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明末天启年间，熹宗在位，宦官魏忠贤弄权，更为了一己的私利，广收中外十三位孤魂，组成恐怖暗杀组织「十三死肖」，传授各种独门武艺，以排除异己，陷害忠良。 信王朱由检不堪明室大好江山任由奸官鱼肉，欲与杨涟、左光斗等「六君子」齐起反抗，无奈势孤力弱，处处受魏忠贤制衡，大为失意伤感。 杨涟不甘熹宗被魏忠贤所蒙蔽，不惜冒死相谏，在朝中力指魏忠贤横征暴敛兴建生祠，冒天子尊严于不理。可惜熹宗昏庸无能，终日沉醉木工，对朝事一概不理。 魏忠贤对杨涟怀恨于心，上奏诬告他与左光斗等人密谋造反，下令捉拿一干人等归案。杨涟恐信王受牵连，着左光斗安排信王到辽东，投靠边关守将袁崇焕。 魏忠贤将杨涟等囚禁后，严刑拷问其造反组织的头目，一干人等宁死不屈。忠臣魏大中为助信王脱险，宁供出其子子敬以转移忠贤注意。 信王藉词以朝廷钦差之命，去辽东为魏忠贤之生祠主持开光，向熹宗辞行，魏忠贤早有防信王之心，故意扣留其妻信王妃在宫侍奉娘娘，藉此威胁信王。

信王往辽东锦州途中，被魏忠贤手下汪曲所追杀，幸得翩翩公子周廷锋相救，汪曲不敌而死，但廷锋却未留名而别。 信王抵达后，发现崇焕拥有重兵，游说他立举起义旗，率兵回京讨灭魏忠贤。但崇焕表示锦州与金人驻扎阵地相距不到百里，恐一旦出兵后，会引金人乘机侵入关，劝信王暂且按兵不动。 魏忠贤见汪曲死在锦州，以为崇焕包庇手下魏子敬，存心与他作对，遂派手下「羊」杀手杨环捉拿凶徒。幸崇焕机智过人，施计将杨环等歼灭。 魏子敬见老父已为国捐躯，不甘孑然一身避居海外，立誓行刺魏忠贤，以祭亡父在天之灵，可惜寡不敌众，惨被忠贤当为餐中肉。

忠贤为练成邪功，要储足一万个人的喉骨之数，遂因利乘便派「人」杀手暗杀崇焕，混乱中「人」负伤而逃。 原来崇焕为成全信王，故意向「人」自认为反魏的头目，以消忠贤对信王的疑心，藉此信王可重新接近忠贤，以作里应外合，伺机铲除忠贤。 廷锋遇上官家少女田小霖上京与父会合，途中被人洗劫毒打一顿，受伤倒地，连忙扶她回家养伤。 廷锋与小霖朝夕相对一段时期，彼此发生感情，令廷锋冰冷的性格渐变温和。其后廷锋追问小霖身世时，小霖支吾以对，黯然离开廷锋，令他大表心痛。 魏忠贤果然对崇焕所言信以为真，下令通缉崇焕，格杀勿论，并传令信王返回京中效忠朝廷。 信王回京后，为求接近魏忠贤，不惜卑躬屈膝取悦他。信王妃为成大事，乘魏忠贤与奉圣娘娘的暧昧关系，竟以自己的凤冠改装珍珠鞋送予奉圣娘娘，令信王大感羞辱。 崇焕走投无路，迫于投靠表弟常钧。常钧见利忘义，欲向魏忠贤卖亲求荣，被其妻秦良玉揭发，亲手杀死常钧后放走崇焕。

熹宗因病驾崩，魏忠贤以信王为唯一承继大统之人，连忙立他为帝，改元崇祯，欲藉此进一步操纵朝野。 崇祯在魏忠贤严密监视下，无意中发现其寝室内，有暗道直通紫禁城外的御水河，顿时欢喜若狂，希望有朝走投无路下亦有逃生之路。 魏忠贤为进一步控制崇祯的行动，藉词替其选妃，乘机安排册立小霖为田妃，向崇祯大献媚功，以图令他沉迷酒色，疏于朝政。 其实崇祯早看穿魏忠贤诡计，故意受田妃的迷惑，对忠臣王承恩谏言置诸脑后，并当着魏忠贤面前乱棍打伤承恩。其后崇祯暗中救回承恩，着他康复后寻找徐迅，图谋反魏之策。 岂料承恩找到徐迅时，突被魏忠贤手下发现踪迹，徐迅护承恩逃脱后，被押往忠贤发落。徐迅自知命不久矣，欲以太祖皇帝的铁碑弹劾忠贤，无奈势孤力弱，终命丧忠贤手上。

