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挺身而出的元气勇者们将邪恶军团从蓝星赶回奇迹大陆，并将大魔王封印在了奇迹大陆圣地，和平发展的人类进入了高度文明的现代社会，而被封印的大魔王又开始蠢蠢欲动。想要让大魔王复活的空灵族在奇迹大陆肆意破坏，而猫人族少女美雅带着最后的希望离开奇迹大陆，来到蓝星的她要遵照母亲的嘱咐找到了元气勇者的继承人。

大魔王即将挣脱封印，单凭烈风是无法对付庞大的邪恶军团，美雅在翔天的带领下来到青少年聚集的地方寻找其他的勇者伙伴。在科技馆里翔天和美雅遇到了天生神力的亚树，但勇者晶石却对亚树没有反应。另一方面，雾影想要利用地球科技馆里的重力控制系统控制地球上的重力，为了保护众人的天翔立即召唤烈风展开战斗。

天生神力的亚树极有可能就是力之元气勇者，但元气晶石还是对他没有半点反应，想要继续观察的美雅带着翔天来到亚树参加的大力士比赛会场。钢龙的出现让美雅大吃一惊，召唤烈风的天翔完全不是刚龙的对手，就在情况危急的时候亚树守护同伴的决心通过了元气晶石的考验，爆发出巨大力量的他召唤出了元气金刚震地龙。

没有被找到的元气伙伴只剩下智之勇者，美雅一行人来到了象征智慧的智者镇，在一年一度的最强智者竞猜大赛中奈奈表现出了非凡的才智。就在天翔一行人准备寻找奈奈时敌人出现了，而敌人这次带来了烈风和震地龙的克隆机，分不清敌我的天翔和亚树陷入了苦战，而想起大赛上谜语的天翔瓦解了敌人的诡计。

美雅被偷的袋子刚好与奈奈的一样，被误会的奈奈为了洗清嫌疑陪着他们一起去寻找元气晶石，没有见过元气晶石的奈奈却能根据天翔等人的描述画出晶石的样子，这证明了她受到了元气因子的影响。找到线索后奈奈甩开天翔等人决定独自行动，而天翔等人却遭遇了空灵族的袭击。

奈奈阻止了冒充劳托巴的雾影和小偷的交易，但在她和小偷争执的时候不慎掉下了悬崖，被救回的奈奈昏迷不醒，而翔天不得不与出现的敌人展开战斗。在翔天遇到危险时亚树却为了保护奈奈而脱不了身，没有吃饭的亚树使不出一点力气，得到了元气晶石的奈奈终于爆发出了巨大的力量，召唤出流影飞狐的她与翔天并肩作战。

三位元气勇者汇合后美娜他们就要找到通往奇迹大陆的入口彩虹地带，正当他们商议的时候突然传来了巨大的声响，出车祸的是邻虹镇的小颖，而她正准备回去更换治疗机器人的芯片救治伤员。患者的情况不容乐观，翔天和奈奈两人火速赶往邻虹镇更换芯片，而途中他们遭遇了空灵军团的袭击，决定独自拖住敌人的翔天陷入了危险。

得到地图的翔天等人赶往彩虹地带，而打开彩虹地带必须三位元气勇者齐心协力，但一直争吵不断的翔天和奈奈令人堪忧。鲁博士的地形骤变装置会监视翔天等人的一举一动并会随时改变地形构造，这让翔天等人陷入了天然的迷宫中，找不到入口的翔天和奈奈因为急躁又使矛盾更加深化，他们能够克服困难齐心协力找到入口吗？

亲自上阵的蜥蜴王带给了翔天不一样的压迫感，在蜥蜴王强劲的力量面前翔天和亚树选择了暂时撤退。奈奈的离开让前去追她的美雅受到重伤，来到彩虹地带后奈奈对于自己是否拥有勇者的资格而感到疑惑，在听到彩虹爷爷的教导后奈奈竟然扔掉了自己的勇者召唤器，但在翔天他们的眼里奈奈早已是不可或缺的伙伴。

克服了重重困难的翔天等人终于来到了奇迹大陆，但在降落的时候四人却走散了，而翔天和奈奈这对冤家正好落在了一起。对奇迹大陆熟悉的美娜准备带着亚树寻求红耳族人的帮助，而翔天和奈奈却并没有那么好的运气，正在争吵的两人突然遭到了当地居民的攻击，被当做空灵族抓起来的他们又弄丢了可以证明身份的勇者徽章，但莫雷却已经开始了行动。

