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时值战斗之魂战国时代。战斗之魂实现魂体3D对战化，各地S级强豪斗士群雄割据，目标天下布武——战斗之魂的顶点！主人公烈火幸村与同伴黑田环奈来到关东最盛行战斗之魂的都市武藏。街上少年晓佐助想打败著名卡牌斗士炎利家扬名。但炎组的赤井长赖挡住佐助。佐助与长赖对战，因不想失去生命而不断阻挡攻击，又不计后果用完手牌，像外行一样惨败。长赖像战利品一样夺取佐助牌组，幸村愤怒向其挑战。幸村召唤专用对战机器，他正是S级斗士。幸村以灵魂核心战斗压倒长赖。炎组众人激动，但炎利家制止，并向幸村挑战。

向幸村挑战的利家召唤专用对战机器。利家也是S级斗士，且与幸村同为红属性使用者。两人熟练运用灵魂核心战斗，很快认可对方实力并享受起来。利家召唤关键魂体“战国·虎”攻击幸村生命。幸村召唤“战国·红龙”，削减利家生命到剩2。但利家用“战国·虎”破坏幸村“战国·红龙”，更以灵魂核心之力回复“战国·虎”，再次攻击把幸村逼到剩1点生命。决胜回合，幸村召唤“武士·龙”。以“武士·龙”的【觉醒】与灵魂核心联动，幸村击败利家。关东第一红属性使用者利家败北的消息传遍全国，各地S级斗士骚动。

佐助感动于幸村战胜利家仍想变强、以天下为目标，缠着要当弟子。幸村等人拒绝逃跑，但原本指望的朋友搬家，陷入困境。佐助出现，带他们去空大楼。幸村为答谢与佐助对战。次日，一次也没赢的佐助向幸村申请再战。另一方面，得知利家败北的两名S级斗士来到武藏：青属性使用者群青早云和绿属性使用者宝绿院兼续。两人目标是与打倒利家的胜者幸村战斗！佐助插话，想和幸村打就先打倒我，于是与早云对战。佐助以灵魂核心战斗，但早云以青属性擅长的牌组破坏进攻，用关键魂体“苍海明王”让佐助牌组耗尽获胜。早云逼近幸村“下一个是你”，此时炎组到来。早云给利家面子干脆退去，但……

被赶出竞技场的幸村与早云，但对S级斗士之间不需要竞技场，只要有专用机就会出现战斗场。兼续与利家从高处观战。面对早云的牌组破坏，幸村采取红属性式抢在牌组耗尽前削尽生命的进攻。但无法阻止早云牌组破坏。幸村召唤“武士·龙”企图逆转。早云召唤关键魂体“苍海明王”，继续破坏牌组，把幸村“战国·红龙”送进弃牌区。剩余5张，幸村从那里抽到“战国龙灵魂龙”！以灵魂核心之力发动【连刃】，战斗中破坏早云2只魂体，还以胜利次数削减生命，荒技大逆转获胜。

打倒利家与早云两名S级斗士的幸村，收到西武藏第一实力者宝绿院兼续的挑战书。次日，幸村前往指定场取原，与兼续开战。兼续使用绿属性擅长战法核心加速和核心“狂风旋风”，让战局有利，并在战斗中问幸村以战斗之魂天下为目标的理由。兼续表明自己为“爱”而战，不认可以无爱之力战斗的幸村。幸村在战斗之魂热情上不输任何人，召唤“战国龙灵魂龙”反击。但兼续召唤2只“蜂王风·刺”，把幸村逼到剩1点生命。幸村以“武士·龙”的【觉醒】撑过绝境。渡过危机后，幸村发动“战国龙灵魂龙”的【连刃】，削尽兼续剩余生命获胜。

利家、早云、兼续。幸村连胜三名S级斗士的传闻传遍武藏。幸村也曾有视为兄长的S级斗士。幸村的关键魂体“战国龙灵魂龙”就是那个男人托付的。之后幸村连胜成为S级斗士，但那男人消失了。幸村感到失落，远离战斗，但战斗之魂战国时代到来让他燃起斗志，决心夺取天下来再次见到那男人。佐助听得兴奋，幸村借给他“战国·红龙”。然后在郊外神谷竞技场特训。此时，利家也持续与炎组斗士对战磨练。但真白藤吉郎率领猿面军团来武藏捣乱。另一方面，神谷竞技场中佐助用“战国·红龙”与幸村善战。幸村高兴其进步，把“战国·红龙”托付给佐助。此时藤吉郎等猿面军团和炎组乱入！

利家与藤吉郎以神谷竞技场为赌注开战。S级斗士、白属性使用者藤吉郎以【超装甲·红】无效化利家红属性效果。但利家不退缩，削减藤吉郎生命。藤吉郎被利家猛烈攻势逼到剩2点生命，大危机！？但那是藤吉郎的装蒜作战。他召唤“机巧武者不知火”。“机巧武者不知火”若有灵魂核心，即使疲劳也能阻挡，是铁壁魂体。巩固防御的藤吉郎趁机进攻，把利家逼到剩1点生命。得意忘形的藤吉郎嘲笑红属性，利家激怒，召唤合体“刀将铠阿修罗·狮子”与“战国·虎”合体。以合体魂体BP压倒“不知火”，一口气削尽剩余生命，利家击败藤吉郎。败北的藤吉郎与手下撤退。

