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朱祈钰向葡萄牙人买一口大炮以增朝廷实力，运返京途中，沈智、沈鸿率众抢夺，祈钰不敌，宁破毁大炮，也不让沈智夺得。 山西发生天灾，沈鸿主张乘机起义，沈智反对。时沈轩狂性再发，胡乱杀人，众人合力捉回沈轩，把他浸回水牢药水之中。 祈钰返抵皇宫，发现祈济、祈深正以慢性毒药毒害祈镇，祈钰带他向如如大师求助，如如大师着祈钰向方耀国求助。祈济、祈深为向祈钰显示实力，当着祈钰面前杀死如如大师，祈钰悲愤万分。 伊兰主动找沈智洽谈合作对付明室，沈智查出伊兰乃瓦刺公主，拒绝与她合作。 祈钰四出寻找方耀国下落，遇沈智，二人比武，不分胜负，二人惺惺相惜。

祈钰与平安寻找耀国途中，因争渡船而与方冠华起争执，互留不良印象。 祈钰找到耀国，以诚意打动他答允复出效力朝廷。而冠华虽从耀国口中得知祈钰身份，仍未能对他增添好感，二人反而一言不合而比武，祈钰技高一筹，把冠华心爱之佩剑打下悬崖，冠华对他更感不满。 伊兰约见沈智，反遭沈鸿戏弄一番，伊兰不忿，毒伤沈轩，沈智向伊兰索取解药，二人料缠间，伊兰险堕崖，沈智奋勇相救，伊兰受感动，把解药交予沈智。 沈鸿无意间泄露予沈智得悉自己乃养子，沈智连向沈轩追问，沈轩说出收养沈智经过，沈智感慨万分。 祈钰与冠华日久生情，祈钰更亲自铸剑赠予冠华。 祈钰遇沈鸿、初八及冷锋，祈钰与耀国合力，把三人一网成擒。

祈钰决押沈鸿等回京，与冠华依依惜别。 沈智率众营救沈鸿等，却失去祈钰等人行踪，伊兰主动把祈钰下落告之，沈智率众追赶，却终让祈钰等逃脱。 祈钰返抵京师，宣宗大喜，把沈鸿等人收监，并任命耀国为兵部尚书，众人欢欣，唯祈钰感事情太顺利而产生隐忧。 祈深召见沈鸿，要他合作诬陷耀国乃白莲教之卧底，混入宫中密谋作反，沈鸿答允，但要祈深先释放初八及冷锋，祈深答允。 祈深当着沈鸿面前放走初八及冷锋，却暗中派杀手追杀二人，伊兰及时救走二人，以此要胁沈智合作，沈智打败伊兰，救走二人。 伊贝莎发现伊兰对沈智动情，要捉她回瓦刺审问，沈智暗助伊兰逃脱，伊兰对他感情更增。 祈深向宣宗诬陷耀国，宣宗深信不疑，祈钰苦苦解释亦无效，宣宗派人围捕耀国。

伽星追杀耀国，耀国不敌，堕下悬崖，祈钰内疚万分，着王总管赶往救耀国之家人，王总管来迟一步，国妻等惨遭杀害，唯冠华被其师静虚救走，冠华误会祈钰见死不救，对他痛恨不已，并向静虚苦练雌雄十三式剑法对付伽星。另一方面，祈钰以为冠华已死，亦悲痛万分。 伽星囚沈鸿于天竺寺，沈智往相救，遇冠华刺杀伽星不敌而受伤，沈智仗义救走冠华，被伽星追捕，为伊兰所救。 伊兰医好冠华之伤，沈智对她感激不已，二人感情再增，并约定后会之期。 冠华决与沈智合作对付伽星，二人同练雌雄十三式剑法。 祈钰暗中救回耀国，安置他于隐蔽山洞中疗伤。 沈智与伊兰约定见面，清平劝沈智莫被伊兰利用，沈智唯忍心失约，伊兰久候不见沈智，亲往找他，见他正与冠华练剑，误会二人有情，盛怒欲杀二人，沈智打败伊兰，伊兰悲愤离去。