承恩千辛万苦逃避追杀，终能如崇祯所托找到崇焕，向他陈述朝中境况，并劝崇焕及早与崇祯会合，密谋除奸之策，崇焕欣然答允。 崇祯见魏忠贤武功深不可测，在朝中全无敌手，遂派承恩与崇焕呈商秦良玉与周廷锋联手对付忠贤，并秘密调集辽东旧部赶至京都，以配合其行动。 承恩往游说良玉时，被魏忠贤手下发现其踪迹，立将他捉回宫中，崇祯乘机抢走良玉。 崇祯为除去魏忠贤亲信，着良玉冒充崔呈秀劫狱，并教承恩诬称呈秀以魏忠贤之名，向皇上索取宫中宝物珍藏，魏忠贤信以为真，立刻将呈秀处死。 崇焕凭其三寸不烂之舌，极力游说廷锋效力崇祯，可惜廷锋淡薄功名，拒绝涉足朝廷。 崇祯为着黎民百姓免再受苦，不惜三顾草芦，无奈廷锋意志坚强。其后崇祯无意中发现廷锋的心上人为田妃，藉此引廷锋回宫。

良玉乘魏忠贤出巡时，乔装拦途行刺他，不敌，负伤逃回干清宫，被魏忠贤发现，下令搜查崇祯寝宫，幸崇祯机警瞒过，魏忠贤无奈而去。 良玉被魏忠贤毒掌所伤，性命危在旦夕，众人大表担心之际，廷锋替他刮骨去毒，崇祯稍感安心。 魏忠贤心生不忿，再派手下召集干清宫内上下人等查验。崇祯不忍交出良玉，顿不知所措，田妃为得崇祯信任，不惜施苦肉计自伤左肩后，假意替良玉向魏忠贤顶罪。 崇祯获悉田妃被囚诏狱内，内疚难当，派人率军救出田妃，皇后极力劝止。 廷锋无意中发现田妃为自己思念已久的小霖，内心焦虑万分，连忙向魏忠贤宣战，故意成为其手下败将，以图入诏狱与田尚妃会合。 廷锋如愿见到田妃一面后，苦苦哀求田妃与他远走高飞，无奈田妃有务在身，不忍伤害廷锋，忍心讹称其心中只爱崇祯一人，令廷锋大受打击。

崇焕见密谋造反之事已败露，有待其旧部精锐部队抵京后，乘魏忠贤不备，立举义旗。此外，由于其行踪已揭露，立领一干人等另觅藏身之所。 魏忠贤发现崇祯竟纠集党羽对付自己，派人大肆毁坏干清宫，并乘机发难逼崇祯让位。崇祯见势成骑虎，连忙率崇焕等讨伐魏忠贤，魏忠贤终寡不敌众，跑往与奉圣娘娘双双自杀死去。 崇祯见朝廷大奸已除，欢喜雀跃之余，大事褒赏崇焕与良玉等人，众人亦欣然接受。惟独廷锋要求在禁宫外赐地作茅居，崇祯亦只好答应。 玉娘与廷锋相处一段时间后，对他暗生情愫，欲藉锄奸责任已完，准备向崇祯请辞时，邀请廷锋到贵州管理州中之事。无奈廷锋对田妃仍未忘情，不愿就此离开京师。 田妃获悉魏忠贤死讯后，悲痛万分。原来多年来魏忠贤对其恩重如山，犹胜亲生父母。田妃决化悲愤为力量，立誓灭崇祯江山，以慰忠贤在天之灵。

承恩领兵到魏忠贤居处抄家时，得小太监曹化淳发现十三死肖所立的「血书」，遂知此秘密组织尚未能歼灭，令崇祯大表焦虑。 其实化淳为「十三死肖」中的「鼠」杀手，自魏忠贤死后旁徨无所，其后偶然间发现其余十二死肖的名单，设法号令其他兄弟为魏忠贤报仇。 崇祯追问化淳有关十三死肖的内情，化淳无词以对，将责任推在忠贤手下许遣纯身上。遣纯毫不知情，惟伪造名单以求瞒天过海。另一方面，化淳恐遣纯会泄露他与忠贤的密切关系，招致崇祯猜疑，杀他灭口。 化淳下令「猪」杀手朱由麦毒害崇祯，不遂。由麦见阴谋败露，乘乱行刺崇祯，反被崇焕制服。化淳恐他泄漏口风，突出面刺杀由麦灭口，反引起崇祯疑心。 崇焕见大任已完，以回辽东镇守边关之责请辞崇祯，崇祯无奈答允，以上方宝剑与免死金牌相赠，发动他驱逐外敌，重振大明。