亲眼见到利家合体的幸村烦恼如何取胜。此时，百人斩A级斗士山村村重发来挑战。幸村觉得烦恼无用，前往指定竞技场，但村重已被弹琵琶的神秘少年打倒。幸村向少年挑战。少年名叫百黄半藏，是连环奈也毫无情报的神秘S级斗士。使用黄属性的半藏，魂体被破坏就大哭，召唤魂体立刻停止哭泣。这奇怪节奏让幸村失常。但半藏实力确实。幸村无法如愿攻击熟练使用黄属性魔法的半藏。不过幸村在闪现时机使用【觉醒】反击，打乱半藏节奏，以“战国龙灵魂龙”的【连刃】继续进攻，靠红属性力量压制获胜。幸村领悟到，面对利家合体，只要按自己风格战斗就好。

幸村为战胜合体使利家，与佐助持续特训。同时，因败给幸村而不甘焦躁的兼续面前，出现S级斗士、紫属性使用者紫鬼神兰丸，突然向兼续挑战。兼续应战，却被熟练运用紫属性效果【不死】的兰丸耍弄。兼续为打破局面以“蜂王风·刺”攻击兰丸，但兰丸用“妖术师无明”化解，形势逆转，兼续被逼。然而下回合兰丸不知为何什么也不做。兼续继续回合再次攻击，获得胜利。对战斗结果不满的兼续，从兰丸处得知利家向幸村申请再战。利家与幸村留下“还不能说已掌握灵魂核心真正力量”的神秘话语和一张卡后离去。

决定红属性最强斗士的幸村VS利家再战决定。但幸村仍未找到对抗利家合体的攻略法。听说战斗的早云和兼续也报名与幸村再战，利家不让。不能退让的兼续取得约定：与幸村和利家的胜者战斗。早云也不退让，向兼续挑战，胜者与幸村VS利家胜者战斗。于是，决定武藏最强斗士的战斗确定举行。藤吉郎向神秘男子报告此事，男子身旁还有兰丸。另一方面，幸村在特训中寻找对抗利家合体的策略。幸村执着于用“战国龙灵魂龙”战斗。环奈以把卡给幸村的信兄的话为提示，找到能对抗利家合体的卡。

决定武藏最强斗士的第一战，幸村VS利家终于开始。了解利家底牌的幸村序盘慎重推进。但先动的是利家。利家召唤“战国·虎”，猛烈进攻幸村。被迫防守的幸村终于抽到想要的卡，召唤“战国龙灵魂龙”，将其设置爆发，开始反击利家。利家也召唤“刀将铠阿修罗·狮子”与“战国·虎”合体，以合体魂体攻击时效果破坏“战国龙灵魂龙”。但因破坏，爆发“武将转生”发动，幸村重新召唤被破坏的“战国龙灵魂龙”，反杀利家合体魂体。下回合，幸村以“战国龙灵魂龙”的【连刃】削尽利家剩余生命，大逆转获胜。

决定武藏最强斗士的第一战幸村获胜。接着第二战，兼续VS早云开始。兼续与早云曾是同一队。但早云为寻找超越兼续核心加速的战术而分道扬镳。早云序盘召唤“苍海明王”，实行擅长的牌组破坏。但决定胜负的不是核心加速也不是牌组破坏。受到牌组破坏的兼续使用备用区灵魂核心，发动绿属性效果【灵魂神速】，召唤“烈风忍者雾影”。再用魔法“风遁之术”提升“烈风忍者雾影”BP，击破“苍海明王”，顺势击败早云。兼续高举战斗之魂之爱，以宏大理想站上战场。兼续说，拘泥眼前胜负的早云不可能赢。幸村与兼续，争夺武藏最强斗士的两人就此决定。

武藏最强决定战是幸村VS兼续。败给兼续的早云留在竞技场看到最后，藤吉郎与主人的能面男在IBSA支部屏幕前，兰丸悄悄潜入竞技场观战。幸村序盘果敢进攻，兼续以核心加速和【灵魂神速】对抗，还尽量不让幸村增加核心，使他无法召唤高费用魂体。幸村召唤“战国龙灵魂龙”设置爆发，以【连刃】与“烈风忍者雾影”同归于尽的觉悟作战。但兼续看穿幸村的“武将转生”，不中计，选择失去生命。兼续被逼到剩1点生命，却以使用灵魂核心可无条件发动的爆发——灵魂爆发，召唤“忍将军黑钢”。这出乎意料的一手让幸村败北。