翔天等人为了寻找天神木而展开了冒险之旅，但出现在他们面前的却是一大片石林，被空灵族侵袭的天神木开始枯萎，这也是眼前荒芜景象的原因。感应到天神木周围有生命反应的雷隆通知基隆前去查看，而翔天等人来到了一片茂盛的森林，它与之前的荒芜景色形成了强烈的对比，而这里似乎与天神木有着很大的联系。

美娜大老远就能听见奈奈和翔天的争吵，代替奈奈爬上山的美娜发现了一个村庄，在她和亚树前去打探虚实的时候奈奈和翔天负责留守。小孩子的哭声引起了奈奈和翔天的注意，原来胆小的塔卡因为不敢去死亡谷拿勇气之石而被小伙伴们取笑，而听到这些的奈奈竟然想要和翔天比赛看谁更有勇气，在他们前往死亡谷时雷隆的手下娑娜注意到了他们的动向。

得知翔天等人要前往神圣森林的莫雷派魔影前往，通过了神圣森林结界的魔影伪装成路人在神圣小溪内投毒。想要拯救天神木的翔天等人必须得到足够的光粉，在神圣森林里他们遇到了照料太阳花的小人族，小人族的族人表示太阳花很快就会盛开，发现了溪水有毒的奈奈避免太阳花遭到破坏，而计划败露的魔影出现在了他们面前。

得到了光粉的翔天等人准备唤醒天神木，而基隆派小丑前去阻止翔天等人的计划。来到天神木下的翔天等人看到了守护那里的肥皂村村民，见到他们的村民并没有急于撒播花粉，而是为他们准备了丰盛的晚餐，在宴会中美娜看出了问题，而吃过晚饭的翔天等人露出了病态，这一切都是小丑为他们设计的圈套。

莫雷等人的连番失败让大魔王非常生气，雷隆将魔神之剑交给莫雷命令他去破坏天神木中的力量结晶。与天神木守护精灵对话过后翔天他们终于知道了唤醒天神木的方法，太阳花粉并非用来撒在天神木的根部，而是要撒在它的心脏力量结晶处。美雅的歌声终于打开了通向力量结晶的入口，但莫雷带着手下也出现在了那里。

翔天等人莫名其妙的开始了争吵，而他们争吵的原因是受到了信任城的影响，信任之环和友爱之环紧密相扣的信任城本该充满信任和友爱，但随着信任之环的丢失一切都发生了变化。阻止天神木复活的莫雷失败了，为了弥补过错的他派美女蛇前去对付翔天等人，而来到信任城的翔天等人看到了相互憎恨的人们，接受天神木指示的他们下定决心要拯救这里的人们。

为了解救信任城人民的翔天等人再次踏上旅途，而娑娜手下的魔术师刘玄正是拿走信任之环的罪魁祸首。正在争吵的翔天和奈奈差点被落下来的岩石砸到，这些岩石组成的岩壁怪挡住了他们的去路，在猜出了岩壁怪的谜底后他们继续前进，但相互竞争的奈奈和翔天却和同伴们走散了，提前来到城堡的他们遭到了刘玄的攻击。

实力非凡的刘玄让翔天等人节节败退，想要打败刘玄，翔天等人就必须利用徽章唤醒圣兽战士，通过石像翔天等人找到了圣兽战士的所在。来到决战城的他们却被木偶诺诺曹所骗，没有弄清楚状况的他们来到了角斗场里，而他们的对手正是身为护卫队长的狮心，他一直守护着沉睡圣兽战士金光狮。

突然出现的木偶诺诺曹竟然引爆了附近的巨型火山，巨大的熔岩从天而降，翔天等人一面与木偶诺诺曹战斗，另一方面帮助人们逃往信任城避难。木偶诺诺曹拥有操纵的能力，与他对战的翔天陷入了危机，前来解围的亚树向翔天说明了情况，现在的他们已经无暇与木偶诺诺曹作战，奔涌而来的熔岩已经开始威胁躲在城里的人们。

被最后一个幻像迷惑的奈奈没能通过考验，这个结果让奈奈不能接受，看到如此坚强的奈奈后暴冰熊决定赌上一把。在奈奈眼前的是一条布满火炭的道路，如果她赤脚走完这条道路的话就算通过考验，与同伴们的相遇让奈奈没有放弃的理由，但当她坚毅的走完火径后敌人却找上门来，被打动的暴冰熊终于出动了。

