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星际航行舰D.Q.O.上潜入了伪装成人类并攻击人类的未知敌人「古诺希亚」。船上乘客必须每天透过会议与投票选出一名可疑者送入冷冻睡眠舱，直到古诺希亚带来的危机解除……

尤里睁开眼睛后，发现自己回到最一开始，船舰上五个人都还在，也没有人被送去冷冻睡眠。他决心这次一定要揪出古诺希亚……

尤里睁开眼睛时，发现这次船舰上竟然多了两个不认识的人，七人之中有两名古诺希亚，尤里只能依靠之前的经验与直觉判断……

一名陌生女子出现在尤里面前，劈头就对他说「你去冷冻吧」。尤里即将遭遇目前为止最难对付的成员……

尤里走出治疗舱后，发现舰上又多了两名新面孔。与猫半合体的希皮，以及直觉敏锐的柯梅特。这次在八人之中，要如何找出其中两名古诺希亚污染者……

尤里睁开眼睛后，身旁空无一人，却在观景室遇见新的乘客。沉默的少女库库西卡与中年男子乔纳斯。舰上乘客总人数来到十二人……

尤里睁开眼睛后，身旁出现的陌生面孔竟是一只会说话的海豚！原本应该尽快开始的会议，却因一名乘客迟迟不出席而无法举行，于是尤里与塞思来到紧闭的房门前……

这次十五名乘客中，有四名古诺希亚。数天过去，在状况仍然僵持不定时，确定是人类的「留舰者」提出了一个想法……

尤里睁开眼睛时，发现自己这次的身分是古诺希亚。变成古诺希亚后，自己还会若无其事地说谎，想着要欺骗大家……

有了成为古诺希亚的经验，尤里相信自己更能掌握每一次轮回的胜利关键。只是这次当尤里睁开眼睛时，发现这次自己竟然变成……

尤里睁开眼睛后，身旁出现的是古灵精怪的SQ。这一次尤里与SQ同为留舰者，是能够互相信赖的人类伙伴……

身为宇宙飞航管制员的吉娜，应要求前往医疗舱迎接治疗完成的尤里。极度排斥说谎骗人的她，在与尤里的相处过程中，慢慢道出自己的过去……

在会议开始前，塞思突然失去意识，被送往医务室。在彼此共享所得情报的过程中，塞思流露出因数百次循环而积累的疲惫。此时，尤里提议进行一次小小的放松，以缓解紧张的气氛。

“只要在这一轮中生存下来，我就会告诉你一切。”夕里子向尤里提出了这样的条件。尤里于是参加了由十五名乘员全员出席的会议。然而，会议一开始，夕里子便抛出了出人意料的提案。

被“工程师”尤里判定为“古诺西亚”的拉琪奥，却以某个行为为依据坚称自己清白。随着“AC主义者”的登场，会议陷入混乱，尤里逐渐被逼入绝境。

当尤里醒来时，发现自己身处于一条船只成功逃脱“古诺西亚”污染的世界线。在库库西卡暗示“宇宙的终结”之际，尤里陷入困惑。就在此时，异常生体反应的警报骤然响起。

尤里了解到真相：他是不该存在的“Bug”。尤里努力逃脱时间循环和由于自身双重存在引起的宇宙崩塌，但是…？

尤里在“day 0”醒来，这是他所经历循环的前一天，也是逃离卢安之前的那一天。尤里在这里遇到了塞恩，但塞恩似乎并不知道银钥匙和循环……

虽然尤里脱离了循环，但乘员们却失去了关于塞恩的记忆。在着陆的星球上追寻塞恩的痕迹时，尤里被迫面对塞恩存在本身已经消失的事实。

为了结束赛恩的循环，尤里得到了拉琪奥的“银钥匙”。当尤里再次试图承载银钥匙时，拉琪奥开口对他说……

尤里在次元之门的另一侧与赛恩再次相遇。 他们发现自己来到了尚未获得“银钥匙”、尚未觉醒之前的那条世界线。 于是，他们最后的对话开始了……