成为武藏最强斗士的兼续开始统一武藏。宝绿院组把炎组赶出竞技场，向街上少年开放。把灵魂爆发“忍将军黑钢”交给兼续的兰丸与藤吉郎一起提出更多合作。首先逼迫早云让出群青组竞技场。早云拒绝，藤吉郎向他挑战战斗之魂。同时，幸村因自己不知灵魂爆发而愤怒，又因辜负同为红属性的利家期待而受伤低落。藤吉郎驱使“机巧武者不知火”和“铁炮机兵种子岛”，封住早云青属性牌组破坏获胜，把早云等人赶出竞技场。另一方面，在武藏郊外与幸村再会的利家严厉督促幸村再起。此时环奈等人来报，找到能发动灵魂爆发的魂体“剑武龙村正·龙”。此时，一名少女降落在武藏机场。

幸村等人寻找能用“剑武龙村正·龙”发动的灵魂爆发。此时，持有该红属性灵魂爆发卡的少女出现，名叫阿市，是统括全国战斗之魂的组织IBSA最年轻干部。阿市提出以灵魂爆发和“剑武龙村正·龙”为赌注，让幸村与随从胜家进行战斗之魂对决。幸村应战，但使用混色牌组的胜家占优。“紫电灵剑闪电·紫苑”召唤后与“白蛇帝阿尔德乌斯·毒蛇”合体，以三符号攻击一口气削减幸村3点生命。但幸村以“武将转生”撑过胜家攻击，召唤“战国龙灵魂龙”，以【连刃】一口气削尽胜家生命获胜。赢得战斗的幸村得到梦寐以求的灵魂爆发，并向兼续再战行动。

幸村完成加入灵魂爆发的新牌组，闯入西武藏向兼续申请再战。但被兼续弟子拒之门外。幸村仍相信兼续会来，离开西武藏。再战之日，兼续出现在等待的幸村面前。其实兼续也希望再战。幸村以牺牲“战国龙灵魂龙”引出“烈风忍者雾影”的【灵魂神速】的舍身战法推进。兼续以灵魂爆发“忍将军黑钢”对抗，一口气削减幸村生命。幸村被逼到剩2点生命，召唤“剑武龙村正·龙”，设置爆发，制造逆转局面，发动灵魂爆发“炎龙刀鬼丸”！与“剑武龙村正·龙”合体，以双符号攻击削尽兼续生命获胜。

兰丸以幸村败北责任为由向兼续挑战。此时，与佐助等人庆祝战胜兼续的幸村，忽然想起信兄。以前问“成为最强斗士之后呢？”信兄回答“去那之后”。那时他在想什么？另一方面，兰丸以【不死】效果不让兼续自由战斗，步步紧逼。被逼的兼续以【灵魂神速】召唤“烈风忍者雾影”，再以灵魂爆发召唤“忍将军黑钢”，趁兰丸空隙反击。但那是兰丸设下的陷阱。兰丸用“妖术师无明”破坏“烈风忍者雾影”，召唤关键魂体“妖术师夜云”，从弃牌区复活魂体，削尽兼续生命。获胜的兰丸将宝绿院组收为麾下，与藤吉郎率领的猿面军团一起开始支配西武藏。

幽闭兼续的兰丸，夺走西武藏孩子们的牌组，强推自己组好的牌组，禁止自由对战。西武藏的孩子们来向幸村求助。看到回应请求的幸村，环奈想起与幸村初次相遇。当时幸村已失去对战斗之魂的热情。但寻找强者的环奈向他挑战抢答对战，幸村轻松答对。看中幸村实力的环奈，请求他夺回被无法者力皇抢走的当地竞技场。幸村接受帮忙，轻松击败力皇。环奈给失去信兄、丧失战斗之魂热情的幸村一个新目标：以战斗之魂顶点为目标。此后环奈与幸村共同行动。为解放西武藏，必须打倒兼续、兰丸、藤吉郎三人，因此需要同伴。此时，幽闭中的兼续面前出现一个男人。

为解放西武藏，幸村邀请利家加入同伴。利家以让出兼续战为条件答应。接着幸村想拉早云入伙，但早云不轻易协助。焦急的利家与他一触即发时，百黄半藏出现，告诉幸村等人兼续被幽闭，以及操纵兰丸等人的黑幕存在，然后消失。早云加入条件是要与幸村再战，判断他是否值得出手。幸村应战，两人再战开始。战斗对进行牌组破坏的早云有利。但幸村让“炎龙刀鬼丸”与“战国龙灵魂龙”合体反击，以“鬼丸”合体时效果连续使出【连刃】，削尽早云生命获胜。早云答应幸村邀请，但说给他一点时间便消失。

没等早云回来，幸村和利家前往西武藏挑战兰丸。但藤吉郎挡在面前，此时早云出现。早云与藤吉郎雪耻战，却被藤吉郎攻击逼到剩1点生命。藤吉郎用“铁炮机兵种子岛”封住早云牌组破坏，又以“机巧武者不知火”坚固防御不让削减生命。危机中，早云想起在海边遇到的阿市。早云感到自身战法有极限，但阿市“海没有尽头”的话消除迷惘。阿市还给了早云一张卡。重新确认海之慈爱的早云，以“莲华王千手”和灵魂爆发“芙蓉五重塔”两张反击。两卡效果破坏藤吉郎所有魂体，以三符号攻击实现大逆转胜利。