廷锋自栖身茅屋内，饱受相思之苦，朝夕遥对禁宫借酒消愁。崇焕恐崇祯知道廷锋心意后，会对其不利，遂将免死金牌转赠。 崇祯自受十三死肖行刺，顿感风声鹤唳，性格变得乖张多疑，对朝中忠臣大失信心。再加上受到化淳唆摆，竟以「山灵犬」试探众臣忠伪，令众大臣大为愤怒。 崇焕返回辽东后，发现边关一带天旱成灾，遂发起自给自足，不惜胁持金国公主翦格格，向其大王皇太极求授开垦耕种之道，太极对其瞻识过人本性大为赞赏。 崇祯在香山祈福时，「马」杀手田中信子行刺，幸被廷锋及时抢救，将刺客击退。廷锋立求崇祯重开月华宫之窗户为赏赐，使他可朝夕目睹田妃芳容，崇祯始感事有蹊跷。 崇祯见众亲王在魏忠贤掌权时候，不断搜括民脂，中饱私囊，故意先向国舅李国纯借款，声言以填补国库虚空，国舅感到此举有失历朝体统，笼络众亲皇上奏崇祯收回成命。崇祯以为众亲王全心与他作对，竟杖打众亲王以示惩戒。

良玉见廷锋长居于禁宫外苑，为情困扰，劝他放开心情到贵州共聚旧日情谊，可惜廷锋冥顽不灵，令娘玉大失所望。 化淳假传魏忠贤遗言，欲以其「玄冥令降」，号令田中信子听命于他，但信子早识穿化淳怀不轨企图，不肯就范。 化淳公报私仇，游说崇祯利用廷锋对田妃的感情，下令他铲除信子。当廷锋捉到信子时，发现他毕竟存信义而为魏忠贤报仇，对他大为钦佩，甘愿不顾一切放走他。 化淳见廷锋未能替他除敌，亲自杀死信子后，向崇祯告密廷锋私自放走钦犯。崇祯大为震怒，令化淳杀死廷锋。 化淳乘廷锋走投无路，利用田妃迫他加入十三死肖。田妃不忍伤害廷锋，坦言自己的真正身份，劝他知难而退。无奈廷锋情痴，要与田妃同生共死。田妃乘机击伤廷锋后而去。 化淳见田妃未能从命，遂杀死皇后之婢女嫁祸予她，以示惩戒。皇后以为田妃为争风呷醋，向她显以颜色，在宫内大吵大闹，刚巧崇祯至，以为皇后恃权凌人，严惩皇后一番。

崇祯发现李国纯将先皇御赐的珍宝当街拍卖，下令将他押入诏狱，国纯当场被吓至大病垂危，遍寻大夫医治无效。 「猴」杀手崔应猿乘机乔装为仙人，藉词为李国纯驱散妖气，利用李妻作法陷害崇祯，终被崇祯发觉，下令将国舅一家财物变卖送至辽东。 崇祯受皇太极之邀，参加其射鹿比赛，欲藉此缓和边疆紧张气氛。另一方面，崇焕念念不忘前宋受金人所辱，极力反对崇祯与金人议和，令崇祯大感矛盾。 化淳感到田妃曾多次违约释放廷锋，欲持玄冥令处死她。幸廷锋赶至，预先布下天罗地网，令化淳以为官兵大军杀到，迫于放过田、锋二人。田妃患难中感廷锋真情所在，答允与他双双退出江湖，觅地隐居。 崇祯获悉田妃与廷锋私奔后，性格愈变得残暴专横，泄怒于在狱中的李国舅，向他大事折磨至死。 皇太极发现其妹翦格格一直钟情崇焕，极力撮合二人，以藉其关系，协助他侵占明室。

