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陆家庄来了一道姑李莫愁，因陆展元另有新欢怀恨在心，将陆家上下杀得横尸遍地，杀陆展元、何沅君，以冰魄神针伤杨过，掳走陆无双；失忆的欧阳锋误将杨过当儿子，在暗道见蛤蟆忆起蛤蟆神功。

杨过身中冰魄神针昏迷不省，得郭靖、黄蓉相救。回客栈见店小二无礼待他，细问之下惊悉他是杨康与穆念慈之子，决意带返桃花岛疗伤。

郭靖视杨过如子，黄蓉却恐养虎为患，刻意不教他习武，终日以修身养性为由逼他读书，夫妇二人对杨过各持己见。

郭芙与武敦儒、武修文联手作弄杨过，杨过狗急跳墙推倒巨石险伤郭芙，惊慌逃逸；逃亡中遇欧阳锋重逢，得传蛤蟆功逼毒出体。

杨过禁不住郭芙等人挑唆再度动手，情急使出蛤蟆功，黄蓉大发雷霆逼他供出欧阳锋去处。杨过不从投海自尽，郭靖不得已送他离岛。

郭靖带杨过赴全真教，杨过追问身世，郭靖惊慌毁损石碑被弟子误作恶徒围攻，郭靖大败众弟子；此时大队番僧夜袭重阳宫，火光冲天。

郭靖说明来意，尹志平、赵志敬不信而出手，混战中赵志敬挟持杨过加以凌辱。番僧大肆破坏，郭靖赶至助阵打退，赵志敬自此对杨过记恨。

霍都、达而巴率兵前往古墓，全真众人赶至阻挡，小龙女不知好心下逐客令，以玉蜂退敌，众人当下佩服；丘处机有意让赵志敬收杨过为徒。

杨过知赵志敬怀恨必以恶相报，不肯拜师，丘处机逼他屈服。赵志敬公报私仇，故意让不会武功的杨过下场比武，激起他体内蛤蟆功打伤对手。

孙婆婆恼小龙女无情，带杨过往全真教送蜂毒解药起冲突，尹志平错手重创她。婆婆临终要小龙女收杨过为徒，并嘱咐一生照顾。

小龙女带杨过回古墓，杨过拜她为师，小龙女信守诺言授他武功，两人之间的情谊从师徒关系开始展开。

两年后小龙女传尽武功欲赶杨过出古墓，杨过不离不弃让她感动。小龙女心情波动伤及经脉，二人决意共练玉女心经化解。

二人练功之际尹志平、赵志敬意外闯入，赵志敬污蔑小龙女动邪念。小龙女命杨过杀二人灭口，尹志平挥剑自断尾指，发誓日后一定保密。

小龙女重伤之际李莫愁又至，小龙女以断龙石阻断出路。四人同困古墓面对死亡，石棺下竟另有一条出路，二人决心共闯江湖。

小龙女内力大伤，二人回密室修炼王重阳留下的九阴真经疗伤；欧阳锋为寻杨过把全真教搅得鸡犬不宁，更重伤丘处机等人。

尹志平为保全真教，领欧阳锋到茅屋找杨过。看着欧阳锋对杨过亲昵黏人的模样，小龙女平静的心竟掀起嫉妒的涟漪。

赵志敬暗对尹志平下和合散，欧阳锋又点了小龙女穴道。迷了心志的尹志平轻薄小龙女，小龙女误以为与她行房之人就是杨过。

杨过仍以师徒之礼相待，过份平静的态度让小龙女误会，负气离去。杨过下山寻找，在客栈从丐帮弟子口中探听小龙女消息。

来的并非小龙女而是腿有残疾的陆无双，杨过失望之余出手相助，后又帮她逃过李莫愁的追杀。

小龙女按捺不住思念启程寻杨过，尹志平借口领路。杨过因保护陆无双与丐帮冲突被石灰伤眼失明，更与陆无双失散。

陆无双为求活命骗李莫愁五毒秘笈被丐帮抢去。李莫愁追杀中遇杨过，杨过使出九阴真经打通经脉重开双眼，程英出手相助。

郭芙难以抵抗凌千峰甜言蜜语随他出游，误入贼船险被轻薄。杨过适时出现解危，郭芙反而出言羞辱，杨过被挑到痛处发足狂跑。

程英看出陆无双对杨过生情居中调停，陆无双误解其意醋意大发。尹志平暗自心惊，买通丐帮弟子诈言英雄大会已取消。