夺回西武藏自由的战斗转移到兰丸与利家对战。驱使紫属性【不死】的兰丸，接连承受利家攻击却不让他削减生命，甚至转为进攻削减利家生命。利家在闪现时机使用魔法“火炎之咆哮”，破坏兰丸魂体对抗。但兰丸利用这点，让【不死】魂体复活继续进攻。利家被逼紧，仍强行攻击削减兰丸生命。兰丸嘲笑这战法鲁莽，还侮辱曾争夺武藏霸权的兼续。愤怒的利家面前，兰丸召唤“妖术师夜云”企图决胜负。利家以第二张“火炎之咆哮”反击，把灵魂核心作为费用，连同“妖术师夜云”烧尽兰丸所有魂体，并顺势以合体魂体削尽兰丸生命获胜。

西武藏竞技场出现神秘男子，正是操纵兰丸和藤吉郎、向武藏伸出魔手的大六天魔王。兼续被解放，但幸村无法原谅大六天魔王高举“天下布武”、只靠强大强行统一战斗之魂天下的做法，向其挑战。幸村被大六天魔王“一番·长矛”的【超装甲】阻挡，无法如愿进攻。但他不停攻击，削减大六天魔王2点生命。然而那是大六天魔王引导的。大六天魔王爆发召唤“龙之霸王齐格·大和·弗里德”，对乘势的幸村施加强烈反击。幸村苦战于操纵白、紫、红三属性的大六天魔王，但以“武将转生”效果强化的“剑武龙村正·龙”击破“齐格·大和·弗里德”，升起反击狼烟。

召唤“战国龙灵魂龙”的幸村，让“炎龙刀鬼丸”合体攻击，想以【连刃】一口气获胜。但大六天魔王用“绝对甲冰盾”强制结束幸村回合，并召唤“天魔王神·泽克斯”。幸村再次想以“战国龙灵魂龙”的【连刃】决胜负，却被“天魔王神·泽克斯”的【六天连锁】封住回复。失去手段的幸村被削尽生命败北。但三番胜负中吃了2败的大六天魔王一方撤退，西武藏恢复和平。此时，天魔市宣布举办史上首次由IBSA主办的全国大会。三人一组报名，预选胜出的9队加上IBSA推荐种子队，共10队参加决赛“战斗之魂战国冠军赛”。以天下为目标的六天魔王也会出现。幸村燃起斗志。

为“战斗之魂战国冠军赛”，各地精锐斗士开始行动。幸村独自在北阿尔卑斯特训。此时，武藏中兼续、早云、利家为突破预选，以战斗决定谁与幸村组队。首先兼续与利家对战，竞争对手互不相让。利家撑过兼续灵魂爆发猛攻，将“刀将铠阿修罗·狮子”与“战国·虎”合体攻击，企图双符号双攻击获胜，但被兼续魔法“风遁之术”阻止。兼续再出一张“风遁之术”，封住利家阻挡者，并以“忍将军黑钢”效果一口气削减2点生命，击败利家。败北的利家约定决赛再会幸村，离开武藏。

佐助参加升A级斗士的大会，目标是夺冠，作为幸村最强对手参加“战斗之魂战国冠军赛”。大会中还有少年柊宗矩。宗矩巧妙接近佐助等人刺探牌组，自己却提供假情报，以卑鄙方式连胜。结果最高分者是佐助与宗矩，决赛开始。黄属性使用者宗矩用【圣命】回复生命，戏弄进攻的佐助，终于破坏“战国·红龙”。但佐助发动“武将转生”爆发复活“战国·红龙”，完全挡住宗矩攻击。抓住反击线索的佐助顺势压倒宗矩，成功升为A级斗士。

要战胜大六天魔王，需要打破【六天连锁】的战法。幸村急于构筑新牌组。此时，越后的S级斗士白银谦信来到武藏。谦信说要在“战斗之魂战国冠军赛”前测量幸村、早云、兼续三人实力，兼续向他挑战。面对核心加速的兼续，谦信采取把魂体返回手牌的战法。谦信更召唤究极“战国六武将青龙阁”，想一口气削尽兼续剩余生命。但兼续以【灵魂神速】反击，反过来削减谦信生命。然而谦信用“铁壁之墙”完全封住兼续反击，并以“战国六武将青龙阁”排除兼续魂体，获得胜利。幸村等人得知不只是大六天魔王，全国还有强敌，重新振作。

为“战斗之魂战国冠军赛”，战斗之魂运营机构IBSA接连举办以稀有卡为奖品活动大会炒热气氛。然后地区预选大会开幕。进行10战，最高分队伍晋级决赛。幸村、兼续、早云三人关东地区预选第一战对阵阿波潮三兄弟。潮三兄弟长子义弘召唤“巨人大帝亚历山大”攻击，使用【强袭】连续削减幸村生命。但撑过义弘猛攻的幸村反击，召唤在枪手百人斩中获得的新卡“剑豪龙武士·龙·天”攻击。以新效果【无限刃】击破义弘所有魂体，逆转获胜。接着第二战早云也胜利，幸村队初战两连胜突破。此时，近畿地区大六天魔王们开始行动。

