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人造人001伊凡预知到了。毁灭即将来临，人类的时代正开始走向终焉。听到此言的吉尔莫尔博士，决心再次召集曾经如亲生子女般疼爱、共同战斗的人造人战士们。将过着人类生活的009等人从世界各地召集而来……

挪威港口漂来了巨大的冰封巨人。在众人注目中，从冰中醒来的巨人，是神的作祟吗？被杀死父亲的少年一味的愤怒，打动了009的心。究竟巨人的真面目是？！

003：“神啊，我心爱的巴黎街道被破坏，我实在受不了！但是，现在向神祈祷也没用了……”拉手风琴的乔佩爷爷，和卖花少女可爱的安娜。但巨人一出现，安娜所仰慕的乔佩爷爷的眼睛就闪闪发光诡异燃烧。安娜身上万一发生什么事……？！

突然出现在非洲的巨人，让人们翘首期盼神的奇迹。悠然一人面对巨人的，是射击名手杰卡。以雄大的非洲为舞台，热爱自由与和平的勇者杰卡与人造人战士们编织的友情戏剧。

在巨石文明权威加尔顿博士的协助下，吉尔莫尔博士终于抓住了巨人的秘密。在太平洋正中央孤零零漂浮的、被称为“世界之脐”的神秘岛屿复活节岛，我们人造人战士飞去了。解开巨人的秘密，是逼近神之阴谋的第一步……

企图夺取全世界金钱的众神，将传说中的爱之女神弗蕾亚变成了冷酷的战斗之神。在金矿小镇特兰斯瓦尔掀起的战斗与爱的戏剧。我们人造人战士能否粉碎众神的企图？弗蕾亚还能变回爱之女神吗？

西藏高原出现了众神，驱使人们建造巨大的神殿。小孩和老人被关进黑暗的洞窟，即将成为狼群的饵食。在想要见到被囚孩子的母亲面前，奥丁的锐利之剑！“……不可原谅，即使是神，也不能践踏母爱！”

音乐之都维也纳出现了神，企图破坏世界音乐节。音乐家们接连被袭，天才小提琴手弗洛拉被带走。在蒂罗尔深山，诡异的神之主题响起。“怎能容忍神夺走我们的音乐！”

我们这次一定要解开自称神的他们的谜团，飞向了北海孤岛。从诡异漂流的雾中出现了巨大的宇宙树，终于众神显露了真身。践踏爱与和平，假借神之名行尽恶事的人们。“即使神允许，我们也绝不原谅！”

壮阔的大平原。005久违地休假，回到了怀念的亚利桑那。但迎接杰罗尼莫的故乡之风意外寒冷。挚友科奇斯像被恶魔附身一样杀戮抢夺。将科奇斯变成恶魔、将大西部变成魔之战场的是谁？！

发明了人造人用信号器具的莱因哈特博士被某人袭击，留下给吉尔莫尔博士的遗言后去世。为了解开真相，004飞往故乡德国。莱因哈特博士的女儿·美丽的蕾娜身上，隐藏着意外的事实！以湖上为舞台展开的魔之阴谋！！

009在夜雾的港口城市，遇到了眼神与自己数年前一模一样的少年。粗暴而孤独的灵魂原封不动，少年的眼中因渴望爱而荒芜。少年是梦想在方形丛林中成为冠军的拳击手。那样的少年耳边，恶魔的低语……

泰隆国和祖德西亚国反复进行着不知何时结束的国境纷争。但祈愿和平的两国首脑拼死的努力开花结果，两国即将签署永远守护和平的不战条约。但本应被祝福的签约仪式上，悄悄逼近的黑影……

在梦幻般的夜晚爱琴海上，出现了骑海豚的少年。少年被捕获，收容在国立海洋研究所。009和003在与少年接触的过程中，听到了不可思议的事。海底的水栖人让古代亚特兰蒂斯文明繁荣着。

为了开发未来农业而被邀请到南帕尔梅西亚的世界级农业科学家户板博士，留下了神秘的话语后去世了。地球上，将出现取代人类的支配者。在美丽广阔的粮仓地带，充满恶意的巨大能量笼罩！

002因为一点小事起了争执，冲出了吉尔莫尔研究所。脚步自然而然朝向生养他的纽约西区。高耸入云的摩天楼，幼时的伙伴们，都温暖地迎接002。故乡看起来与昔日毫无改变。但是……

在名人和上流阶级之间，强力毒品X的毒害蔓延。009等人也拼命搜索毒品贩卖路径。著名实业家的女儿、003的好友大久保美奈。她充满悲哀的眼眸中，有毒品X的影子……

欧洲的匈牙利出现了吸血鬼，将人们推入恐怖的深渊。人们在无形吸血鬼的阴影下恐惧，疑神疑鬼最终互相残杀。今夜吸血鬼也为了血而飞翔……。人造人战士迎战笼罩匈牙利的吸血鬼恐慌！

