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12岁少年茂上骏太在战斗之魂冠军赛中夺冠，得到世界仅有一张的X稀有卡“午之十二神皇艾格泽希德”。当晚，骏太被神秘声音引导，被召入战斗之魂起源的世界——灵魂世界。在那里遇到的祭司末裔艾特说，过去封印邪神皇后不知去向并沉睡的十二神皇，其中“午之十二神皇艾格泽希德”的持有者骏太正是被十二神皇选中的勇者。艾特请求他共同战斗阻止邪神皇复活，骏太困惑，此时图谋邪神皇复活的暗黑斗士犬井将军出现，不得不战斗。骏太惊讶于魂体真的被召唤的灵魂世界战斗，仍召唤“午之十二神皇艾格泽希德”。使用十二神皇拥有的效果【封印】，发动【走破】！击败犬井将军。就这样，骏太寻找十二神皇的旅程开始。

骏太和艾特等人遇到出现在灵魂世界的勇者之一约克·阿尔巴托罗萨。约克来自连国家交涉都由战斗之魂决定的巴尔加德。艾特请求他作为勇者协助阻止邪神皇复活。约克说无关拒绝。但艾特告知灵魂世界若崩溃，由战斗之魂连接的世界也会陷入危险。此时暗黑斗士赤骑士甲斗出现，向战胜犬井将军的骏太挑战。听说巴尔加德也危险，约克代替骏太主动应战。约克困惑于与巴尔加德完全不同的战斗，被甲斗逼紧。但约克召唤“酉之十二神皇疾风凤凰”反击。以《封印》时效果【飞翔】压倒甲斗！扫清甲斗魂体和生命，获得胜利。

骏太等人造访流传十二神皇之一“未之十二神皇荣耀之羊”的村庄。但村庄已遭暗黑斗士袭击。从村长处听说十二神皇托付给少年未伊并让他逃走，便去救援。逃跑的未伊途中被桑德拉特夺走十二神皇。此时统领暗黑斗士的最强斗士辰巳出现。被辰巳挑战的桑德拉特把十二神皇还给未伊，推给他战斗。未伊不得不与辰巳围绕卡牌战斗。骏太等人也赶来。被逼紧的未伊召唤“未之十二神皇荣耀之羊”，巩固守备。但辰巳召唤异魔神合体“龙魔神”，与两只魂体合体攻击。破坏“未之十二神皇荣耀之羊”，削尽未伊生命。败北的未伊被夺走“未之十二神皇荣耀之羊”。

辰巳展示的异魔神合体战斗非常厉害。骏太等人决定连同十二神皇一起寻找异魔神合体。也邀请未伊同行，但未伊退缩拒绝。骏太等人乘村长给的船离开村庄。但双子暗黑斗士瓦比和萨比挡住。骏太和约克都坚持自己战斗而闹翻。结果骏太对瓦比、约克对萨比战斗，以谁先赢分胜负。看到战斗场出现，未伊在意地赶来。瓦比和萨比占优。骏太和约克被逼到剩2点生命，但召唤“午之十二神皇艾格泽希德”和“酉之十二神皇疾风凤凰”，转眼逆转，击败瓦比和萨比。然而先削尽生命的骏太与全灭魂体获胜的约克都说是自己赢，互不相让，又闹翻。

未伊决心跟随旅行，夺回被夺走的十二神皇。途中，在荒野某镇停留的骏太等人看到孩子们玩战斗之魂。骏太想起战斗之魂冠军赛决赛。于是久违地与未伊享受非决斗的战斗之魂。约克看到未伊的样子，带她出去申请决斗。要夺回十二神皇，必须在决斗中获胜。被约克叱咤后下定决心的未伊装上战斗装甲，应约克决斗。约克毫不留情削减未伊生命。但未伊只守不攻，无法削减约克生命。约克问未伊是否有夺回十二神皇的觉悟。当然有，未伊削减约克生命，展示觉悟。此时，被托付“未之十二神皇荣耀之羊”的暗黑斗士健吾出现。健吾向骏太和约克申请赌上彼此十二神皇的决斗。