沈智与冠华练成雌雄十三式剑法，率众往天竺寺救沈鸿，一场恶斗，虽杀死伽星，但仍未能救出沈鸿。 祈深施计，使宣宗立他为储君，祈钰不但未加反对，还对祈深奉承，祈镇大感心痛，祈钰解释此乃苦肉计，令祈深对他失去戒心，祈镇才释然。 冠华决绑架祈钰，以他交换沈鸿，祈钰中计被擒，遭初八戏弄一番，祈钰向冠华解释耀国未死，冠华半信半疑，即往找耀国。 宣宗答允以沈鸿换回祈钰，祈深祈济密谋利用此机会杀祈钰，暗中派陈太守率大队人马往杀祈钰等人。 沈智祈钰再次比武，仍不分胜负，二人虽惺惺相惜，无奈处于敌对地位，二人同感无奈。 沈智带祈钰往换沈鸿，被陈太守包围，以大炮轰炸众人。

祈深以大炮轰炸沈智等人，白莲教死伤惨重，沈鸿受伤，被初八救走，沈轩则力战而死。 沈智与祈钰联手杀敌，逃出生天，二人结拜为异姓兄弟。 宣宗接获密报，得知祈钰乃祈深祈济所杀，心痛欲绝，祈深更以祈镇之性命，逼宣宗签下诏书，让位予他。 祈钰闻悉宣宗让位予祈深，悲愤万分，决加入白莲教，沈智感祈钰具仁者之风，他日为皇，乃百姓之福，遂答应助他夺帝位，更赠他软胄甲，祈钰亦回赠沈智免死金牌。 沈鸿反对让祈钰入教无效，一怒带初八搬往山西分舵，沈智屡劝无效。 冠华返回白莲教，发现祈钰未死，二人重逢，恍如隔世。 耀国误会祈钰已遭沈智所杀，往找沈智算帐，二人凭着信物，终父子相认。

耀国得知祈钰未死，大喜不已，众人决定找于谦相助对付祈济祈深，于谦答允。 曲盈枝劝也先不要轻举妄动进攻明室，伊贝莎不满，欲杀盈枝，为伊兰所阻，也先惩罚伊贝莎，并命伊兰与盈枝赴明室议和。 伊兰与盈枝抵皇宫，遭祈深待慢，气在心头。时沈智假扮太监混入皇宫见宣宗及祈镇，伊兰发现，多次助他渡过难关。 沈智终于见到宣宗及祈镇，二人得知祈钰未死，大感安慰。伊兰令宣宗进入假死状态，令祈深祈济疏于防范，沈智终成功救二人出宫。 沈智对伊兰万分感激，奈何二人处于敌对形势，二人黯然分手。 宣宗会合祈钰等人，大举攻入皇宫，节节胜利。

沈智等人攻进皇宫，祈深祈济落荒而逃，宣宗重登帝位，大封耀国、沈智及各白莲教当家为功臣，并暗示将传帝位予祈钰，祈钰暗欢喜。 沈智等人到白莲山庄凭吊，发现密室，内有血书记述当年朱元璋如何背信弃义杀害白莲教中人，并有地图绘出当年大批军火收藏地点，众人劝沈智往取军火，以防祈钰不义，沈智同意。 祈钰追查祈济下落，辣手将他杀死。 盈枝替祈镇医病，祈深突来袭击，胁持盈枝，祈钰赶至，答应放祈深生路，但当盈枝逃脱后，却反口杀死祈深。 宣宗见祈钰不顾手足之情，对他信心动摇，重新考虑继位人选。

盈枝为替祈镇医病，不惜以身试毒，终令祈镇痊愈，祈镇对她感激万分。 祈钰查探出沈智获军火地图，劝他把军火交出，沈智恐祈钰他日会背信弃义加害白莲教而拒绝，祈钰承诺让沈智掌握兵权，沈智才答允。但原来祈钰心中纯属利用沈智，宣宗对他之凉薄无情更有戒心，决把皇位传予祈镇。 祈钰惊闻宣宗传位予祈镇，愤怒万分，沈智劝他切莫做出对国家有害之事，祈钰不置可否。 祈钰往质问宣宗，二人起冲突，宣宗被气死，祈镇见祈钰害死宣宗，痛心疾首，两兄弟反面，割断手足之情。 沈鸿行刺祈镇，为沈智所阻，沈鸿被毒匕首刺伤，沈智掩护他逃脱。

沈智求盈枝为沈鸿除毒，伊兰要沈智交出军火藏宝图为条件，沈智不允，宁以身试毒，伊兰不忿沈智惨死，替他疗伤，清平乘机抢走解药，伊兰见沈智宁死不屈，只顾国家大事，不理儿女私情，决与他一刀两断。 沈智恐伊兰会抢夺军火，对沈鸿晓以大义，终使他答允合作取军火。 祈钰大权旁落，向祈镇试探心意，祈镇冷眼相对，祈钰不忿，施以退为进之计，利用耀国及于谦，使祈镇任用他为吏部尚书。 沈智寻到藏军火山洞，发觉要以烈火山庄之方天戟才能开启洞口，时伊兰攻至，混乱中山洞倒塌，沈智奋勇救出伊兰，清平等要沈智杀伊兰除后患，沈智不肯，伊兰伺机逃脱。 沈智到烈火山庄求借方天戟，伊兰假扮沈智，打晕庄主之女张欣欣。

