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喜欢拌饭料和战斗之魂的少年阳升，在战斗之魂商店遇到阿弗罗发型的大叔并挑战战斗，输了。大叔问他：“每个人都有命运的一枚，卡组中的英雄。你的命运之卡是什么？”阳升在商店得到了新卡“英雄龙神龙”……

阳升的父母为了战斗之魂研究去了德国，留在日本的阳升决定寄住在梦见市的葵家。第一天，和葵的弟弟康太去战斗之魂商店的阳升，遇到了超有名少年卡牌斗士棚志手鞠丸……

阳升转学到葵就读的门出中学。上学第一天突然被叫到学生会室。因为靠战斗之魂获胜成为学生会长的怪人卡牌斗士大泉学人希望见他。那个学人将在学校代表的战斗中与手鞠丸对战。阳升跟着学人的弟弟卡塔尔前往战斗会场……

战斗之魂界冠军与世界排名第二的表演赛举行。和康太一起出门的阳升，在观众席与学人和卡塔尔会合，也发现了手鞠丸他们的身影。在那场战斗之前，宣布将举办决定战斗之魂界顶点之人的“霸王冠军赛”……

迈向英雄冠军赛第一步的区块大赛。没有报名的阳升急忙在卡牌店办手续。手鞠丸组出现了。想和手鞠丸战斗的阳升，对手却是千寻。在千寻亲卫队热烈应援中，阳升VS千寻的战斗开始了……

巽家的客厅里葵正在练习精灵召唤。其实她还没决定关键精灵，有些烦恼。阳升受母亲华代所托去跑腿，葵跟着一起去。给在研究所的父亲传次郎送便当，但那里的新美女助手花形祭是葵憧憬的人。听说祭战斗之魂很强，阳升向她挑战战斗……

英雄冠军赛会场体育中心聚集了一万名卡牌斗士。阳升也进入会场，在冠军精灵“龙之霸王神龙·大和·弗利德”的模型前与阿拳和千寻重逢。手鞠丸组打算自己们进入全国大赛……

手鞠丸有都市传说。康太告诉阳升，手鞠丸喝水果牛奶时是特别的。虽然不知道那是什么……。第二轮也顺利获胜的手鞠丸和葵他们。阳升也迎来了与阿拳的战斗。因为以前败北过，阿拳燃起了打倒阳升的斗志……

英雄冠军赛第二轮全部结束，决赛第一场开始。首先是阳升与手鞠丸的战斗，但在第二轮与阿拳的战斗中表现不佳的阳升，没什么自信。冠军荒田注意到了阳升的样子……

输给手鞠丸后，无法从沮丧中走出来的阳升。英雄冠军赛决赛，继手鞠丸之后葵也胜出晋级。门出中学的柴门校长来到了会场……

在冠军赛中败北的阳升在北边的码头。目的是武者修行。葵的弟弟康太也跟来了。在某家拉面店听说只要赢过战斗之魂仙人就能得到厉害的卡，阳升前往战斗之魂道场，立刻开始战斗……

阳升和康太被战斗之魂仙人带到了大露天浴场。那里有欧洲冠军安东尼，以及为庆祝成为红区代表而被邀请来温泉的葵和手鞠丸等人。那里是战斗之魂秘宝馆。是治愈卡牌斗士身心之宿……

在战斗之魂秘宝馆的战斗之魂塔，葵和康太分别得到了“幻双龙谢伊隆”和“管家企鹅”的心仪之物。阳升也在馆内转悠，在射击屋发现了复古的扭蛋式自动售货机。在那里得到的是……？

继续战斗之魂武者修行的阳升，受战斗之魂仙人邀请，和葵的弟弟康太一起来到雪山。另一方面，卡塔尔放弃战斗，满足于为哥哥加油，但从卡塔尔的包里发现了卡组。战斗之魂仙人为了确认卡塔尔的真心，安排了与阳升的战斗……

平安夜。阳升参加了与战斗之魂伙伴的派对。这时，坐着雪橇的战斗之魂圣诞老人出现了。葵和康太他们向战斗之魂圣诞老人任性许愿。但阳升反而说：“梦想是要用自己的手去抓住的东西吧。”喜欢阳升的战斗之魂圣诞老人向阳升挑战战斗……

经过战斗之魂仙人的修行锻炼的阳升，终于参加了高级排名者联赛。对手是正义英雄狂热者立花为梅尔。又名“为梅尔达”……对一见钟情的葵，被认定为邪恶的阳升想要拯救她，于是参赛的阔少爷……

葵宣称为了世界征服的野心，要收手鞠丸为手下。手鞠丸的家，棚志家是在战国时代差点被有名的战国武将灭亡，勉强作为后继者在现代幸存下来的家族。手鞠丸的梦想是复兴家族……

阳升的新关键卡“爆炎霸王神龙·巴泽尔”被安东尼的鸽子索拉里斯叼走逃跑了。同时也是卡牌斗士团长的柴门捡到了索拉里斯掉落的卡。找来的阳升声称自己是失主，柴门提出要判断他是否配得上这张卡，向阳升挑战战斗……

