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　　1864年，幕府時代末期，外憂內患，山河動盪，百姓生活困苦，且生命時刻受到威脅。緋村心太目睹了相識不到一天的三個姐姐的慘死，其幼小的心靈中留下了揮之不去的陰影。正當歹徒企圖殺死緋村心太時，一名俠客突然出現，救了他。這位俠客是飛天御劍流的現任繼承人比古清十郎，被少年心太的善良純潔之心感動，他決定把自己的絕技傳授給緋村心太，並將其名字改為緋村劍心。 　　心思單純的劍心一心一意地練習劍術。在國家危難之際，學成之後的劍心不顧師傅的阻攔，懷揣改變時代的夢想毅然下山，想要用自己的力量解救水深火熱之中的人們。年輕的劍心加入了以桂小五郎為首的維新勢力奇兵隊，為了建立新時代而仗義殺人，以劊子手的身份為時代的變革盡一份綿薄之力。年僅15歲的劍心乾淨利落的執行着“天誅”的任務，“雖然我們無怨無仇，但為了新時代，只好要你們死！”接連刺殺多名政府要員，令對手聞風喪膽。

Kenshin's role in the revolution is detailed. Tomoe is recruited to offer companionship to Kenshin. Shogunate soldiers attack the Choshu Clan.

Kenshin and Tomoe live in hiding as husband and wife. A traitor is revealed.

Kenshin is betrayed. Tomoe makes a choice. The Hitokiri Battosai is born.