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天才外科医生寺岛唯（白山乃爱饰，10 岁）和前医生 Teacher（坂口健太郎饰）组成地下医疗团队 “巧克力公司”，以 1 亿日元现金、巧克力和保密协议为条件提供秘密手术服务。首单委托来自议员秘书登户龙彦，其父登户龙男（民自党总裁候选人）突发脑内出血。唯在废弃工厂搭建临时手术室，成功完成高难度开颅手术。同时，记者奥泉渚（西野七瀬饰）调查两年前海王医院爆炸案，该事件导致唯的父母死亡，Teacher 也因此失去右手并隐姓埋名。术后，唯发现患者身上有与爆炸案凶手相同的双重螺旋纹身，复仇之路正式开启。

唯和 Teacher 接到新委托，患者是被黑帮追杀的前雇佣兵，腹部中弹且脾脏破裂。手术在废弃仓库进行时，黑帮突然闯入引发枪战。Teacher 用义手巧妙掩护，唯在枪林弹雨中冷静完成手术。期间，唯认出其中一名黑帮成员是爆炸案执行者泽入（福山翔大饰），与其对峙并得知他属于神秘组织 “め组”。奥泉渚通过调查发现爆炸案与 “め组” 有关，开始接近 Teacher 团队。术后，团队获得报酬并转移基地，唯誓言要找到 “め组” 幕后黑手 “め様”。

唯和团队前往电视台观看人气男孩组合 WORLD CLASS 的节目，成员安迪突然在厕所昏迷。唯诊断其为脑积水，需立即手术，否则脑会被脑脊液压迫坏死。团队在电视台内用现有器材搭建临时手术室，唯成功完成紧急手术。同时，Teacher 和奥泉渚调查双重螺旋纹身，发现 “め组” 成员都有相同纹身，且纹身贴纸来自某家纹身店。泽入突然出现与 Teacher 对峙，后在海王医院消失，当晚奥泉拍到泽入与海王医院医局长北泽司郎（眞岛秀和饰）密会的照片。

Teacher 被唯的学校叫去，因唯被指对高年级学生施暴，Teacher 未听唯解释便道歉，引发团队成员うなぎ（斉藤由貴饰）不满。原来うなぎ曾因举报医疗失误被解雇。此时，北泽司郎委托 Teacher 为因自己医疗失误导致胰腺癌恶化的患者桥爪正孝手术，条件是透露爆炸案信息。手术前患者病情突变，团队在前往手术室的电梯中被困，唯决定就地手术。关键时刻，忘带缝合线的足湯（鈴木紗理奈饰）陷入困境，已决心重返医院的うなぎ及时送来缝合线，手术成功。北泽澄清与泽入无关联，唯发现他因糖尿病和压力导致频繁失误。术后北泽公开医疗失误，奥泉曝光御殿会医院的医疗失误，うなぎ重返团队。但堤（北泽部下）暗中拍摄了唯的手术过程，他是 “め组” 成员。

前 “め组” 成员结城鹰也（今井翼饰）委托团队为其子勇気治疗肝不全，以提供 “め组” 信息为交换。唯诊断勇気因门脉大静脉分流导致血液含毒，引发肺高血压和心不全。结城透露 “め组” 是崇拜 “め様” 的洗脑组织，成员白石千寻曾绑架勇気阻止其就医。手术中结城情绪失控，唯冷静应对完成手术。同时，警察因白石千寻的供述开始调查唯，奥泉试图帮助团队隐瞒身份。术后，白石千寻解除洗脑，向团队提供 “め组” 关键信息，唯和 Teacher 得知 “め様” 可能是警察内部人员。

奥泉撰写关于 Dr. チョコレート真实身份是唯的报道，被 Teacher 阻止。团队通过白石千寻得知人气演员西崎竜人见过 “め様”。Teacher 跟踪西崎时，西崎发生车祸，同行女演员叶山えりか意识不明。Teacher 提出救叶山交换 “め様” 信息，西崎同意后也突发脑内出血。唯指示 Teacher 执刀，克服过去心理创伤的 Teacher 成功完成手术。西崎透露 “め様” 持有警察手册，自称 “从邪恶组织手中保护世界”。同时，警察内部调查发现爆炸案搜查资料丢失，薮下（石川恋饰）等 “め组” 成员开始恐慌。

EC 网站 “DOUZO” 经营者皆川诚二委托团队为其治疗巴德 - 吉亚利综合征，需在特定时间手术。团队成员ギルベルト（笨蛋节奏饰）因感觉被孤立而烦恼，被泽入利用，无意中透露唯在 “DOUZO” 配送中心进行社会科参观。泽入计划用炸弹袭击唯，ギルベルト发现后立即通知团队。此时唯正在为突然吐血的皆川手术，无法撤离。Teacher 找到泽入夺走起爆开关，ギルベルト赶回协助手术成功。ギルベルト感受到团队温暖，不再孤独。北泽告知 Teacher “DOUZO” 配送中心发生爆炸，堤受伤。

“め様” 身份逐渐清晰，竟是警察官僚町野信也（升毅饰）。町野利用职权掩盖 “め组” 罪行，视唯的父母为威胁而策划爆炸案。Teacher 发现自己被町野利用，陷入自责与唯产生矛盾。奥泉的报道即将曝光 “め组”，町野威胁要逮捕唯和团队。为保护唯，Teacher 决定解散团队并独自面对町野。唯不愿离开，两人在泪水中告别，唯被送往安全地方，Teacher 则准备与町野决一死战。

Teacher 与町野正面交锋，揭露其罪行，町野却反咬一口诬陷 Teacher 是爆炸案主谋。唯得知 Teacher 陷入危险，不顾劝阻返回东京。团队成员们也纷纷回归，决定共同对抗 “め组”。町野绑架唯作为人质，要求 Teacher 放弃抵抗。在对峙中，町野透露唯的父亲曾发现 “め组” 涉及器官贩卖的秘密，这才是爆炸案的真正原因。唯在被囚禁期间巧妙留下线索，团队追踪到关押地点。

团队潜入町野的秘密基地，与 “め组” 成员展开激战。Teacher 与町野决斗，夺回被绑架的唯。唯在基地内发现父亲留下的证据，揭露 “め组” 的器官贩卖网络。町野试图销毁证据时引发爆炸，Teacher 为保护唯受重伤。紧急情况下，唯为 Teacher 进行手术，成功挽救其生命。最终，町野及 “め组” 成员被捕，爆炸案真相大白，唯的父母沉冤昭雪。Teacher 恢复医生资格，唯进入正规学校学习，团队成员各奔前程，约定未来若有需要将再次集结。唯最后一次以 Dr. チョコレート身份进行手术，之后放下手术刀，开始了新的生活。