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殷长琰率兵逼宫，登基称帝。昔日青梅竹马的苏乐虞得知消息悲痛万分。苏家卷入风波，兄长苏靖远遭到构陷入狱。殷长琰下旨册封苏乐虞入宫为贤妃，以此拉拢苏家兵权，苏乐虞对殷长琰满心怨恨，不愿屈从。

苏乐虞拒婚，在宫中长跪抗争直至晕倒。朝堂之上，秦家为首的世家势力步步紧逼，逼迫新帝清算旧臣。殷长琰以苏靖远性命要挟，苏乐虞无奈接受册封，踏入深宫，一场步步惊心的棋局正式开启。

苏乐虞入住后宫，宫中各方眼线云集，秦家势力处处刁难试探。殷长琰时而冷漠疏离，偶尔流露旧情，令苏乐虞捉摸不透。她暗中寻访线索，想要查清兄长被诬陷的真相与当年逼宫的疑点。

苏乐虞偶然发现先帝遗留手记残卷，察觉到兵变一事另有隐情。殷琮暗中接触苏乐虞，透露部分信息，提醒她提防秦家权臣秦虯。朝堂旧势力谋划削弱殷长琰皇权，矛盾逐步激化。

苏乐虞带着残缺手记寻访苏靖远获取线索，却得知朝廷已经定下兄长行刑日期。她心急如焚，主动与殷长琰对峙，二人爆发激烈争吵，彼此之间误会加深，可殷长琰暗中暂缓了处决诏令。

殷琮告知苏乐虞，她随身项链暗藏关键证据。二人寻访宫女杨芸，打探先帝时期秘密训练 “鬼兵” 的内情。秦家察觉到苏乐虞正在调查往事，开始设计圈套，准备栽赃贤妃。

民间女子参加科考的提议遭到世家大臣集体反对，朝堂激烈争辩。苏乐虞坚持先帝理念，在朝堂外敲响登闻鼓，为民女请愿，震动朝野。殷长琰表面斥责她逾越规矩，私下默默保全她。

苏乐虞因擅敲登闻鼓遭受廷杖责罚，却没有退缩。顺着线索追查，她找到当年谋害岳颖的凶手，逐步触及秦家当年谋害忠良、胁迫先帝的陈年罪案。

秦家罗织罪名，意图将苏家彻底连根拔除。苏乐虞搜集秦家贪腐、私蓄兵力的证据，多次险遭暗算。殷长琰一边制衡世家，一边不动声色保护苏乐虞，二人关系出现微妙缓和。

苏乐虞终于得知，当年女帝并非单纯被殷长琰逼迫退位，先帝早已被秦家软禁，兵变是先帝与殷长琰预先商定的计策，只为借机铲除权倾朝野的世家。巨大真相冲击苏乐虞过往认知。

殷长琰向苏乐虞坦诚部分计划，两人决定放下隔阂，联手布局。秦家察觉危机，扶持啓王，暗中筹备谋反，打算伺机取而代之。

秦家散播流言，造谣殷长琰残暴嗜杀、意图清算宗室。苏乐虞在后宫搜集秦家谋反往来密信。殷长琰假意沉溺享乐，麻痹一众叛臣，等待收网时机。

苏乐虞意外怀有身孕。秦家打算伺机谋害皇嗣，制造后宫祸乱，挑起宗室矛盾。殷长琰加强防卫，对外严格封锁消息，同时继续引诱秦虯露出谋反把柄。

啓王在秦家怂恿下加快谋反筹备。殷长琰为麻痹对手，假意身中奇毒、重病缠身，朝堂人心惶惶。苏乐虞艰难周旋，一边安胎一边持续收集叛党罪证。

苏乐虞顺利诞下皇子。殷长琰突然现身朝堂，当众宣布皇子诞生，提议册立苏乐虞为皇后。秦家狗急跳墙，决定提前发动宫变。与此同时，殷长琰体内毒素渐渐发作，身体状况持续恶化。二人提前安排，将皇子秘密送出皇宫妥善保护。

宫变爆发，秦虯率兵闯入宫中。苏乐虞识破殷琮才是暗中投放毒药、多方挑拨的幕后黑手。殷长琰与苏乐虞以身入局，当众揭露全部阴谋与秦家数十年罪状。啓王幡然醒悟，当庭指证秦虯，叛党全部伏法。风波平定，殷长琰毒发油尽灯枯，留下遗诏托付江山。苏乐虞承担起治国重任，继续推行新政，实现先帝毕生所愿。