崇焕接获崇祯下旨急召，遂披星戴月赶回京师，始发觉崇祯只为田妃私奔一事，要他出力追杀廷锋。崇焕大表忿怒，决拒崇祯所令。 翦格格性向率直豪迈，暗向崇焕示爱，可惜崇焕不在，却被其手下祖大寿偷听到，格格老羞成怒，向皇太极撒娇。 化淳乘崇祯众叛亲离，极力游说他挑选民间有识之士，组织「神武队」护驾，藉此渗入自己的势力。 县令徐北麟自上任后，发现流寇猖獗，恐怕自己年老无能，以致城镇不保，求崇祯将他调任他处。但崇祯为显君威，诬指兆麟失职，当朝下旨斩首以示惩戒，令朝中百官大为反感。 化淳派手下白玉麟遍寻找回田妃与廷锋踪迹，终押田妃回京交予崇祯。崇祯虽千辛万苦仍未能挽回田妃苦心，一怒之下下旨处斩她。皇后闻讯大起怜心，劝崇祯应成人之美，反被崇祯痛斥一顿。

玉麟以田妃之性命，威胁廷锋与他比武，藉此耽误他抢救田妃。当廷锋知道玉麟诡计后，始发现田妃已遭奸人所害，令他悔恨难当。 原来当田妃被送法场途中，刚巧遇上崇焕，被他救走，田妃得以逃出生天。 当崇焕返回辽东时，发现皇大极乘其回京时，曾率大军攻陷锦州城。致士兵死伤参半。皇太极更得寸进尺，以军饷短缺逼崇焕投降，但崇焕坚守原则，誓死保卫明朝声誉。 化淳施计迷惑崇祯，令他相信崔应猿能进入文武百官梦境，窥探其梦中思维，跟着冤枉各忠臣为密谋叛逆之徒，将朝中大臣逐一铲除。 锋、田被「蛇」杀手艾美黛找到踪迹，指挥毒蛇对付二人，廷锋以火驱蛇。其后廷锋本以硫磺护屋，却被艾美黛换走，乘虚以毒香毒害廷锋，藉此逼田妃就范。 崇祯见朝中群臣尽奏各地河水泛滥与蝗虫为祸惨况，力求开放国库拨款赈灾，对江山大失信心，竟掩耳盗铃，严禁上奏天灾人祸，违例者斩。

田妃见廷锋中毒既深，生命危在旦夕，不惜私入禁宫向化淳索取解药。其后在宫内遇上皇后，虽得她庇护，终被崇祯找到。皇后被指窝藏钦犯，下旨打入冷宫。 崇祯重遇心上人，内心矛盾万分，以廷锋的性命，威胁田妃重投自己怀抱。田妃为着廷锋性命安危，不得不向崇祯就范。 艾美黛向廷锋手下焙酒施妖法，欲摆布他行刺廷锋，幸茗烟极力阻止，混乱中焙酒毒发身亡，而茗烟立刻奔往通知田妃。 当田妃赶回家时，发现廷锋已毒发垂危，被艾美黛玩弄于掌上，连忙与她恶斗一顿。艾美黛不敌而逃，田妃立以解药替廷锋疗伤。 廷锋得田妃悉心照料下，身体已无大碍，遂与田妃合力对付艾美黛。最后虽能将艾美黛歼灭，但田妃为着廷锋性命安危，迫于忍痛离廷锋回宫。

崇焕见金兵在城外虎视眈眈，派祖大寿向毛文龙借兵，反被他扣留抵抗流寇，遂心生一计，欲以卵击石率军突围金兵，令金兵伤亡惨重。 翦格格不忍崇焕与皇太极两败俱伤，亲入汉军军营游说崇焕议和，然后暗示二人婚事。崇焕大为感动，立启程上奏崇祯，却遭他激烈反对。 田妃发现自己身怀廷锋骨肉，回京后藉词居在白云庵内带发修行，宁死不肯居于三宫六苑中，令崇祯亦表无奈。 崇焕在京日久，恐金人会再动干戈，请求崇祯准他返回边关镇守，但崇祯视崇焕为唯一护驾之人，立封他为「太子太传」，要他续留宫中。 化淳派「鸡」杀手孙云凤逐步接近廷锋，以毒散迷惑他，迫令他归为组织旗下。其后被良玉无言中窥听到，连忙向崇祯告密。