骏太和约克为夺回“未之十二神皇荣耀之羊”，争执谁与健吾战斗，决定赛跑分胜负。另一方面，犬井将军烦恼健吾若输给红之勇者骏太，自己面子不保。桑德拉特听后，主动承担拖住骏太。以日出为号赛跑开始。但骏太睡过头，被约克抛下。然而约克被桑德拉特误认成红之勇者，被拖住。多亏如此，骏太先到决斗场，与健吾开始战斗。骏太无法攻破健吾使用的“未之十二神皇荣耀之羊”铁壁守备，被逼到剩1点生命。但他召唤“午之十二神皇艾格泽希德”，一口气反击。削尽健吾生命逆转获胜。骏太按约定把夺回的“未之十二神皇荣耀之羊”交给未伊。

寻找新十二神皇的骏太等人前往有古老神殿的溪谷。但在岔路，骏太和约克又吵架。两人互不相让，分两路前进。但全是暗黑斗士祖奇的陷阱。骏太和约克被堵住道路，无法回到艾特等人等待的船。分开两人的祖奇为夺十二神皇向未伊挑战。未伊为守护“未之十二神皇荣耀之羊”接受战斗。看到战斗巨蛋的光，骏太和约克察觉未伊危机，急忙回船。战斗中祖奇召唤“甲壳剑士拉米尼芬萨”，想一口气决胜负。未伊觉得也许要输，胆怯。此时合力突破堵路回来的骏太和约克赶到。受到两人声援的未伊召唤“未之十二神皇荣耀之羊”，使用《封印》击破祖奇。骏太和约克盛赞获胜的未伊勇敢。

艾特发现从各种世界聚集战斗之魂卡的灵魂地点。寻求异魔神合体的骏太等人立刻前往灵魂地点。抵达的是诡异大神殿。要到达大神殿深处可拿卡的圣域，必须通过“严酷试炼”。进入大神殿的骏太、约克、未伊三人以智慧、勇气和气魄通过诸多难关，到达最后大厅。突然出现战斗之魂卡，魂体现身。“严酷试炼”就是战斗。三人为得到异魔神合体，全员挑战试炼。但接连不断的X稀有卡总攻击逐渐逼紧。约克和未伊的十二神皇也被击破的绝体绝命状况下，骏太以“午之十二神皇艾格泽希德”突破，战胜试炼。但得到的是绿色异魔神合体……不是骏太，而是落入约克手中。

未伊问约克故乡巴尔加德的事。约克生于巴尔加德名门阿尔巴托罗萨家，从小接受严格战斗之魂特训。约克心灵支柱是优秀的哥哥扎尔克。约克说想在灵魂世界抓住什么，成为像哥哥那样。另一方面，想要异魔神合体的骏太热衷寻找新灵魂地点。途中一行人遇到商队受到款待。但那是陷阱。暗黑斗士阿扎斯用安眠药试图夺走骏太等人的十二神皇。没中陷阱的约克为守护十二神皇，与阿扎斯决斗。约克苦战于巧妙使用蓝属性的阿扎斯。但他召唤“酉之十二神皇疾风凤凰”，更与“风魔神”合体反击，精彩击败阿扎斯。骏太见其活跃，更想得到异魔神合体。

骏太悄悄溜出船，去寻找异魔神合体。得知此事的桑德拉特把骏太引到稀有卡聚集的战斗之魂市场。骏太兴奋觉得这里也许能找到，却接连落空。此时化装成占卜师的桑德拉特靠近。桑德拉特以异魔神合体为饵，想偷骏太的十二神皇。但此时听到“午之十二神皇艾格泽希德”出现在市场的声音。十二神皇世界只有一张，骏太察觉市场卡全是假货。市场骚动，市场主人卡西拉出现，向骏太挑战决斗。骏太应战，但市场假卡混入牌组，大苦战，被逼到剩1点生命。但假货中混有真正的异魔神合体“炎魔神”。骏太让“炎魔神”与“午之十二神皇艾格泽希德”合体反击。一口气削减卡西拉生命，逆转获胜。

