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魔王央格尔被奥勒贝利亚的国王凯尔击败后，已过了一百年。守护骑士团的见习骑士凯瑟，为了成为能保护所有人的骑士，在前辈克劳斯的指导下日以继夜努力训练。而就在此时传来一个消息，奥勒贝利亚的国王森林中，出现了早已应该被毁灭的魔族。

一心想拯救同伴的凯瑟，与青梅竹马的牧师芙莱儿动身前往国王的森林。可是他们在森林里看到的，却是同伴被残忍杀害的遗体，与克劳斯的盾牌。绝望的凯瑟与芙莱儿突如其来的遭到魔族攻击，但随后就被奥勒贝利亚的雇佣兵黑暗边缘所救。

凯瑟跟芙莱儿在克丽欧的带领下，来到飘浮在白云之间的巨大岛屿“贤者之塔”。找他们来的人是奥勒贝利亚的魔法师，同时也是大贤者的多明尼加。凯瑟从多明尼加口中得知令人难以置信的重大真相。那是距今一百年前的事。

凯瑟在得知自己的出身后，亟欲得到圣剑埃亚。为了寻求能解除圣剑埃亚封印的钥匙，以及见到艾莉多拉森林的大贤者罗兰，凯瑟跟芙莱儿、克丽欧及罗伊来到了艾莉多拉森林。一名叫作瑟琳的精灵族少女现身，表明要带凯瑟他们去见大贤者罗兰，但是凯瑟他们却在途中跟瑟琳走散了。

为了得到最初的钥匙以解除圣剑埃亚的封印，大贤者罗兰现身造访艾莉多拉森林的凯瑟一行人面前。可是罗兰没有立刻解开圣剑的封印，而是询问瑟琳“凯瑟是否适合得到圣剑之力？”目睹树人被魔族杀死而爆怒失控的凯瑟，瑟琳会做出什么样的回答？

顺利解开圣剑第一个封印的凯瑟一行人，为了去见拥有第二把钥匙的兽人族族长，他们继续踏上旅程。途中为了补给与休息，他们来到了一座观光都市。看着这个克丽欧曾经在书上读过，一直想要来一趟的城镇，她开始萌生四处去观光的想法。

黑暗边缘成为奥勒贝利亚王国的佣兵后，不断建立功迹。因此接到奥勒贝利亚骑士团总指挥官的邀约，希望他们能加入骑士团。但是里希德目的是夺取整个王国，为了达到这个目的而极力避免惹事的他们，因为讨伐魔族渐渐得到当地居民的信赖。

凯瑟一行人在前往欧格利亚高山地的路上遇见一位少女。在人们为逃离魔物攻击的这座避难所中，芙莱儿在这个少女身上感觉到些什么，于是她说服大家至少在这里停留一晚。芙莱儿这个突如其来的要求究竟有什么目的？然后垄罩世界的巨大黑暗又再次苏醒了。

在前往欧格利亚高山地的路上，凯瑟一行人经过了一个满是不死族的村落。芙莱儿在该村子里见到了伊丽丝的父亲约翰。约翰是村子里唯一的幸存者，他之所以一人留在村子里，似乎是有着不为人知的理由。

在奥勒贝利亚王国公主的安排下，黑暗边缘正式加入了骑士团。在讨伐魔族的过程中，他们渐渐得到人民的信赖。从小遭到歧视、失去双亲的里琵涅，面对那些曾经歧视他们，现在却夹道欢迎他们凯旋的奥勒贝利亚人，心中充满了厌恶。

为了解除圣剑埃亚的封印，凯瑟一行人来到欧格利亚山高地。但是不死族的魔爪早已伸至此处。拥有封印之钥的艾尔托拉族长早已去世，现任族长还下令人类不得踏入欧格利亚山高地半步。兽人们到底怎么了，而且为什么欧格利亚山高地会有不死族呢？

根据艾尔托拉的遗言，若想解除圣剑埃亚的封印，凯瑟就必须前往神圣祠堂接受试炼。凯瑟必须在这里证明自己有足够坚强的内心。出现在凯瑟面前的究竟会是什么？与此同时感受到圣剑之力的莫铎克，也动身前往力量的发源地。

