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东京奥运会过去 4 年，陆地安防完善但水上仍是犯罪漏洞地带，警视厅因此重启东京水上警察署，召集了一众履历和性格迥异的工作人员。暴力犯罪系负责人碇拓真经验丰富、敢闯敢拼，精英刑警日下部峻因调动至此一心想立功归队，海技职员有马礼子掌船舶驾驶，署长玉虫肇则由海技职员转行而来，履历特殊。水上警察署刚成立，便接到东京湾有可疑泡沫塑料的通报，碇拓真等人前往现场发现箱内有可疑物品和字迹模糊、仅见 “接下来” 的溶解纸条，随后警署与搜查一课联合成立搜查小组，后续却生变数。

东京湾无人岛第六台场发现资产家服部义光的半白骨化枪击遗体，水上警署的碇拓真与日下部峻追查嫌疑人护理师三上慎吾，将其逼入绝境时，三上被抢劫团伙主犯、前暴走族田渊响枪击坠海。田渊所属的湾岸战士现已转战海上活动。碇拓真二人探望生还的三上，日下部以耐心获得其信任，三上透露服部义光实为自杀。谈及田渊下落，刚说出 “观阅式那天……” 便被打断。湾岸警察署的和田毅等人赶到病房，以移交拘留权为由将日下部逐出，三上的供述也被迫中止。

碇拓真从日下部峻的报告中得知田渊响枪击三上后劫持警备艇 “晓” 号、控制有马礼子，企图冲入水上警察署阅舰式会场。此事起因是田渊因被碇拓真盯上，无法继续实施毒品走私船抢劫行动。水上警署人员发现阅舰式来宾中竟有田渊所属暴走族 “湾岸勇士” 总长黑木谦一，碇拓真则与日下部峻汇合，乘另一艘警备艇奋力追击逼近会场的 “晓” 号。会场因出现计划外的警备艇陷入骚动，细野由起子通过广播谎称是展示训练安抚来宾，碇拓真最终追上 “晓” 号并纵身跃船登艇，制服田渊后前往操舵室试图操控高速冲向会场的船只，后续却......

有马礼子得知碇拓真因 38 年前的飞机事故留下心理创伤，想向前海技职员打听情况为他分忧，却遭到日下部峻的劝阻。此时潮风临海公园附近海面突发无人机爆炸事件。碇拓真等人赶赴现场被湾岸署人员拦下，他并未放弃，决定前往现场附近的环保组织办公室打探线索。藤泽充趁休息日带家人参观水上警察局，获准登上警备艇 “晓” 号时，遭男子上原修也持刀刺伤，对方还将藤泽一家强行推上艇，劫持米田航基下令开船，以 “晓” 号为据点实施劫船。

东京水上警察署里众人热议即将出道的女子偶像团体 Re Rise，碇拓真对此一无所知被戏称老古董。细野由起子因曾辅导过成员北原萌歌而格外关注她，碇拓真正询问三上慎吾的后续时，萌歌被沉尸水中的遗体被打捞上岸，死因初步判定为溺水。碇拓真安排下属调查相关人员，自己则与对绑尸重物有印象的有马礼子前往仓库区，确认重物匹配且监控显示萌歌深夜曾独自前往此地。日下部峻等人从落选者坂上优爱处得知，萌歌一直因优爱的怀恨而受困扰，同时外界关于萌歌之死有强大势力介入的阴谋论也愈演愈烈。

东京水上警察署收到大学生增田健二的溺水验尸报告，其头部遭残忍殴打。因案发当晚是半月，且与上月建筑公司职员佐藤守的遇害案特征一致，碇拓真等人怀疑是同一凶手所为的 “半月杀人事件”。警视厅搜查一课的篠宫多江警部率队协助调查，她与碇拓真是同期警员且曾交往，在搜查会议上指示警方追查尸体漂流源头、彻查两名受害者的共同点，此时日下部峻得知母亲凉子住院，检查结果次日公布。次日警方恢复增田的手机数据，发现匿名犯罪集团 “特龙” 常用的阅后即焚应用 Fog talk，且从佐藤的平板电脑中也查到了这款应用。

碇拓真团队与篠宫多江的搜查一课团队联手追查半月杀人事件，日下部峻因强制审讯涉案不动产从业者泉圭吾，被处以停职反省的处分。篠宫逮捕了嫌疑人瓜谷雄志，本部认为其为封口杀害打算自首的佐藤与增田，但篠宫和碇均存疑，瓜谷有不在场证明且死者头部损伤过重，不符合封口杀人的特征。瓜谷审讯中作证闯入苏我诚律师家时对方已身亡，这名前检察官律师与高利贷、黑帮勾结，警方还发现他曾多方关照黑帮成员千堂太一，背后暗藏更多线索。

碇拓真接署长指示调查浮尸小艇漂流案，与此同时有马礼子收到日下部峻的求婚，因不知如何回应且察觉自己易动摇而苦恼。细野由起子察觉后倾听了她的心事。碇拓真致电礼子，邀其加入陷入僵局的该案调查，受害者是产业废弃物处理商桂孝一，遗体被铁链缠绕、左胸插鱼叉，场景与绘本《索拉纳吉物语》情节高度相似，该案也被称作索拉纳吉案。这起案件的死亡推定时间和犯罪现场尚未确定，玉虫肇指示具备专业知识的礼子查明遗体漂流源头，礼子答应后立刻分析计算洋流数据，试图推算小艇出发的地点与时间，调查却遇阻。

碇拓真收到举报邮件称黑木谦一将有重大行动，便与有马礼子前往指定日式高级料理店监视，竟发现礼子尊敬的前海技职员大泽俊夫与黑木同行，现场争执时大泽察觉警方监视，黑木以无搜查令强硬阻拦二人进入，两人始终不解大泽与黑木的关联，只得离开。与此同时青海码头公园的南极观测船 “海雪” 号内发生密室杀人案，施工人员发现船上腐烂尸体，该船正因水上航站楼建设处于迁移施工中。日下部峻赶往现场后，发现湾岸警局刑警已先到并带走监控等证据，他只得拍摄围观人群影像后返回水上警察局，后续调查陷入未知。

碇拓真认定南极观测船海雪号的福本宗介杀人案与黑木谦一有关，还发现参与该船迁移工程的三上慎吾，是以黑木旗下公司派遣员工的身份注册的，同时大型台风逼近首都圈，水上警局或将成立灾害对策本部，警员将被调去警戒。碇拓真等人决心在对策本部成立前侦破案件，细野由起子排查海雪号相关人员，日下部峻召集三上慎吾了解情况，三上在恋人陪同下到警局，称入职后才知晓黑木是公司社长。与此同时，由起子等人查明，黑木与大泽俊夫在料亭会面的人员中，既有海雪号迁移工程承包商，还有港湾局的相关人员。

碇拓真想出海追捕绑架三上慎吾潜逃海上的黑木谦一，却因强台风将至被玉虫署长拒绝。日下部峻因母亲病危、有马礼子担忧大泽俊夫，二人一同恳请搜救，玉虫见众人决心，以立下 “务必活着归来” 的誓言为条件批准出航。细野由起子一行人追查涉串通投标案的港湾局职员仲井幸人时，得知其留遗书后离奇失踪，碇拓真接报后下令与湾岸警署联手追查其下落。碇拓真等人很快锁定黑木所乘货船 “龙水丸” 的停泊位置，有马礼子无线电呼叫后认出应答者是大泽俊夫，随即告知对方远海抛锚船只正接受紧急临检。