奈奈带回来的暴冰熊将木偶诺诺曹打败了，但逃走的诺诺曹得到了基隆的赏赐，力量增强的他肯定还会前来报复。拯救了大家的翔天等人并没有受到大家的感恩，等待着他们的却是信任城居民的责难，他们都认为带来这场灾难的正是作为勇者的翔天等人，听到这些的翔天非常沮丧，不被信任的他只能选择默默地离开。

遭到莫雷袭击的翔天等人坠落到了龟岛上，驮着这座岛屿的是贤者神龟，为了保护被变成动物的人们神龟与雷隆交手，被打败后贤者神龟的灵魂徽章被迫分成两半，失去了灵魂的贤者神龟陷入了昏迷，随着海流飘荡的岛屿离大陆越来越远，而海面上又危机四伏，翔天等人想要返回奇迹大陆的唯一方法就是找回贤者神龟的灵魂徽章。

为了回到奇迹大陆的翔天一行人继续寻找灵魂徽章的下落，他们来到湖泊向变成候鸟的村民们询问灵魂徽章的下落，而之前遇到的当龟也出现在了那里，正当他们与交警鸭详谈的时候遭到了敌人的袭击。霸占这一带的狙击王为了满足自己的狩猎欲望而胡作非为，他也是鲁博士介绍给娑娜来对付翔天等人的劲敌。

擂台镇的龙虾为了满足自己的丑陋欲望让变成动物的村民和机器蟹将厮杀，为了再次变回人类的村民不惜以身犯险，但他们完全不是蟹将的对手。来到此地的翔天和美娜看到了蟹将善良的一面，而毫不知情的奈奈和亚树为了解救村民已经开始与蟹将展开战斗，就在千钧一发的时候翔天出现打断了比赛。

灵魂徽章的力量让烈风和金光师合体后极具威力，正在为此得意洋洋的翔天却突然被奇怪的飞行器钓了上去，追上去的美娜和亚树也中了敌人的陷阱不幸被捉，当奈奈反应过来时就只剩下了她和当龟两人，而这次事件的罪魁祸首钓鱼兄弟又将魔爪伸向了她。右钓的蹩脚演技让奈奈很快识破，将计就计前往飞船的奈奈救出了自己的同伴。

得到灵魂徽章消息的翔天等人前往海角村，在村民那里他们得知龟背山的山洞在晚上会发出奇异的光。另一方面，雷隆召集三干部的原因是为了见证鲁博士发明的灵剑机，雷隆将灵剑机交由莫雷操纵，翔天他们现在得到的消息都是由莫雷的手下炸弹人散布出去的谣言，来到山洞的翔天等人遇到了袭击，而山洞里面等待着他们的是更大的危险。

为了解决大陆异变的翔天等人前去寻找圣炎火山的下落，在他们寻找水源的时候卷进了当地居民的争斗之中，为了水源归属的西西村和东东村争吵不断，而翔天等人也因为巧合分别来到不同的村落里，奈奈本想假借神明来让两村公用水源的计划失败了，就在场面即将失控的时候敌人出现了，带着灵力机的基隆散发出了强大的气场。

继续寻找圣炎火山下落的翔天等人看到了真正的恐龙，因为这些恐龙他们结识了布玛村的女孩波诺，布玛村正是有着神奇冰占卜的村子，而他们也因为大魔王的影响要离开世代居住的土地。正当村长要帮助翔天等人查找圣炎火山下落的时候，娑娜带着新型空灵战机灵隐机来到了他们面前，一场大战在所难免。

雷隆召集三干部命令他们集体出动，被鲁博士升级的空灵机能够发挥出强大的能量。继续寻找圣炎火山的翔天等人躲避着火山的爆发，途中他们遇到了挖掘水源的村民，在村民的请求下他们不得不去帮忙，而这一切也都是三干部想要拖着他们的阴谋。察觉到的美娜跟踪发现村民其实是敌人所化，而三干部的恐怖计划也即将要实现了。