骏太等人在山前遇到封路。在麓村打听，得知斗士信士挡住道路，不赢他就不让通过。村中少年托瓦为见去山那边未归的父母，偷走骏太牌组想挑战信士。知道缘由的骏太代替托瓦接受战斗，但信士是瞄准骏太等人的暗黑斗士。骏太赌上道路解放和十二神皇战斗。骏太苦战于使用爆发的信士。骏太召唤“午之十二神皇艾格泽希德”反击，但信士用“超霸王领主·龙之剑士”回复生命。然而骏太召唤异魔神合体“炎魔神”，一口气逆转。与“午之十二神皇艾格泽希德”和“庚兽龙德拉利昂”合体，以【走破】连续攻击削尽信士生命。打倒信士后，道路解放，托瓦与父母重逢。

新灵魂地点凯王巨壁前，骏太等人与犬井将军碰面。骏太、约克、犬井将军挑战凯王巨壁试炼。但忍耐10回合的试炼，骏太和约克失败。为辰巳尽力努力的犬井将军，以坚固防御撑住，但魂体全被破坏。他仍不放弃，召唤“黑天狐负九尾”，迎来最后第10回合。最后回合，凯王巨壁派出“黑虫魔王恶魔螳螂”，使“黑天狐负九尾”疲劳。看似万事休矣，但犬井将军用魔法“纯净万灵药”回复“黑天狐负九尾”并阻挡。更把凯王巨壁派出的魂体全部返回手牌，撑过10回合。通过试炼的犬井将军得到“亥之十二神皇灾难野猪”。

得到十二神皇的犬井将军，考虑得到更多十二神皇。另一方面，约克后悔试炼失败，十二神皇落入犬井将军之手。桑德拉特来了。桑德拉特受犬井将军所托寻找骏太。约克得知后逼迫桑德拉特带自己代替骏太去。桑德拉特接受，带走约克。于是约克与犬井将军赌上彼此十二神皇的战斗开始。犬井将军进行牌组破坏，弃掉约克的“风魔神”。约克想在被牌组耗尽前决胜负，以“酉之十二神皇疾风凤凰”攻击。撑过的犬井将军以“亥之十二神皇灾难野猪”反击。从《封印》发动【突进】，全灭约克魂体，还削尽牌组。约克因牌组耗尽败北，“酉之十二神皇疾风凤凰”被夺走。

犬井将军得到的“酉之十二神皇疾风凤凰”将让给战斗胜者，暗黑斗士们干劲十足。另一方面，骏太等人从艾特处得知辰巳真身。过去封印邪神皇的十二神皇所选勇者之长辰巳，是其末裔。在变得和平的灵魂世界，辰巳焦躁于一族衰退。为复兴一族并夺回流向异世界的灵魂核心之力，辰巳踏上寻找十二神皇之旅。途中遇到西西。西西把“辰之十二神皇乌洛沃里阿斯”托付给辰巳，并传达预言：若能控制被封印的邪神皇，就能拯救灵魂世界。另一方面，与辰巳同为勇者后裔的琪琪出现在十二神皇争夺战。其搭档铠参战，战胜甲斗得到“酉之十二神皇疾风凤凰”。辰巳更设下引诱骏太等人的陷阱。