伊兰救醒欣欣，诬陷沈智欲奸污她，欣欣大怒，率众追杀沈智、沈鸿，幸二人身手敏捷，安然逃去。 伊兰约见沈智，劝他放弃夺取军火，沈智冷言拒绝，决力争到底。 伊兰博取欣欣信任，查出方天戟藏于花园地下密室，暗中潜入搜索，触动机关，惊动欣欣等人，伊兰砌词掩饰，但已惹起陈总管怀疑。 祈钰利用冠华，使祈镇调升他为天威将军，掌握兵权。 祈钰与冠华成亲，祈镇触景伤情，更感需要盈枝，盈枝终答允留下陪祈镇。 欣欣为向沈智报仇，布局把沈鸿捉去。

欣欣向沈鸿逼问沈智之下落，沈鸿不肯屈服，欣欣囚他于山洞中。 欣欣查出沈智下落，找他算帐，沈智布局拆穿伊兰奸计，欣欣大怒欲杀伊兰，伊兰逃脱。 欣欣赶往释放沈鸿，反被他戏弄一番，二人成斗气冤家。 沈智为夺方天戟，向张岳山挑战，二人打成平手，岳山欲以死士杀沈智，伊兰赶至相救，不敌死士，同堕下悬崖。 沈智与伊兰大难不死，沈智把岳山秘密训练死士一事告知欣欣，欣欣不能置信，向岳山质问，岳山见无法隐瞒，唯直认一切，声称乃遭人暗中威胁，欣欣不加谅解，一怒离家。 原来幕后主使岳山训练死士的是伊贝莎，她从岳山口中得知军火一事，决往夺取军火，途中遇伊兰，众人齐赶抵藏军火山洞，沈智亦率白莲教众抵达，伊贝莎欲炸死沈智等人，伊兰舍身相救，沈智等逃脱，伊兰却被困洞中。

沈智以为伊兰已遭活埋，肝肠寸断。另一方面，伊兰大难不死，为伊贝莎所救，伊贝莎向她下毒威逼她返回瓦刺，伊兰不肯屈服，伺机逃脱。 伊兰千辛万苦，终与沈智重逢，伊贝莎加以追杀，二人本逃脱，但伊兰毒发，沈智唯有将她交回伊贝莎，伊贝莎要以沈智性命换取伊兰解毒，伊兰以死相逼，伊贝莎才放走沈智。 欣欣随沈鸿返回山西分舵，岳山要将她带走，却不敌沈鸿，在欣欣哀求下，沈鸿才放过岳山。 也先听信伊贝莎之言，进攻明室，祈钰主张大举反攻，祈镇不忍生灵涂炭，主张议和，祈钰向耀国及于谦诬陷祈镇之出发点纯为与盈枝之私人感情，盈枝为大局，返回瓦刺，祈钰却用计令盈枝留在宫中。

祈钰布局诬陷盈枝乃瓦刺奸细，盈枝自尽以表清白，临终提醒祈镇小心防范祈钰。 祈镇揭穿祈钰恶行，祈钰直认，决与祈镇公然对抗，利用王振，游说祈镇亲自率兵到大同攻打瓦刺，祈镇不虞有诈，加以答允。 沈智得知祈镇此行九死一生，决率兵赶往援助，因此而与祈钰反面，沈智见祈钰只顾一己之利而妄视天下百姓之安危，与他断绝结义之情。 祈镇率大军抵大同，但因长途跋涉，以致军心散涣，沈智赶至，以破釜沉舟之法激励士气，打败瓦刺，直攻至土木堡，祈钰闻讯，为使祈镇等打败，竟运假军火予祈镇等人。

祈镇大军欠缺军火而大败，祈镇被掳，沈智则被伊兰私自放走，也先因而大怒，严刑惩罚伊兰。 耀国等接获祈镇大败之消息，悲愤之余，决要追查真凶，祈钰诬陷此事乃山西陈士英所为。 沈智为沈鸿所救，医好伤后，立即上京追查真凶，沈鸿及欣欣暗中跟踪加以保护。 耀国查出祈钰乃幕后真凶，向他质问，祈钰辣手杀耀国灭口。沈智返抵京师，惊闻耀国死讯，展开调查，终查出凶手乃祈钰，沈智悲愤莫名，密谋对付祈钰。 也先要明室割让十二个城池才放祈镇，明朝各大臣决推举祈钰继任为皇，对抗瓦刺，沈智阻止无效，大感颓丧。

