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商店街万圣节祭，只开一天店的卡片首都。卡片首都常客少年·新右卫门，为取回昔日活力奋斗，但发生意外麻烦……

围绕卡片首都经营权的纠纷中，自己的卡组被拿走的新右卫门。为夺回卡组，新右卫门和同级生亲友马克·霍怀廷尝试潜入艾斯卡本店。

把卡片首都交给弟子辰也，参加补考的新右卫门。但那里出现艾斯卡刺客、拥有一流对战手腕的五之实七海和藤浪殿利。两人试图带走米克露……

叫来新导莱布妹妹米克露的日比野艾斯卡，向米克露提议偶像出道。另一方面，马克·霍怀廷和橘辰也为夺回米克露，闯入艾斯卡本店……

S级最强斗士五之实七海与忍者大师对战开幕。互不相让，两人对战极其激烈，另一方面，新右卫门被自由徘徊街头的店长代理玩弄。

到达艾斯卡本店的新右卫门，挑战与五之实七海的对战。七海对对战冷淡态度的秘密，隐藏在她与先导者、以及憧憬的日比野艾斯卡相遇中。

商店街万圣节祭，只开一天店的卡片首都。为取回昔日活力奋斗的新右卫门，在米克露和马克等人协助下推进准备，但发生意外麻烦……

万圣节祭当天。装扮各种万圣节服装的新右卫门等人，在卡片首都顺利举办大会。新右卫门作为店长工作繁忙中，莱布失踪了。

平安结束一天开店的卡片首都，出现日比野艾斯卡慰劳新右卫门等人，开庆功宴。然后，艾斯卡向新右卫门提议赌卡片首都经营权的卡片对战。

惨败给艾斯卡、被赶出卡片首都的新右卫门，目击经营卡片首都的户仓夫妻女儿美咲和艾斯卡在一起，被逼入失意谷底。

为向艾斯卡复仇、以及战斗到底艾斯卡杯，新右卫门试图改变。但方法不定，新右卫门迷失。那时，艾斯卡访问各地强豪斗士。

为与艾斯卡再战的大会·艾斯卡杯开始。意气扬扬进入会场、持续对战的新右卫门等人面前，挡路的是各地强豪斗士聚集的“队伍龙牙独尊”三人。

先胜3场者优胜的淘汰赛中，队伍首都与队伍龙牙独尊决赛开始。被委任首战的忍者大师对战，被队伍龙牙独尊大山豪爽对战玩弄。

艾斯卡杯决赛第二战。队伍龙牙独尊的鲁乌加指名莱布为对手。两人曾作为组合并肩战斗，但鲁乌加骂莱布害怕与自己对战逃跑了。

队伍龙牙独尊最后堡垒、为罪之弱流泪的神崎雄一郎让新右卫门惨败。其中，决赛最终战开幕，新右卫门能超越神崎吗。

跨越各种试炼，终于实现与艾斯卡复仇赛的新右卫门。对战中，对年轻、不成熟、鲁莽的新右卫门，艾斯卡开始讲述自己的人生和经验。

艾斯卡逼迫新右卫门的是，作为斗士生存，还是作为店长生存的二选一。知道一切、理解一切后，新右卫门与艾斯卡激烈战斗尽头给出的答案是……

街上圣诞节热闹，为参加世界巡回赛成为大学生而忙于备考的新右卫门。但卡片首都来了超人气偶像高藏寺瞳，大盛况……

众多客人热闹的未来卡片首都。与有名艺人兼经营者日比野艾斯卡相识的卡片首都店长慎，开始向常客讲述艾斯卡不为人知的真实面貌。

成为大学4年级的新右卫门以世界第一为目标，与伙伴们一起参加日本代表决定战。但大会正式比赛时，队友莱布突然开始使用从未见过的族的新卡组。

在神秘研究所·利兹实验室，迎接新右卫门等人的是橘辰也。然后，看到莱布和利兹实验室所长明神利兹身影的新右卫门，挑战利兹，目睹冲击实验。

亚洲巡回赛决赛前一天。在“单位召唤实验”和“队伍最后世界挑战”之间摇摆的新右卫门，被艾斯卡邀去晚餐。饭前对战，但新右卫门输了……

与艾斯卡一起，新右卫门闯入利兹实验室带回新导莱布。相信新右卫门等人会回来，独自参加决赛的马克。另一方面，侵入利兹实验室的艾斯卡目击克罗诺和某物……

为打开通往行星库雷的门，利兹试图把新右卫门卷入单位召唤实验。为阻止其企图，把新右卫门等人送到大会，艾斯卡与利兹对战。

“在单位召唤实验中与新右卫门对战的不是利兹，而是自己。”妖异笑着的辰也。利兹和莱布想起先导者对战中时空变动研究的开始。

为满足“拯救已故父母生命”的愿望，橘辰也向明神利兹挑战对战，争夺实验主导权。他知道连利兹都没注意到的实验真实。利兹与辰也战斗去向是……

新右卫门不在决赛即将开始，另一方面辰也把疯狂愿望寄托在马尔克特梅莱克的翅膀上。为救被当人质的克罗诺，回到独自战斗的马克身边，新右卫门与辰也最终决战。

因新右卫门和橘辰也的对战，辰也意图召唤出辰也和新右卫门的单位。应守护的是世界，生命，还是……。面对拥有压倒性力量的单位，新右卫门选择的“未来”是……

从那弓张月之夜过去10年。幼小的美咲也成了大学生，新右卫门作为卡片首都店长·慎先生被喜爱。其中，克罗诺被卡姆伊带到卡片首都。

因意外再会，跨越10年“慎先生”作为认真模式“新右卫门”，与难以决定进路的克罗诺对战。引导新右卫门新未来的战斗开始。

跨越两个时代的新右卫门故事完结。新右卫门和慎两人回顾两个时代的日常。米克露、艾斯卡、七海三人为新补充包发售活动结成偶像组合……