近畿预选地区大六天魔王队势如破竹。关东地区佐助迎来初阵，对手是红绿混合牌组使用者混刚宪秀，一个把佐助叫作幸村跟屁虫的讨厌家伙。宪秀序盘占优，稳步削减佐助生命。佐助被逼到只剩1点生命，仍不放弃，以“战国·红龙”攻击，用【真·激突】和魔法“激龙火焰”图谋逆转。宪秀用魔法“铁壁之墙”让“暗龙暗黑暴龙”留在场上，试图强制结束佐助攻击步骤。但因“激龙火焰”效果，放置灵魂核心的魂体被阻挡时可破坏对方1点生命，佐助削尽宪秀生命获胜。北陆地区白银谦信也完胜加贺强敌晋级。然后，利家出现在东海地区。

从武藏消失的炎利家出现在东海地区预选会场。以野兽般战斗获胜的利家，组队对象是同为S级斗士的紫堂信玄。为获得新卡四处转战的利家，在甲斐遇到孤高斗士、外号“战之鬼”的信玄。信玄看不起以团队战参加的“战斗之魂战国冠军赛”，称其为过家家，利家让他明白自己也是战斗之魂之鬼，将其拉为同伴。作为第二人出战的信玄，对手是“美浓的蝮蛇”长良道三。道三以绿属性擅长技核心加速大量召唤魂体布阵，但信玄以“战国六武将无道”的【灵魂驱动】对抗。排除可称为斗士之魂的灵魂核心来发动的【灵魂驱动】效果强烈，道三魂体被一扫而空。信玄展现压倒性力量获胜。利家再起与新斗士登场，让幸村燃起更强斗志。

“战斗之魂战国冠军赛”种子名额IBSA队结成。成员是白伊紫胜家、百黄半藏，以及绿属性S级斗士美鸟山阿国。但阿国还年幼，胜家怀疑她是否真强。阿国为展示自己力量，与童年师傅半藏对战。阿国被半藏使用的妖戒和魔法耍弄，但召唤关键魂体“铠风魔铠甲兽”，发动【分身】对抗。然而半藏用魔法“火球攻击”阻止想靠魂体数量压制的阿国。失去进攻手段的阿国孤注一掷，使用把分身卡翻开的魔法“口寄之术”，召唤“光牙凤凰雷克乌丸”。赌赢的阿国顺势击破半藏获胜。胜家也认可展示力量的阿国，接受她一起作为IBSA队战斗。各地预选大会结束，终于决赛大会开始。

“战斗之魂战国冠军赛”决赛大会在富士竞技场开始。第一轮是9地区代表与IBSA推荐队进行团队战，第二轮起由第一轮晋级的5队15人进行个人战。大六天魔王出现，宣称“徒有虚名的天下没有意义”，要求若自己夺冠就把IBSA全权交给他。IBSA干部阿市相信晋级决赛的斗士们必定能阻止大六天魔王野心，接受要求。决赛大会第一轮第1场，东海地区代表与九州·冲绳地区代表对决。首战利家登场。利家对战九州·冲绳地区代表的火国惟丰，召唤此前未展示的新卡“战国六武将狮子枪兵”，以灵魂驱动压倒惟丰获胜。接着信玄也轻松取胜，东海地区代表晋级第二轮。

“战斗之魂战国冠军赛”决赛大会第一轮第2场，是关东地区代表与四国地区代表对战。幸村苦战绿牌组使用者绿须贺狐六，但以“剑豪龙武士·龙·天”和“武将转生”击败狐六，晋级第二轮。第3场，大六天魔王未出场，近畿地区代表战胜东北地区代表晋级。第4场是北陆地区代表与中国地区代表对战。“出云的麒麟儿”紫华原神次郎为实现在故乡建3D竞技场的梦想一路获胜。但谦信终于释放“战国六武将青龙阁”的灵魂驱动，展示将神次郎所有魂体按自己意愿顺序返回牌组的威胁效果。神次郎连一发逆转机会都被夺走，仍对谦信报了一箭之仇。谦信接住神次郎的思念获胜，北陆地区代表晋级第二轮。

“战斗之魂战国冠军赛”决赛大会第一轮最后一场，是北海道地区代表与IBSA推荐队对战。以英才教育培养斗士的白桦战斗之魂塾精英松代季广，看不起态度玩世不恭的半藏，但被驱使黄色魔法卡的半藏逼到剩2点生命。季广反击，半藏使用“通行禁止之墙”，更召唤关键魂体“九尾狐”，封住末广。完美封住末广反击的半藏，以“九尾狐”和魔法“狐火冲击”组合，无效阻挡并变成双符号，获得胜利。接着阿国也接连使出分身，仅3回合击破津白轻庆广。IBSA队连胜获胜，第二轮晋级者全部决定。