不知是陷阱到达古城的骏太等人，等待他们的是铠。为夺回“酉之十二神皇疾风凤凰”，约克对付铠，骏太等人赶往城中。但城内琪琪等着。向骏太挑战的琪琪是黄属性使用者。她用【圣命】和魔法戏弄骏太，召唤异魔神合体“天魔神”。骏太惊讶异魔神合体登场。琪琪让“天魔神”与“魅惑霸王克利奥帕特拉斯”和“贤兽斯芬克斯”合体攻击。另一方面，约克完败给铠使用的“酉之十二神皇疾风凤凰”。同时，骏太召唤“炎魔神”，与“午之十二神皇艾格泽希德”和“德拉利昂”合体。以异魔神合体和十二神皇之力，骏太勉强战胜琪琪。败北的琪琪立誓得到“十二神皇”后复仇。骏太等人终于与辰巳面对面。

逼迫骏太交出十二神皇的辰巳，宣称为了复活勇者一族的荣光与繁荣，要得到灵魂核心之力、邪神皇以及所有十二神皇之力。艾特战栗于这可能毁灭所有由战斗之魂连接的世界。骏太为阻止辰巳计划挑战，以“午之十二神皇艾格泽希德”和“炎魔神”合体攻击一口气削减辰巳生命，但致命瞬间被魔法“毒息”阻挡。完全防住骏太攻击的辰巳召唤“辰之十二神皇乌洛沃里阿斯”。并以《封印时》效果【咒缚】，连同“午之十二神皇艾格泽希德”一起消灭骏太所有魂体，逼近骏太。骏太无法防住攻击而败北，“午之十二神皇艾格泽希德”被辰巳夺走。生命中的灵魂核心被粉碎的冲击让骏太昏倒，艾特等人带着他逃离。

没能夺回“酉之十二神皇疾风凤凰”、情绪低落的约克，想起过去哥哥扎尔克说的话：“无论何时，都要鼓起勇气迈出下一步！”重拾勇气。骏太也醒来，立誓“被夺走就夺回来”，向辰巳等人复仇。另一方面，西西作为新“午之十二神皇艾格泽希德”使用者，将骏太的对手大牙和巳召唤到灵魂世界。执着于骏太曾持有的“午之十二神皇艾格泽希德”的和巳，为得到它，通过与健吾的战斗展示实力。同时，艾特辛森里的神官们给骏太和约克送来两张X稀有卡。他们想帮艾特等人，四处寻找找到的。另一方面，和巳以败给骏太的愤怒、憎恨和胜利执念，险胜健吾，得到“午之十二神皇艾格泽希德”。辰巳煽动这样的和巳向骏太复仇。

邪神皇复活征兆的风暴肆虐中，骏太和约克等人的船因落石停下。此时，被辰巳赐予“午之十二神皇艾格泽希德”的大牙和巳出现。骏太为与对手重逢而高兴，却得知和巳成为辰巳同伴，感到困惑。和巳对骏太露出敌意挑战。骏太为夺回“午之十二神皇艾格泽希德”应战。和巳召唤“午之十二神皇艾格泽希德”，以【走破】一口气削减骏太生命。骏太也召唤“庚天兽辉煌天马”和“炎魔神”反击。让“炎魔神”与“庚天兽辉煌天马”、“庚兽龙德拉利昂”合体，逼近和巳。但和巳用“双光气弹”破坏“炎魔神”，反杀“庚天兽辉煌天马”。和巳对骏太说“我一直很讨厌你！”，削尽骏太生命获胜。

从艾特处听到《赤寅勇者传说》的骏太，为打倒和巳前往传说流传的赤轰山。同时，琪琪也前往有“申之十二神皇”气息的西南偏西方向。留下的铠盯上未伊，想得到更多十二神皇。但约克挡在面前。铠召唤“酉之十二神皇疾风凤凰”压倒约克。但约克用魔法抓住“酉之十二神皇疾风凤凰”弱点，撑过铠攻击。约克召唤“丁骑士楔尾”与“风魔神”合体反击。约克以“风魔神”之力封住铠的反击，粉碎生命。更以“丁骑士楔尾”合体时效果破坏最后生命，获得胜利。获胜的约克终于夺回“酉之十二神皇疾风凤凰”。另一方面，骏太在赤轰山顶遇到神秘人物。