中了敌人圈套的翔天等人被困在黑暗裂缝之中，三股勇者的力量都尽数消失，圣兽战士们拼尽最后的力量将翔天和亚树送回了奇迹大陆，但圣兽战士们却依旧无法逃出。根据圣兽战士们的提示翔天和亚树必须找到守护神秘力量的圣兽战士，但这个圣兽战士连烈风等人都没有见过，来到信任城的翔天等人看到了人群聚集的古玩店，而那里就有他们正在寻找的答案。

身受重伤的奈奈还在担心同伴们的安危，而得到了古代文献的翔天和亚树正在向山顶进发，途中他们遇到了一个顽固的老爷爷，在老爷爷的要求下翔天不得不背着他一起爬山，他们在上山的路上遇到了各种各样的危险，而翔天和亚树并没有产生丝毫抛弃老爷爷的想法，当他们登到山顶的时候敌人出现了，而老爷爷和之前的赖诺都是圣兽战士对他们的考验。

为了保护美雅的奈奈被敌人抓住，而翔天和亚树在天灵犀的带领下来到了四圣峰，铁灵犀念动咒语后山体剥落露出了镶有圣兽徽章的金字塔，金字塔打开后露出了通往地下的入口。被雷隆唤醒的莫雷驾驶着加强版的灵剑机暗中跟踪翔天一行，在发现入口后他才现身，失去力量的翔天等人能够对抗实力强劲的莫雷吗？

得到了神秘力量的翔天和亚树继续前进，在他们赶走袭击美娜的巨鸟后才知道奈奈被捉，而与美娜一起的女孩艾拉的父亲有着追踪巨鸟的方法。艾拉的村庄被基隆的手下比利所袭击，而艾拉的父亲也被抓走，突然出现的比利能够使用迟缓光线，没能反应过来的翔天和亚树不幸被抓，为了知道其他勇者的下落比利要求和翔天等人来一场排球赛。

翔天等人来到了马古的地盘，娑娜正命令马古做好对付翔天的准备。翔天和亚树在途中救下名叫艾丽的女孩，因为马古的缘故村里的很多人都被做成了蜡像，在他们谈论的时候马古的手下和大鸟又来到村里捉人，在村民的帮助下终于赶走了敌人，而追上去的翔天和亚树却被困在了蜡像城中。

翔天等人向着圣炎火山出发，上山的时候，只有亚树得到自然力量的眷顾，耳边一直出现风的声音。亚树凭借不屈不挠的精神，成功救出被封印的风精灵！精灵把上代勇者交托的力量转交给亚树，翔天和亚树两人并肩作战，召唤出强大无匹的烈风战神！

众人来到圣炎火山，却意外地遇上了大鸟的母亲！可是大鸟的母亲被敌人所控制，拼命攻击大鸟和勇者们。翔天和亚树担心伤害到遭受敌人控制的无辜动物们，战斗的时候受到各种牵制，幸亏奈奈和美雅的努力，才让动物恢复清醒，但真正的危机现在出现。

翔天他们在圣光天凤的帮助下来到最后的大陆。要去到圣地，必须依靠大梵天蛇的力量。然而大陆冰封积雪，大梵天蛇陷入冬眠。翔天等人束手无策，唯一的办法就是让春天降临。而当中的关键就在掌管季节更替的四季女神手上。众人踏上寻找女神的旅途……

在风雪中，翔天四人偶遇到被敌人追赶的少女小冬，救出小冬后，得知小冬的姐姐被敌人抓走。四人送小冬回村庄后马上展开营救行动！敌人把有治疗效果的泉水全部用来做冰块，奈奈和大家分头行动，先由翔天引开敌人，亚树美雅趁机救出村民们。而奈奈就负责找到泉水，好带泉水回去救治病重的小冬妈妈，可是好事多磨，魔王三干部的娑娜居然也来到……

翔天等人来到一个全是老人的小村庄，打听之下，才知道村里面被魔王手下施下了魔法，只要不小心一摔倒，就会急速衰老变成老头。翔天和亚树先后在战斗中不小心摔倒，变成了老头子，虽然人变老了，但心还是勇敢的心，翔天和亚树在奈奈的指挥下展开反击……

翔天等人一路打听四季女神的所在，途径小镇的时候发现小镇的村民全都长了蛀牙！原来这也是魔王手下搞的鬼！翔天和奈奈打算直接去收拾敌人，没想到却中了敌人的圈套，翔天也长了蛀牙，战斗大受影响……

