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恐龙馆的人意外发现了霸王龙化石以及黄金图腾，准备运回恐龙馆。小恐龙紧跟其后，想要拿回祖先的宝物。然而，霸王龙化石的发现，一时间引起人们的关注，尤其是化石上面的黄金图腾。

泛古大陆的伙伴们又开始新的一天，可是大伙感觉暴宝有异常。为了让爸爸对自己刮目相看，龙翔决定到恐龙馆解开黄金图腾的秘密。来到恐龙馆，龙翔遇到了小恐龙。

暴宝一直昏睡不醒，龙翔非常担心。智宝在研究机动器，爱宝要给强宝打针，众人闹成一团。机动器滚落在长老脚边，长老讲起遥远的过去恐龙帝国的灾难。

长老讲述恐龙帝国的灭亡，机动器蕴含恐龙时代最深奥的秘密。暴宝醒过来了，它十分顽皮，把家里搞得一团糟。

为了重拾恐龙一族的辉煌，强宝决定和大家成立一个特别行动小队，名叫恐龙战队。鸡翅汉堡的广告吸引了暴宝，暴宝希望龙翔带自己去吃。龙翔吓唬暴宝，鸡翅汉堡是用恐龙肉做的，让它好好呆在家里。可是电视里的竞技闯关比赛的变身衣再次吸引了暴宝。

因为前往竞技闯关比赛的现场，暴宝被大家发现，想要抓住暴宝，拿去卖钱。暴宝逃跑，意外进入一家玩具店。幸运的是，龙翔的爷爷赶往玩具店，向大家解释这是自己制造出来的智能恐龙，出了故障跑出来的。终于，骗了大家，救了暴宝。

旦宝偶遇智宝、强宝等，智宝得知旦宝跟人类关系密切，便打算把有关恐龙祖先的事说出来，并邀请它加入恐龙战队。可是旦宝一心只想找风铃姐姐。正被人群追赶的风铃，听到了旦宝的声音，智宝等逃走，风铃找到了旦宝。

风铃和旦宝来到龙翔家里，发现暴宝长胖了。旦宝也禁不住美食诱惑，对龙翔家里的美食下手。妈妈回到家，发现屋子多了一只恐龙，龙翔解释称是爷爷发明的智能模拟玩具。恐龙战队成员来到密室，想要回到秦朝破坏罗盘术，夺回大海。

恐龙宝贝们从地下世界来到了秦朝，并在临海镇打算跟着一个小姑娘找到徐福。

小姑娘在悬崖附近找磁晶石，恐龙宝贝们则用超高浓度燃油火烧祖龙谷。

飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

海龙号遇到了危险，正在这时，爷爷驾驶的飞艇也来到了海龙号。拯救海龙号的时候，飞艇发动机突然坏了。因为飞艇动力不足，爷爷要求霍克等人弃船登上飞艇。龙翔和风铃看到一艘船驶向漩涡，原来是阿果和可宝。

爷爷拿来了一个箱子，里面装的是一个具有巨大能量的机动器，它是霍克船长从一个玛雅古迹中找到的。爷爷带他们来到研究室，看了许多稀奇古怪的东西。

大长老让强宝一会到自己的房间，才知道强宝他们到地面玩去了，大长老担心他们被人类抓住。

阿果和几位小伙伴寻找徐福，恐龙宝贝躲藏起来生怕被人类发现。他们找到了徐福，大家准备重新制作罗盘。

龙神勇士准备夜袭祖龙谷，恐龙宝贝想要阻止他们，镇谷魔兽出现了，大家躲了起来飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

大家从巨魔猿的嘴里拿到了磁晶石。恐龙们来偷磁晶石，却偷走了假的。

恐龙们发现磁晶石是假的。太监命令徐福一日内出海，还带走了徐夫人。

徐福连夜做好罗盘，徐夫人却已被带到咸阳做人质，羽和暴宝去追赶，救出了徐夫人。

恐龙战队抢了船，抓走徐福，夺走罗盘。

小晴和妈妈重逢。飞天宝去找徐福。罗盘被恐龙扔到海里。太监要抓走徐夫人，结果被巨魔猿吓晕。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

可宝招来海豚，带大家救出了徐福。为了夺回大船，大家与恐龙战队展开了争斗。

暴宝、旦宝、飞天宝、可宝在一个不知名的地方打败了恐龙战队，顺利找回罗盘。

恐龙长老将晶体魔方的秘密告诉指引者。徐福顺利出海，龙翔他们回到了2015年。

龙翔等带着晶体魔方回到家里，导航系统恢复了正常。龙翔爷爷怀疑恐龙曾有过高度文明，而晶体魔方是恐龙文明的产物。

小恐龙又生病了，大长老派指引者去找香巴拉草。指引者来到人类世界，被风铃和龙翔认出。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

龙翔和风铃遇到了来自地下世界的恐龙，他要寻找香巴拉草药。迅宝三人发现了污水源。

下水道被堵，污水涌入了商业街。羽和阿果发现下水道被堵是因为有人恶意用冰墙将其堵住了。

龙岳博士一行人帮助二师兄去找香巴拉草，龙翔和暴宝一起进入山谷中找到了香巴拉草却遭到小熊猫的阻拦和鸟群袭击，受伤的小熊猫在被二师兄治愈后，带领大家找到了更多的香巴拉草。

