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1989 年镰仓郊外，《CHAOS》杂志新人编辑江南孝明（奥智哉），带着副主编小早川、摄影师内海、通灵师光明寺美琴，以及 W 大学超常现象研究会的瓜生、河原崎等一行 9 人，进入中村青司设计的钟表馆，准备开展 3 天封闭的通灵会，调查古峨家女儿永远的幽灵传闻。江南出发前曾拜访已是推理作家的鹿谷门实（青木崇高）。当晚降灵会，光明寺自称被永远附身；次日清晨，光明寺离奇失踪，旧馆的门被胶带封死，众人发现了指向永远房间的钥匙，封闭空间的恐惧开始蔓延；馆外鹿谷也收到消息，着手解读古峨伦典留下的《沉默女神》之诗。

江南与小早川用钥匙进入永远生前的卧室，屋内钟表全部停摆，还发现了永远 16 岁的婚纱与日记残页，暗示她对 16 岁生日的执念。与此同时，旧馆内开始出现破坏钟表的行为，气氛更加紧绷；瓜生回忆起十年前自己与福西等四人曾在钟表馆附近与永远有过冲突。馆外，鹿谷拜访了钟表馆现任管理人伊波，了解到古峨伦典对女儿近乎病态的宠爱，以及十年前接连去世的六位相关人员的谜团。

旧馆内首次出现命案，一名研究会成员被发现死于钟表堆中，尸体旁有奇怪的钟表指针标记。众人互相猜忌，江南试图维持秩序并记录线索。瓜生向江南坦白十年前的往事：他们曾对永远恶作剧，导致对方情绪崩溃。馆外鹿谷与赶来的福西凉太汇合，福西正是当年四人之一，且近期总被噩梦纠缠；两人发现古峨伦典建造钟表馆不仅是纪念女儿，更有一套异常的时间系统。

旧馆中又一名成员遇害，死状与钟表的某个机械结构相关，暗门与密道的存在被证实，加剧了 “凶手就在内部” 的恐慌。江南和瓜生合作，绘制旧馆平面图，试图找出所有隐藏通道，并发现 108 座钟表的走时似乎完全一致，却和外界时间存在偏差。鹿谷则在新馆书房里，破解了《沉默女神》诗中的部分密码，指向 “时间的牢笼” 这一核心概念，同时怀疑古峨家的养子由季弥有重大嫌疑。

旧馆内伤亡持续增加，摄影师内海也死于密室，死前留下了一张模糊的钟表照片。小早川向江南透露光明寺的真实身份是古峨家已故女佣明江的妹妹，她此行或许并非只为通灵。馆外，鹿谷通过对古峨伦典老友马渊的询问，得知永远曾与马渊之子智订下婚约，而智也在十年前意外去世；鹿谷进一步确认，钟表馆内部的时间流速与外界不同（1.2 倍速），这正是凶手制造不在场证明的关键。

旧馆里幸存者寥寥，江南、瓜生、小早川和新见梢被困。瓜生解开了永远房间里的钟表密码（8 月 5 日，永远生日），打开了通往密室的暗门，发现了光明寺的尸体，以及她记录古峨家丑闻的笔记。笔记揭露永远因无法在 16 岁如期结婚而绝望自杀，姐姐明江也随之殉情。馆外，鹿谷终于破解了所有谜题，意识到钟表馆的钟塔其实是一个巨大的计时器，且即将迎来某个关键的时间点；他和福西火速赶往旧馆，想要阻止最后的悲剧。

鹿谷进入旧馆，向幸存者揭露时间诡计的全貌 —— 旧馆内的 108 座钟表都被调快，制造出 “三天 = 外界两天” 的假象，让凶手得以在馆内外自由穿梭作案。同时锁定真凶身份，并还原其利用钟表馆建筑结构与时间差实施连环杀人的全过程；凶手的动机与十年前永远之死的真相、古峨家隐藏的恩怨紧密相连。

真相大白后，凶手或自首或迎来最终的结局。钟表馆这座被时间诅咒的建筑，也迎来了宿命的崩塌；江南与鹿谷复盘整个事件，探讨扭曲的爱与执念带来的悲剧；幸存者带着创伤离开，而钟表馆的故事，也成为了镰仓郊外一段令人唏嘘的传说。