杨过、陆无双遇四醉鬼，洪七公现身击毙。洪七公帮陆无双治好瘸腿，杨过以珍奇野味讨好，并吐露身世与父亲死因的疑问。

郭靖、黄蓉追寻郭芙，食店起冲突当场斥责。尹志平送走小龙女后到大胜关，表明五年前早已自宫，赵志敬胆颤心寒进而脑乱成疯。

英雄会举行在即群雄聚，杨过被郭芙发现当场羞辱。丘处机视他大逆不道出手欲擒，惊觉他武功竟不下于己。

杨过使计支开大武、小武，巧言迷惑郭芙让她另眼相看。二人听说郭靖有意许配郭芙，偷取夺魂香将杨过迷倒。

黄蓉、郭芙为杨过之事一言不合大打出手，郭芙激愤投河被救起。黄蓉气愤欲伤杨过被郭靖震倒，请大夫诊治竟查出她有喜。

杨过向黄蓉请罪并说明受洪七公所托之事，黄蓉诧异也认自己的过错。霍都现身大胜关，实为重建大辽国，却沉湎酒色被师父斥责。

黄蓉接密函获知丐帮有不乏之徒，欲于大会揪出害群之马。霍都师徒冲突，小龙女赶至重逢杨过，二人联手挫败金轮法王。

庆功席上小龙女语出惊人自称是杨过的妻子，杨过也表明结为夫妻的心愿。郭靖以有违伦常写信反对，二人相偕离去。

郭芙得知杨过弃她而去要娶小龙女，乘骑追赶遇上霍都被抓住。郭靖、黄蓉前往行宫营救，却中了西域寒冰掌，性命堪忧。

郭靖对二人师徒逆伦之情无法释怀，求黄蓉相助破坏。原本杨过决意回古墓隐居，岂料启程前小龙女因误会离去，陆无双求义结金兰。

欧阳锋、洪七公嘻闹路过，见杨过等人被李莫愁所制飞身纵前对抗。紧要关头欧阳锋疯病发作，强行将李莫愁带走。

杨过以移魂大法捕捉欧阳锋脑中记忆，竟见到杨康惨死黄蓉剑下的画面，惊愤交迸，誓言杀黄蓉替父报仇，万念俱灰。

小龙女逃至静水庵欲带发修行断除情孽，尹志平追至劝解。杨过寻至，小龙女惊惶失措走火入魔负伤，无意间被公孙止救回绝情谷。

公孙绿萼与杨过相遇于误会，绿萼暗自怀情。小龙女为断情应允与公孙止成婚，杨过见她装作陌生不予相认，欲自尽逼她相认。

公孙止不甘毁婚布下情花毒伤杨过，迫小龙女成婚。绿萼私偷解药救杨过被发现，二人被推下深渊，大难不死。

二人深谷听见人声，竟见残恶婆裘千尺，原来她是绿萼母亲。杨过救母女离开深渊，重返绝情谷，适时阻止了公孙止与小龙女的婚礼。

裘千尺要求杨过在惊蛰以前为她复仇才肯解毒，竟是要杀她的杀兄仇人郭靖、黄蓉。杨过与黄蓉本有不共戴天之仇，听得此言大乐前往。

杨过顾念养育恩情一再错失良机，小龙女毫不留情出手打伤郭靖。黄蓉痛心道出杨康恶行，二人愧疚难当，急忙抬郭靖回城疗伤。

黄蓉兵荒马乱中产下女娃，女娃甫出生就被金轮法王等人捉走，霍都要胁开城门。杨过独入辽营用计救女娃，途中救下被打伤的大雕。

杨过为救中霍都毒针的洪七公以掌吸毒，身上同时中了三种毒。小龙女意外得知当日在山中小屋与她发生关系的是尹志平而非杨过，震惊欲离去。

郭芙跑来告知小龙女与尹志平苟合一事，与杨过起冲突挥刀相向。身中多毒的杨过无力反击，硬被郭芙砍下一只手臂，遂抢走郭襄报复。

赵志敬叛国通敌，连同霍都攻进重阳宫逼尹志平让位。小龙女为报仇上重阳宫，杨过赶至，二人在重阳宫内拜天地成为夫妇。

郭靖、黄蓉为救杨过情花毒来找裘千尺，裘千尺非要杨过娶绿萼才肯救命。绿萼心痛，自己跃入情花丛染毒，打算让无情无义的父母自相残杀；小龙女为使杨过求生，留书约定十六年后再相会。

欧阳锋与洪七公华山论剑，杨过阻止不了。十六年后神雕侠扬名，郭襄追出相认；丐帮大会识破何师我竟是霍都。郭襄得知南海神尼是骗局出走被俘，杨过跳下断肠崖，终见魂牵梦萦十六年的人儿。