在离开欧格利亚高山地之前，凯瑟使用圣剑之力跟突然出现的莫铎克打了起来，在战斗结束后凯瑟却一觉不醒。芙莱儿一边回想着今日为止的旅程，一边写信给克劳斯。

黑暗边缘被史嘉蕾公主召进了王城。他们即将与骑士团远征百年前召唤出魔王的克莱儿公国，其所在的克卢雅平原。莫里哈姆卿向贵族提议，要赐予里希德荣誉贵族的称号。黑暗边缘距离复仇又近了一步。

倒下的塔姆，与在面前现身的莫铎克。黑色边缘成员为了替塔姆报仇而发动攻击。另一方面，做了一场梦的凯瑟终于苏醒过来。他终于对自己身上的圣剑之力有所感觉。

为了解除最后一个圣剑的封印，凯瑟他们朝着风地雪山前进。他们在路上遇见一位自由又随性的佣兵，并前往她所停留的村子落脚，却没想到在那里碰见村民失踪事件。失踪事件到底是谁造成的？害怕使用圣剑之力的凯瑟到底会怎么选择？

黑暗边缘全军覆没的消息瞬间传遍了整个奥勒贝利亚，使所有人都充满了不安的情绪。里希德在苏醒之后从史嘉蕾口中得知同伴全部死去的消息后，便打算拖着负伤的身体前往复仇，但是此刻的他的身体状况连站都站不稳。

凯瑟一行人在前往风地雪山的路上，遇见某个不死族。因此罗伊开始诉说他的过去。罗伊与那个不死族有着什么样的关系？而他又为何待在贤者之塔内，进而参加这趟旅程？

为了让巴贝尔解开最后的封印，卡塞尔他们来到了温特兰雪山的山脚。在去帕贝尔住的洞窟的途中，弗雷突然倒下了。照顾他的克莱夫如果想到了弗雷的症状，就知道了弗雷的心情。芙蕾的决心到底是什么？！

终于遇到了拥有最后封印钥匙的帕贝尔，但是卡塞尔突然被帕贝尔攻击。帕贝尔看到大家想要保护卡塞尔的身影后停止了攻击，告诉了大家关于凯尔王和阿尔雷特的不为人知的事实。然后，夜晚的太阳和月亮重叠的日子终于到来了…

终于召唤出了魔王安格姆多。但是，召唤者不是魔王安格姆多，而是100年前消失的凯尔王？！为了寻找打倒魔王的力量，为了获得打倒杀了黑边缘的玛杜克的新力量，为了以各自的理由去拜访多米尼克斯，斯嘉丽和莉人前往贤者之塔。多米尼克开始讲述历史上没有记载的真实。然后利人发现的东西是…

魔王复活后，魔族们的活动在全世界开始更加活跃。马尔杜克为了破坏打倒魔王的唯一武器——圣剑，一直在寻找圣剑的力量。那个时候，为了解开圣剑最后的封印而前往世界树的卡塞尔，虽然被帕贝尔警告不要使用圣剑的力量，但为了帮助被魔族袭击的同伴而使用了圣剑的力量，被马杜克发现了…

托玛利亚的福，玛丽亚把100年前的真相告诉了能摆脱困境的卡塞尔们。以前作为神官和青梅竹马的凯尔王，伊莉亚总是在一起。她告诉我的凯尔王和阿尔雷特的故事，伊莉亚的真实，还有凯尔王的最后和女神露亚…。知道了全部的汽车单元的选择…？！

从贤者之塔给贝赫尔写信的斯嘉丽。在发现了在加尔亚平原倒下的利人后，我想起了她看到的利人的样子。然后，在埃里多拉的森林里，弗雷、克莱夫、赛琳娜开始了女子对谈。一边回忆着离开埃里多拉森林后的旅行，一边重新领悟了卡塞尔残酷的命运，各自的志向也很强烈。各自的想法交叉着…

为了帮助斯嘉丽和汽车电池们，克劳斯和迪米亚。得到圣剑，企图复仇同伴的莉人和，斯嘉丽询问了她的情况。打算用圣剑阻止父亲凯尔王的卡塞尔和想要保护他的伙伴们。怀着各自的想法，急着向着圣剑所在的世界树前进…。先到达圣剑所在的地方的丽人和斯嘉丽。他们想要得到圣剑时出现的人物是…？！

对付魔王的卡塞尔。虽然想唤醒魔王中的凯尔王，但是大家都倒在了强大的力量面前。在大家的协助下好不容易才和魔王战斗，魔王却吹出了更强烈的瘴气，陷入了苦战。卡塞尔们和魔王的战斗结果到底会怎么样呢…。