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樱羽一时是一名非常普通的高中生，他厌倦了每天的学习和青梅竹马红雪的监视。那个时候，他被美少女后辈椿告白了。一时为这人生第一春感到十分兴奋，但母亲弓香反对他们交往。尽管如此，一时还是坚决约会。

突然，一时被迫成为忍者。经过被称为修罗的恐怖忍者“时贞”的劝导，一时虽然不承认忍者的存在，但还是同意成为忍者。为了进入忍术学园，他还要参加入学考试。

一时进入了忍术学园。在那里，他遇到了聪明善良的辉丽和美丽优雅的凉子，并开始憧憬校园生活。然而，学校里有一个古贺顶尖忍者群体，而一时引起了古贺的精英忍者朱雀的注意。

忍具考试迫在眉睫，一时为了考试拼命准备。另一边，时贞为了寻找甲贺的情报，访问了杂贺众。杂贺众苦于甲贺的承包欺凌。时贞为了调查，潜入甲贺的工厂。

实操考试临近了。据说每年都会有死者，甲贺打算趁机杀死一时。一时对容忍杀与被杀的忍者世界抱有疑问。为了与朱雀的对决，一时与红雪制定了一个作战计划。

暑假，一时回到伊贺的老家。辉丽和凉子也寄居在伊贺，度过了快乐的时光。一时感受到伊贺人民的温暖。这时，辉丽向朱雀泄露了伊贺的情报。

突然，聚集了全国忍者之长的忍者大会召开了。弓香、时贞、光藏出席。那里也有甲贺代理头领，鬼道的身影。然后从安忍长五所川原那里听到了忍者大会的目的。

弓香被判死刑，伊贺动摇了。被任命为代理头领的一时接受了领导能力的考验，但母亲被捕让他无暇顾及这些。在这样的情况下，在甲贺，可怕的“东西”开始行动了。

甲贺进攻伊贺的村落。甲贺投入大量机械忍者“阿斯拉”，试图以压倒性的数量打败伊贺。当伊贺处于劣势时，一时灵光一闪，想出了起死回生的对策。另一边，时贞和红雪前往救助弓香……

一夜之间众忍村遇袭，甲贺接连消灭数个忍村。伊贺代头领樱羽弓香遇刺身亡。红雪成为最大嫌疑人。在加贺时贞处一时和红雪得知三件事：红雪是鬼道之女，被植入了控制芯片和弓香不是红雪所杀。回村的辉丽被父亲以生命为代价救了下来。成为首领的一时在被部下鼓动和与朱雀谈心后决定让时贞配合自己进行行动。

一时决定将秘传忍核交给鬼道。那是对甲贺的败北宣言，但也引起了伊贺忍者们的反对。辉丽、凉子、朱雀各自下定好了决心。在这样的情况下，伊贺的叛徒开始行动了……

一时只身一人想与鬼道做个了断。这时，时贞和红雪赶到。鬼道为了歼灭伊贺之乡，向伊贺派出了全部力量。忍者一时，最后的战斗开始了。