冠华痛恨祈钰杀耀国，搬离钰家，到沈智处暂住，并鼓励沈智一定要对付祈钰。 祈钰布下陷阱，诬陷沈智欲行刺他，沈智陷入重围，被沈鸿救走。祈钰派人诛杀白莲教众，冠华以死相逼，令冷岑等人得以逃脱。 冠华被带返皇宫，发现有孕，祈钰对她巧言令饰，冠华心软，终答允留在宫中安胎。 沈智逃返山西分舵，祈钰派人围攻，沈智等逃脱，初八则战死。冠华得知此事，再与祈钰决裂。 于谦打败瓦刺大军，伊兰奋勇救出也先，也先再以祈镇之性命逼明室割让十二城池，祈钰不允，决在祭天时公告天下，沈智决利用此机会杀祈钰。

沈鸿坚持与沈智一起刺杀祈钰，沈智不愿沈鸿冒险，与欣欣合作，迷晕沈鸿后，独自出发。 沈智刺杀祈钰，但因他穿上当年沈智赠他之软胄而逃过袭击，沈智失手被擒，冠华以自尽作要胁，逼祈钰放沈智，祈钰暗中逼沈智服毒后，才放他走，沈智终为伊兰救走。 冠华诞下一男儿，祈钰替他改名为玉龙，祈钰见冠华始终不肯屈服，将她赶出宫，沈鸿等收留她于白莲教。 伊兰带沈智回瓦刺医病，终替他除去身上剧毒，伊贝莎发现，立向也先告发，伊兰为保沈智，立即与他成亲，但伊贝莎仍不肯放过沈智，伊兰为救沈智而受伤。

也先见伊兰对沈智情深一片，沈智又答允愿留在瓦刺效力，也先遂放过沈智。沈智为消除也先之疑心，更当众戏弄祈镇，祈镇悲愤不已。 玉龙染上怪病，屡医无效，冠华担心，冒死入宫见玉龙一面，遭祈钰奚落一番后被赶走。 沈鸿假扮南海神医之助手，乘神医替玉龙医病时行刺祈钰，不幸失败，沈鸿抢走玉龙逃去，冠华因而能母子重逢。 伊贝莎利用死士作乱，沈智及伊兰拼死保护也先，打败伊贝莎，伊贝莎自尽而死。也先经此一役，答允与明室议和，并放祈镇回明室，沈智伊兰决加护送。 祈钰表面上声称将帝位让回祈镇，暗中派出高手截杀祈镇，沈智等险象横生。

沈智感回京路途遥远，危机四伏，决定先往山西，找铁云大将军相助。 岳山潦倒落泊，重遇欣欣，欣欣求得沈鸿答允收留他于白莲教，岳山却出卖众人，向祈钰告密，祈钰率众围捕，冠华以玉龙作要胁，助众人逃脱，沈鸿则被捉。 沈智等三人历尽几番惊险，终找到铁云，铁云决护送祈镇回京。 祈钰欲杀沈鸿，岳山劝他利用沈鸿对付沈智，祈钰命岳山把沈鸿制成死士后，制造机会让沈智救回沈鸿，沈鸿受岳山指使，欲杀祈镇，众人俱不敌沈鸿，祈镇危在旦夕，欣欣忍心杀死沈鸿。

欣欣自杀殉情，沈智等大为悲愤，召集足够兵马，与祈钰开战。祈钰大军节节败退，祈钰竟下令，要十多岁之男孩加入军队，令沈智等人不忍下杀手。 冠华削发为尼，携同玉龙遁迹空门，决从此退出江湖之是非恩怨。 沈智因不忍残杀少年兵，令到大军停滞不前，祈镇颇为不满。沈智恐牵连伊兰，劝她先回瓦刺，伊兰誓言要与沈智同生共死。 冠华不忍生灵涂炭，利用假婴，引祈钰进入地洞，再把洞口封闭，欲与祈钰同归于尽。 明室大军见祈钰突然失踪，军心散涣，沈智等人乘机攻入京城，祈镇夺帝位，大诛叛党，沈智苦劝无效。 祈钰逼冠华说出逃生之路，错手将她杀死，此时沈智寻至，与祈钰展开生死决斗。