到达赤轰山顶的骏太面前，出现曾为勇者的石狐仙人。骏太请求转让寅之十二神皇，石狐仙人说“有不能战斗的理由”，让他“拿走吧”。但插在岩石上的卡周围有结界，骏太无法靠近。追赶骏太而来的桑德拉特出现。在骏太眼前，他轻松穿过结界到达卡前。但无法拔出卡，从山上掉了下去。骏太觉得桑德拉特穿过结界不可思议，石狐仙人告诉他原因是迷惘。若得到新十二神皇，就须以勇者使命与强敌战斗。也许还会再次败北。骏太被考验能否战胜恐惧。鼓起勇气面对的骏太，发现真正可怕的是“无法进行战斗之魂”，战胜恐惧。骏太终于得到寅之十二神皇。

得到寅之十二神皇的骏太回到约克等人身边。另一方面，战胜骏太的和巳想回原世界，却从桑德拉特处收到得到新十二神皇的骏太的挑战，于是应战，说这次要在持有十二神皇者之间的对决中获胜。但战斗由骏太占优。骏太以“寅之十二神皇左轮战虎”的《封印时》效果【炮击】确实削减和巳生命。和巳试图以“午之十二神皇艾格泽希德”的【走破】破坏“寅之十二神皇左轮战虎”。但骏太用魔法“弹壳子弹”阻止“寅之十二神皇左轮战虎”被破坏。骏太让“炎魔神”与“寅之十二神皇左轮战虎”合体，一口气削减生命击败和巳，夺回“午之十二神皇艾格泽希德”。知道和巳实力的骏太，邀请他成为同伴以阻止邪神皇复活，却被拒绝。

听到十二神皇传闻前往港町的骏太和约克一行，船故障。骏太和约克先去港町，那里已被恶徒破坏。被误认为同伙的骏太和约克被镇民抓住。桑德拉特从镇民处问出随潮汐出现的祠堂，叫来破坏港町的刚罗将军。刚罗将军听后前往祠堂。被毛茸茸救出的骏太和约克试图阻止刚罗将军。但在巴尔加德是偶像般存在、长得像螃蟹的刚罗将军让约克丧失战意，只好由骏太挑战。刚罗将军以“海将军卡尼梅德斯”逼迫骏太，但骏太召唤“寅之十二神皇左轮战虎”和“午之十二神皇艾格泽希德”反击。以【走破】和【炮击】连续技获胜。祠堂里是祈愿航海安全的护身符，镇民称赞赶走刚罗将军们的骏太和约克是勇者。

听从西西预言前往沙漠的琪琪，到达与黄色勇者有缘的奇门一族之地。长老比希听到琪琪“贝蕾西亚”之名，认定她是勇者后裔，带她去守护十二神皇的三贤者处。但青猿、白猿、赤猿三贤者看穿琪琪心中野心，拒绝交出十二神皇。不肯退让的琪琪为得到十二神皇向三贤者挑战。一对三战斗，琪琪毫不动摇，首先削尽赤猿生命。青猿以“疣猪金刚”、白猿以“巨神机滑行哥雷姆”各自关键魂体对抗琪琪。但琪琪使出魔法、爆发，甚至“天魔神”，压倒性进攻。继赤猿后也削尽白猿生命。剩下的青猿为守护申之十二神皇奋战，但琪琪仍更胜一筹，削尽青猿生命，击败三贤者。打倒三贤者的琪琪得到申之十二神皇，离开奇门一族之地。