崇焕眼见崇祯作茧自缚，重用化淳后，令朝政混乱，欲以上方宝剑先斩后奏，为朝廷除害。怎料化淳拿出「免死金牌」，二人争持不下，齐齐向崇祯面奏。 崇焕得良玉搜集化淳贪赃枉法的证据，向崇祯上奏。崇祯大为忿怒，欲将化淳凌迟处斩，怎料化淳以廷锋之性命为代价，威胁崇祯放过他，崇祯果轻信狂言，暂将他押入天牢听候发落。 良玉见廷锋已被云凤控制，欲劝他防范，可惜他已被深深迷惑，忠言遂耳，令良玉大为失望。 田妃临盆在即，恐连累庵中人，宁偷到野外产子，不幸体弱当场晕倒，被庵中老尼救回休养。 崇祯为避人耳目，下旨暗掘一条隧道至白云庵，以便随时入庵探望田妃。一日，当崇祯突访白云庵时，发现她原来暗地产下廷锋骨肉，仿如晴天霹雳，一怒之下拂袖而去。

王承恩受命捉拿田妃入宫，但他为田妃报恩，甘受崇祯降罪而放过田妃母子。 崇祯下令释放化淳，协助他捉回田妃。化淳见自己侥幸回复自由，以为大明江山必会灭于其手上，决急积极另谋推翻崇祯之法。 化淳派「龙」杀手温人龙易容为廷锋，乘机接近田妃，伺机将她生擒。其实田妃早已识穿人龙计划，先将爱子交托老尼身上，然后与人龙大战一顿。 崇祯获悉田妃踪迹后，大表心焦，下令立刻捉田妃回宫，将她摧残一轮后，田妃重伤而死，崇祯亦大表痛心。 廷锋获悉田妃已遭崇祯毒害，大受刺激，再加上云凤从中挑拨，决依其计向崇祯报仇。 良玉几经调查后，发现云凤以毒药令廷锋不知不觉中受其催眠，任其摆布，终依其师父之见，以真情打开其心锁，望能使廷锋有恢复心性的一日。

化淳乘崇祯到太庙祭祖时，引导他向「狗」杀手玄机长者问卜，藉此编织谎话离间他与崇焕间的感情。另一方面更派手下毛文龙行刺崇焕，反被崇焕杀死，遂乘机唆摆崇祯降罪于崇焕。 云凤将婴儿交予廷锋，讹称为其亲生骨肉，藉此博取廷锋欢心。 良玉冷眼旁观，明查暗访下，终于发现廷锋之子的踪迹，以田妃的玉佩向廷锋求证，被云凤阻止，立刻杀死婴儿嫁祸良玉身上。廷锋误信谎言，一怒之下打伤良玉。 云凤获悉廷锋子被藏于屋内，立刻抢走交回崇祯手上，以图令廷锋自投罗网。廷锋爱子心切，不惜冒险闯入禁宫，终被崇祯制服囚禁。

皇后不值廷锋受崇祯欺压，暗中安排廷锋离去，可惜被崇祯发觉，及时阻止。廷锋与崇祯苦战一轮，终将崇祯打伤后抱子而去。 化淳为歼灭崇焕，派崔应猿行刺他，不敌，反被崇焕杀死。化淳乘机以猿之匕首，插赃嫁祸崇焕为「十三死肖」中的「猴」。崇祯信以为真，下旨通辑崇焕回宫。 翦格格为报复崇焕拒爱，以金兵大肆屠杀锦州城，到处滥杀无辜。崇焕为保卫明室国土，立将格格处斩，藉此警示金人。 皇太极惊闻爱妹被崇焕所杀，大受刺激，决化悲愤为力量，秘密发兵绕过锦州直取燕京，以图令明军措手不及。 皇后获悉明室面临气数尽时，不惜在寺内割指滴血抄写金刚经，以求菩萨大发慈悲，佐大明度过厄运，令众人大表钦佩。

崇焕获悉金军大举侵明，立抢先赶回京协助退敌，皇太极本视为大忌，怎料崇祯以为崇焕串通金人攻陷京城，拒开城门，并下令断给其军饷。 皇太极乘崇焕被拒于城外，故意施反间计向他议和，赠送一批军饷救济明军，以图藉此令崇祯以为崇焕归降金人。 化淳到处散播流言，声称崇焕引金人入侵，崇祯大为忿怒，下令削去崇焕兵权后，将他押入天牢听候治罪。 崇焕壮志未酬，着王承恩将血书交予祖大寿，嘱他继承其志愿。大寿被其所动，立允所请，但坚拒依从崇祯之命发兵。 崇祯身在高位而无能抵抗外敌，在朝中残害忠良，故说历史中被誉为「狂龙」。