决赛大会第一轮结束，斗士们获得短暂休息。利家与信玄在个人战第二轮前恢复为竞争对手。早云在环奈建议下抓住对抗灵魂驱动的策略。幸村等人察觉举办大会的IBSA意图。IBSA已注意到暗中活动的大六天魔王等人，通过举办“战斗之魂战国冠军赛”把他们拉上表面舞台。不仅如此，IBSA也在试炼幸村等人：能否打倒企图霸权的六天魔王，亲手赢得战斗之魂的未来？另一方面，谦信为一起在北陆大会战斗的小白河景虎等人进行第二轮特训。景虎预测并对抗谦信的战法，但谦信施展更胜一筹的智略，召唤“战国六武将青龙阁”，封住景虎胜机获胜。当晚，前往富士竞技场的幸村与利家相遇，互相立誓在决赛决出胜负。

“战斗之魂战国冠军赛”第二轮开幕。第一场利家VS景虎。面对引诱利家攻击的景虎，利家正面迎战。利家用魔法“火炎之咆哮”想一扫景虎魂体，但景虎的“机巧武者雪暮”不允许。景虎以“机巧武者雪暮”的效果‘影武者’无效化“火炎之咆哮”，还削减利家生命，展现精彩反击。景虎说一切为了谦信大人的天下，利家斥其“无聊”，断言为别人而战的景虎赢不了自己。正如宣言，利家召唤“战国六武将狮子枪兵”，发动灵魂驱动，全灭景虎魂体，连续攻击削尽生命获胜。接着第二场兼续战胜长赖。第三场早云战胜藤白景胜。第四场，大六天魔王终于登场！

决赛大会第二轮第4场，宣言夺取IBSA的大六天魔王登场。对手是IBSA推荐斗士白伊紫胜家。胜家奋力战斗，但大六天魔王以“天魔王神·泽克斯”的【六天连锁】压倒胜家，展现力量差获胜。接着第5场是幸村VS美鸟山阿国，IBSA推荐斗士第二人登场。幸村以“剑豪龙武士·龙·天”的【无限刃】攻击，但阿国用魔法“替身之术”使“武士·龙·天”疲劳，破解【无限刃】。她还在自己回合使用擅长的【分身】，把幸村逼到只剩1点生命。幸村召唤“战国龙灵魂龙”，以“武士·龙·天”效果赋予【觉醒】，把【无限刃】连接【连刃】，以惊人二刀流逆转，击破阿国获胜。

决赛大会第二轮第6场，真白藤吉郎对决紫堂信玄，试图用“机巧将一夜·乔”阻止信玄召唤“战国六武将无道”。但信玄的爆发“封临祸斩”完全封住藤吉郎攻势。撑住的信玄召唤“战国六武将无道”，发动灵魂驱动获胜。第二轮最后第7场，是IBSA推荐斗士百黄半藏与紫鬼神兰丸对战。剩下的白银谦信作为种子选手进入第三轮。半藏与兰丸对战白热化。半藏看准兰丸空隙召唤“九尾狐”，企图决胜负。兰丸用魔法“死亡假面”破坏“九尾狐”，阻止半藏势头。但半藏用魔法“百鬼夜行”立刻复活“九尾狐”，压过兰丸。半藏顺势全力攻击获胜。至此参加第三轮的八强决定！

决赛大会进入四分之一决赛的八强决定。幸村、大六天魔王等8人的对阵卡将于明天抽签。当晚，独自进行对战想象训练的幸村，因看不到胜利所需的东西而焦躁。这时，多年未见的信兄出现在幸村面前。信兄说，把“战国龙灵魂龙”托付给幸村后，他离开日本，与世界各地的强豪斗士战斗，痛感世界与日本实力差距。回国后，他与IBSA合作开发3D虚拟对战系统，掀起日本战斗之魂热潮，试图强化斗士，结果却诞生了各地争夺领地的战斗之魂战国时代。幸村立誓必定夺冠，阻止大六天魔王以力量支配战国的野心。信兄建议他去富士五湖之一的精进湖。

武藏街道突然停止。这是谜之成人企图用辉石之力将异世界与本世界融合、占为己有的所为。为阻止其野心，少年巴辛来到武藏。停止的武藏街中，能行动的只有幸村等人。为粉碎谜之成人的野心、拯救武藏，幸村与巴辛只能合作战斗。两人向谜之成人发起二对一战斗。但谜之成人使出“魔界七将绝望”，把两人逼入绝境。绝体中两人召唤关键魂体“战国龙灵魂龙”和“龙皇齐格弗里德”攻击。巴辛用魔法“燃烧灵魂”一口气破坏谜之成人5点生命，两人实现大逆转胜利！谜之成人野心被粉碎，武藏得救。回到自己世界的巴辛把“燃烧灵魂”托付给幸村，约定再会。

