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奸人当道，蓝海萍看不过眼，带走公主并偷去《归元秘笈》。多年后，昆仑派马君武与李青鸾奉师命，分别送信往天龙镖局及雪山派。君武偶遇同路人曹雄与苏飞凤，而青鸾带同一老伯往雪山派，老伯竟毒害雪山派等人及放火。

藤雷到天龙镖局找「妙手神医」医治，招公义不经意地跌出七日仙解药。打扮不男不女的贾伟男到镖局找神医成亲，公义得知后逃离。《归元秘笈》重出江湖，曹雄自荐往查秘笈下落。君武与青鸾回昆仑山途中，青鸾不知所终。

捉走青鸾的伟男欲向她查问欧阳拔、公义的下落，幸君武等人赶来相救。君武替青鸾承担雪山派被捣乱一事而被罚往思过崖。各大武派之首与朋海推举玄清为武林盟主，调查少林、武当掌门失踪之事，并约定夺回《归元秘笈》。

君武与青鸾使计揭穿飞凤的谎言后，二人往冰火岛途中，遇上白云飞及玉箫仙子，四人结伴上路。玄清率众寻《归元秘笈》，朋海设陷阱暗算众人。君武遇险，得曹雄相救，二人结拜为兄弟。云飞夺得秘笈，却与君武困于洞内。

云飞抢了《归元秘笈》，让朋海不忿，故他派人监视昆仑派。云飞得仙鹤相助逃离山洞，并带君武回括苍山养伤。曹雄救走青鸾，欲对她意图不轨，幸欧阳拔及时阻止。藤雷捉走欧阳拔报复，曹雄找来公义，终成功救走欧阳拔。

公义救走欧阳拔后，却被伟男捉走禁锢。伟男想到从二人中选一夫婿的办法，可是最终欧阳拔被青鸾救走，而公义则得到飞凤及曹雄相助，以计骗伟男而得以逃离。君武、云飞四周游览时，突然被音波功袭击，君武吐血倒地。

云飞重遇海萍之女蓝小蝶，并得知真的《归元秘笈》仍在她手上。少林及武当的掌门失踪，原来是朋海与严世藩的阴谋。朋海往捉拿海萍不果。海萍与小蝶重逢，小蝶为完成母亲杀掉海萍之遗愿，以音波功袭击海萍，云飞阻止。

曹雄答应云飞等人留守天机石府为君武输功，原来是另有企图，他在海萍房间偷走假的《归元秘笈》，期间虽被小蝶发现，却终被他逃离。海萍欲传授《归元秘笈》予君武却遭拒。云飞要求小蝶送君武回昆仑，小蝶提出条件……

云飞制止天龙镖局与东洋人私运军火，被三手罗刹所伤，幸玉箫仙子及时相救。小蝶护送君武回昆仑山途中，君武路见不平，与金英豪不打不相识，更结成好友。曹雄偷练假《归元秘笈》，令性情大变，滥杀无辜，更不能自制。

小蝶被点苍派伏击，玉箫仙子大开杀戒，云飞担心因此加深昆仑派与点苍派的误会，而朋海欲趁机要玄清退位让贤。玄清无意中得知云飞乃女儿身，欲查问其背景却不果。点苍派要求玄清主持公道，君武被诬陷杀人，含冤莫白。

众掌门来到昆仑派要求玄清交代拿走《归元秘笈》一事，点苍派趁乱暗算玉箫仙子，君武使出迷踪步救她，令玄清百口莫辩，决定逐君武出师门，并交出武林盟主之位。朋海得《归元秘笈》闭关修练，曹雄偷偷在门外探究情况。

海萍提议收君武为义子，让他学习两派武功。曹雄不但对飞凤有所企图，还藉词软禁飞凤。飞凤欲逃走遭曹雄阻拦，幸罗刹出现并将曹雄踢下山崖。曹雄大难不死，却被逼服侍曲离。小蝶在其母墓前发誓会手刃自己钟情的人。

英豪将云飞是女儿身的秘密告知君武及玉箫仙子，玉箫仙子得悉后竟不辞而别。曲离练成三音神拳后往牛家村报仇，遇上青鸾与藤雷大打出手，青鸾跌出玉佩，让曲离发现她是其徒弟的女儿，并告知她蓝萍是杀其父母的凶手。

曲离告知青鸾其父母被蓝萍杀害及他遭暗算一事。曹雄施计杀死曲离，更取走《三音拳谱》。英豪带中毒的玉箫仙子回括苍山，云飞助她驱除体内毒后，二人和好并以姊妹相称。青鸾独闯天龙镖局找蓝萍复仇，可惜不敌受伤……

雪山派等人在天机石府守候海萍，却被盖天教云罗公主制伏。云罗逼君武、云飞等人现身，终不敌退走。君武担心玄清，决定回昆仑山。青鸾命危，欧阳拔无奈往找公义相救。朋海练功完成出关；曹雄秘密练成「三音神拳」。