美香的店里来了用阿弗罗发型隐藏真实身份的冠军荒田。荒田满心打算在英雄冠军赛中也打倒挑战者成为英雄第一号。这时下起雨来。在 safari 散步中避雨的阳升，与和 阿拳他们约好碰头的手鞠丸撞个正着。阳升向手鞠丸提出战斗……

霸王冠军赛全国大赛开始。手鞠丸和葵等预选通过者十八名与突破高级排名者种子的六名，共计二十四名出场，阳升在第一场比赛中登场。对手是古屋龙太。又名金鲨龙。是名古屋的卡牌斗士……

将手鞠丸视为对手的月岛助，是因父母调职而从九州赛区参赛的江户子卡牌斗士。在第一轮与助对战的芹泽伊佐美，从开局就完全不出击，稳步将五体水母系列凑齐到场上。相对的，助被逼到场上没有一只精灵的状态……

第一轮最后一场战斗，是擅长破坏卡组的蓝卡组使用者学人，与以去除精灵核心和强化抽卡为目标的紫卡组使用者巽葵的对战。学人用“冰原犬·魔像”和“铁之霸王灾厄魔像”稳步破坏葵的卡组……

阳升在第二轮与冠军荒田认识的卡牌斗士泉·罗拉·斯鲁·淳子对战。听说罗拉泉为了向喜欢的人（荒田）告白而参赛，阳升无法原谅那种轻浮的心情……

手鞠丸与阴沉的少年伏田修对战。修使用“冰之霸王水母·巴拉甘”，采取多用爆裂的战法。相信手鞠丸并毫不怀疑胜利的千寻和阿拳。阿拳据说在战斗中输给手鞠丸后，被邀请“没有梦想的话就陪我一起追梦”。另一方面，千寻说手鞠丸“爱上了梦想”……

伊佐美是将爆裂与勇气融合的战斗风格。对因战斗压力而紧张的阳升，变装成阿弗罗内的冠军荒田问道：“为什么想赢？为什么想走向世界？”无法回答的阳升，被告知希望他在发生什么时能想起来……

阳升想起了比赛前阿弗罗内的问题。他意识到不仅仅是为了世界大赛优胜和与冠军战斗，而是要和父母制作的战斗场地一起战斗过来的卡牌们、和大家一起获胜晋级，于是拍了拍自己的脸颊打起精神……

进入春假的阳升，在战斗之魂商店被同班同学五十岚雅树挑战，对方说从未在战斗场地上战斗过。起初生疏的雅树也逐渐在战斗场地上发挥出实力。但明天就要搬家的雅树，与阳升的战斗今天也是最后一次……

春假。阳升和巽一家来到南方的岛屿。假装偶然追来的为梅尔，目击了在海中前进的怪物，并向葵报告。梦想用怪物征服世界的葵，把阳升他们也卷入，开始了寻找怪物……

寻找幻之卡的葵和阳升他们，在中国的港口与学人兄弟重逢。一起去拜访世界著名的战斗之魂收藏家的宅邸，却被怀疑是盯上卡牌的怪盗一伙。这时，真正的怪盗龙眼出现了。留下被收藏家抓住的葵他们，追到宅邸深处的阳升和学人决定用战斗之魂来解决问题……

因为葵命令“想买衣服”，天才号停靠在中国某个港口。阳升他们也陪同下船。在精品店里葵试穿衣服犹豫不决时，阳升的钱包被扒手偷了。阳升他们立刻追赶扒手。那时，一个少年挡在了扒手面前……

在中国街头看到被手鞠丸他们追赶的少女，阳升他们保护了少女到天才号上。少女是明治贵族血统的名门之女，据说因为父母安排的婚事只能放弃梦想。听到这些的阳升，请求少女的父母用战斗来决定她的将来……

追着荒田来到意大利的阳升他们，与英国代表雷纳德重逢。出现在那里的荒田，被女孩子甩了，被看到了丢脸的样子。荒田为了开启新的恋爱之门，提出想用与甩了他的女孩的回忆之卡“天剑霸王须佐之男·弗利德”来战斗……

听到幻之卡传闻的阳升他们，在旧书店与手鞠丸组重逢。拿着店主的介绍信，前往持有者拉戈西亚伯爵的城堡。伯爵听说手鞠丸来讨歌留多，便将他招入城内，展示了幻之卡。那是祖先被夺走的东西，手鞠丸要求归还，拉戈西亚伯爵提出用战斗来决出胜负……

用战斗之魂对决赶走了缠着阳升他们的坏孩子们的卡塔布拉。卡塔布拉原来是某国石油王的王子。进入披萨店的一行，作为吃下第二万张的客人得到了纪念品卡。卡塔布拉选择了“锁·阿拉丁”，阳升选择了核心“神焰之高天原”，两人用新卡进行战斗……

受冠军荒田指名，与阳升的父亲阳升真昼博士的表演赛决定。来到纽约会场的阳升他们，用真昼的礼物占据了最好的座位。在银河渡边的主持下，会场气氛高涨，登场的真昼透露，战斗场地研究是因儿子的一句话而开始的。然后，为了证明阳升的卡组对冠军有效，他用同样的卡组挑战战斗……