听从信兄建议来到精进湖的幸村，误入地下巨大空洞，遇到战斗之魂仙人。仙人过去在IBSA参与卡牌开发与测试对战，拥有从历代战斗之魂卡到最新卡的全部卡片。为解决幸村烦恼，他邀幸村对战。仙人使用核心加速的绿色核心、回复生命的白色魔法，还驱使红与紫魂体，以各种手段封住幸村“战国龙灵魂龙”的【连刃】。另一方面，富士竞技场进行四分之一决赛对阵抽签，结果幸村第一场对阵紫堂信玄。此时，幸村终于试图用【连刃】捕捉仙人。他召唤“剑武龙村正·龙”，以灵魂爆发让“炎龙刀鬼丸”与“战国龙灵魂龙”合体。坚持【连刃】的战法，幸村战胜仙人。仙人给寻求决胜手段的幸村一张卡。

从精进湖回来的幸村与环奈一起构筑加入仙人转让新卡的牌组。次日，战斗之魂战国冠军赛四分之一决赛终于开始。第一场是幸村VS信玄。序盘幸村无法如愿进攻，但召唤“战国龙灵魂龙”，以【连刃】一口气削减信玄生命。信玄用爆发“封临祸斩”破坏“灵魂龙”，幸村立刻以“武将转生”召回。但信玄召唤“战国六武将无道”，以灵魂驱动全灭幸村魂体，把幸村逼到只剩1点生命。绝境中幸村仍不放弃，抽到想要的卡反击。他召唤战斗之魂仙人转让的新灵魂爆发“战国龙皇燃烧·灵魂龙”，发动【真·连刃】。通过指定攻击击破“战国六武将无道”和“骷髅恶魔”，顺势削尽信玄剩余生命，获得胜利。

四分之一决赛第二场。擅长防御的白属性使用者谦信VS以魔法搅乱的黄属性使用者半藏，双方静观其变。但半藏逐渐在生命差上领先谦信。面对用魔法“百鬼夜行”逼近的半藏，谦信用“绝对甲冰盾”避开，召唤“战国六武将青龙阁”。以灵魂驱动将半藏所有魂体返回牌组，企图决出胜负。但半藏驱使魔法，把被返回的魂体全部拉回，再召唤“九尾狐”。看到半藏这个样子，谦信终于察觉：半藏的本质是不管大六天魔王还是IBSA，只想享受战斗。谦信虽憧憬这种纯粹战斗，却为给战国之世带来秩序这一使命决出胜负。他用魔法“光速三段突”将“九尾狐”返回牌组下方，以“战国六武将青龙阁”攻击削尽半藏生命，获得胜利。

四分之一决赛第三场是兼续VS利家。争夺武藏霸权的两位雄杰终于迎来决战。兼续想在利家召唤“战国六武将狮子枪兵”前决出胜负，驱使“烈风忍者雾影”、“大地忍者大飞艇”、“忍将军黑钢”速攻，把利家逼到剩1点生命。利家用魔法“火炎之咆哮”撑过兼续攻击，并以“战国·虎”反击。但兼续用“双身转化”封住利家反击。利家也看穿这点，保留灵魂核心。壮烈的心理战持续。兼续于是召唤大量魂体，想一口气决胜负。但利家使用灵魂核心放出魔法“焰大倾奇”，压制兼续。撑住的利家终于召唤“战国六武将狮子枪兵”，以灵魂驱动和“战国·虎”削尽生命，为与兼续的因缘画下句号。

四分之一决赛最后一场是早云VS大六天魔王。大六天魔王用“铁炮机兵种子岛”封住早云的牌组破坏，更用“天魔王神·泽克斯”的【六天连锁】封住早云行动。但早云以新灵魂爆发“晓之寺院城阿伦”和“莲华王千手”对抗，成功击破“天魔王神·泽克斯”。然而大六天魔王使用魔法“天魔王降临”召唤“天魔王神·泽克斯―破之型―”，击破“莲华王千手”，一口气削减早云生命。早云不放弃，以牌组破坏反击，但大六天魔王用爆发“龙之霸王齐格·弗里德·大和”破坏“青海童子”，不允许早云反击。第六天魔王就这样把无计可施的早云彻底击溃获胜。看到他那俯视不甘的早云的样子，幸村愤怒地立誓要打倒大六天魔王。

被大六天魔王击败后受伤昏睡的早云。前来看望的幸村，被群青组的斗士们请求“为公主报仇！”。到了战斗之魂战国冠军赛半决赛抽签日，大六天魔王出现在屏幕上，再次宣言夺冠就要取得IBSA全部权限。在各种心思交错中，对阵决定为幸村VS谦信、利家VS大六天魔王。当晚，利家邀请打算离开富士的信玄对战。两人互相召唤“战国六武将”激战。另一方面，佐助为幸村安排模拟战，用不让幸村使出【连刃】的手段对抗。幸村佩服佐助的成长，并从佐助增加手牌的战法中找到对谦信战的提示。此时，环奈查明曾指导幸村战斗之魂的信兄就是阿市的哥哥天魔信长。谦信立誓为成就天下泰平而夺冠。次日，半决赛当天到来，第一场幸村与谦信登场。

