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住宅地发生出租车司机遭警察官惨杀案，犯人作案后报警却无任何犯案记忆，科学犯罪对策室介入调查。小比类卷（藤冈靛）借助警察学校同期橘（骏河太郎）协助追查，很快又发生交通事故现场 4 名警察官同时枪击民间人的案件。调查发现涉案警察官均有 “记忆空白” 与 “被操控感”，背后隐藏着针对执法人员的神经操控技术，对策室开始锁定技术源头与幕后黑手。

神经操控案的首谋者落网后在留置场离奇死亡，面部竟长出真菌。最上（岸井雪乃）与小比类卷发现真菌来自古代遗迹，能寄生人体并操控行为，与研究者御门（田中美奈实）合作解析真菌特性。同时，多起类似真菌感染事件浮现，线索指向某秘密生物科技组织，该组织试图利用真菌开发 “人体傀儡” 技术，对策室需阻止技术扩散并找出组织据点。

山梨县研究所出现 “死者复活” 的离奇事件，科学犯罪对策室首次出差调查。死者遗体在实验中突然活动，小比类卷专注探究 “活死人” 真相，最上与年轻研究者交流，长谷部（Yusuke Santamaria）因负责搜查而过度投入。三人分工协作追查 “僵尸” 正体，最终揭开复活现象的科学原理，发现是某实验事故导致的神经与肌肉异常激活，背后还关联着非法人体实验的黑幕。

多起离奇跳楼自杀案频发，死者均沉迷一款能与 “亡者” 对话的 VR 游戏。小比类卷在 VR 中与亡妻亚美 “重逢”，同时发现游戏存在神经干预机制，会诱导玩家产生自杀念头。最上与奥田（吉本实忧）追查游戏开发公司，发现其与之前的生物科技组织有关联，正通过 VR 收集人类神经数据用于非法实验，对策室必须尽快关停游戏并抓捕幕后开发者。

神经操控、真菌寄生与 VR 犯罪的幕后组织 “宙斯之盾” 浮出水面，其企图用神经控制技术操控大量人群制造社会混乱。组织头目挟持御门教授，逼迫其完成真菌 - 神经接口的最终开发。小比类卷、最上、长谷部与奥田分工行动，一边解救御门、阻止接口启动，一边瓦解组织据点。最终决战中，对策室成功摧毁组织核心，揭露技术背后的国家层面利益交换，守护了公众安全与科学伦理底线。