由于污水被地下道中的巨大冰墙堵塞，致使商业街污水倒流城市被淹。暴宝使劲浑身解数也没能把冰墙打开，飞天宝在观察冰墙时发现了一个制冰机，飞天宝关闭了制冰机，冰墙开始自己融化，商业街的水灾也解除了。

东汉元兴元年，天下大旱。汉皇祈雨时，恐龙战队意外出现。汉皇尊其为国师，将蔡伦关入大牢。在龙翔的时间里，纸张消失。为恢复历史，龙翔等人来到东汉。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

因为迅宝的失误，雨变成了冰雹，幸亏飞天宝及时赶到。太子带龙翔等人觐见，成功降雨。皇上释放蔡伦，并拨专款造纸。

大长老吩咐指引者调查晶体魔方的下落。在大家的劝说下，蔡伦决定根据魔方里的提示造纸。

恐龙战队从蔡伦那里抢走了异特龙的晶体魔方，有了专属晶体魔方的强宝变得神勇无比，于是它们决定将所有的魔方弄到手。在另一边，蔡伦造纸多次失败，皇上下旨免去蔡伦的职务，并将他贬为庶人。

恐龙战队想要毁了造纸机，被可宝他们阻止了。蔡伦造纸成功，官复原职。

竹简又变回了纸，一切恢复正常。爷爷把三角龙魔方给了旦宝。恐龙战队误入北宋，打算去破坏活字印刷术。迅宝一不小心烧毁了毕氏印刷局。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

毕昇父子被判斩刑，押解途中龙翔等人出现，救下毕昇父子。可宝从毕昇父亲那里得到了雷龙魔方。

大长老派爱宝去帮助指引着。毕昇开始研究活字印刷术。

恐龙战队被打败，异特龙魔方又回到龙翔手里。窑炉被毁，所幸陶模已经烧成了。皇上赦免毕昇父子，着毕氏印刷局印刷喜帖。

爱宝昏迷不醒，指引者再次去地面侦察。毕昇的印刷机做成了，一切恢复正常。爷爷通过晶体魔方接受到来自外太空的信号，非常疑惑。

龙翔和风铃在街上看到指引者，跟踪它到了地下。大长老说出了晶体魔方的秘密。恐龙战队决定要利用十二块魔方召唤外太空的恐龙大军。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

根据指引者的提示，恐龙战队顺利拿到六个魔方，又来到唐代的长安城。龙翔等人急忙赶往唐代，留下阿果和可宝帮助爷爷。

恐龙战队不小心把魔方弄丢了。魔方落到李畋与双儿手里。恐龙战队举起大锤要打李畋，暴宝等及时出现阻止了他们。

龙翔和风铃以为李畋是人贩子，后来才知道他是个医生。为了那六块晶体魔方，龙翔等人决定一直跟着李畋。这时，很多人都得了眼前飞蝴蝶的怪病。

恐龙战队当街拦住李畋，要他交出魔方。孙思邈及时出现，救下李畋。孙思邈将手里的魔方交给李畋，让他按照魔方的提示制出震天雷，预防飞蝴蝶症。

外太空的副栉龙命令爱宝去研究室抢夺晶体魔方。爷爷赶紧叫来阿果和可宝保护魔方。爱宝闯进实验室，带走魔方和可宝。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

副栉龙长老要爱宝去找齐十二块魔方和龙星盘，并将爱宝关进魔方空间训练。龙翔等人中了埋伏晕过去。飞天宝的翼龙魔方被恐龙战队偷走了。根据指引者的提示，恐龙战队顺利拿到六个魔方，又来到唐代的长安城。龙翔等人急忙赶往唐代，留下阿果和可宝帮助爷爷。

孙思邈救了龙翔一行，并指点硫磺和硝石的下落。另一边，恐龙战队抢走了李畋手里的魔方。

恐龙战队一回来，爱宝就抢走了魔方，并把恐龙战队和可宝关在一起。震天雷制作完成，治好了全城百姓。孙思邈正式收李畋为徒。

副栉龙长老指使爱宝去雷龙长老那里抢霸王龙魔方。暴宝等来到地下救可宝，但敌不过爱宝。雷龙长老将霸王龙魔方交给指引者，让他带三只小恐龙逃走。

风铃和阿果救出可宝等，立即去支援暴宝。龙翔一行在会议厅找到五个魔方，却没找到龙星盘。飞艇刚起飞不久，就遇上了麻烦。爷爷向大家说明是因为昨晚的强烈电磁波，让飞艇的导航系统失灵，现在只能用目测来导航。大家突然感觉情况不妙。龙翔提议用太阳的方向导航，爷爷赞同龙翔，并称赞龙翔将知识活学活用。可是，天空突然布满乌云。

爱宝太强大，大家将魔方的力量合在一起也没能阻止他，反而启动了龙星盘。根据指引者的提示，恐龙战队顺利拿到六个魔方，又来到唐代的长安城。龙翔等人急忙赶往唐代，留下阿果和可宝帮助爷爷。