半决赛第一场是谦信与幸村之战。谦信问幸村：“夺取天下之后，你打算做什么？”谦信说自己为终结乱世而战，并召唤“战国六武将青龙阁”。幸村回答，靠力量平定天下与大六天魔王无异，召唤“战国龙皇燃烧·灵魂龙”。谦信用“光速三段突”将“战国龙皇燃烧·灵魂龙”沉入牌组深处。但幸村不放弃，采取再次把“战国龙皇燃烧·灵魂龙”拉回的战术。谦信为压制幸村发动灵魂驱动，把幸村逼到只剩1点生命。幸村仍不放弃，发动爆发“龙魂乱舞”撑住，再召唤“战国龙皇燃烧·灵魂龙”，击破“战国六武将青龙阁”，逆转获胜。谦信从幸村与伙伴一同不屈战斗的身姿中，感受到能改变战国乱世的气概。

半决赛第二场是利家VS大六天魔王。兼续激励利家“要赢，拜托了”。“打倒大六天魔王！”富士竞技场的声援也全是支持利家，但看不起利家的大六天魔王毫不在意。利家序盘就削减大六天魔王生命。大六天魔王像对早云战一样配置核心“魔王虫根城”，确保二色符号，为【六天连锁】布局。他召唤“天魔王神·泽克斯”，以【六天连锁】封住利家攻势并反击削减生命，又用“妖术师夜云”的召唤时效果，让被利家破坏的魂体复活。但利家立刻用魔法“焰大倾奇”烧尽大六天魔王重整的阵势。利家不为【六天连锁】动摇，召唤“战国六武将狮子枪兵”，以必杀灵魂驱动破坏“天魔王神·泽克斯”，想一气呵成决出胜负。

大六天魔王以爆发“绝对甲冰盾”抑制住胜利在望的利家攻势，并用魔法“天魔王降临”召唤“天魔王神·泽克斯―破之型―”。以【六天连锁―破之型―】破坏“战国六武将狮子枪兵”，削减利家生命。但利家召唤“战国·虎”，用“双光气弹”破坏“魔王虫根城”，破坏【六天连锁―破之型―】的发动条件。接着召唤“刀将铠阿修罗·狮子”与“战国·虎”合体，想以双符号攻击决胜负，大六天魔王再次用“绝对甲冰盾”压制利家反击。然而激烈攻防中，大六天魔王面具碎裂。幸村得知信兄天魔信长就是大六天魔王。大六天魔王再次凑齐符号发动【六天连锁―破之型―】，击败利家。他宣言：若决赛结果没有自己认可的斗士，就连IBSA也一并击溃。

半决赛打倒利家的大六天魔王，其真身是幸村仰慕的信兄——天魔信长。信长在海外视察中感受到与世界的力量差距，回国后对日本战斗之魂的未来抱有危机感，命妹妹阿市举办“战斗之魂战国冠军赛”。他的结论是：如果大会结果没有能打倒自己的实力派斗士出现，IBSA也没有必要存在，于是考虑破而后立。另一方面，决赛前的幸村因信兄就是大六天魔王而深受打击，无法振作。他无法理解，教会自己斗士之魂的信兄为何作为敌人挡在面前。斥责幸村的是兼续。兼续忍着半决赛败北的伤痛，把利家托付的“战国·虎”交给幸村，并向他挑战。通过这场战斗，幸村意识到要背负至今对战过的斗士们的思念去战斗。终于，幸村VS信长即大六天魔王的决赛开幕。

决赛开始。信长很快召唤“天魔王神·泽克斯”，企图发动【六天连锁】。幸村也召唤“剑豪龙武士·龙·天”，以【无限刃】阻止【六天连锁】并击破“天魔王神·泽克斯”。战斗从序盘就呈现激战。信长配置核心“终结世界”，召唤“天魔王神·泽克斯―破之型―”，逼近幸村。为打破困境，幸村召唤利家托付的“战国·虎”，并与“炎龙刀鬼丸”合体攻击。攻击时效果破坏“天魔王神·泽克斯―破之型―”，向信长展示羁绊之力。但信长召唤“天魔王神·泽克斯―终之型―”，展现力量差距。幸村果敢攻击，却无法削尽信长生命。信长终于凑齐六色符号，准备好发动【六天连锁―终之型―】。

信长凑齐六色符号，准备好发动【六天连锁―终之型―】的猛攻。幸村以牺牲利家托付的“战国·虎”来撑过，却找不到反击线索。此时利家和早云赶到，想起伙伴羁绊的幸村抽到了信长曾经托付的“战国龙灵魂龙”。确信与信兄的羁绊如今仍活着，幸村将“战国龙皇燃烧·灵魂龙”与“炎龙刀鬼丸”合体，以【真·连刃】挑战“神·泽克斯―终之型―”。信长用魔法“光翼之太刀”对抗，提升BP反击破坏“战国龙皇燃烧·灵魂龙”。但幸村用魔法“烈火枪檄破”让“炎龙刀鬼丸”与“战国龙灵魂龙”合体，再次以【连刃】逼近信长。最终一击削尽信长最后的生命，获得胜利。幸村夺取天下，战斗之魂的战国时代宣告结束，进入新时代。