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日本经历了前所未有的大灾害后崩溃了。 在东京中野经营便利店的斩子，接受了某位女性的委托：与少年真流以“天堂”为目标进行了旅行。 另一方面，孩子们生活在被墙壁包围的绿意盎然的学园里。 时雄收到了「想去外面吗？」的神秘信息，第一次对「外面的世界」抱有疑问。

在一家旅馆暂住的真流和斩子，昏迷般地睡着了。当他们醒来时，一只长得像鸟的怪物“Hiruko”降临了。在月光微弱的夜晚里，两人不得不与Hiruko战斗。在学校里，时雄对“外面的外面”充满了思考。与此同时，白收到了意想不到的美美姬的照片。

五年前，浅草因电动赛车的演出而热闹非凡。在孤儿院生活的春希，和赛车手的姐姐桐子、像哥哥一样仰慕的露敏还有伙伴们一起过着幸福的日子。有一天，在比赛中目击到食人怪的春希，为了帮助姐姐和露敏，决定一个人消灭食人怪...

时雄被带去看一些奇怪的婴儿，意识到他对周围环境的了解是多么的少。在一艘没有逃生出口的船上，真流和斩子遭受了可怕的攻击。当一切都失败了，现在轮到斩子想出一个新的策略了。

真流和斩子回到东京，发现附近挤满了帐篷。当真流去游戏中心时，斩子留下来自己搜集信息，并听到了一个可怕的谣言。

真流和斩子去寻找不灭教团和“医生”的途中，住在一个由名叫多多梨的女孩经营的旅馆里。安顿好行李后，在他们去寻找安全饮用水时，意外发现了一个受重伤的男子。另一边，本该死去的阿斯拉出现在因身体不佳而在医务室休养的时雄面前。

真流和斩子认为他们找到了医生和不灭教团。但实际上，那是一个和不灭教团敌对的组织。他们强烈抵制不灭教团提供的治疗，并向二人提出了要求。

在杀死了食人魔之后，真流和斩子终于见到了宇佐美医生。他向他们提出了一个困难的要求，并引导他们进入一个房间，那里等待着令人恐惧的场景。

宇佐美有一个纽扣，上面的图案与杀戮射线上的相同。他们决定追寻它的踪迹，并在途中遇到了一位神秘的线人。 在另一边，学校召开了教职工紧急会议。

真流和斩子决定前往高原学园所在的茨城。途中，十一号请求真流和斩子确认他的儿子是否还活着。真流和斩子接受了请求，到达了一个由女性支配的壁市，现场情况与十一号所描述的不太一样。

在得到十一号的车后，真流和斩子出发前往茨城。而另一边，一批五年级新生也正式加入学园。美美姬注意到一个叫奥玛的孩子似乎总是独来独往，美美姬试着与她相处，但奥玛似乎有什么难言之隐...

真流和斩子来到一个繁荣的市集。这是传闻中重建部运作的城镇。两人前来寻求该城镇独特的货币，得知稻崎露敏也在城镇里。与此同时，学院突然遭到攻击。在试图寻找庇护之处时，孩子们发现了墙上的一个洞口。

美美姬，白，杏和鹰通过墙上的洞口来到了围墙外的世界，试图探寻神秘的“测试”究竟是什么。而另一边斩子正在因为露敏对她的恶劣行径伤心哭泣...