在美国的战斗之魂商店听到名叫贝茨原的厉害卡牌斗士传闻的阳升他们，回到港口时发现天才号上贴着禁止入内的胶带。那是港口警备员贝茨原干的。看到从海里出现的野猫·喵雄，贝茨原误以为那是怪盗龙眼和邪恶组织落日团的走私……

天才号回到日本。下船的一行人约定在世界大赛再会。葵邀请落日到巽家做客。被家常菜款待的落日虽然感到温馨，但还是拼命保持着自己作为企图征服世界的邪恶超天才的自我意识，勉强忍住。阳升他们去看建设中的英雄竞技场。第一届世界大赛今年夏天在日本举行。手鞠丸组和学人也出现在那里，日本代表三人意外地齐聚一堂……

战斗之魂商店出现了大喷火的秀。他是来向手鞠丸组的阿拳挑战的。秀似乎打算通过这场战斗洗刷在英雄冠军赛红区大赛中输给阿拳的屈辱。面对接连召唤十二宫X稀有并攻击的秀，阿拳以核心地带的核爆升对抗，但是……

新学期，在门出中学的学生会长选举中，葵和卡塔尔宣布参选。因“名会长学人之弟”的头衔成为重负，卡塔尔在选战中苦战。阳升鼓励卡塔尔：“选举只要把你的真实样子传达出去就好了。”然后选举当天。按照柴门校长“要看候选人，看战斗是最好的”的想法，投票前进行了战斗之魂对战。

银河渡边为了节目取材来到梦见町。在美香的店里得到“企鹅”的银河，将那张卡送给了喜欢“企鹅”的康太。阳升也在战斗之魂塔得到了新卡“爆冰霸王神龙·冰河”。这时，在日本大赛决赛中交战过的伊佐美出现，主动提出要当新卡的对战对手……

参加世界大赛的卡塔布拉来到日本，但保姆莫希丽塔不见踪影，身边只有管家塞尔爷爷。另一方面，来到葵身边的为梅尔，身边却是莫希丽塔。管家塞尔爷爷自从为梅尔落选日本代表以来，一直为了为梅尔着想而叱咤激励他，却被解雇了。葵教训了任性的为梅尔，并警告他再也不准叫“葵公主”……

世界大赛终于在新战斗之魂竞技场开幕。选手阳升和卡塔布拉与学人、雷纳德等人重逢。阳升看到手鞠丸也上前打招呼，但对方不知为何很不高兴。在满员观众面前，银河渡边登场。阳升担心样子奇怪的手鞠丸。向千寻她们打听后……

世界大赛第二天。D区的学人与英国代表雷纳德对战。开局双方互相设置爆裂后，虽然被雷纳德的全攻击勇敢地进攻，但学人以擅长的卡组破坏对抗，随即切换为削减生命值的战术。面对速攻型卡牌斗士雷纳德，学人的作战能否奏效？

得到幻之卡“绝对幻龙神天照龙”的手鞠丸，从此战斗风格完全改变。想起将那张卡让给他的拉戈西亚伯爵的警告，阿拳和千寻十分担心。大赛转移到区块对抗战，H区代表诺拉与G区代表手鞠丸对战。诺拉从手鞠丸平淡的战斗中感受到了某种深不可测的东西。

世界大赛终于进入半决赛。在第一场比赛中登场的阳升与雷纳德，互相召唤精灵削减对方生命值。两人也各自爆裂召唤了关键精灵，经过白热化的战斗，阳升的生命值剩下2，雷纳德剩下1。在这之中，雷纳德开始讲述一位骑士因战斗之魂而改变人生的故事。

半决赛第二场是卡塔布拉对手鞠丸之战。受到阳升等同伴声援的卡塔布拉，用为世界大赛投入的新卡“独裁官·凯撒”的攻击时效果与“圣者之树的果实”效果发动双重作战，采取封锁手鞠丸主要阶段、使其无法召唤关键精灵“天照龙”的策略。

梦幻的大对决，英雄冠军赛决赛终于开始。为了同伴也为了手鞠丸而想获胜的阳升，从开局就展开爆裂冲攻击势。然后扫清手鞠丸的精灵，削减其生命值。因生命值减少，手鞠丸的爆裂发动了……

阳升在战斗前向荒田传达了自己想与他战斗的想法。荒田回应道“看着吧”。然后，英雄决定战终于开始。面对冠军荒田，手鞠丸以“引出对手力量并获胜”的风格战斗。荒田也以战斗之魂全力攻击。将手鞠丸的生命值逼到只剩1，但是……

第二届英雄冠军赛的举办地决定在巴黎。各地的卡牌斗士们开始为下一次世界大赛行动时，阳升从巽家回到了阳升研究所。葵将一封“挑战书”交给手鞠丸和阳升，上面设计好了让两人再次对决。

手鞠丸召唤出“绝对幻龙神天照龙”。若受到其攻击，阳升必败无疑。召唤时效果将场上的精灵一扫而空，但“爆冰霸王神龙·冰河”凭借【重装甲∞】的效果存活下来……