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马神弹化为光芒拯救地球已过去十年，人类与魔族在统一政府下迎来了共存的时代。然而，在纪念仪式上，魔族代表巴罗内遭到人类激进组织“人类至上战线·枢机之印”（Cardinal Sign）的枪击，克拉基为保护他而身受重伤，生命垂危。这一危机跨越时空，传达到了曾经的“核心之光持有者”们心中。为了守护来之不易的和平，巴罗内决心战斗，此时，一张名为“激突王的奇迹”的卡牌出现在他面前。

突然出现的马神弹击退了“枢机之印”的刺客，拯救了克拉基等人。面对本应消失的“十二宫X稀有卡”以及弹的归来，克拉基一行人充满疑问，但弹没有回答，而是奔赴下一个战场——异界格兰·罗罗。在这个世界，六色大陆正因扎拜亚的野心而陷入战火。弹与守护赤之大陆的旧友尊古利重逢，并对其卡组提出建议，但尊古利却无法接受。与此同时，在2020年的地球，前核心之光持有者们一边应对世界的矛盾，一边遭到影子政府的追捕。

在2020年的地球，舞遇到了一位神秘记者，对方似乎别有用心。察觉到不祥气息的硯和剑藏开始暗中监视舞与记者的接触。在移动途中，舞和记者突然遭到魔族袭击，记者竟出手杀害了魔族，这让舞发现了她隐藏的秘密。在舞身陷危机之际，马神弹也出现在了现代地球，他的目的是从一切元凶雷奥斯·吉迪恩手中夺回“十二宫X稀有卡”。在2661年的地球，弹与枢机卿吉迪恩对峙，讲述了自己所预见的人类未来。两位核心之光持有者怀着对挚爱之人的思念，为他们所相信的真正未来继续战斗。