升级。

巴迪确认缴获的样本是能把人变成怪兽的血清，而Hikawa正准备在东京大规模散布它。为阻止灾难，巴迪与勉必须赶在感染扩散前突入敌阵，并和伙伴一起面对最终决战。