骏太和约克等人来到太古时代十二神皇勇者首次聚集的遗迹。寻找新十二神皇线索时，未伊在“未之十二神皇荣耀之羊”石像前，想起父亲把十二神皇托付给自己的时候。此时琪琪出现在未伊面前。琪琪告诉未伊她是白色勇者的后裔，并挑战。琪琪逼迫未伊：让邪神皇复活，以十二神皇之力支配世界，才能找回勇者一族的骄傲，所以同为勇者后裔应该合作。但未伊拒绝，说要像骏太和约克那样变强守护世界。对其回答失望的琪琪，以“申之十二神皇哈努曼”效果无代价使用“猿导士昂科特”的【加速】，让自己所有魂体变成双符号，发动连续攻击。未伊无法完全防住那怒涛攻击，败北。“未之十二神皇荣耀之羊”被夺走。

骏太和约克告诉失去“未之十二神皇荣耀之羊”的未伊好好休息，前往新灵魂地点百结岬。两人开始探索，认为断崖上无数洞穴之一必是灵魂地点。桑德拉特出现，与骏太竞争寻找灵魂地点。约克盯上最上部洞穴探索，到达灵魂地点，却已被和巳攻略。没得到十二神皇的和巳，为向骏太复仇，想夺走约克持有的十二神皇而挑战。和巳用得到的异魔神合体“海魔神”逼迫约克。和巳断言有“海魔神”和十二神皇就能赢骏太，约克则断言和巳打不倒骏太。约克召唤“酉之十二神皇疾风凤凰”，以【飞翔】压倒和巳获胜。继骏太之后又败给约克的和巳，怒火与憎恨更盛。

为夺取更多十二神皇，琪琪再次出现在骏太和约克等人面前。能对抗拥有“申之十二神皇哈努曼”和“未之十二神皇荣耀之羊”的琪琪的，只有同样拥有两张十二神皇的骏太。彼此拥有两张十二神皇的勇者之间战斗开始。骏太以“寅之十二神皇左轮战虎”和“午之十二神皇艾格泽希德”两张红色十二神皇进攻琪琪，但无法攻破琪琪“未之十二神皇荣耀之羊”的守备。琪琪说不只是防守，以“申之十二神皇哈努曼”和【加速】组合攻击骏太。但骏太用魔法“火焰壁垒”对抗，使用《封印时》效果击破“申之十二神皇哈努曼”。骏太顺势召唤“炎魔神”，连续攻击。将“未之十二神皇荣耀之羊”和琪琪的生命全部破坏，获得胜利。

在新灵魂地点，骏太和约克等人发现“卯之十二神皇”的卡。但犬井将军出现。曾败给犬井将军的约克，为复仇赌上“卯之十二神皇”挑战。犬井将军先召唤“亥之十二神皇灾难野猪”，给约克压力。约克也召唤“酉之十二神皇疾风凤凰”，但BP无法超过“亥之十二神皇灾难野猪”。犬井将军不放过机会，发动“亥之十二神皇灾难野猪”的【突进】，逼近“酉之十二神皇疾风凤凰”。但约克使用两张魔法“风之力”，提升BP，反杀“亥之十二神皇灾难野猪”。约克反击成功，以“酉之十二神皇疾风凤凰”的【飞翔】逆袭，削尽犬井将军生命获胜。约克得到“卯之十二神皇雾比特”。

约克得到的“卯之十二神皇雾比特”发生试炼，未伊和骏太等人被变成战斗之魂卡。约克为让大家恢复，挑战试炼。第一关是寻找通往茶会的门。利用妨碍的沙猫打开正确的门，约克到达茶会，那里却有他最喜欢的小螃蟹。约克为进入下一关，含泪离开。下一关是女王艾特之城。虽遭战斗之魂卡兵大军攻击，但以“绝对甲冰盾”的女王艾特对抗，精彩通关。最终关是与自己战斗。约克苦战于同力对手，但在对方回合可自由召唤的《神速封印》召唤“卯之十二神皇雾比特”，驱使《封印时》效果【跳跃】获胜，通过试炼。通过试炼醒来的约克与骏太等人一起庆祝得到新的十二神皇。