某天，吉尔莫尔博士收到了邀请函。“请带人造人战士，来太平洋X点。”寄件人竟然是怀念的大学时代同窗。博士兴冲冲地驾着海豚号出发。但指定海域X点随着轰鸣声出现的是人工岛·机器人乐园。

摩纳哥大奖赛回来的路上，乔在镇上遇到了怀念的人。那个人的名字是真由美。但她身上附带着被追赶之人特有的阴暗影子。乔帮助她，尝试穿越死亡沙漠。神秘美女真由美和乔之间有着怎样的过去？

曾经在黑色幽灵共同从事人造人研究的机器人工程学罗斯博士，寄来了一卷胶片。胶片上竟然是在美国原野上复苏的、被认为7000万年前灭绝的恐龙恐爪龙！吉尔莫尔博士与人造人战士一起参加了恐龙捕获作战，但是……

世界最大的卡拉托利亚核电站上空，来自宇宙的神秘物体异常接近。一旦冲突，人类史上从未有过的大惨事将不可避免。人造人战士从诡异闪耀的物体中预感到了巨大邪恶“新·黑色幽灵团”的出现！

新·黑色幽灵团终于找到了吉尔莫尔研究所的位置。另一方面，吉尔莫尔博士察觉此事，为了将研究所转移到太平洋X点，开始了V2作战。逼近的新·黑色幽灵团军团。究竟V2作战能否成功？

在世界能源和平会议上，日本引以为傲的光子力研究权威田边博士，将就一旦误用就会成为大量杀戮兵器的光子力能源的和平利用进行发表。但企图征服世界的新·黑色幽灵团，谋划夺取那项研究。

曾经帮助从黑色幽灵岛逃脱的大恩人卡塞尔博士，因新·黑色幽灵团的阴谋被抹杀，孙女莉兹被改造成暗杀吉尔莫尔的人体炸弹。深爱莉兹、决心成为她代理父亲的吉尔莫尔博士，爆杀的时刻一刻一刻逼近。

一触即发！在险恶状况下的伊姆卡共和国和阿尔曼国，企图点燃战火的死亡商人新·黑色幽灵团，利用秘密路径送入了新型兵器。人造人战士为了打击兵器走私路径，出击灼热的沙漠。

正在日本访问的莫纳米公国凯瑟琳公主，偶然认识009后享受着一时的自由。另一方面，企图将莫纳米公国据为己有的新·黑色幽灵团，计划暗杀凯瑟琳公主，已经开始行动。究竟009能否守护公主到最后？

伊特兰德。它被称为“20世纪的恶魔之国”。残忍的独裁者君临，人们被世间闻名的恶法“人造人法案”所束缚。年轻人一到20岁就要接受战斗用人造人手术，被送往战场。以爱之战士之名，打倒独裁者！

阿尔赞和布拉吉夸耀着300年的友好。今年也在国境上的神圣之泉，祈愿和平的两国协调之证·嘉年华盛大举办，但突然机枪声响起，会场变成了血之地狱。300年来的和平动摇了。阻止战斗的，是神，还是爱之战士？！

009梦见了父亲。“……想见父亲……也许，能见到父亲……？”被这预感支撑着，他访问了曾经养育自己的少年院。在那里听到了一个寻找自己孩子的男人的传闻。“……也许是父亲！”那时，基地发来了紧急联络！乔的心动摇了……

在满场观众的欢呼声中，世界足球迷期待已久的皮萨兰杯迎来了主办国总统卡里奥斯，终于拉开了决赛帷幕。其中“黑色闪电”桑德和“球场魔术师”贝克汉姆的战斗如火如荼。但那里等待着的是什么？

豪华客船妖精号在处女航途中失去了消息。船上邀请了世界各国的政治家、科学家等。海豚号飞向神秘海域。从雾中出现的妖精号上不见人影。降落在甲板上的人造人战士，收到了一张魔之船票！

009在某个偏僻的海边村庄，遇到了不可思议的少年和可爱的少女。从寂寞少年的眼眸和孤独少女的背影中，感受到了被吸引的东西。对009来说是一时的安宁。但可怕的刺客突然袭击了这三人。被盯上的是少年还是少女，还是009？！

正在调查以法国为中心接连发生的电脑技师绑架案的003，遇到了芭蕾学校时代的旧友。数年的岁月大大改变了两人的命运。在与新·黑色幽灵团的战斗中，散落着悲伤而激烈青春火花的弗朗索瓦兹……

