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九龙城生气蓬勃又带点令人怀念的氛围。鲸井令子在不动产公司旺来地产上班。她的前辈工藤发是迟到惯犯，做事随便，但是他热爱着九龙。某一天，由于令子说她不认为九龙令人怀念，工藤为了告诉她九龙的魅力，带她去街上。最后他们来到一家工藤经常光顾的不可思议咖啡厅「金鱼茶馆」，店员陶钧误以为令子是工藤的女友。

住在南橙街的杨明与令子成为朋友后，令子向她袒露了关于工藤所持照片的心事——那张写着“订婚纪念”的照片上，竟出现了与令子容貌相同的女子与工藤的合影。失去所有过往记忆的令子，如今却发现自己对工藤萌生了爱意。就在此时，九龙城迎来蛇沼制药旗下大型医疗机构“蛇沼综合医疗中心”的盛大开业。令子与杨明、好友小黑三人为体验免费的美容健康咨询，一同前往接受免费诊疗……

工藤帮忙把令子买的金鱼鱼缸搬回她家，在令子的房间里感觉到过往情人的样貌。工藤继续寻找消失的金鱼茶馆咖啡厅店员陶钧，却连个踪迹都找不到。就在这时，有个戴面具的可疑男子在九龙的街道徘回，碰到令子。令子从面具男口中得知「鲸井B」实际存在过，与现在自己是不同人。发现自己的癖好与恋爱之情或许是从「鲸井B」借来的，令她陷入烦恼。

蛇沼制药总裁、同时也是蛇沼综合医疗院院长的蛇沼幸，一夜之间在香港成了名人。他与阮乔装打扮，一起在九龙街头探险。对如今的九龙氛围以及鲸井令子的存在感到不对劲的蛇沼和阮，也开始对令子身边的工藤产生了兴趣。另一方面，令子则与工藤和杨明一同参加了小黑的乔迁派对，尽情享受其中。那天夜里，工藤在屋顶抽烟时，向令子询问起漂浮在空中的“通用特拉”为何会发出耀眼光芒。

令子迟迟无法忘记工藤说的「鲸井令子是被我杀掉的」想知道鲸井B的过去，了解她这个人。但是杨明看到令子这么做，觉得不满。就在这时，九龙的电影院要重新上映老电影「蝴蝶梦」。令子为女主角演员的美貌而激动不已，杨明却露出从未见过的表情，拉开距离。突然被迫面对自己的过去，杨明迷失了现在的自己。令子没有过去，不懂自己的人生被夺走的感觉。即使如此，她还是赶去见杨明。

蛇沼单方面提出分手，陶钧再次展开过一天算一天的生活，却马上被杨明和令子发现行踪，令子也提出藏在心中已久的疑问。按照陶钧的说法，现在在九龙的人，不管是谁都有第二个自己，但是并非复制人，而是另一个存在；而蛇沼则是去寻找在香港调查九龙的儿时玩伴——鼬珑。死去的人跟已遭拆除的城寨都遭到重现，而且只有少数人看得见现在的九龙，令蛇沼更加着迷。

蛇沼在九龙徘徊，想起三年前自己与陶钧的相遇，失去意识。醒来时人在歌舞厅，碰巧与以不动产业者身份来访的令子重逢，以此为契机，两人单独交谈。令子说现在的自己与鲸井B是不同人，将以绝对的自己继续生活。对此，蛇沼将令子称为「后发性的（仿制品）存在」。令子也将这件事告诉了杨明，但是……

透过鼬珑的调查，蛇沼得知鲸井B早在3年前就因服药过量而去世。对于这位曾住在他亲手拆除的第二九龙中的女性，蛇沼感受到一种命运的牵连。同时，令子发现有些人看不到自己的存在，无法掩饰内心的冲击。在她的存在本身陷入剧烈动摇时，工藤说「我答应你，哪里也不会去」，这句话令她找到了生存的方向。而杨明为了调查九龙的真相，前往香港，并在网络上与一位知道现今九龙状况的人物取得联系。

杨明将在香港调查的结果带回九龙，想向令子与陶钧说明，然而她再次被九龙所吞噬……与此同时，被称为小黑的青年，以火灾警报器检查业者的身份出现在令子和杨明的周围。这位奉蛇沼父亲命令调查九龙的青年小黑，向上报告令子等人居住的九龙为「仿制九龙」。

令子戴上留在房间里的眼镜，发现自己能断断续续地看到一些奇妙的风景。她认为这可能是鲸井B记忆的线索，于是与杨明一同前往眼镜映照出的九龙北区调查。两人正一步步接近鲸井B与「仿制九龙」的秘密，然而墙上的符咒写了来自九龙的警告……而陶钧与一位旧识青年小黑重逢，又惊又喜。这场重逢也使他更进一步踏入了九龙的谜团。

令子不晓得少女小黑与青年小黑是同一人，让两人在九龙内相遇了。青年小黑看见那个曾经大方做自己的少女小黑，不禁眼眶泛泪，这时突然发生一场巨大的异常变化。与此同时，在金鱼茶馆，陶钧终于与工藤重逢。陶钧问工藤对这座九龙了解多少，而工藤不慌不忙，娓娓道来他所知道的一切。随著每个人过去的回忆与情感交织，「仿制九龙」诞生的理由也渐渐揭晓……

众人逐步逼近「仿制九龙」的秘密的同时，只有蛇沼迷失了自己的目标，陷入后悔。正在调查九龙的鼬珑认为令子是解开这座九龙的谜团的关键，试图与令子接触。与鼬珑对话后，令子面对了鲸井B的死亡与工藤的过去。虽然令子内心动摇不已，但是为了继续当「绝对的自己」，她选择向前迈进。

「仿制九龙」开始崩解，变成了一个现实与虚构、过去与现在交织而成的空间。令子在记忆的迷宫中寻找工藤，被一个「意外的存在」引导着前进……。她来到的地方，映出了三年前工藤与鲸井B的某个夏日回忆，以及不断重复的那个夏天的记忆。工藤面对过去，令子则成为「绝对的自己」，朝向未来迈进……。在九龙的最深处，两人重逢，当他们的想法交错时，这段恋情……将揭开所有的秘密……