勇者四人在雪山上遇到研制飞机的莱特，询问之下得知，原来是魔王手下镜子人在为非作歹，莱特想做出飞机潜入敌人的基地救人。翔天他们义不容辞上前相助，但没想到前方已经有敌人在等着他们自投罗网……

翔天三人几经艰辛，终于找到四季殿，却发现四季殿中的人都被冰封！另一方面娑娜奉命到四季殿捉美雅，正好翔天四人被机关分隔开，美雅和翔天误打误撞，找到猫族留下来的线索，娑娜偷听到部分信息，使出魔法假冒美雅的母亲，来捉美雅。

亚树他们从女神手里拿到可以唤醒大梵天蛇的雷王锤，在路上，美雅获知了自己族人的线索，执意要去看看，奈奈担心便跟了上去，翔天和亚树只好两人结伴去唤醒大梵天蛇。不料，那个线索其实是诱饵，美雅和奈奈落入敌人的圈套。而翔天和亚树唤醒大梵天蛇后，也遭受到莫雷和基隆的追击。亚树在大梵天蛇的帮助下，把基隆打败。可是来晚一步，美雅落入黑流星手中。

美雅被黑流星劫持，翔天三人心急如焚，动身冲上圣地营救！而诡计多端的鲁博士一早已经安排了各种陷阱来对付三人，可是每一个陷阱背后都为了收集部分的数据。

美雅被带到雷隆面前，按照黑流星的计划，是要把美雅身上蕴藏的猫族力量引发出来加速大魔王复活！美雅鉴于母亲在敌人手上，只好暂时不反抗，却没料到黑流星的面具下，隐藏着一个更加巨大的秘密……

好不容易，翔天三人凭着自己的意志打破鲁博士的精神陷阱，重新投入到战斗中。另一边，莫雷已经质疑到琦雅的计划，没想到雷隆却是一早就看破了琦雅的计划，双方展开的是一场智斗。

翔天三人各自对上三干部。双方展开连场激斗。另一方面，琦雅已经准备好天龙吟唱，并和美雅配合，实行封印魔王。但事与愿违，天龙吟唱的力量不是封印魔王，反倒是在加速魔王复活……翔天三人几经艰辛，终于找到四季殿，却发现四季殿中的人都被冰封！另一方面娑娜奉命到四季殿捉美雅，正好翔天四人被机关分隔开，美雅和翔天误打误撞，找到猫族留下来的线索，娑娜偷听到部分信息，使出魔法假冒美雅的母亲，来捉美雅。

翔天三人和三干部的战斗终于来到了为尾声，娑娜却忽然向莫雷和基隆痛下杀手，想把两人的力量弄到手，莫雷假意问话，趁机负伤逃走，而娑娜把力量合一，化成了超灵隐机，威力远非之前的三干部力量可比，战局发生了根本的变化……另一方面，琦雅成功阻止力量继续传送给大魔王，但雷隆却不惜牺牲自己的性命也去弥补魔王复活所欠缺的力量。魔王终于复苏。

超灵隐机具备另外两台机体的能力，战斗力可以说是空前的强大！奈奈和流影战神一直处于下风，但凭借着不屈的斗志和敌人周旋，在关键时刻，圣光天凤及时赶到，让流影战神爆发出全新的力量，一举挫败了娑娜。

翔天和莫雷展开了殊死的战斗！双方毫无保留，终于分出了胜负。然而勇者们始终是慢了一步，魔王完全复苏！恐怖的力量降临奇幻大陆……

在魔王绝对的破坏力面前，勇者和圣兽战士们的力量显得非常微不足道。在全军覆没的最后时刻，三位勇者仍然不肯放弃，汇聚众人最后的一点力量，向魔王发动最后的进攻……

汇聚整个奇幻大陆的力量，勇者们冲破自己的能力极限，把所有的黑暗力量一扫而空！本以为迎来了胜利，勇者的旅程也要结束，但当中竟然依然有变数，现实世界出现了不寻常的异变，而背负着最后使命的翔天，必须要做出艰难的选择……翔天三人几经艰辛，终于找到四季殿，却发现四季殿中的人都被冰封！另一方面娑娜奉命到四季殿捉美雅，正好翔天四人被机关分隔开，美雅和翔天误打误撞，找到猫族留下来的线索，娑娜偷听到部分信息，使出魔法假冒美雅的母亲，来捉美雅。