007每年固定的一天都会访问阿尔卑斯山。在白色闪耀的山顶，隐藏着过于悲伤的过去的回忆。立在山顶的古老石堆。作为已故友人的遗物，布里顿为再会而喜悦，但是……乘着吹上山谷的风声，咬着岩石、碎着冰接近的巨大身影！

欧洲避暑地、以赌场闻名的利特拉克公国。那座欢乐之都，今夜也聚集了闲暇和金钱无处安放的人们。006和007趁着难得的休假来洗涤生命。香烟的烟雾、酒、人群……。在地上乐园的阴影下，巨大的黑暗组织在蠢动。

003和009被新·黑色幽灵团的策略引诱，陷入了无边无际的大树海。那里是局部专用兵器的实验场。到处都设置了可怕的武器……。两人的决死逃脱之旅继续着。但两人落入了邪恶的新·黑色幽灵团巧妙心理战的陷阱。

新·黑色幽灵团企图给动物安装人工头脑，打造动物军团。躺在手术台上的狮子。但被手术的狮子拥有自己的意志，为了取回动物的自由而向人类袭来。在漫天尘土中逼近的动物大军面前，人造人战士们究竟……？！

威尔士舆论一分为二，作为武器的迷你黑洞开发计划正在推进。新·黑色幽灵团暗中协助该计划，为了加深国际紧张，制定了绑架反对派首相、派冒牌货进入议会的“木偶作战”。人造人战士站了出来粉碎计划！

曾是009宿命对手的天才赛车手麦迪。传来他在比赛中发生事故的消息。“难道是他……”被新·黑色幽灵团改造、成为人造人的麦迪，向009挑起了决死的F1赛车。在冷清的赛道上，两个男人壮烈的战斗……

新·黑色幽灵团开发了增幅太阳能、拥有可怕破坏力的“太阳喷气”。南太平洋的无人岛被强大的能量残酷破坏。在附近捕鱼的奇科少年的父母被卷入其中丧命。少年深深的悲伤化作可怕复仇念力，指向了009！

超能力婴儿001睡着时也不过是个普通婴儿。在寻找离散父母的噩梦中徘徊时，他从吉尔莫尔基地传送了出去。尽管009等人拼命搜索，伊凡的去向依然不明。万策尽头的众人面前，电视里播出了不得了的新闻！

终于到了揭穿企图用邪恶之手掌握世界的新·黑色幽灵团首领真面目的时刻。被诡异黑云笼罩的喜马拉雅甘比什村，讲述着三兄弟的出生。得知人造人战士动向的三兄弟，送出了尸体改造人·僵尸格作为杀手。

看似巨大而完美的邪恶组织新·黑色幽灵团，却因一个背叛者而发生巨大变化。操纵尸体改造人僵尸格的基拉多斯，讨好加莫博士，试图抓住三胞胎的弱点。新·黑色幽灵团、基拉多斯、人造人战士。三足鼎立的战斗迎来新局面！

世界混乱时圣人出现，给人们带来救赎——那个传说难道是真的吗？各地纷争和天变地异频发，人们恐惧于末日观的阴影。但一个被称为“东方的耶稣”的男人出现了，以不可思议的魅力鼓舞着人们。那个男人的名字是，甘达尔……

新·黑色幽灵团的巨大计划“香格里拉作战”是什么？！在西藏深山高耸的大本堂中，悄然冥想的高大身影甘达尔背上，弥漫着某种可怕秘密的气息。人造人战士究竟能否揭穿甘达尔的真面目？！

“我到底是什么人？”如血般赤红的西藏夕阳染红了甘达尔孤独的侧脸，仿佛暗示着世界的终结般沉落。甘达尔和三胞胎首领之间潜藏着什么秘密？还有，背叛者基拉多斯和加莫博士的命运是？善恶交错，谜团呼唤着谜团！

与新·黑色幽灵团首领一模一样的甘达尔，为了解开自己出生的谜团，踏上了前往喜马拉雅甘比什村的旅程。另一方面，组织的背叛者基拉多斯也怀揣着从加莫博士那里问出的三胞胎秘密追踪甘达尔。新·黑色幽灵团的“香格里拉计划”稳步推进为纵线，故事终于进入核心！

从宇宙仅数秒，正体不明的电磁波被朝地球放射。根据吉尔莫尔博士的分析，这怪电波一定是新·黑色幽灵团实行“香格里拉计划”的最终检查。终于“香格里拉计划”的全貌在战士们面前被揭露。但那时甘达尔身上发生的意外事件是……

香格里拉计划完成，地球的命运九成九落入了新·黑色幽灵团手中。甘达尔赌上自己被诅咒的生命，挑战自己的分身。终于，对人造人战士来说宿命的敌人——与新·黑色幽灵团的最后之战开始了！