艾特在多加里捕捉到灵魂地点的反应。那里是桑德拉特的故乡。桑德拉特甩开一行人挑战灵魂地点，却放弃。于是桑德拉特请求骏太和约克等人协助，说想为母亲得到十二神皇。条件得到后只借一小段时间，骏太和约克等人挑战试炼。试炼是用一张卡在各种战斗局面中获胜。骏太使用“午之十二神皇艾格泽希德”，未伊使用“未之十二神皇荣耀之羊”，逐一通过试炼。最后的试炼是难题：在对方攻击步骤中获胜。约克以“卯之十二神皇雾比特”挑战，精彩通过。通过试炼的一行人得到“子之十二神皇鼠中”。并按约定借给桑德拉特，桑德拉特却暴露母亲的事是谎言，当场逃走。

逃跑的桑德拉特被骏太和约克等人找到，被挑战战斗。桑德拉特不想失去到手的十二神皇，便提议不赌十二神皇的战斗。骏太和约克等人无奈接受。但桑德拉特作弊，突然召唤“子之十二神皇鼠中”。以“子之十二神皇鼠中”的召唤时效果《封印》，再用魔法“魔术师药水”速攻，击败骏太和约克等人。但发现作弊的骏太和约克等人设计作弊对策牌组，再次挑战。接受再战的桑德拉特又用作弊以“子之十二神皇鼠中”速攻。但骏太用魔法“火焰壁垒”反击。包括“子之十二神皇鼠中”在内，破坏桑德拉特所有魂体。顺势一口气攻击桑德拉特，获得胜利。就这样“子之十二神皇鼠中”回到骏太等人手中。

败给骏太和约克、心有不甘的和巳，为得到十二神皇向辰巳挑战。但在辰巳压倒性的强大面前败北。因赢不了的焦躁，和巳对骏太的怒火更盛。西西将这样的和巳送入异世界，试图赐予他超越十二神皇的禁断之力。另一方面，骏太和约克把“子之十二神皇鼠中”交给桑德拉特，为让他不输给暗黑斗士而重组桑德拉特的牌组。过程中，骏太和约克发现灵魂世界没有究极卡。究极是灵魂世界中谁都不能触碰的禁断之卡。此时，和巳正与究极对峙。一直靠赢得战斗之魂得到认可的和巳，以为败给骏太后失去了一切。究极们逼迫和巳：“献出灵魂，愿望就能实现”，要他打碎自身灵魂的灵魂核心。和巳毫不犹豫打碎，得到究极。

西西作为扭转战况的王牌，再次将和巳介绍给辰巳。但犬井将军不认可和巳，向其挑战。面对以十二神皇攻击的犬井将军，和巳的新究极之卡——灵魂世界中被禁止的可怕力量露出獠牙！

为追寻灵魂地点的反应来到荒野的骏太和约克等人，突然被出现的光吞没。抵达之处是“判定之地”。面对此地支配者给予的“以异魔神合体击碎异魔神合体”的试炼，骏太和约克挺身迎战！

犬井将军和琪琪将得到究极的和巳视为危险，但辰巳不予理会。此时，异世界巴斯查纳的巨汉伊奥穿越时空出现。琪琪不认可声称要助辰巳一臂之力的他并挑战，伊奥持有的“丑之十二神皇”被召唤出来。

为辰巳争取更多十二神皇的犬井将军，瞄准桑德拉特持有的“子之十二神皇鼠中”而来。在场的未伊被桑德拉特告知他是自己们的间谍，但未伊不信。未伊为保护桑德拉特，亲自向犬井将军挑战！

感动于未伊的战斗、豪言下一个轮到自己出场的桑德拉特，不得不接受突然出现的琪琪的战斗。被琪琪巧妙的战法逼入绝境，但桑德拉特奋起不想辜负未伊的期待，以灵魂核心承受琪琪的攻击。

约克为让骏太和未伊先走，独自拦下挡路的暗黑斗士军团。另一方面，骏太遇到白色勇者伊奥，但伊奥遵从异世界巴斯查纳白色一族的传说，成为辰巳的同伴。骏太不能把十二神皇交给这样的伊奥，于是挑战。