曹雄助云罗疗伤，并藉词留下。君武输血给青鸾，终令青鸾醒来。曹雄误给迷情丹予云罗，云罗主动献身，并赠曹雄百毒无比的戒指。玄清向朋海兴师问罪，朋海不满竟把玄清捉走囚禁。曹雄在飞凤的食物中偷偷放入迷情丹……

君武夜探天龙镖局，曹雄护送他离去时竟突袭他，君武不虞有诈身中剧毒。飞凤为救君武，舍身将毒转移往自己身上。青鸾找君武途中，遇上曹雄诱骗，曹雄为得到青鸾的信任，助青鸾成功手刃蓝萍后，竟欲对青鸾有所企图……

青鸾服了曹雄的迷情丹，误以为与君武发生了肉体关系。飞凤脸上长满毒斑，公义要君武娶飞凤，君武懊恼。海萍得知朋海的恶行，密谋对策对付他。飞凤不满父亲的所作所为，欲救走三位掌门却失败。云飞烧毁朋海的军火库。

各派齐集断魂崖，却迟迟未见海萍出现，朋海欲捉君武、云飞等人来引海萍现身，双方大打出手。海萍与三位掌门现身，并指证朋海的罪行。罗刹因欠云飞的恩，出卖了朋海，使朋海强势尽失。林天独突然出现，决与海萍一战。

海萍为救小蝶而受重伤，幸得伟男施救，而小蝶终原谅海萍，二人冰释。朋海得寒山寺禅师开窍，放弃报复的念头，并决定解散天龙镖局。曹雄得知后与朋海谈判不果，竟狠下毒手杀死朋海，还嫁祸给刚到寒山寺欲借宿的君武。

玄清重收君武为弟子，还授他独传武功。飞凤突袭君武，君武为报飞凤救命之恩，甘愿一死，但被玄清阻止并打退了她。青鸾得知君武与飞凤已有夫妻关系，伤心欲绝。天独率弟子攻上昆仑山冀统一江湖，君武等人避走进秘洞。

云罗、曹雄发现秘道，于是云罗利用毒蛇进入秘洞，玄清被蛇咬后发狂离去失踪。青鸾找玄清时遇上曹雄，曹雄向青鸾自揭与她一夕温存的人是自己，青鸾伤心不已，更被曹雄强行带返天龙镖局。飞凤终得悉朋海被杀的真相。

盖天教欲杀害君武等人，飞凤赶来相救，并为误会君武杀朋海一事而道歉。飞凤率众往救青鸾，正欲手刃曹雄时，云罗出现，但她与云飞同告受伤。天独救走云罗，并捉走以为是公主的小蝶，欲利用她的身分来揭穿朝廷的阴谋。

仙鹤带君武及云飞回括苍山，海萍成功为云飞驱毒。云飞向海萍查问身世，得知自己是皇上与德妃的亲生女儿。藤雷等人为天独办寿宴，并提议举行「选拔圣女大会」，玉箫仙子及英豪混入当中欲救走小蝶，却被曹雄识穿被擒。

青鸾告知海萍等人小蝶被天独捉走，君武独自上昆仑山救人，并趁天独、云罗下山，成功救出众人，惜遭曹雄追捕，君武为救小蝶，牺牲自己跌落悬崖，生死未卜。疯癫的玄清被盖天教所捉，曹雄提议利用他引六大派上昆仑山。

小蝶毒发衰老，决定隐居。君武大难不死，无意中发现三音神尼的武功招式及「定天神针」。世藩欲拉拢继光不果，竟暗算他，幸得云飞、公义相救。玄清召开武林大会，天独率弟子来到滥杀无辜，玄清更被迫杀死一心及普志。

天独率曹雄成功闯百花林，但不敌小蝶的音波功而败走。小蝶治愈后，欲在其母坟前自尽，幸得君武及海萍阻止。云罗与曹雄密谋夺天下，诱骗天独服食毒药，并假意奉上《三音拳谱》。天独闭关练功，将盖天教交予二人打理。

青鸾突袭曹雄不果，幸得飞凤相救。可是二人被曹雄追至，时君武出现，曹雄向君武自揭对青鸾的恶行，两人大打出手，云罗赶来以致命的毒打伤飞凤。青鸾决意跟随玄清入道修行；君武见飞凤毒发痛楚不已，决定娶她为妻。

海萍传授第六式的《归元秘笈》予君武，并要君武参透最后一式。天独的武功令世藩吃惊，世藩命曹雄铲除天独。天独率众攻上括苍山，海萍等人奋力迎战，但君武自觉没用，发泄时却无意间发现解读《归元秘笈》的方法……

（大结局）君武与天独决战时打开了「生死玄关」，终将天独消灭。曹雄败走找世藩对付继光，海萍率众赶往相救，曹雄落荒而逃，却遇云罗报仇，两人同归于尽。君武与青鸾成婚，痊愈的飞凤与小蝶送上祝福后，乘仙鹤而去。