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在夏天的京都·左京区，“我”是住在下鸭幽水庄的大三生，在昨天应当遭人唾弃的狐朋狗友小津将冷气机的遥控器用水淹坏前，我本该能在唯一一间装有冷气的四叠半209号房度过舒适的夏日时光。

一台时光机突然出现在公寓中。仍然无法从遥控器事件所带来的打击中振作起来的“我”仿佛受到上天启示般，想到一个时光机的绝佳用法。为了完成任务，将挑选出的成员送回昨天后，一名不可思议的访客紧接着再次现身。

为了让世界恢复应有的样貌，「我」与明石毅然决定要来一趟时光旅行。尽管追寻着先遣队的行踪，但他们得意忘形的恣意行为仍让我们耗费心神。

宇宙再度濒临消灭的危机，这让「我」与明石感到气馁。当我们为了找寻解决方法而伤透脑筋时，樋口师父和羽贯将场面弄得更加混乱，让城崎学长被卷入前所未有的局面。

「我」理解了明石临机应变的意义。不断在昨天与今天往返，毫无成果的时空旅行骚动终于要迎来结局。

大一时梦想度过蔷薇色校园生活的「我」从众多同好会中选择了京福电铁研究会。