正在对抗暗黑斗士军团的约克面前，辰巳出现！面对看不起异世界战斗之魂是冒牌货的辰巳，约克赌上巴尔加德的骄傲挑战。辰巳以“辰之十二神皇乌洛沃里阿斯”的【咒缚】逼迫约克。

和巳挡在骏太和约克等人面前。和巳宣言若自己赢了就认可骏太的实力、再也不会出现在他面前。骏太不能逃避，接受战斗，却苦战于对魂体任何效果都无效的究极。

骏太想以“午之十二神皇艾格泽希德”的【走破】决出胜负，却被和巳撑过。再次轮到自己回合时，骏太让“超·炎魔神”与十二神皇合体，解放【双重驱动】。这次一定要打倒和巳。

下落不明的铠得到“戌之十二神皇贪欲犬”后回到暗黑斗士们身边。琪琪为铠的归来表示高兴，但对其样子感到异样。西西命令这样的铠从骏太等人手中夺回“辰之十二神皇乌洛沃里阿斯”。

辰巳向骏太和约克等人挑战，胜者将获得所有十二神皇的一对一战斗。领悟到来灵魂世界意义的约克，为被夺走十二神皇的骏太一并而战，接下与辰巳的战斗。赌上世界命运的战斗开始了！

辰巳使出“巳之十二神皇提亚马特”。约克被其强大的《封印时》效果压倒。然后，终于凑齐的十二神皇产生反应，邪神皇复活了！

复活的邪神皇不断吸取灵魂核心之力，灵魂世界濒临灭亡。为阻止邪神皇，骏太和约克前往水晶塔。两人在那里看到的是石化的十二神皇，以及吸取灵魂世界灵魂核心之力的邪神皇。骏太和约克试图拯救十二神皇，但西西挡在两人面前。

焦躁于必须尽快阻止邪神皇的骏太，被约克告诫应冷静制定策略。另一方面，暗黑斗士们也担忧下落不明的辰巳和邪神皇复活后世界的走向。犬井将军和琪琪出现在骏太和约克等人面前，说出令人惊讶的请求。

急于赶往十二神皇身边的骏太和约克等人面前，手持两张蓝色十二神皇的铠挡住去路！骏太召唤“寅之十二神皇左轮战虎”进攻铠，但铠召唤“海魔神”和“戌之十二神皇贪欲犬”，压倒骏太。

继续前进的骏太和约克等人面前，这次出现了手持两张白色十二神皇的伊奥。执着于白色一族传说的伊奥，期望邪神皇创造新世界。约克对伊奥感到愤怒并挑战。约克发动速攻削减伊奥生命，却被白色十二神皇的铁壁防御阻挡。

被琪琪和犬井将军分散的骏太与约克等人，决定分头前往十二神皇所在之处。另一方面，抵达十二神皇身边的辰巳，为承担让邪神皇复活的责任，向十二神皇呼唤。但西西出现，向辰巳提出赌上十二神皇的战斗。

与西西的战斗分出胜负后，和巳挡在辰巳面前，骏太和约克等人也赶到。骏太试图阻止利用复活的“邪神皇德斯皮亚斯”之力毁灭世界的和巳，但和巳听不进去。此外，西西试图打开通往异界的门，艾特拼命抵抗。

和巳宣称要亲手纠正这个错误的世界，骏太和约克挺身迎战。和巳以一人对二人，生命值为10；骏太和约克的生命值伤害为二人同时承受。在同伴们和暗黑斗士们的屏息注视下，赌上世界命运的最终决战终于开始！

和巳发挥出“邪神皇德斯皮亚斯”更强的力量。骏太和约克被强力效果逼入绝境，艾特告知他们和巳身上出现了非同寻常的状况。一边战斗一边拼命试图拯救和巳的骏太和约克，最终能否迎来这场最终决战的结局？